一个家族性高胆固醇血症家系的基因突变筛查与评估

目的：对一个临床诊断的家族性高胆固醇血症（FH）家系进行全基因组外显子测序，以寻找该家系的致病基因。方法：采集该家系成员外周静脉血样本，检测血清总胆固醇（TC）、甘油三酯（TG）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）和高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）这四项指标，并提取白细胞DNA进行全基因组外显子测序，筛选出4个FH相关基因LDLR、APOB、PCSK9、LDLRAP1的单核苷酸多态性（SNP）位点情况并进行生物信息学分析，采用Polyphen-2和SIFT软件对SNP位点进行致病性分析。结果：该家系APOB基因的SNP位点rs676210、rs679899、c.10094A > T和c.9937C > G均可能与血脂增高有关，但这些位点均不与疾病表型共分离。经Polyphen-2和SIFT软件预测未发现LDLR，PCSK9和LDLRAP1基因的致病性变异。结论：该FH家系存在可能与血脂增高相关的APOB基因SNP位点，其功能尚需进一步的实验验证。     

SNP芯片联合质谱筛检胃癌相关基因3'UTR区SNPs的病例-对照研究

目的：探讨胃癌发生相关基因3'非翻译区（3'UTR）单核苷酸多态性位点（SNPs），为寻找有价值的胃癌分子标志物提供新的依据。方法：采用1：1配对病例-对照研究的方法。应用SNP芯片对福建省胃癌高发区96例胃腺癌患者与96例健康对照人群基因组中消化道肿瘤相关基因3'UTR区SNPs位点进行检测，应用飞行时间质谱分析质谱技术对芯片筛检出来的SNPs位点在622例胃癌患者和622例正常健康基因组中进行验证。结果：SNP芯片及生物信息学分析选取EGFR rs884225、EGFR rs10277413、FAS rs1468063、MSH2 rs17502941和MSH2 rs11125144为候选基因位点。对622对病例-对照组样本的上述候选基因位点进行SNP分型，均未发现上述5个位点与胃癌易感性相关。进一步分层分析结果发现EGFR rs884225中含有T等位基因的基因型（CT+TT）与贲门癌相关（OR=0.67，95% CI：0.46~0.99），而其他位点与贲门癌、非贲门癌的风险关联无统计学意义（P > 0.05）。结论：EGFR基因3'非翻译区的rs884225多态性位点与福建省仙游县的贲门癌发生存在关联，T等位基因可能是贲门癌发生的一个遗传保护因素。     

潮汕地区汉族人群MTHFR基因rs1801131多态性与非综合征型唇腭裂的相关性研究

目的：研究5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶（MTHFR）基因rs1801131位点多态性与潮汕地区汉族人群非综合征型唇腭裂（NSCL/P）的相关性。方法：收集潮汕地区汉族人群NSCL/P患儿357名、患儿父亲199名、患儿母亲198名及健康对照者354名的外周血,提取基因组DNA,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测MTHFR基因rs1801131位点的基因多态性。采用卡方检验对病例组与正常对照组基因型、等位基因频率进行比较分析。在核心家庭中进行等位基因的传递不平衡检验。家系分析由FBAT2.0.2软件完成。结果：病例组及正常对照组MTHFR基因rs1801131位点基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡。病例-对照研究发现rs1801131位点基因型多态性和等位基因多态性与NSCL/P的发病风险无显著相关关系（P > 0.05）,核心家庭等位基因A或C均不存在传递不平衡（P > 0.05）,家系分析显示该人群NSCL/P的发病与rs1801131位点等位基因的分布频率无显著相关关系（P > 0.05）。结论：MTHFR基因rs1801131位点多态性与潮汕地区汉族人群NSCL/P发病无显著相关。     

