咽拭子、鼻拭子、痰液中SARS-CoV-2核酸检测结果一致性及检出率分析

目的　通过对不同类型标本严重急性呼吸综合征冠状病毒2（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2）核酸检测结果的一致性及检出率分析,明确检测结果较优的标本类型。方法　回顾分析郑州市疾病预防控制中心自开展SARS-CoV-2核酸检测以来所有同时采集自同一被检者的不同种类的标本核酸检测结果,利用McNemar χ2检验分析不同标本病毒核酸阳性检出率的统计学差异;用kappa检验分析不同标本核酸检测结果的一致性。结果　本研究共有 61例被检者同时进行2种及以上标本的核酸检测,其中检测咽拭子标本158人次,痰液标本144人次,鼻拭子标本35人次;ORF1a/b基因和N基因同时检出率最高的为痰液标本（71.5%）,其次是鼻拭子标本（34.3%）,咽拭子标本检出率最低（29.1%）。同时进行痰液标本和咽拭子标本检测的有144人次,2者ORF1a/b基因检出率分别为75.0%、33.3%, N基因检出率分别为89.6%、42.4%,差异均有统计学意义（P均＜0.05）,ORF1a/b基因检出结果中2者间一致性差（k＜0.4）,N基因检出结果中2者间不存在一致性（k＜0）,痰液标本病毒核酸阳性检出率明显高于咽拭子标本;同时进行痰液标本和鼻拭子标本检测的有22人次,2者ORF1a/b基因检出率分别为63.6%、27.3%,N基因检出率分别为81.8%、40.9%,差异均有统计学差异（P均＜0.05）,ORF1a/b基因检出结果中2者间一致性差（k＜0.4）,N基因检出结果中2者间不存在一致性（k＜0）,痰液标本病毒核酸阳性检出率亦高于鼻拭子标本;同时进行鼻拭子标本和咽拭子标本检测的有35人次,鼻拭子标本病毒核酸阳性检出率高于咽拭子标本,2者ORF1a/b基因检出率分别为40.0%、25.7%,N基因检出率分别为51.4%、34.3%,但差异均无统计学意义（P均＞0.05）,一致性检验结果则表明2者一致性差（k均＜0.4）,因此2者在病毒核酸阳性检出率方面差异无统计学意义,但在核酸检出与未检出的结果方面存在差异,即检测结果可相互补充以提高检出率。结论　痰液标本病毒核酸阳性检出率高于咽拭子标本和鼻拭子标本,在人群筛查中3种标本检测结果可互相补充验证以减少漏诊。     

支气管肺泡灌洗液诊断新型冠状病毒肺炎二例

本文报道我院收治并行支气管肺泡灌洗诊断新型冠状病毒肺炎2例,1例有流行病学史、临床症状及影像学高度疑似,但反复咽拭子阴性患者;1例确诊新型冠状病毒肺炎患者,出院前临床症状消失,胸部CT显示影像学表现明显好转,咽拭子2次阴性,达到出院标准。我们对2例患者的支气管肺泡灌洗液,分别进行新冠病毒ORF 1ab基因、N基因及新冠病毒核酸检测。结果表明,支气管肺泡灌洗液新型冠状病毒核酸检测阳性率高,对疑诊或者确诊新型冠状病毒肺炎患者出院咽拭子核酸检测阴性但肺部仍残留病灶行支气管肺泡灌洗有助于尽早诊断及指导治疗、判断预后。     

通过雾化诱导排痰提高新型冠状病毒核酸检测阳性二例

对多次咽拭子病毒核酸检测阴性的2例新型冠状病毒肺炎疑似患者,用3%的高渗盐水进行压力雾化诱导排痰获取呼吸道深部痰液,检测痰液中新型冠状病毒核酸。结果显示,使用3%的高渗盐水雾化诱导排痰并对痰液中新型冠状病毒进行核酸检测可明显提高检测的阳性率,可提高疑似患者的确诊率,缩短确诊时间。     

2019新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者38例的临床特征分析

目的分析2019新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者的临床特征, 为奥密克戎变异株的防控提供参考。方法纳入2021年12月23日至2022年1月31日深圳市第三人民医院收治的38例2019新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者, 回顾性分析患者的流行病学资料、临床表现、新型冠状病毒疫苗接种和实验室检查情况。采集鼻咽拭子样本进行病毒核酸检测, 采用实时荧光聚合酶链反应扩增2019新型冠状病毒的开放阅读框(open reading frame, ORF)1ab基因和N基因。采集血液样本检测2019新型冠状病毒IgM和IgG抗体水平。结果 38例患者中输入性病例35例(92.1%), 其中美国输入20例(57.1%)。36例(94.7%)患者接种过新型冠状病毒疫苗, 其中末次接种后≤1个月发病者占5.7%(2/35), >3个月发病者占65.7%(23/35)。3例为无症状感染者。35例确诊患者中, 咳嗽31例(88.6%), 咽痛14例(40.0%), 发热13例(37.1%), 鼻塞10例(28.6%), 流涕8例(22.9%);入院时白细胞计数正常者33例(94.3%), 降低者1例(2....     

