无锡市新型冠状病毒感染不同流行时期病例的全基因组特征分析

目的了解无锡市不同流行时期新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组序列特征及其突起蛋白的变异情况。方法对无锡市2020年1月至2月的6例新型冠状病毒感染(COVID-19)本土病例和2021年3月至9月的13例COVID-19输入病例的鼻咽拭子样本提取病毒核酸, 扩增全基因组序列, 构建测序文库, 并采用二代测序仪上机测序。以NC₀45512.2为参考株, 使用CLC Genomics Workbench(21版)软件分析下机数据。采用MEGA 7.0软件构建系统进化树, 采用Nextstrain分型法和系统发育归类命名全球暴发分支(Pangolin)分型法鉴定型别。结果 19例COVID-19患者中, Nextstrain分型有5种亚型, Pangolin分型有7种亚型。与参照株NC₀45512.2相比, 核苷酸突变位点范围为0～42个, 中位数为29个;核苷酸突变造成氨基酸突变位点范围为0～34个, 中位数为20个。6例本土病例与13例输入病例无共有的核苷酸突变位点, 处于不同的进化分支。6例本土病例属于大流行早期病例, 其病毒序列与...     

新型冠状病毒肺炎患者心血管损伤机制研究进展

2019新型冠状病毒(2019-nCoV)是引起新型冠状病毒肺炎(COVID-19)大爆发的病毒,其通过病毒表面棘突蛋白与血管紧张素转换酶2受体结合而感染细胞,导致内皮细胞损伤,引起"炎症因子风暴",造成凝血功能障碍,甚至导致死亡。随着对COVID-19发病机制研究的深入,COVID-19逐渐被视为一种血管性疾病,现主要就COVID-19患者心血管损伤的可能机制做一综述。     

新型冠状病毒基因组分析及相关临床应用进展

2019年12月以来,新型冠状病毒(2019-nCoV)导致的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)传染性极强,对全球公众健康构成了巨大威胁,引起世界各国极大关注。面对这场突如其来的重大公共卫生事件,中国医学界反应迅速,率先发现其基因序列,并提供给国际化数据共享,为诊断治疗奠定了基础。目前,全球的科研人员已获得多个2019-nCoV基因组序列,并进行了多项相关研究。本文简要综述2019-nCoV的特征、系统进化及致病机制,介绍其实验室诊断技术、疫苗及药物的相关最新研究进展,以期为战胜新型冠状病毒肺炎疫情奠定基础。     

新型冠状病毒肺炎对心血管的影响

2019年12月,中国武汉首次报道了2019-新型冠状病毒(2019-nCoV)染引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)前,越来越多的研究显示2019-nCoV感染不仅影响呼吸系统,同时它对心血管系统也产生影响。本文就COVID-19对心血管的影响及可能的机制予以简要的阐述。     

抗体检测(免疫层析法)用于新型冠状病毒肺炎的辅助诊断及影响因素

目的探讨免疫层析法抗体检测用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)辅助诊断的价值及影响检测阳性率的因素。方法采用回顾性研究的方法,收集新疆新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊病例的血清标本、2019年之前的人群血清及2020年新型冠状病毒流行期间的非病例血清标本及相关流行病学和样本采集信息进行分析。结果新型冠状病毒(2019-nCoV)抗体检测试剂(免疫层析法)的灵敏度为71.43%;特异度为98.41%;诊断准确率为91.67%;阳性预测值为93.75%,阴性预测值为91.18%。病例发病后7 d内采样的检出阳性率明显低于采样时间较长组;病例早期咽部排毒量不是抗体阳性检出的影响因素。结论免疫层析法试剂是新型冠状病毒诊断中对临床诊断和核酸检测诊断的良好补充,由于敏感度有待提高,应与其他方法结合使用。发病后1~18 d内的血清标本中,标本采集时间过早阳性检出率低,病例早期咽部排毒量大小不影响抗体的检出。     

新型冠状病毒肺炎的肝损伤

目前,新型冠状病毒(2019-nCoV)感染导致的新型冠状病毒肺炎(COVID-19),已在我国及全球70余国家迅速蔓延,成为全世界高度关注的公共卫生事件。2019-nCoV感染后除发热和呼吸道症状外,常出现不同程度的肝损伤。综述了COVID-19相关肝损伤的临床特征、病理、致病机制及治疗策略,以期为COVID-19的防治提供临床决策参考。     