基于SNP芯片研究PI3K/Akt/mTOR通路上自噬相关基因SNPs与胃癌的关联

目的： 探讨与胃癌发生相关的PI3K/Akt/mTOR通路上新的与自噬相关基因单核苷酸多态性位点（SNPs）,为寻找有价值的胃癌发生相关的分子标志物提供新的依据。方法： 采用1：1配对病例-对照研究的方法。通过KEGG pathway网站和Gene Ontology、Ensemble数据库及HaploView、STRING、Cytoscape软件联合SNP芯片筛选目标SNPs,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）对筛检出来的SNPs位点在来自福建省仙游县的622例胃癌患者和622例健康人群基因组中进行验证。结果： SNP芯片及生物信息学分析筛选出IRS1 rs10205233、PIK3CD rs3934934、PIK3R1 rs706711、PIK3R1 rs706714和AKT1 rs35285446为候选位点。扩大样本验证发现IRS1 rs10205233的多态性变异（C > T）显著降低了胃癌的发病风险[共显性模型、显性模型的OR（95% CI）分别为0.761（0.595,0.975）、0.764（0.601,0.973）]。进一步分层分析,该位点显性模型、隐形模型、共显性模型以及等位基因在贲门癌和非贲门癌人群中均未见统计学差异（P > 0.05）。并未见其他位点与患胃癌风险的关联有统计学意义。对PIK3R1基因2个位点（rs706711、rs706714）的单体型分析也未见统计学差异。结论： IRS1 rs10205233位点与福建省胃癌高发区仙游县的胃癌发生存在关联,T等位基因可能是胃癌发生的一个遗传保护因素。     

基于SNP芯片研究PI3K/Akt/mTOR通路上自噬相关基因SNPs与胃癌的关联

目的： 探讨与胃癌发生相关的PI3K/Akt/mTOR通路上新的与自噬相关基因单核苷酸多态性位点（SNPs），为寻找有价值的胃癌发生相关的分子标志物提供新的依据。方法： 采用1：1配对病例-对照研究的方法。通过KEGG pathway网站和Gene Ontology、Ensemble数据库及HaploView、STRING、Cytoscape软件联合SNP芯片筛选目标SNPs，采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）对筛检出来的SNPs位点在来自福建省仙游县的622例胃癌患者和622例健康人群基因组中进行验证。结果： SNP芯片及生物信息学分析筛选出IRS1 rs10205233、PIK3CD rs3934934、PIK3R1 rs706711、PIK3R1 rs706714和AKT1 rs35285446为候选位点。扩大样本验证发现IRS1 rs10205233的多态性变异（C > T）显著降低了胃癌的发病风险[共显性模型、显性模型的OR（95% CI）分别为0.761（0.595，0.975）、0.764（0.601，0.973）]。进一步分层分析，该位点显性模型、隐形模型、共显性模型以及等位基因在贲门癌和非贲门癌人群中均未见统计学差异（P > 0.05）。并未见其他位点与患胃癌风险的关联有统计学意义。对PIK3R1基因2个位点（rs706711、rs706714）的单体型分析也未见统计学差异。结论： IRS1 rs10205233位点与福建省胃癌高发区仙游县的胃癌发生存在关联，T等位基因可能是胃癌发生的一个遗传保护因素。     

NFKBIA基因多态性、饮食习惯及其交互作用与胃癌易感性的关系

目的：分析NFKBIA基因多态性、饮食习惯及其交互作用与胃癌易感性的关系。方法：采用1∶1配对病例对照研究设计，收集2013年4月—2017年6月福建仙游县医院587例胃癌新发病例和按性别、年龄匹配的587例健康人群为研究对象，采用自制调查表收集一般情况、饮食习惯等资料，利用Sequenom MassARRAY SNP方法检测外周血NFKBIA基因rs696位点的基因型。应用条件logistic回归模型分析饮食习惯、基因型对胃癌发病风险的影响，利用叉生分析结合logistic回归模型和Andersson等编制的Excel表进行基因与环境的交互作用分析。结果：快速饮食、不规律进餐、高盐饮食和经常摄入腌菜是胃癌发生的危险因素，OR（95% CI）分别为1.53（1.20，1.95）、1.55（1.16，2.08）、1.51（1.17，1.94）、2.78（2.01，3.85）；NFKBIA基因rs696位点携带AG基因型、AA基因型、显性模型（AG+AA）增加胃贲门癌发病风险。此外，rs696位点AA基因型与高盐饮食、经常摄入腌菜存在联合作用，rs696位点显性模型（AG+AA）与快速饮食、高盐饮食、经常摄入腌菜存在联合作用，均增加胃贲门癌发病风险。结论：不良饮食习惯是胃癌发生的危险因素，NFKBIA基因rs696位点AA基因型、显性模型（AG+AA）增加胃贲门癌发病风险，且与饮食习惯存在联合作用。     

