拷贝数变异测序在智力障碍、发育迟缓及孤独谱系综合征的病因学分析中的应用

目的探讨拷贝数变异测序(CNV-seq)对于智力障碍(ID)、发育迟缓(DD)及孤独谱系障碍(ASD)患儿的诊断价值。方法收集2018年9月至2022年1月在深圳市南山区妇幼保健院诊断为ID、DD及ASD的患儿40例, 采集其外周血样, 分别进行染色体核型分析和CNV-seq检测, 查询ClinVar、DECIPHER、OMIM等数据库并结合生物信息学分析评估拷贝数变异(CNVs)的致病性。结果 40例患者检测出ID 16例(40.0%)、DD 15例(37.5%)、ASD 6例(15.0%)、ID合并DD为1例, ID合并ASD为2例。核型分析发现47, XY, +mar、46, XY, inv(8)(p11.2q21.2)、46, XX, del(5)(p14)以及46, XX[76]/46, X, dup(X)(p21.1q12)各1例, 染色体多态性2例。CNV-seq在20例患儿中共检出32处CNVs, 检出率(50.0%)明显高于核型分析。在10例(25.0%)患儿中发现了致病性CNVs(检出率为25.0%), 12例患者中发现了15处意义未明的CNVs(检出率为30.0%...     

18号环状染色体和18号单体嵌合体的产前诊断

目的 利用基因组拷贝数变异测序（CNV-seq）技术对一例胎儿羊水细胞核型疑似18号环状染色体[r(18)的结果进一步分析及验证。方法 胎儿羊水细胞培养后进行G显带，未被培养的羊水细胞直接进行CNV-seq检测，从而验证核型分析的结果。结果 胎儿羊水细胞染色体核型分析结果为46,XN,?r(18)[48]/45,XY,-18[9]。CNV-seq检测结果为：seq[hg19]del(18)(q21.31q23) chr18:g.55860000＿78020000del,seq[hg19]del(18)(p11.32) chr18:g.140000＿1160000del。显示胎儿18号染色体q21.31-q23处缺失22.16 Mb区域，同时，18号染色体p11.32处缺失1.02 Mb区域。结论 CNV-Seq技术可以定位常规G显带无法定位的断裂点以及判断缺失区域的大小，进一步分析和验证了r(18)的存在，为产前诊断和遗传咨询提供帮助。     

复杂的嵌合型18号染色体结构异常1例的遗传学分析

目的探讨1例嵌合型18号染色体结构异常患者的核型。方法选取2019年10月因"结婚4年, 未避孕未育2+年"就诊于北医三院生殖中心的1例不育症男性患者作为研究对象, 收集其临床资料。取患者外周血样进行染色体核型分析、拷贝数变异(CNV)分析、荧光原位杂交(FISH)检测, 同时取患者的精液样本进行单精子CNV分析。结果经检测, 确定患者核型为mos 47, XY, del(18)(q21q23), +r(18)(q21q23)[84]/46, XY, del(18)(q21q23)[9]/48, XY, del(18)(q21q23), +r(18)(q21q23)×2[6]/47, XY, del(18)(q21q23), +r(18)(q21q23×2)[1].ish 47, XY, del(18)(q21q23), +r(18)(q21q23)[84]/46, XY, del(18)(q21q23)[9]/48, XY, del(18)(q21q23), +r(18)(q21q23)×2[6]/47, XY, del(18)(q21q23), +r(18)(q21q23×2)[1...     

一例21号染色体三体嵌合型孤独症谱系障碍患儿的遗传学分析

目的对1例孤独症谱系障碍(autism spectrum disorder,ASD)伴有先天性心脏病的患儿进行细胞遗传学和分子遗传学分析,寻找其病因。方法取患儿及其父母的外周血进行常规染色体G显带核型分析,对患儿外周血提取的基因组DNA进行基于高通量测序的全外显子测序(whole exome sequencing,WES)和低覆盖度全基因组拷贝数变异测序(low-coverage massively parallel copy number variation sequencing,CNV-seq)检测分析,并利用染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)进行验证。结果常规染色体G显带核型分析结果显示患儿及其父母染色体核型正常,患儿WES未检测到异常变异,而CNV-seq检测结果为47,XY,+21[10%]/46,XY[90%],提示存在低比例的21号染色体三体嵌合,CMA验证结果与CNV-seq结果一致。结论低比例的21号染色体三体嵌合除与唐氏综合征表型有关外,还可能与ASD的发生密切相关。基于高通量测序的WES及CNV-seq方法可为原因不明的ASD提供准确的遗传学诊断。     

