基因表达差异分析方法进展

高等真核生物的基因组一般具有８００００～１０００００个基因,而每一个细胞大约只表达其中的１５％［１］。基因在不同细胞间及不同生长阶段的选择性表达决定了生命活动的多样性,如发育与分化、衰老与死亡、内环境稳定、细胞周期调控等。比较细胞间基因表达的差异为我...     

小鼠出生后嗅球发育的基因表达差异及其特征分析

目的:通过研究小鼠嗅球全基因表达差异来寻找嗅球生后发育基因变化及其特征,为嗅球发育及相关研究提供参考依据。方法:分别取新生及成年野生型小鼠完整嗅球并独立进行RNA-seq分析,对全基因测序结果进行差异表达分析并通过检测成年与新生小鼠嗅球中差异表达基因(DEGs),利用Gene Ontology、DAVID及KEGG等数据库,结合q PCR的实验方法对部分差异表达基因进行验证,进一步分析差异表达基因在生物学上的影响。结果:成年小鼠和新生小鼠嗅球存在大量差异表达基因,其中Tfap2e,Neurod6和Tbr1等基因表达下调,同时Zfp365,Elt4以及Omp等基因表达上调,DEGs参与多种信号通路。结论:小鼠嗅球在出生后仍然处于不断发育的过程当中,这些差异表达基因主要影响细胞内代谢,细胞的分裂、分化、成熟及细胞间信号传递。     

Pax5对B细胞分化发育调控作用的研究进展

转录因子Pax5在B细胞定向分化发育过程中发挥重要调控作用。B细胞定向分化发育相关的转录因子如PU.1、干扰素调节因子4(Interferon regulatory factor 4,IRF4)、IRF8和NF-κB结合在Pax5基因5’上游增强子区,转录因子EBF、STAT5结合在Pax5基因5’上游启动子区,从而共同促进Pax5基因的表达。表达的Pax5蛋白不仅通过IgH的V(D)J片段染色质的甲基化和乙酰化修饰来调节IgH V(D)J重排,并且通过B细胞特异性基因(mb-1、VpreB、λ5、CD19、BLNK等)表达调控B细胞的定向分化发育。若Pax5基因缺失,影响组蛋白H3-K9的修饰,导致B细胞向非B细胞分化。总之,Pax5在B细胞定向分化发育中起到重要调控作用。     

MADD在肺腺癌组织中的表达及对肺腺癌A549细胞增殖和凋亡的影响

目的:探讨MADD在肺正常组织及肺腺癌组织中的表达及其对肺腺癌细胞增殖和凋亡的影响。方法:收集肺临床病理组织标本,免疫组化法检测肺正常组织和肺癌组织MADD表达;培养人肺腺癌A549细胞,逆转录PCR检测其IG20基因表达;用携带MADD基因的质粒和能够沉默MADD表达的慢病毒载体分别转染A549细胞,Western blot、MTT分析和流式细胞术检测其MADD表达、增殖及凋亡。结果:肺腺癌组织MADD表达水平明显高于肺正常组织和肺鳞癌组织;A549细胞能够表达MADD;高表达MADD能抑制A549细胞凋亡,提高其增殖活力,而沉默MADD表达则能促进A549细胞凋亡,降低其增殖活力。结论:肺腺癌组织MADD表达明显增高;MADD可通过抑制凋亡来促进肺腺癌细胞生存。     

小鼠肺发育中细胞增殖与凋亡及相关调控基因的表达

目的 探讨小鼠肺发育过程细胞增殖与凋亡的变化规律及凋亡相关基因ｐ５３、ｂｃｌ－２ｄ在肺发育中的表达意义。方法 不同发育天数的小鼠肺组织,采用免疫组织化学及ＴＵＮＥＬ法,观察细胞增殖与凋亡及相关基因ｐ５３、ｂｃｌ－２的表达。结果 １．胎１４和１６ｄ肺ＰＣＮＡ阳性细胞数达到高峰;之后ＰＣＮＡ阳性率逐渐下降;生后４到１４ｄ,又恢复低水平的细胞增殖,２．小鼠肺发育过程中出现两个细胞凋亡高峰：即胎１４至１６     