XRCC3基因多态性与西北地区妇女乳腺癌的关联性研究

目的：通过对中国西北地区妇女乳腺癌与健康人群XRCC3基因多态性位点的研究,找出基因多态性与乳腺癌发病的相关性。方法：采集西北地区的517例乳腺癌患者和1 008例健康人群外周血,提取DNA后采用高通量芯片检测方法,测定XRCC3基因rs861534、rs861537、rs3212092和rs861530共4个多态性位点的基因分型。结果：Logistic回归分析发现XRCC3 rs861534位点的AG/AA基因型,病例组与对照组比较差异有统计学意义（P < 0.01,OR=0.36;P=0.013,OR=0.08）,同时,GG+AG基因型与对照组比较差异有统计学意义（P < 0.01）,XRCC3 rs861530位点的Logistic回归分析显示AG+AA基因型与对照组比较差异有统计学意义（P=0.044）。相关临床病理学指标分析显示rs861537位点的GG/AG基因型在ER⁺与ER^-患者中的分布差异有统计学意义（P=0.048,OR=1.50）。rs3212092位点的CC+CT基因型在Her-2^-与Her-2⁺患者中的分布差异具有统计学意义（P=0.027,OR=2.06）。结论：在中国西北地区妇女人群中XRCC3基因rs861534和rs861530两个位点的多态性与乳腺癌的发病有相关性。在XRCC3 rs861537位点,GG/AG基因型ER⁺携带者可能具有较高的乳腺癌内分泌治疗风险;在rs3212092位点,携带CT和TT基因型的Her-2⁺表达患者具有明显的乳腺癌转移复发风险。     

FGFR3基因单核苷酸多态与绝经前乳腺癌易感性的关联研究

目的 探讨FGFR3基因单核苷酸多态(SNPs)与女性绝经前乳腺癌的风险关系。方法 采用多重单碱基延伸SNP分型技术(Snapshot)检测FGFR3基因的rs2234909和rs3135848的SNP基因型在绝经前乳腺癌患者和绝经前正常女性人群中的频率,并分析不同SNP基因型与绝经前乳腺癌发病的风险关系。结果 FGFR3基因rs2234909和rs3135848的SNP基因型的频率在乳腺癌与对照组间无统计学差异(P＞0.05)。Logistic回归分析结果显示,对于rs2234909位点,相比较于TT基因型,TC和TC+CC基因型和乳腺癌的发病风险无显著相关性(OR=1.035,95% CI:0.680~1.575,P=0.874;OR=0.985,95% CI:0.638~1.521,P=0.945);对于rs3135848位点,相比较于TT基因型,TC、CC和TC+CC基因型与乳腺癌的发病风险无关(OR=1.177,95% CI:0.846~1.636,P=0.333;OR=0.948,95% CI:0.287~3.137,P=0.931;OR=1.162,95% CI:0.548~1.112,P=0.360)。rs2234909位点突变的乳腺癌患者与未突变者相比,组织学分级(显性模型:P=0.032;共显性模型:P=0.024)以及Ki67指数(显性模型:P=0.056;共显性模型:P=0.044)显著增高;rs3135848位点突变及两位点均突变与乳腺癌患者临床病理特征无显著相关性(P＞0.05)。结论 FGFR3基因的rs2234909和rs3135848两位点基因多态性与乳腺癌易感性无明显相关性;而rs2234909位点突变在绝经前乳腺癌患者中与组织学分级和Ki67指数呈正相关,可能提示预后不良。     

KCNQ4和GJB2基因多态性与职业噪声性听力损失的相关性研究

目的: 探讨KCNQ4和GJB2基因多态性与职业噪声性听力损失的相关性。方法:采用1:1配对病例对照研究,应用PCR和直接测序法,检测了103对噪声性听力损失工人与噪声暴露听力正常工人的KCNQ4 rs34287852和GJB2 rs3751385位点的基因型,分析目的SNP位点基因型与职业噪声性听力损失发生的关系。结果:KCNQ4 rs34287852位点T,G等位基因及各基因型在病例与对照组间的分布差异无统计学意义(P>0.05)。病例组GJB2 rs3751385位点C等位基因的频率明显高于对照组(P<0.05)。病例组CC突变基因型的频率也显著高于对照组(P<0.05),工人携带突变纯合CC基因型发生听力损失危险性为携带野生纯合型TT个体的2.78倍。结论:GJB2 rs3751385位点突变与噪声性听力损失存在相关性,GJB2 rs3751385 CC基因型可能是噪声性听力损失的易感基因型之一。     