嵌合型4号环状染色体患儿1例的遗传学分析

目的探讨1例嵌合型4号环状染色体患儿核型的成因、临床表型及发病机制。方法选取2020年2月15日于滕州市妇幼保健院就诊的1例嵌合型4号环状染色体患儿为研究对象。收集患儿的临床资料, 对其进行外周血染色体G显带核型分析、染色体微阵列分析(CMA)、荧光原位杂交(FISH)检测, 并对文献进行回顾。结果患儿为足月小样低体重儿, 具有特殊面容、动脉导管未闭、室间隔缺损。外周血染色体核型为mos 46, XY, r(4)(p16.3q35.2)[259]/45, XY, -4[25]/47, XY, r(4)(p16.3q35.2), +r(4)(p16.3q35.2)[8]/46, XY, der(4)del(4)(p16.3)inv(4)(p16.3q31.1)[6]/46, XY, dic?r(4;4)(p16.3q35.2;p16.3q35.2)[4]/48, XY, r(4)(p16.3q35.2), +r(4)(p16.3q35.2)×2[3]/46, XY, r(4)(p1?q2?)[2];CMA检测结果为arr[GRCh37]4p16.3(68 345-2 981 614)×1...     

Turner综合征患者额外小标记染色体的来源与形态研究

目的分析Turner综合征嵌合体核型患者额外小标记染色体(small supernumerary marker chromosomes,sSMC)的来源与形态。方法对1例常规G显带分析核型为45,X[26]/46,X,+mar[43]嵌合体的患者进行荧光原位杂交、高通量全基因组测序、SRY基因Sanger测序分析,明确其sSMC片段来源和存在形态。结果患者G显带核型为45,X[26]/46,X,+mar[43]。荧光原位杂交结果核型为45,X的细胞37个;核型为46,X,+mar的细胞63个。sSMC有两种形态:一种整条染色体两端各可见一个清晰红色信号,提示该sSMC来源于有双着丝粒Y染色体且同源;另一种只见到一个红色信号,提示该sSMC来源于有一个着丝粒Y染色体。C显带显示Y染色体异染色质缺失。Y染色体AZF区微缺失筛查分析SRY存在。SRY基因突变检测未发现异常。高通量测序检测染色体基因组微缺失微重复结果,Y染色体q11.221q12位置存在约42.88 Mb缺失。患者核型最终定为45,X[26]/46,X,del(Y)(q11.22q12)[24]/46,X,pus idic(Y)(q11.22)[19]。结论本例mos 45,X[26]/46,X,+mar[43]Turner综合征患者的sSMC同时存在双着丝粒状、带有着丝粒的染色体小片段两种形态。精确定位sSMC来源和形态,可为遗传咨询和产前诊断提供参考。     

一例22q12.1-q13.3重复患儿的遗传学分析

目的对1例先天性心脏病合并腭裂等畸形的新生儿进行遗传学分析。方法应用常规G带对患儿及其父母外周血染色体进行核型分析,用低深度全基因组高通量测序技术(low-coverage massively parallel copy number variation sequencing,CNV-seq)对患儿及其父母进行拷贝数变异(copy number variants,CNVs)分析。结果患儿核型为46,X,add(Y)(q11.23),Y染色体长臂存在不明来源的染色体片段,CNV-seq结果为seq[hg19]22q12.1q13.3(29520001~51180000)×3。父母核型及CNV-seq结果均正常。结论患儿Y染色体上的不明来源染色体片段为22q12.1-q13.3重复区域,属新发变异,患儿异常表型为其所导致。CNV-Seq与核型分析技术相互补充,明确诊断,为遗传咨询提供精准指导。     