山东省首例人禽流感病例的诊断过程分析

目的对2009年1月15日山东省济南市发生的1例人禽流感病例进行实验室诊断过程分析,探讨实验检测过程中遇到的问题。方法采集病人咽拭子和呼吸道吸取物标本,利用RT-PCR和real-time RT-PCR检测病毒核酸。结果第2次采集的咽拭子标本采用H5HA引物的RT-PCR扩增呈阳性;呼吸道吸取物分别用H5NA等3对引物进行RT-PCR均阳性,real-time RT-PCR阳性。结论该患者为人感染高致病性禽流感病毒（H5N1）实验室确诊病例。呼吸道吸取物是禽流感病毒核酸检测的合适标本。     

两种新型冠状病毒核酸试剂检测结果的对比研究

目的 比较两种新型冠状病毒核酸试剂检测结果 的一致性.方法 回顾性分析深圳市第三人民医院确诊新型冠状病毒患者痰标本、鼻拭子标本和肛拭子标本共计539份核酸检测结果 ,采用一致性检验进行统计分析.并从两种试剂检测的核酸Ct值均>36的样本中随机抽取4份进行测序验证.结果 两种试剂对痰标本、鼻拭子标本和肛拭子标本一致性检验...     

交叉引物恒温扩增法检测甲型H1N1流感病毒及临床应用

目的建立交叉引物恒温扩增(Cross Priming Amplification,CPA)技术对甲型H1N1流感病毒进行检测的方法,并对该方法通过临床标本进行评价。方法根据甲型H1N1流感病毒的保守序列设计特异性引物,并在同一温度下实现RNA的逆转录和DNA扩增,该扩增产物可通过全封闭式核酸检测装置进行检测。14份健康人咽拭子标本、7个其他呼吸道病毒和6个虫媒病毒株被用来检测CPA反应的特异性;已知病毒滴度的甲型H1N1毒株进行对照梯度稀释,以测试CPA的敏感性;102份甲型H1N1临床咽拭子标本为检测对象,评估其临床的检测的可行性。结果 CPA反应未出现对健康样本以及其他病毒产生交叉反应;对已知滴度的病毒进行梯度稀释检测,证明CPA的敏感性为10拷贝/μL。对甲型H1N1流感临床病例发病1~3d临床标本新建检测方法的检出率为100%,4~6d临床标本检出率为79.31%,≥7d临床标本检出率为9.09%。讨论CPA具有较高的敏感性、特异性,对设备要求低,适合基层医疗单位对甲型H1N1流感发病早期诊断使用。     

2019新型冠状病毒IgM和IgG抗体筛查在孕妇保健中的应用

目的探讨新型冠状病毒IgM和IgG抗体筛查在孕妇保健中的应用价值。方法采用直接化学发光法对疫情期间来本院孕期保健的2 061例孕妇开展2019-nCoV IgM和IgG抗体筛查,阳性者采用胶体金免疫层析法进行复查。同时采集孕妇的咽拭子和粪便标本作新型冠状病毒核酸检测,取COVID-19治愈者生产时的胎盘组织做组织细胞病理学检查。结果直接化学发光法初筛检出血清新型冠状病毒IgM阳性4例,IgG阳性11例。用胶体金免疫层析法复核,仅1例COVID-19康复孕妇两种方法IgG均阳性。血清抗体阳性的15例孕妇咽拭子和粪便标本新型冠状病毒核酸检测均阴性,排除新型冠状病毒感染。检测COVID-19康复孕妇生产时的胎盘血及新生儿静脉血新型冠状病毒抗体IgG阳性,IgM阴性,胎盘组织、羊水、新生儿咽拭子及粪便标本新型冠状病毒核酸阴性。病理检查胎盘组织病理诊断绒毛膜板下炎及绒毛膜羊膜炎Ⅱ期Ⅲ级,脐带血管壁及间质内见中性粒细胞浸润(脐带炎)。结论筛查血清新型冠状病毒IgM和IgG抗体简便易行,可在孕妇保健中与核酸检测互补。COVID-19康复孕妇新生儿新型冠状病毒IgG阳性,胎盘炎症是否由新型冠状病毒感染引起尚缺乏证据。     

甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因变异状况及序列分析

目的 了解2009年度甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒的检测情况和血凝素(HA)基因变异情况.方法 选择国家级流感监测哨点医院以及暴发疫情的疫点,采集流感样病例的鼻咽拭子标本,通过实时(RT)-PCR进行病毒分型及甲型H1N1流感病毒检测,对阳性标本采用狗肾细胞(MDCK)进行病原分离,采用红细胞凝集试验测定病毒效价,用血凝抑制实验进行型别鉴定,通过RT-PCR扩增毒株HA1片段的基因并进行序列测定,利用生物信息学技术进行序列分析.结果 共检测咽拭子样本996份,其中核酸检测阳性病例包括甲型H1N1 337份,季节性H1N1亚型1份,季节性H3N2亚型67份,B型12份,流感核酸检测阳性率为41.87％,其中甲型流感核酸检测阳性率为33.84％.分离出甲型H1N1病毒36株,选择18株.测序成功的10株甲型H1N1流感病毒在多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)比较,有6个位点发生突变,其中1个位点位于抗原决定簇的B区.结论 2009年度分离到的流感病毒株中以甲型H1N1为绝对的优势毒株,毒株的血凝素基因与世界卫生组织(WHO)提供的疫苗株相比有变异,与疫苗株相比,抗原决定簇B区有改变,但关键位点第222位没有变化.     

老年新型冠状病毒Omicron感染者核酸转阴的相关因素分析

目的分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron变异株在老年非重症感染者的转阴时间,并探讨影响病毒核酸转阴的相关因素。方法104例老年新型冠状病毒肺炎(以下简称新冠)非重症病人根据病毒核酸转阴时间被分为早期转阴组(<10 d)和晚期转阴组(≥10 d)。收集并比较2组病人人口学资料、疫苗接种、基础疾病、血常规、生化指标、炎症指标、每次病毒核酸检测ORF1ab基因和N基因Ct值,并对转阴时间的影响因素行相关性分析。结果新型冠状病毒Omicron变异株在老年非重症感染者的平均转阴时间为(10.21±3.51)d,早期转阴组平均转阴时间为(7.26±1.54)d,晚期转阴组平均转阴时间为(12.96±2.44)d。2组年龄,合并慢性心力衰竭、慢性肺病的比例,新冠疫苗加强接种比例,首次病毒核酸Ct值差异均具有统计学意义(P<0.05)。Spearman相关分析结果显示,Omicron变异株转阴时间与年龄、慢性心力衰竭、血清降钙素原水平呈正相关,与新冠疫苗加强接种,首次病毒核酸基因Ct值呈负相关。多元线性回归分析显示,年龄、新冠疫苗加强接种、首次病毒核酸Ct值是核酸转阴时间的独立影响因素。结论老年新冠Omicron非重症感染者核酸转阴时间差异大,影响因素多;年龄、新冠疫苗加强针接种、首次病毒核酸Ct值是核酸转阴的独立影响因素。对老年群体行疫苗加强针接种可缩短核酸转阴时间。     

福建省新型冠状病毒的分离和全基因组特征分析

目的从福建省早期新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例中分离新型冠状病毒(2019-nCoV)并了解病毒基因组特征。方法将福建省早期COVID-19患者的咽拭子样本接种至Vero-E6细胞,培养上清提取核酸,经real-time RT-PCR法验证后,利用Ion Torrent S5深度测序仪做全基因组测序,分析病毒株全基因组序列与参考序列的一致性和进化情况。结果12份咽拭子样本经培养后有2份样本病毒滴度明显上升,表明分离到2株2019-nCoV,其全基因组结构蛋白与Wuhan-Hu-1株的一致性超过99.9%。结论成功自福建省早期COVID-19病例中分离到2019-nCoV,病毒分离株的基因序列与湖北武汉流行的2019-nCoV高度同源,提示病毒尚未发生明显变异。     

新型冠状病毒肺炎确诊病例粪便标本的病毒核酸检测

目的了解新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊病例粪便中2019-nCoV感染情况。方法收集36例确诊病例的粪便标本/肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR检测2019-nCoV载量,利用统计分析软件SPSS 19.0比较病例的带毒率。结果36份标本共检出2019-nCoV核酸阳性20份(55.56%),危重症病例(2/3)和重症病例标本阳性率均为66.67%(6/9)、普通肺炎病例阳性率为62.50%(10/16)、轻症肺炎病例阳性率为25.00%(2/8)。36例确诊病例包括男性22例、女性14例,检出率分别为54.55%和57.14%;病例年龄分布于17~86岁之间,平均为48.75岁。36份标本其中5份肛拭子标本检出阳性标本2份,31份粪便标本检出阳性标本18。临床分型、性别、年龄和标本类型各组间阳性检出率均无统计学差异。结论本研究发现COVID-19患者,无论重症、轻症患者粪便标本均存在2019-nCoV基因检测阳性,提示消化道可能是该病毒排泄渠道,因此可能存在粪-口传播途径,研究结果具有重要的临床和流行病学意义。     

Efficacy of throat gargling for detection of group a beta-hemolytic streptococcus