新型冠状病毒肺炎的影像学特征及与常见病毒性肺炎鉴别诊断的研究进展

2019-nCoV导致新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的影像学特征多种多样,COVID-19影像学早期主要表现为磨玻璃影及网格影,病情进展时以弥漫实变为主;与腺病毒感染以叶段分布的实变及呼吸道合胞病毒感染的气道壁增厚、树芽征有明显区别。不同的病毒性肺炎影像学特征具有相似性及一定的差异性,需结合易感人群、临床特征和病原学检查等能够更为精准地诊断COVID-19及其他常见的病毒性肺炎。为此,本研究对COVID-19及常见病毒性肺炎的影像学特征进行综述,以期对病毒性肺炎有更为全面的认识,为临床实践提供诊断思路。     

新型冠状病毒肺炎确诊病例粪便标本的病毒核酸检测

目的了解新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊病例粪便中2019-nCoV感染情况。方法收集36例确诊病例的粪便标本/肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR检测2019-nCoV载量,利用统计分析软件SPSS 19.0比较病例的带毒率。结果36份标本共检出2019-nCoV核酸阳性20份(55.56%),危重症病例(2/3)和重症病例标本阳性率均为66.67%(6/9)、普通肺炎病例阳性率为62.50%(10/16)、轻症肺炎病例阳性率为25.00%(2/8)。36例确诊病例包括男性22例、女性14例,检出率分别为54.55%和57.14%;病例年龄分布于17~86岁之间,平均为48.75岁。36份标本其中5份肛拭子标本检出阳性标本2份,31份粪便标本检出阳性标本18。临床分型、性别、年龄和标本类型各组间阳性检出率均无统计学差异。结论本研究发现COVID-19患者,无论重症、轻症患者粪便标本均存在2019-nCoV基因检测阳性,提示消化道可能是该病毒排泄渠道,因此可能存在粪-口传播途径,研究结果具有重要的临床和流行病学意义。     

珠海市不同时期新型冠状病毒基因组测序及溯源分析

目的 对珠海市4例不同时期新型冠状肺炎确证病例的呼吸道标本进行三代测序,获得新型冠状病毒全基因组序列,分析基因组突变及分子溯源情况。方法 采用nanopore 三代高通量测序技术对呼吸道标本中的新型冠状病毒基因组测序,基于artic流程组装病毒基因组序列,运用生物信息学软件分析病毒全基因组序列与参考序列的一致性与进化情况。结果 4份样本均可获得28 298~29 819 bp长度的基因组序列数,基因组覆盖度94.6%~99.7%,共检出46个碱基位点突变、涉及27处氨基酸变异,非同义突变占比58.7%(27/46),非同义突变中以ORF1ab 基因占比最高44.44%(12/27)。系统发育树显示,4份样本分属于B(Zhuhai/ZQ202001/2020)、B.1.36(Zhuhai/YZQ202011/2020)、B.1.1.63(Zhuhai/ZHG9671/2020和Zhuhai/P0717001/2020)进化分支,Zhuhai/ZQ202001/2020与武汉早期输入密切相关,Zhuhai/YZQ202011/2020、Zhuhai/P0717001/2020、Zhuhai/ZHG9671/2020与同时期香港新冠肺炎病例基因组序列相似性最高,与其流行病学调查结果一致。结论 4例珠海市新型冠状肺炎确证病例均为输入病例,不存在本地感染,核苷酸位点变异存在多态性。三代测序技术可有效用于原始样本中新型冠状病毒基因组序列的溯源分析,在地市级疾控应用前景较好。     