母源性染色体内插入致18q21.2-q22.3重复和缺失后代家系的遗传学分析

目的为1例具有全面发育障碍患儿生育史的孕妇提供产前诊断、家系分析和遗传咨询。方法选取2021年8月在西南医科大学附属医院接受产前诊断的孕妇作为研究对象, 采集先证者、孕妇及其丈夫的外周血样以及胎儿的羊水样本, 对其进行G显带染色体核型分析以及基因组拷贝数变异测序(CNV-seq), 根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南判读变异的致病性, 通过家系分析对变异进行溯源, 并评估其再发风险。结果孕妇、胎儿、先证者的染色体核型依次为46, XX, ins(18)(p11.2q21q22)、46, X?, rec(18)dup(18)(q21q22)ins(18)(p11.2q21q22)mat和46, XY, rec(18)del(18)(q21q22)ins(18)(p11.2q21q22)mat, 孕妇丈夫染色体核型未见异常。CNV-seq检测提示胎儿18q21.2-q22.3区存在19.73 Mb重复, 先证者18q21.2-q22.3区存在19.77 Mb缺失。重复和缺失片段均与孕妇染色体的插入片段相同。根据ACMG指南, 均评估为致病性变异。结论孕妇携带的18q21....     

5p缺失综合征胎儿1例的产前诊断

目的对1例超声影像提示左足足内翻的胎儿进行遗传学分析, 探讨其染色体拷贝数变异与临床表型的相关性。方法选取2020年10月14日于台州医院就诊的1例5p缺失综合征胎儿为研究对象。采集胎儿的羊水及其父母的外周血样, 进行G显带核型分析, 应用拷贝数变异测序(CNV-seq)检测胎儿染色体的微缺失与微重复, 进一步用荧光原位杂交(FISH)技术进行家系验证。结果胎儿及其父母的G显带核型分析均未见明显异常, CNV-seq发现胎儿5号染色体存在23.12 Mb的拷贝数缺失, 7号染色体存在21.46 Mb的拷贝数重复, FISH进一步验证胎儿母亲为隐匿性t(5;7)(p14.3;q33)携带者, 胎儿的拷贝数变异遗传自母亲。结论 CNV-seq联合FISH技术能有效诊断出隐匿性5p缺失综合征, 避免患儿的出生, 为产前遗传咨询提供理论依据。     

两例Turner综合征患者微小额外标记染色体来源鉴定

目的 为指导遗传咨询和临床治疗,对两例特纳综合征患者微小额外标记染色体(small supernumerary marker chromosome,sSMC)来源进行鉴定.方法 高分辨染色体G显带和C显带核型分析;PCR扩增SRY基因;中期染色体荧光原位杂交.结果 两例患者核型分析结果分别为45,X[29]/46,X,+mar[31]和45,X[71]/46,X,+mar[29].病例1 SRY基因检测阳性,其sSMC来源于Y染色体,通过荧光原位杂交最终确定其核型为45,X[29]/46,X,idic(Y)(q10)[31].ish idic(Y)(q10)(RP11-115 H13 ×2)(SRY+).病例2 sSMC来源于X染色体,核型最终确定为45,X[713/46,X,r(X)(p11.23q21)[29]ish r(X)(p11.23q21)(AL591394.11+,AC 092268.3-).结论 联合应用多种遗传学检测技术,准确鉴定了两例特纳综合征患者微小额外标记染色体的来源,以正确指导临床诊断和治疗.     

一例嵌合型环状13号染色体病例报道和文献回顾

13号环状染色体综合征临床中通常表现为发育迟缓或智力低下等先天异常。本文报道了1位由于嵌合型13号环状染色体造成的智力低下的5岁女童。患儿外周血染色体核型分析为mos 46,XX[35]//45,XX,-13[10]/45,XX,t(13;13)(p13q34)[12]/46,XY,r(13)(p13q34)[22]/46,XX,del(13)(q31-qter)[13]。我们比较本病例与国外报道的r(13)(p13q34)型环状13号染色体综合征临床特征,提示13号环状染色体综合征患者临床特征有很大的变化。     