Shh和初级纤毛在腭部发育中的作用

Sonic hedgehog （ Shh）通路在脊椎动物组织和器官发育中扮演重要角色,并且有证据表明其牵涉到包括腭裂等发育缺陷。近年关于Shh及相关因子在发育中腭部的表达模式以及条件性基因敲除小鼠的相关研究着重突出了上皮和间充质细胞间的互动在腭发育中的作用。此外, Hedgehog通路还因其独特的初级纤毛依赖性备受瞩目。文章以Shh在腭部发育中的作用,以及其与初级纤毛的关系为重点来介绍近年来相关发现。     

胎盘绒毛Cx基因表达异常与胎盘发育异常

<正> 连接蛋白(Connexin Cx)基因编码装配缝隙连接通道的蛋白质,为细胞间物质交流和信息传递提供直接途径.而连接蛋白前体分子在4细胞期已经存在;表明CX基因在胚胎早期就开始表达,且表达时序和表达状态与胚胎发育、细胞分化密切相关.为了解胚胎人胎盘绒毛细胞Cx基因表达异常与胎盘发育异常的关系,本文采用Cx基因系列cDNA分子探针,通过Northern印迹法对5例正常胎盘、3例绒毛膜上皮细胞癌、2例葡萄胎及5例习惯性流产的胎盘绒毛细胞内Cx基因的表达状态进行了研究.结果显示:①在正常发育的胎盘绒毛中Cx31、Cx32、Cx40、Cx43、基因呈不同的表达状态,显示Cx基因在胎盘绒毛中的表达的多样性,说明胎盘绒毛不同细胞间在不同的通讯通道,且细胞连接蛋白基因的表达状态与绒毛细胞的分化及绒毛的发育过程基本一致;②绒毛膜上皮细胞癌Cx31、Cx43、基因不表达、而Cx32、Cx40、表达微弱;③葡萄胎中所有的Cx基因     

中间丝蛋白在胎肺发育分化中的表达

中间丝蛋白作为细胞骨架的主要成份,对于它们与细胞其他结构的相互关系,尤其在细胞发育分化过程中,这些蛋白的表达及其生物学意义,人们的理解远不如微管和微丝.本文用抗中间丝蛋白的单克隆抗体的免疫组化反应,对人胎肺发育分化过程中间丝蛋白的表达进行观察.结果表明,胎肺发育分化阶段中间丝蛋白在一定的时期表现出两种或两种以上种类的共同表达,这与成体细胞中间丝蛋白的高度特异性存在显而易见的差异.本文对于中间丝蛋白在细胞发育分化中的表达特征及其意义进行初步讨论.     

MEKK3稳定表达细胞株的建立及其对A549细胞增殖的影响

目的 构建人MEKK3基因编码区序列(cDNA)的真核表达载体、建立其稳定表达细胞株并观察其对肺腺癌细胞增殖的影响.方法 从A549细胞中提取总RNA,应用RT-PCR扩增MEKK3 cDNA的全长序列后克隆入pcDNA3.1/hygro(+)质粒中,构建成MEKK3基因的真核表达载体,然后转染入人肺腺癌A549细胞...     