The purpose of our study was to investigate the suitability of throat gargling with sterile saline as an alternative method to throat swabs for detection of group A beta- hemolytic streptococcus (GAS). Throat specimens were obtained from 601 cases belonging to different age groups. Sterile Dacron swabs and gargle residue were first streaked on the side of a 5% sheep blood agar plate to which a 0.04 U bacitracin disk had been applied, and then 1.25 mg trimethoprim and 23.75 mg sulphamethoxazole were added to the plate. After incubation, beta-hemolytic colonies were classified serologically by latex agglutination. GAS was detected in both throat swabs and throat gargle specimens in 49 cases, but GAS was also detected in 12 throat swabs from patients with culture-negative gargles and in 8 gargle specimens from subjects in whom throat swabs were culture negative. The strength of agreement was evaluated by calculating the kappa coefficient (K = 0.82, P = 0.000). The sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value of throat gargle specimens were 80.3, 98.5, 85.9, and 97.8%, respectively. Although the conventional throat swab culture remains the gold standard, the throat gargle method is a quick, safe, and easy method for detection of GAS that serves as an effective alternative to throat swab culture.     

SARS-CoV-2核酸复阳患者临床特点及不同标本核酸检测结果分析

目的了解SARS-CoV-2核酸复阳的2019新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)患者临床特征,为实行针对性管理提供参考依据。方法分析SARS-CoV-2核酸复阳COVID-19患者的临床表现和实验室检查结果,对该类患者住院期间和出院后呼吸道及粪便标本病毒核酸持续时间进行分析评估。结果43例患者中有15例在住院期间SARS-CoV-2核酸检测短暂转阴后又出现“复阳”(复阳组),复阳比例为34.9%,均为普通型患者。与病毒核酸未出现复阳患者(未复阳组)相比,复阳组在入院时多表现为轻度发热,咳痰持续时间更短,ESR、CRP、血清淀粉样蛋白A水平更低(P均<0.05);2组患者鼻咽拭子标本病毒核酸初始转阴时间差异无统计学意义,但与未复阳组相比,复阳组鼻咽拭子病毒最长脱落时间显著延长,痰液中病毒脱落时间显著延长,粪便核酸阳性率更高(P均<0.05)。呼吸道标本病毒核酸复阳和粪便标本中病毒核酸持续阳性患者均未发现胸部CT较前改变。结论SARS-CoV-2核酸复阳COVID-19患者多表现为轻症感染和病毒持续阳性的特征,同时该类患者存在痰液标本病毒脱落时间延长和粪便标本病毒核酸持续阳性的特点,因而对病毒核酸复阳患者应给予特别关注和更长时间的医学观察,以预防和控制疫情的再次传播。     

Optical immunoassay test for rapid detection of influenza A and B viruses: an evaluation

The optical immunoassay test (FLU OIA, BioStar, USA) for rapid detection of influenza A and B viral antigens was compared with viral isolation in cell culture. A total of 103 respiratory specimens were tested on 75 pediatric patients with acute respiratory illnesses. Influenza viruses were recovered in 40 specimens (type A: 5, Type B: 35). FLU OIA demonstrated 80.0% sensitivity and 68.8% specificity for nasopharyngeal aspirates and 36.7% sensitivity and 83.9% specificity for throat swabs. We also tested FLU OIA, retrospectively, using 78 supernatant samples from pediatric patients with influenza A virus infection frozen after cell culture. FLU OIA demonstrated 91.4% sensitivity and 92.3% specificity for nasopharyngeal aspirates and 50.0% sensitivity and 91.7% specificity for throat swabs diluted in viral transport media. Nasopharyngeal aspirates showed higher sensitivity than throat swabs for detection of influenza virus by FLU OIA. We believe this rapid test kit is useful for the detection of influenza A and B viruses.     

新型冠状病毒在Vero-E6细胞中的增殖特征分析

目的 了解新型冠状病毒(2019-nCoV)在Vero-E6 细胞中的增殖特征,为病毒的分离培养、抗病毒药物研究以及疫苗研制等工作提供基础.方法 将2019-nCoV做半对数系列稀释,测定病毒的半数组织培养感染剂量(TCID50);以1.74×10-4TCID50/cell的病毒量感染Vero-E6细胞,在病毒吸附后第...     

The use of urine and self-obtained vaginal swabs for the diagnosis of sexually transmitted diseases

Studies have reported that self-collected specimens, such as urine or vaginal swabs, can be successfully used to diagnose sexually transmitted infections when they are used with nucleic acid amplification assays. This eliminates the necessity for a clinician-performed pelvic examination for women, or a urethral swab for men, for sample collection. These nucleic acid amplification assays used with selfcollected specimens are highly sensitive and specific, and their use may be extended to broad nonclinic screening venues, where their use can augment public health programs designed to control the epidemic of sexually transmitted diseases.