两例Y染色体部分缺失胎儿的产前诊断

目的对两例Y染色体部分缺失胎儿进行产前诊断。方法采用常规G显带及C显带技术分析胎儿及父亲的核型,采用荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)、染色体拷贝数变异检测技术(copy number varaition sequencing,CNV-seq)性别决定基因(sex region of Y chromosome,SRY)检测技术及无精子因子(azoospermia factor,AZF)检测技术检测胎儿DNAO结果2例胎儿羊水染色体在320〜400条带水平均提示46,XN,del(Y)(qll.2),Y染色体着丝粒探针FISH检测结果均提示Y染色体数目未见异常。2例胎儿父亲外周血染色体核型均未见明显异常。胎儿羊水DNA拷贝数检测提示一例胎儿Y染色体q 11.221-ql2处缺失12.88 Mb,涉及全部AZFb+AZFc区域;另一例胎儿Y染色体qll.21-ql2处缺失14.84 Mb,涉及全部AZF区域。2例胎儿羊水SRY基因检测提示SRY基因阳性,SKY基因编码区未检测到已报道的致病点突变。2例胎儿基因检测提示存在AZF部分或全部缺失。结论联合多种技术有助于明确诊断Y染色体结构异常。CNV-seq检测有利于快速筛查胎儿Y染色体微缺失,可做为对染色体核型分析的补充和验证的方法。     

1例父源性46,XX,der(18)t(8;18)(q23.3;q21.3)染色体非平衡易位的遗传学分析

目的 对1例唇腭裂、先天性心脏病伴手足畸形的新生儿进行遗传学诊断。方法 联合应用常规G显带核型分析技术及CNV-seq测序技术对新生儿进行遗传学检测，并对双亲进行外周血染色体核型分析以明确患儿染色体异常的来源。结果 患儿染色体初步定为46,XX,?add(18)(q22)。CNV-seq结果提示患儿8q23.3-8q24.3存在32.1 Mb重复，18q21.32-q23存在19.6 Mb缺失。患儿母亲染色体正常，父亲染色体为46,XY,t(8;18)(q23.3;q21.3)。患儿核型结果最终确定为46,XX,der(18)t(8;18)(q23.3;q21.3)pat。结论 患儿携带有8q部分三体和18q部分单体，可能导致严重的临床表型；明确患儿的遗传学病因，指导家庭再次生育。     

不孕不育患者性染色体异常发生频率及其生殖遗传效应

目的探讨不孕不育患者中性染色体异常发生频率及其生殖遗传效应。方法对我院1034例不孕不育患者进行细胞遗传学分析,采集外周血,按照常规方法制备染色体标本。G显带,进行众数分析及核型分析并对其妊娠结局进行随访。结果结果共检出性染色异常核型7例,异常发生率为0.7%(7/1034),女性45,X[7]/46,X,del(X)(p10)[43]嵌合病例1例;46,del(X)(q26)病例1例;男性46,X,inv(Y)(p11q12)Y染色体倒位病例3例,47,XXY病例2例;其中妊娠结局,这些性染色异常患者都出现多次流产或难以怀孕的临床表现。结论性染色体异常可导致不孕不育,提示不孕不育与遗传因素密切相关。     

3p26.3p25.3缺失患儿1例的临床表型与遗传学分析

目的探讨1例特殊面容合并多发畸形患儿的遗传学病因并分析其与临床表型的相关性。方法选取2020年11月4日因"孕妇胎膜早破、双胎妊娠(双绒毛膜双羊膜囊)、妊娠期糖尿病"于孕34+6周自然分娩出生的1例患儿作为研究对象, 应用常规G显带方法分析患儿的染色体核型, 再用高通量测序法分析患儿拷贝数变异(CNVs)的情况。结果患儿为男性, 顺产出生, 表现为特殊面容、尿道下裂、隐睾、四肢肌张力低等。患儿染色体核型为46, XY, del(3)(p26), 高通量测序结果提示染色体3p26.3-p25.3 (60 000-9 860 000)存在约9.80 Mb的缺失, 共涉及33个蛋白编码基因。结论 3p26.3p25.3缺失可能是患儿的致病原因, 需对其进行持续随访, 提高生存质量。     