轴丝动力蛋白中链基因1在肺腺癌中低表达且抑制肺腺癌细胞侵袭能力

目的 探讨轴丝动力蛋白中链基因1（DNAI1）在肺腺癌（LUAD）中的表达情况以及对肺腺癌侵袭能力的影响。 方法 微阵列基因芯片筛选肺腺癌组织(3例)与癌旁组织（3例）的差异表达基因;聚类热图(heatmap)、火山图（volcano plot）展示筛选后mRNA的表达和分布情况;利用DAVID数据库进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析; STRING数据库和Cytoscape 3.6.1软件进行蛋白相互作用（PPI）分析并筛选核心基因（Hub基因);结合DEGs、Ualcan数据库中各Hub基因在肺腺癌中的差异表达情况选择目的基因DNAI1;Real-time PCR、Western blotting检测DNAI1在人正常肺上皮细胞系BEAS-2B和肺腺癌细胞系H1299、A549中的表达情况;过表达DNAI1后观察细胞形态学变化;侵袭实验检测对A549细胞侵袭能力的影响。 结果 基因芯片结果筛选出86个上调基因和396个下调基因;差异基因参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控,凋亡过程的负调控,蛋白结合等功能,在胞内广泛分布,与代谢途径和癌症相关途径等信号通路有密切联系;DEGs和Ualcan数据库显示,筛选出的10个Hub基因中,DNAI1在肺腺癌组织中下调且差异表达较为显著;Real-time PCR和Western blotting结果显示,相较于人正常肺上皮细胞系BEAS-2B,DNAI1在肺腺癌细胞系H1299、A549中低表达;过表达DNAI1后A549细胞变圆,并有少数脱落;侵袭实验结果表明,过表达DNAI1后A549细胞侵袭能力显著降低。 结论 DNAI1在肺腺癌中低表达且抑制肺腺癌细胞侵袭能力。     

Zbtb1基因促进小鼠淋巴细胞发育并抑制髓系细胞产生

目的探讨Zbtb1基因促进淋巴细胞发育的机制和对髓系细胞产生的影响。方法采用逆转录病毒在造血干细胞中过表达特定基因,并于OP9/OP-DL1系统中进行体外分化。结果 Zbtb1野生型造血干细胞在OP9/OP-DL1系统中可分化为B/T细胞,Zbtb1突变体(Scan T)造血干细胞在上述系统中淋巴细胞分化受阻,在淋巴细胞分化条件下均发育为髓系细胞。在Scan T突变体的造血干细胞中过表达抗凋亡基因Bcl2仅能部分恢复T细胞的早期发育,却不能改变其髓系细胞发育倾向。此外,在野生型的造血干细胞中过表达Zbtb1基因可在体外髓系诱导条件下抑制髓系细胞的发育。结论 Zbtb1基因可能通过抑制凋亡促进淋巴细胞发育,同时通过调控Csf1r的转录水平抑制髓系细胞分化。     

在晶状体发育过程中DNA低甲基化和δ晶体蛋白基因激活的关系

有许多细胞类型特异性基因的表达和基因内胞嘧啶甲基化作用的水平有关,DNA甲基化作用降低可以激活基因使其表达。但在胚胎发育过程中当特异细胞的许多基因被激活时,在其表达前并不一定都表现低甲基化。因此,作者以发育中的鸡胚为材料研究编码δ晶体蛋     

BHD基因在人肺腺癌A549细胞的表达及其对A549细胞转移能力的影响

目的 了解BHD基因在肺癌细胞中的表达部位及其在影响肺癌细胞转移、运动方面的作用. 方法 制备BHD真核表达质粒,转染肺腺癌细胞,用免疫荧光法检测Folliculin蛋白在肺癌细胞中的表达位置;筛选sRNAi片段,选取有效抑制片段转入肺癌细胞,与转入BHD质粒的肺癌细胞对比,用Transwell实验了解BHD基因对肺癌细胞运动方面的影响. 结果 转入BHD质粒后,A549细胞质内出现明显的Folliculin蛋白表达,Transwell实验显示,转入BHD质粒能抑制A549细胞的侵袭能力,而转入BHD siRNA片段的A549细胞运动迁移能力升高.结论 BHD表达产物Folliculin蛋白在肺癌细胞的胞质内表达,BHD可能是肺癌转移抑制基因.     

