基于网络药理学的治伤风颗粒治疗感冒的作用机制探讨

目的应用网络药理学技术探讨治伤风颗粒治疗感冒的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和药物靶点信息数据库(DrugBank)检索治伤风颗粒的化学成分及作用靶点;基于GeneCards数据库检索“感冒”的靶点,取药物与疾病靶点交集,应用Cytoscape软件构建“活性成分-靶点-疾病”网络。应用STRING数据库建立蛋白质互作(PPI)网络,应用R软件进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果通过筛选共得到治伤风颗粒有效成分146种,药物靶点280个,疾病靶点1 418个,提取出两者的共同靶点117个。将药物与靶点导入Cytoscape软件,分析得出槲皮素、山奈酚和木犀草素等为中药中度值较高的活性成分,无水咖啡因为西药中度值最高的活性成分。STRING数据库分析得出IL-6、AKT1、INS、VEGFA、MAPK8等属于感冒的关键靶点。GO分析显示生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)3个方面的富集条目。KEGG通路富集分析筛选得出TNF信号通路、IL-17信号通路等20条信号通路,并绘制了“通路-靶点”关系图。结论基于网络药理学分析筛选出了治伤风颗粒治疗感冒的活性成分、作用靶点和通路,初步得出了其作用机制,为该药的深入研究提供了一定的依据。     

参竹心康方治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的：基于网络药理学筛选参竹心康方主要活性化合物,预测参竹心康方在对于慢性心力衰竭治疗中的潜在作用靶点及信号通路,对其作用机制进行研究。方法：主要利用TCMSP平台并结合ETCM数据库检索参竹心康方各中药的化学成分及活性成分作用靶点;通过DisGeNET、DrugBank、OMIM、GeneCards数据库获取慢性心力衰竭的主要靶点;运用Cytoscape软件系统构建“药物-活性成分-靶点”网络及PPI网络,筛选核心靶点。采用Metascape数据平台对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果：得到参竹心康方有效成分158个、药物靶点1688个、慢性心衰靶点1913个,最终获得参竹心康方作用于慢性心衰的关键靶点206个,KEGG通路204条。结论：参竹心康发治疗慢性心衰主要成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、黄芩苷、异鼠李素,关键靶点为AKT1、VEGFA、IL6、TNF、TP53,关键通路涉及PI3K-Akt信号通路、JAK-STAT信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、cGMP-PKG信号通路等。     

基于网络药理学预测青风藤治疗类风湿关节炎的分子机制

目的运用网络药理学的方法探讨青风藤治疗类风湿关节炎的分子机制。方法通过TCMSP平台筛选青风藤活性成分及作用靶点;在GeneCards和OMIM数据库中获取类风湿关节炎靶基因。通过R语言对基因进行匹配运算并绘制韦恩图;在String平台生成成分-蛋白互作网络图;Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶点网络;通过R3.5.1软件进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果共筛选出6个活性成分和23个潜在作用靶点;GO功能富集显示,青风藤可以影响炎症因子的细胞信号转导等生物学过程。KEGG通路富集分析显示,青风藤可以通过调控P53等凋亡相关通路发挥抗类风湿关节炎的作用。结论青风藤可能通过作用于CASP3、JUN、OPRD1等关键靶点调控P53等信号通路,从而调控炎症细胞凋亡进而发挥治疗类风湿关节炎的作用。     

茯苓-薏苡仁对慢性心力衰竭作用机制研究

目的:运用网络药理学研究茯苓-薏苡仁对慢性心力衰竭作用机制.方法:运用TCMSP数据库挖掘茯苓-薏苡仁有效成分及药物预测靶点,采用GeneCards、OMIM数据库检索CHF的疾病预测靶标,随后获取药物靶点-疾病靶标交集,使用Cytoscape3.8.2软件绘制"成分-靶点-疾病"网络,基于STRING数据库构建"药物-疾病"蛋白互作网络,并进行GO和KEGG生物信息学分析.结果:筛选后得到茯苓-薏苡仁有效成分24个,药物靶点367个,CHF疾病靶标10749个,构建药物靶点-疾病靶标交集25个,与CHF密切相关的GO富集条目75个,KEGG信号通路25条,主要涉及神经活性配体受体相互作用、钙信号通路、心肌细胞的肾上腺素能信号传导、cGMP-PKG信号通路、cAMP信号通路、甲状腺激素信号通路等.结论:茯苓-薏苡仁与CHF密切相关,能够通过多靶点、多通路协同发挥药效作用,可能是通过干预神经活性配体受体相互作用来达到的.     

基于网络药理学的清胃散治疗牙周炎的机制研究

目的 利用网络药理学方法探讨清胃散治疗牙周炎的机制。方法 通过数据库和文献检索筛选清胃散的活性成分及靶点、牙周炎相关疾病靶点，利用STRING 数据库构建靶点互作用网络，利用Cytoscape 3.8.1软件构建成分-靶点-疾病网络，利用Bioconductor软件包进行关键靶点的基因本体论（Gene Ontology，GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）通路富集分析。结果 检索得到25个活性成分及其113个关键靶点；GO功能富集分析得到包括DNA结合转录激活因子、RNA聚合酶Ⅱ、细胞因子受体结合、受体配体活性、泛素样蛋白连接酶结合等在内的129个分子功能条目；KEGG 通路富集分析得到，包括晚期糖基化终产物及其受体（advanced glycation end products/receptor for advanced glycation end products, AGE/RAGE）信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化、TNF信号通路、IL-17信号通路、凋亡在内的150条信号通路。结论 清胃散治疗牙周炎的机制具有多靶点、多通路的特点，其中与炎症反应、细胞凋亡最为密切。     