两种高通量测序平台应用于不同ARS-CoV-2变异株的对比研究

目的 利用Illumina MiSeq和Oxford Nanopore高通量测序平台对河南省新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊病例的上呼吸道样本进行全基因组测序,为新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组监测工作提供参考。方法 收集河南省2021年6月至2022年1月共10份COVID-19确诊病例的上呼吸道样本,分别采用二代和三代测序技术进行测序,获得SARS-CoV-2全基因组序列,运用生物信息学软件CLC Genomics Workbench(CLC)进行序列比对分析。结果 与武汉参考株(Wuhan-Hu-1)相比,10份样本中3份属于Omicron(BA.1)变异株,核苷酸变异位点55个和61个;1份属于Alpha(B.1.1.7)变异株,核苷酸变异位点41个;6份属于Delta(B.1.617.2)变异株,核苷酸变异位点35个、42个和47个。二代测序识别碱基变异位点的准确率更高,6份样本的二代和三代测序变异位点100%同源,7份样本S基因编码区共享一致数目的变异位点。Ct值<33的样本,Illumina MiSeq平台和Oxford Nanopore平台均能获得较高的基因组覆盖度和测序深度。二代测序和三代测序覆盖度差异有统计学意义(t=-2.037,P<0.05);三代测序不同时间覆盖度差异无统计学意义(F=2.498,P>0.05)。结论 两种高通量测序平台均能满足SARS-CoV-2变异株的检测需求,Illumina MiSeq平台对SARS-CoV-2变异位点识别更精准;Oxford Nanopore平台可用于SARS-CoV-2的快速鉴定分型。     

4例新型冠状病毒感染病例咽拭子与痰标本病毒核酸检测的比较

目的比较分析新型冠状病毒病例咽拭子与痰标本的病毒核酸检测效果。方法对4例新型冠状病毒确诊病例的咽拭子与痰标本分别进行人体细胞GAPDH管家基因、病毒ORF 1ab基因、N基因及S基因Real time RT-PCR核酸检测与比较。结果4例病例的咽拭子和痰标本中,人体细胞管家基因GAPDH均呈现明显典型的扩增信号曲线;病毒ORF 1ab基因、N基因及S基因核酸检测中,痰标本的扩增曲线信号均比咽拭子强,扩增曲线的CT值均低于咽拭子,在病例1和4表现更加明显,而病例4的咽拭子标本检测中,商品化试剂呈现阴性结果,而痰标本则呈现明显的阳性结果。结论在开展新型冠状病毒实验室核酸检测中,痰标本的病毒含量高于咽拭子标本,其检测效果优于咽拭子标本。     

支气管肺泡灌洗液诊断新型冠状病毒肺炎二例

本文报道我院收治并行支气管肺泡灌洗诊断新型冠状病毒肺炎2例,1例有流行病学史、临床症状及影像学高度疑似,但反复咽拭子阴性患者;1例确诊新型冠状病毒肺炎患者,出院前临床症状消失,胸部CT显示影像学表现明显好转,咽拭子2次阴性,达到出院标准。我们对2例患者的支气管肺泡灌洗液,分别进行新冠病毒ORF 1ab基因、N基因及新冠病毒核酸检测。结果表明,支气管肺泡灌洗液新型冠状病毒核酸检测阳性率高,对疑诊或者确诊新型冠状病毒肺炎患者出院咽拭子核酸检测阴性但肺部仍残留病灶行支气管肺泡灌洗有助于尽早诊断及指导治疗、判断预后。     

新型冠状病毒在Vero-E6细胞中的增殖特征分析

目的 了解新型冠状病毒(2019-nCoV)在Vero-E6 细胞中的增殖特征,为病毒的分离培养、抗病毒药物研究以及疫苗研制等工作提供基础.方法 将2019-nCoV做半对数系列稀释,测定病毒的半数组织培养感染剂量(TCID50);以1.74×10-4TCID50/cell的病毒量感染Vero-E6细胞,在病毒吸附后第...     

一个新的TonB依赖的基因岛的分布特征研究

目的 为揭示首次在尿道致病性大肠杆菌CFT073菌株中发现的TonB依赖的基因岛在其他菌属中是否存在及分布特点。方法 根据组成该基因岛的全部基因设计引物，利用PCR方法进行检测分析，并以Southern blot和Dot blot方法予以证实。结果 该基因岛主要存在于多种大肠杆菌和志贺氏菌中，在41株被检测的沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、克雷伯氏菌、构橼酸杆菌等其他菌属的标准菌株中均没有完整的该基因岛结构。在33株从腹泻病患者粪便标本分离的包括6种血清型的福氏志贺氏菌株中有30株携带该基因岛。17株ETEC临床分离菌株中仅有1株菌阳性；19株EPEC临床分离株中仅有1株阳性；7株EAEC菌中均为阴性。在183株从腹泻病患者粪便标本分离的不属于已知的五类致泻性大肠杆菌中发现有123株携带该基因岛，阳性率为67．2％，其中130株携带HPI毒力岛的大肠杆菌中有95株携带该基因岛(阳性率为73％)，53株非携带HPI大肠杆菌有28株携带该岛(阳性率为52、8％)。结论 该基因岛的结构比较保守，五个组成基因协同存在，主要分布在亲缘关系较近的大肠杆菌和志贺氏菌属，在大肠杆菌中与HPI毒力岛无明显的协同存在规律。     

Letter to the Editor Regarding "An Overview on Serology and Molecular Tests for COVID-19: An Important Challenge of the Current Century (doi: 10.22034/iji.2021.88660.1894.)"