SP-A及其磷脂代谢的发育性调节研究进展

SP-A的发育性调节及其对磷脂代谢的影响相当复杂 ,不同胎龄的肺Ⅱ型细胞SP AmRNA及蛋白质表达水平不同 ,主要受顺式作用元件和甲状腺转录因子 1(TTF 1)、蛙皮素样肽 (BLP)的调节 ,且人SP A与其他动物在基因结构和调节序列方面存在明显差异。随着SP A受体成熟SP -A发挥多种不同的效应 ,SP A受体发育水平不同与SP A对肺Ⅱ型细胞磷脂代谢调节明显相关     

转录因子FOXA2与肺发育相关研究

在肺发育过程中，需要多种转录因子、生长因子以及其他的信号分子协调作用，共同促进细胞的增殖和分化，实现肺正常发育，其中翼螺旋转录因子Foxa2可参与促进肺上皮细胞增殖分化、表面活性物质合成等过程，在建立正常肺形态和功能上发挥重要作用，其表达异常可致肺发育异常。     

成人骨髓间充质干细胞向甲状腺细胞的诱导分化

背景：促甲状腺素、胰岛素或类胰岛素生长因子等对甲状腺细胞的发育分化、特异基因的表达及功能的产生等起着重要作用,故实验模拟甲状腺的体内胚胎发生过程逐步加入以上刺激因子对骨髓间充质干细胞进一步诱导。 目的：探讨在特定环境下体外定向诱导成人骨髓间充质干细胞分化为甲状腺细胞的可行性。 方法：采用密度梯度法分离培养骨髓间充质干细胞,应用促甲状腺素、胰岛素等试剂进行诱导。利用倒置光学显微镜、透射电镜观察细胞分化过程的形态学变化,免疫荧光等检测方法研究成人骨髓间充质干细胞的分化情况。 结果与结论：诱导组培养第3天可见骨髓间充质干细胞由长梭形变为圆形、椭圆形或三角形,不规则形生长,边界欠清晰。从第8天开始可见贴壁的胚胎体逐渐呈扁平状。诱导培养第7天可见分化细胞中有甲状腺细胞的特有基因如TSHr的表达;第9天检测到分化细胞中甲状腺细胞标记物TTF-1的表达。结果初步表明骨髓间充质干细胞可以在体外诱导分化为甲状腺细胞,是研究甲状腺疾病组织工程治疗的理想种子细胞。     

人脐带间充质干细胞对新生鼠肺纤维化的防治作用**

背景：间充质干细胞因具有自我增殖、多向分化潜能和旁分泌等功能,成为慢性肺部疾病细胞替代治疗的研究热点。 目的：探讨人脐带间充质干细胞对新生大鼠肺纤维化的防治作用及对正常肺发育的影响。 方法：将32只新生2 d SD大鼠随机数字表法均分为PBS对照组、人脐带间充质干细胞组、博来霉素对照组,博来霉素+人脐带间充质干细胞组,后两组腹腔注射博来霉素建立肺纤维化模型,2个细胞组于第7天腹腔注射人脐带间充质干细胞。 结果与结论：博来霉素对照组羟脯氨酸水平最高,肺纤维化最严重,与其他3组比较差异均有显著性意义(P < 0.05);博来霉素干预的两组辐射状肺泡计数和肺组织匀浆中的转化生长因子β1 mRNA表达均低于其他两组(P < 0.05),但血管内皮生长因子mRNA表达升高(P < 0.05),给予细胞治疗后,上述指标均有好转(P < 0.05)。说明人脐带间充质干细胞能过旁分泌增加血管内皮生长因子mRNA表达,下调转化生长因子β1 mRNA水平,对肺纤维化起保护作用。另外,正常鼠腹腔注射脐带间充质干细胞后辐射状肺泡计算无明显变化,证实其对新生鼠肺发育无明显影响。      