一例性发育异常患儿的遗传学分析CSCD

目的探讨1例性发育异常(disorders of sex development,DSD)患儿的致病原因。方法应用染色体核型分析技术、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术、染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)技术和性腺组织病理活检技术对患儿进行遗传学检测及致病原因探讨。结果综合各种检测技术,患儿分子细胞核型分析结果为46,X,psu idic(Y)(p11.32)[72]/45,X[28].ish psu idic(Y)(p11.32)(SRY++,DYZ3++).arr[hg19]Yp11.32(118552-512055)×0,Yp11.32p11.31(515916-2640819)×1-2,Yq12(59055438-59336104)×1-2,Yp11.31q11.23(2650425-28799654)×1-2。CMA结果显示在Y染色体短臂的拟常染色体区域1(PAR1)末端存在393.5 kb片段的缺失;约50%的细胞在PAR1区域(Yp11.32p11.31)存在2.1 Mb片段的重复;约50%的细胞在Y染色体Yp11.31q11.23区域存在26.1 Mb片段的重复;约50%的细胞在PAR2区域存在280.6 kb片段的重复。结论46,X,psu idic(Y)(p11.32)[72]/45,X[28]嵌合核型是导致患儿性发育异常的原因。     

嵌合型性染色体结构与数目异常三例核型分析

目的对3例嵌合型性染色体结构与数目异常核型进行研究探讨。方法外周血淋巴细胞培养、收获、制片及G、C显带,并行染色体核型分析。结果3例均为嵌合型合并性染色体结构与数目异常,核型分别为45,X[2]/46,X,-Y,＋mar[61]/46,X,r（Y）[6]/46,XY[31];45,X[17]/46,X,i（xq）[83];45,X[30]/46,X,dup（x）（q28）[70]。结论性染色体异常对人类性别及性腺发育不全起决定性作用。     

13号环状染色体1例的产前遗传学诊断

目的对1例无创产前检测(NIPT)提示的胎儿13号染色体复杂环状结构异常进行细胞及分子遗传学分析。方法选择2021年5月11日就诊于中国医科大学附属盛京医院的1例孕妇作为研究对象, 抽取其外周血样进行NIPT筛查, 对羊水细胞及孕妇夫妇的外周血样进行G显带染色体核型分析。对孕妇外周血样和羊水细胞同时进行基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)、染色体微阵列分析(CMA)和荧光原位杂交(FISH)检测。结果 NIPT检测提示胎儿13号染色体存在单体嵌合或片段缺失。G显带分析提示胎儿与孕妇的染色体核型均为47, XX, der(13)(pter→p11::q22→q10), +r(13)(::p10::q22→qter::), 孕妇丈夫核型未见异常, FISH证实了上述结果。CNV-seq和CMA检测胎儿和孕妇均未见明显异常。结论本研究胎儿的13号环状染色体遗传自孕妇, 但未合并缺失、重复、嵌合体等异常。孕妇本人及胎儿产前超声诊断均未见明显异常。     

一例14q12区杂合缺失及FOXG1基因相关疾病的分析

目的探讨1例涉及FOXG1基因的14q12q13.1缺失患儿的临床及分子生物学特征。方法分析患儿的临床表现,对其进行外周血染色体核型分析和单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)检测。分析FOXG1相关疾病基因型与表型的相关性。结果患儿为男性,出生后第8天出现喂养困难,表现为吸吮无力,同时出现下肢抖动、额部青紫,磁共振成像显示双侧侧脑室明显增宽、胼胝体发育不良。染色体核型为46,XY,del(14)(q12q13.1),SNP-array检测显示患儿存在14q11.2q13.1区9.6 Mb的缺失,涉及FOXG1等基因。结论对大脑发育异常并具有运动、认知、语言障碍等的患者,应警惕FOXG1基因的拷贝数变异,及早进行SNP-array检测以明确诊断。     

一例世界首报涉及四种染色体嵌合体核型的产前诊断病例分析

46,XY,del(1)(q32q42)/47,XY,+15/46,XY,del(1)(q32q42),t(1;18)(p12;p11)/46,XY,该核型为国内、外文献未曾报道的新核型。嵌合体是一种极为罕见的异常染色体核型,它的形成可能是染色体不分离,染色体丢失,染色体复制以及在染色体断裂和变位重排的基础上产生的各种染色体数目和结构畸变,不分离或分配异常是发生在受精卵的早期卵裂过程中时,形成的各种染色体数目和结构畸变的嵌合体细胞核型个体[1]。本文为了鉴别此例复杂嵌合体是否为真性嵌合体,回顾性地分析该病例的羊水、脐血以及心腔血的核型结果。