Recently in a review article by Mansourabadi et al. published in the Iranian Journal of Immunology, the authors described the serological and molecular tests for COVID-19 (1). The mentioned review considered helicase (Hel) as a structural protein of SARS-CoV-2 (1). However, based on evidence, the genome of novel coronavirus is approximately 30kb in length and encodes only four structural proteins, including spike (S), envelope (E), membrane (M), and nucleoprotein (N) (2, 3), although helicase (NSP13) as a nonstructural protein such as RNA-dependent RNA polymerases (NSP12) encoded by the ORF region and is involved in the replication of the virus (3).In addition, authors reported that hemagglutinin esterase could be used as a favorite target for SARS-CoV-2 Real-time PCR (1); however, scientific evidence shows that SARS-CoV-2 as a betacoronavirus lineage B like SARS-CoV lacks hemagglutinin esterase (4-6); thus this protein cannot be a target for detection of SARS-CoV-2. References1. Mansourabadi AH, Sadeghalvad M, Mohammadi-Motlagh H-R, Amirzargar A. Serological and Molecular Tests for COVID-19: a recent update. Iranian Journal of Immunology. 2021;18(1):13-33.2. Satarker S, Nampoothiri M. Structural proteins in severe acute respiratory syndrome coronavirus-2. Archives of medical research. 2020;51(6):482-91.3. Yadav R, Chaudhary JK, Jain N, Chaudhary PK, Khanra S, Dhamija P, et al. Role of Structural and Non-Structural Proteins and Therapeutic Targets of SARS-CoV-2 for COVID-19. Cells. 2021;10(4):821.4. Kumar S, Nyodu R, Maurya VK, Saxena SK. Morphology, genome organization, replication, and pathogenesis of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). 2020:23. Author's Reply:Dear Editor,As we mentioned before, according to references, Coronaviruses have several molecular targets within their positive-sense, single-stranded RNA genome. These include genes encoding structural proteins, including envelope glycoproteins spike (S), envelope (E), transmembrane (M), helicase (Hel), and nucleocapsid (N). In addition to the genes that encode structural proteins of SARS-CoV-2, there are species-specific accessory genes that are required for viral replication. These include RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), hemagglutinin-esterase (HE), and open reading frame 1a (ORF1a) and ORF1b (1-6).References1. Corman VM, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020 Jan;25(3):2000045. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045.2. Holshue ML, et al. First Case of 2019 Novel Coronavirus in the United States. N Engl J Med. 2020 Mar 5;382(10):929-936. doi: 10.1056/NEJMoa2001191.3. Rothe C, et al. Transmission of 2019-nCoV Infection from an Asymptomatic Contact in Germany. N Engl J Med. 2020 Mar 5;382(10):970-971. doi: 10.1056/NEJMc2001468.4. Chan JF, et al. A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novel coronavirus indicating person-to-person transmission: a study of a family cluster. Lancet. 2020 Feb 15;395(10223):514-523. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30154-9.5. Cui J, et al. Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. Nat Rev Microbiol. 2019 Mar;17(3):181-192. doi: 10.1038/s41579-018-0118-9.6. Lu R, et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet. 2020 Feb 22;395(10224):565-574. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30251-8. A. Amirzargar     

Molecular Characterization of Major Structural Protein Genes of Avian Coronavirus Infectious Bronchitis Virus Isolates in Southern China

To gain comprehensive genetic information of circulating avian coronavirus infectious bronchitis virus (IBV) isolates in China, analysis of the phylogenetic tree, entropy of the amino acid sequences, and the positive selection as well as computational recombinations of S1, M and N genes of 23 IBV isolates was conducted in the present study. The phylogenetic trees based on the S1, M and N genes exhibited considerably different topology and the CK/CH/LSC/99I-type isolates were the predominant IBVs based on the phylogenetic analysis of S1 gene. Results of entropy of amino acid sequences revealed that the S1 gene had the largest variation; the M gene had less variation than the N gene. Positive selections were detected in not only S1 but also M and N gene proteins. In addition, five S1 gene recombinants between vaccine strain 4/91 and CK/CH/LSC/99I-type field isolate were confirmed. In conclusion, multiple IBV genotypes co-circulated; genetic diversity and positive selections existed in S1, M and N genes; 4/91 vaccine recombinants emerged in China. Our results show that field IBVs in China are continuing to evolve and vaccine strains may have an important role in the appearance of new IBV strains via recombination. In addition, the present study indicates that IBV evolution is driven by both generations of genetic diversity and selection.     