胃癌差异表达miRNA及其相关基因的单核苷酸多态性与胃癌预后的相关性研究

目的：探讨胃癌差异表达微小RNA（miRNA）及其相关基因的单核苷酸多态性（SNPs）与胃癌预后的相关性，为进一步寻找胃癌预后的生物标志物提供线索。方法：应用SNP芯片联合生物信息学分析对福建省胃癌高发区仙游县96例胃腺癌患者与96例健康对照人群基因组中miRNA及其相关基因的SNPs位点进行筛检，应用飞行时间质谱生物芯片（Sequenom MassARRAY）在344例胃癌患者中对筛检出来的SNPs位点进行检测。开展现场流行病学调查，通过面对面的访谈及问卷调查取得患者的病情、治疗方法、患病后1年的生活饮食习惯，分析其预后情况。结果：共筛检出11个miRNA及其相关基因的SNPs位点，包括5个miRNA自身SNPs、5个miRNA靶序列SNPs以及1个miRNA生物合成通路基因相关SNPs。单因素分析显示miR-1297 rs9536676、MSH2 rs17502941位点的多态性与胃癌预后有关联性，其余的多态性位点均与胃癌预后无明显相关性。多因素分析显示是否手术、TNM分期、rs17502941 AA/AG基因型均是影响胃癌预后的独立危险因素。按年龄TNM分期联合分层得出，miR-1297 rs9536676、miRNA-519b rs10413288、miR-379 rs7143252、FAS基因rs1468063、EGFR基因rs10277413位点均与胃癌患者的生存分布有关联。联合作用分析结果显示患者同时携带rs9536676 AA/AG和rs17502941 GG、rs9536676 AA/AG和rs10413288 AA、rs17502941 GG和rs10413288 AA基因型可能会增加预后不良的风险（P < 0.05）。结论：胃癌差异表达miRNA及其相关基因的SNPs与胃癌病人预后密切相关，可能作为判断胃癌预后的生物标志物。     

B7-H1基因rs4143815位点多态性与结直肠癌发病风险的关联研究

目的：B7-H1是肿瘤免疫治疗的一个靶点,位于其3'-非翻译区的rs4143815位点C/G多态性可影响其与miR-570的结合,进而影响B7-H1的表达。本研究旨在探讨B7-H1基因rs4143815位点多态性与结直肠癌发病风险的相关性。方法：采集215例结直肠癌患者和236例年龄性别匹配的健康对照人群外周静脉血,并收集手术切除结直肠癌和癌旁正常组织样本65例,直接测序法检测B7-H1基因rs4143815多态性,运用卡方检验分析B7-H1基因rs4143815多态性与结直肠癌发病风险的相关性;定量PCR检测B7-H1 mRNA表达。结果：结直肠癌和对照组中均检测到B7-H1基因rs4143815多态性的3种基因型,即CC、CG和GG基因型。结直肠癌和癌旁正常组织中均检测到B7-H1 mRNA的表达。与CC基因型相比,GG和CG/GG基因型显著增加了结直肠癌的发病风险[GG与CC相比：OR_调整=1.99,95% CI （1.19,3.34）,P=0.008;CG/GG与CC相比：OR_调整=1.58,95% CI （1.06,2.36） P=0.02]。与C等位基因相比,G等位基因显著增加了结直肠癌的发病风险[OR_调整=1.48,95% CI （1.14,1.93）,P=0.004]。B7-H1 mRNA在结直肠癌组织中的表达明显高于癌旁组织（P=0.02）,并且B7-H1基因rs4143815位点GG基因型携带者B7-H1 mRNA水平明显高于CC基因型携带者（P=0.03）。结论：B7-H1基因rs4143815位点GG基因型可能通过增加B7-H1 mRNA表达,进而增加了结直肠癌的发病风险。     