靶向阻断LRP提高肺腺癌细胞对紫杉醇的敏感性

目的利用小干扰RNA(siRNA)技术沉默肺腺癌细胞肺耐药相关蛋白基因(LRP),探讨其对肺腺癌紫杉醇耐药株(A549/TXL20)紫杉醇(TXL)敏感性的影响。方法逐步增加药物浓度法建立A549紫杉醇耐药细胞株(A549/TXL20),用小干扰RNA技术沉默LRP在A549/TXL20细胞中的表达,以MTT法检测紫杉醇对A549/TXL20细胞的半数抑制浓度(IC50);以q PCR检测细胞中LRP mRNA的表达,Western blot检测细胞中LRP蛋白的水平,裸鼠腋窝皮下注射转染后的A549/TXL20细胞,建立裸鼠移植瘤模型,观察LRP靶向siRNA对人肺腺癌耐药细胞株A549/TXL20移植瘤耐药的影响。结果肺腺癌紫杉醇耐药株(A549/TXL20)对紫杉醇的敏感性明显增强(P0.01),A549/TXL20细胞中LRP mRNA及蛋白表达显著增加(P0.01);siRNA沉默A549/TXL20细胞LRP基因后,与空白组和空质粒组比较,LRP mRNA及蛋白表达均被抑制(P0.01);小干扰RNA可提高荷瘤裸鼠对紫杉醇的敏感性。结论 siRNA可有效沉默A549/TXL20肺腺癌耐药细胞株LRP基因的表达,提高耐药的肺腺癌细胞对紫杉醇的敏感性。     

WWOX基因在肺腺癌中表达及对A549细胞增殖和凋亡的影响

目的研究WWOX基因在肺腺癌组织的表达及在肺腺癌细胞系A549细胞增殖和凋亡的作用,探讨肺腺癌与临床病理特征之间的关系。方法应用免疫组化技术检测62例肺腺癌组织WWOX蛋白的表达;将携有WWOX基因的表达载体转染肺腺癌细胞系A549细胞,用Western blot法检测A549细胞WWOX蛋白的表达情况;运用细胞计数法检测细胞的增殖情况;流式细胞仪观察其对A549细胞凋亡的影响。结果肺腺癌组中WWOX的阳性表达率为45.2%,明显低于癌旁正常组织(82.9%,=0.000)。WWOX在肺腺癌的表达与分化程度(=0.023)、TNM分期(=0.007)、远处转移有关(=0.009),与患者的性别、年龄以及肿瘤的大小无关(0.05)。A549细胞转染WWOX基因后,WWOX蛋白表达明显高于空载质粒组及未转染组(未检测到WWOX蛋白的表达);生长曲线可见pcDNA3.0-WWOX转染组的A549细胞的增殖速度比pcDNA3.0组和未转染组明显下降;流式细胞仪分析表明pcDNA3.0-WWOX转染组的凋亡率明显高于pcDNA3.0空载体组。结论 WWOX的表达能够抑制肿瘤细胞的增殖,促进其凋亡。     

人胎肺细胞增殖与凋亡及其与发育分化的关系

<正> 目的:探讨增殖与凋亡这两种细胞学行为在同一个胚胎器官中的发生时间、表达规律以及它们对胚胎器官发育的影响,以了解这两种细胞行为在胚胎器官正常发生中各自的作用及相互的的联系.方法:采用原位核酸末端缺口杂交方法(TUNEL法)和增殖细胞核抗原(PCNA)免疫组织化学技术,分别观察了28例胎龄16-32周的人胎肺组织在不同胎肺发育阶段细胞凋亡与增殖的表达率、表达部位及其随发育时间的变化趋势.结果:发现支气管粘膜上皮细胞在胎肺发育的早、中期(即假腺期和小管期),细胞的凋亡与增殖均明显较晚期(原始囊泡期)旺盛,而且两者均于胎肺发育的第24周达到最高峰(阳性细胞表达率分别为0.5263±0.0085及0.3684±0.0238),但凋亡与增殖细胞在不同发育时期表达部位有动态的变化:早期以间质细胞为主,中期以各级支气管粘膜上皮为主,晚期以支气管树远端的单扁上皮为主,而且增殖与凋亡在分布部位上的变化与胎肺发育过程中支气管树的形成发生的需要相一致.结论:细胞的凋亡