Clinical Characterization and Genomic Analysis of Samples from COVID-19 Breakthrough Infections during the Second Wave among the Various States of India

From March to June 2021, India experienced a deadly second wave of COVID-19, with an increased number of post-vaccination breakthrough infections reported across the country. To understand the possible reason for these breakthroughs, we collected 677 clinical samples (throat swab/nasal swabs) of individuals from 17 states/Union Territories of the country who had received two doses (n = 592) and one dose (n = 85) of vaccines and tested positive for COVID-19. These cases were telephonically interviewed and clinical data were analyzed. A total of 511 SARS-CoV-2 genomes were recovered with genome coverage of higher than 98% from both groups. Analysis of both groups determined that 86.69% (n = 443) of them belonged to the Delta variant, along with Alpha, Kappa, Delta AY.1, and Delta AY.2. The Delta variant clustered into four distinct sub-lineages. Sub-lineage I had mutations in ORF1ab A1306S, P2046L, P2287S, V2930L, T3255I, T3446A, G5063S, P5401L, and A6319V, and in N G215C; Sub-lineage II had mutations in ORF1ab P309L, A3209V, V3718A, G5063S, P5401L, and ORF7a L116F; Sub-lineage III had mutations in ORF1ab A3209V, V3718A, T3750I, G5063S, and P5401L and in spike A222V; Sub-lineage IV had mutations in ORF1ab P309L, D2980N, and F3138S and spike K77T. This study indicates that majority of the breakthrough COVID-19 clinical cases were infected with the Delta variant, and only 9.8% cases required hospitalization, while fatality was observed in only 0.4% cases. This clearly suggests that the vaccination does provide reduction in hospital admission and mortality.     

四川资阳地区健康猪2型猪链球菌分离与分子生物学特征分析

目的了解四川资阳地区健康猪携带猪链球菌状况及其主要毒力基因分布和药物敏感性,分析这些菌株与病人分离株的同源性,为疫情预测和制定防治措施提供依据。方法从屠宰场采集健康猪的咽拭子和扁桃体标本分离培养获得分离株,用API20 Strep进行生化鉴定、猪链球菌诊断血清进行血清分型;聚合酶链反应（PCR）检测猪链球菌种特异性基因（16SrDNA）和相关毒力基因;K—B纸片法进行药物敏感性分析;并用脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析菌株的同源性。结果从健康猪分离到了12株猪链球菌,均为血清2型;菌株均具有cps2J、mrp、sty、ef和gapdh毒力基因;所有菌株抗药性一致;PFGE分析结果显示均为SinaI001型,与同期病人分离株带型一致。结论四川资阳地区健康楮携带的2型猪链球菌是高致病性菌株,与同期病人分离株具育一致的生物学特征,是引起猪或入发病的重要传染源;猪带菌率存在季节差异。     

福建省不产毒O1群霍乱弧菌分子特征分析

目的 调查福建省近年从病人和外环境中分离到的不产毒O1群霍乱弧菌的毒力基因分布特征,分析菌株间的遗传相似度。方法 运用PCR扩增技术分别检测15株不产毒O1群霍乱弧菌的毒力相关基因tcpA、rstR、hlyA、zot、ace、toxR、ctxA,并通过脉冲肠凝胶电泳(PFGE)技术进行分子分型。结果15株不产毒O1群霍乱弧菌各毒力相关基因的阳检数分别为hly-ET(8/15)、tcpA-CL(6/15)、hly-Cl(4/15)、ace(3/15)、toxR(3/15),其余毒力基因均为阴性。按照100%的相似度,PFGE分为12个基因型别,无集中优势的PFGE型别;根据TENOVER原则有两个相对优势的G1、G2 PFGE群。结论 不产毒的O1群霍乱菌株不同程度地携带有相关的毒力因子,病人株和环境株毒力基因分布无明显差异,不产毒O1群霍乱菌株存在基因组多态性。