GJB2基因多态性与汉族人群职业噪声性听力损失相关性的研究

目的: 探讨缝隙连接蛋白beta2(GJB2)基因rs2274083、rs2274084和rs72474224位点多态性与汉族人群职业噪声性听力损失易感性之间的关系。方法: 应用1:1病例-对照研究,病例组177例为电测听结果双耳高频平均听阈≥40 dB的在岗工人,对照组177例为年龄、性别、作业工龄与病例组相匹配,并且电测听结果双耳高频平均听阈<25 dB的同岗位轮班工人。采用PCR扩增177对样本目的基因片段,对目的基因片段进行测序,确定待研究位点的基因型。结果: GJB2基因的rs2274084位点C、T等位基因频率在病例组和对照组中分布分别为73.73%、26.27%和63.84%、36.16%,其中CC、TC、TT基因型在病例组和对照组中的分布分别为55.37%、36.72%、7.91%和40.11%、47.46%、12.43%。该位点的基因型频率与等位基因频率在病例与对照组之间的差异均具有统计学意义(P<0.05)。rs2274083和rs72474224位点基因型分布在病例与对照组间的差异均无统计学意义(P>0.05)。结论: GJB2 rs2274084可能是汉族人群职业噪声性听力损失的易感基因位点,携带C等位基因的工人,暴露职业噪声时更易发生听力损失。     

多溴联苯醚BDE-3、BDE-47和BDE-209的体外遗传毒性评价

目的：对3种代表性多溴联苯醚（PBDEs）BDE-3、BDE-47和BDE-209进行体外遗传毒性评价。方法：采用TK6人淋巴母细胞进行彗星试验、微核试验和TK基因突变试验,同时检测DNA损伤、染色体改变和基因突变3个遗传学终点。每种PBDEs均设定5个剂量组：BDE-3为60、90、120、180和240 μmol/L;BDE-47为60、120、180、200和240 μmol/L;BDE-209为24、40、120、180和240 μmol/L;同时设定溶媒DMSO为阴性对照组。结果：与阴性对照组比较,3种PBDEs在各个剂量下均未能引起TK6细胞彗星的尾长、尾部DNA百分数和尾矩的增加（P > 0.05）,也均未引起TK6细胞微核率升高（P > 0.05）。TK基因突变试验显示,3种PBDEs均能引起TK基因突变频率升高,差异具有统计学意义（P < 0.05）,并呈剂量依赖性升高趋势（相关系数[R_BDE-3²]=0.85,[R_BDE-47²]=0.85,[R_BDE-209²]=0.90;P < 0.05）,但致突变作用BDE-47强于BDE-3和BDE-209。结论：多溴联苯醚BDE-3、BDE-47和BDE-209对TK6细胞具有致突变作用。     

胃癌差异表达miRNA及其相关基因的单核苷酸多态性与胃癌预后的相关性研究

目的：探讨胃癌差异表达微小RNA（miRNA）及其相关基因的单核苷酸多态性（SNPs）与胃癌预后的相关性，为进一步寻找胃癌预后的生物标志物提供线索。方法：应用SNP芯片联合生物信息学分析对福建省胃癌高发区仙游县96例胃腺癌患者与96例健康对照人群基因组中miRNA及其相关基因的SNPs位点进行筛检，应用飞行时间质谱生物芯片（Sequenom MassARRAY）在344例胃癌患者中对筛检出来的SNPs位点进行检测。开展现场流行病学调查，通过面对面的访谈及问卷调查取得患者的病情、治疗方法、患病后1年的生活饮食习惯，分析其预后情况。结果：共筛检出11个miRNA及其相关基因的SNPs位点，包括5个miRNA自身SNPs、5个miRNA靶序列SNPs以及1个miRNA生物合成通路基因相关SNPs。单因素分析显示miR-1297 rs9536676、MSH2 rs17502941位点的多态性与胃癌预后有关联性，其余的多态性位点均与胃癌预后无明显相关性。多因素分析显示是否手术、TNM分期、rs17502941 AA/AG基因型均是影响胃癌预后的独立危险因素。按年龄TNM分期联合分层得出，miR-1297 rs9536676、miRNA-519b rs10413288、miR-379 rs7143252、FAS基因rs1468063、EGFR基因rs10277413位点均与胃癌患者的生存分布有关联。联合作用分析结果显示患者同时携带rs9536676 AA/AG和rs17502941 GG、rs9536676 AA/AG和rs10413288 AA、rs17502941 GG和rs10413288 AA基因型可能会增加预后不良的风险（P < 0.05）。结论：胃癌差异表达miRNA及其相关基因的SNPs与胃癌病人预后密切相关，可能作为判断胃癌预后的生物标志物。