青蒿治疗系统性红斑狼疮的网络药理学分析

目的:通过网络药理学方法研究青蒿治疗系统性红斑狼疮(SLE)的潜在作用机制.方法:通过中国传统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选青蒿的有效活性成分和作用靶点,运用Uniprot数据库将药物靶点进行基因名字标准化处理,在GeneCards、OMIM数据库中检索SLE相关靶点,使用R软件绘制Venny图找出青蒿与SLE共同作用靶点,String数据库构建蛋白质互作(PPI)网络,Cytoscape软件中进行PPI网络可视化,构建"药物-活性成分-潜在靶点-疾病"网络,并筛选出核心基因,对共同作用靶基因进行GO、KEGG富集分析.结果:筛选得到青蒿的有效活性成分22个,111个青蒿有效成分与SLE共同作用靶基因,30个核心基因.GO功能富集显示青蒿治疗SLE生物学过程和功能主要集中在细胞因子受体结合、细胞因子活性、核受体活性、转录因子活性、受体配体活性、类固醇激素受体等.KEGG通路富集显示,青蒿治疗SLE主要涉及TNF、IL-17、Toll样受体、Th17细胞分化等信号通路.结论:通过构建"药物-活性成分-潜在靶点-疾病"网络,阐释了青蒿多成分、多靶点、多条通路治疗SLE的作用机制,为深入研究青蒿治疗SLE的机制提供一定参考意义.     

基于网络药理学研究黄芪抗骨质疏松作用机制

目的:基于网络药理学研究黄芪在治疗OP(osteoporosis)相关症状时的分子机制。方法:通过相关数据库筛选出黄芪活性成分,然后运用相关技术手段预测黄芪治疗OP相关症状的作用靶点,并将相关靶点进行GO生物过程与KEGG信号通路富集分析。结果:在预设条件下得到黄芪入血活性成分20个,对应靶点37个,参与51个生物过程,并参与多个与OP形成相关的信号通路。结论:研究表明黄芪通过直接和间接影响骨代谢来发挥治疗OP的作用,符合目前药物治疗OP的作用机制的认识。     

基于网络药理学和分子对接探讨丹栀逍遥散治疗失眠障碍的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接分析丹栀逍遥散治疗失眠障碍的相关成分、靶点及通路,探讨其作用机制.方法:检索TCMSP数据库,获取丹栀逍遥散中各药物的活性成分及其靶点,在UniProt数据库中规范靶点名;在GeneCards、OMIM、TTD3个数据库中检索失眠障碍相关基因,筛选复方与疾病的交集靶点,将其导入String数据库,导出蛋白互作关系,并使用CytoscapeV3.8.0构建疾病-药物-成分-靶点网络和核心蛋白互作网络;利用Metascape平台分别对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将核心成分与核心靶点进行分子对接验证.结果:共获得丹栀逍遥散活性成分102种,对应靶点147个,与失眠障碍交集靶点52个,其中核心成分12种,核心靶点7个;GO富集分析共得762条结果,其中主要涉及神经递质水平调节、肾上腺素受体活性以及突触膜的组成部分等;KEGG通路富集分析共获得61条通路,主要涉及:神经活性配体-受体相互作用通路;分子对接结果显示核心靶点与核心成分均能形成稳定结合.结论:初步获得丹栀逍遥散治疗失眠障碍的关键成分、关键靶点和关键通路,为临床使用和进一步研究提供参考.     

基于网络药理学探讨益气化瘀补肾方治疗骨延迟愈合的作用机制

目的：应用网络药理学方法探究益气化瘀补肾方治疗骨延迟愈合的潜在药效作用机制。方法：在TCMSP数据库中获取益气化瘀补肾方的主要化学成分，通过String数据库获取药物作用靶点并在Genecards数据库、OMIM数据库及TTD数据库中获取骨延迟愈合的疾病靶点后使用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-靶点网络，使用拓扑学分析此网络获得核心活性成分，使用String数据库绘制靶点蛋白交互作用网络，使用拓扑学分析此网络获得核心靶点，采取Bioconductor数据库对潜在作用靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析，探讨潜在作用靶点可能具有的生物学功能及通路。结果：从益气化瘀补肾方中筛选出251个活性成分，核心成分56个，治疗延迟愈合的靶点84个，核心靶点24个；GO分析结果显示生物过程1980个、细胞组分60个和分子功能128个，KEGG分析结果显示信号通路133条。结论：本研究初步证实益气化瘀补肾方治疗骨延迟愈合具有多成分、多靶点的特点，为进一步阐释其药理作用机制奠定了理论基础。     

基于网络药理学探讨合欢皮-远志药对的抗抑郁作用

目的:利用网络药理学方法分析贾跃进老中医常用药对合欢皮-远志的抗抑郁机制.方法:检索CNKI、TCMSP等数据库,获取各药物活性成分及相关靶点;利用GEO等数据库获得抑郁症的疾病靶点,筛选药物-疾病交集靶点;使用CytoscapeV3.8.0创建疾病-药物-成分-靶点网络及蛋白互作关系网络,并对交集靶点进行GO、KEGG通路富集分析;选择关键成分与关键靶点分子对接.结果:收集到合欢皮-远志药对活性成分54种,关联靶点708个.主要生物过程有:细胞过程、信号过程、对刺激的反应等;主要通路有:TNF信号通路、神经营养素信号通路、NF-κB信号通路等.结论:初步获得合欢皮-远志抗抑郁的作用机制,为临床应用和进一步研究提供一定理论参考.     

基于网络药理学探讨肝积汤治疗肝癌的分子机制

目的 探讨基于网络药理学的肝积汤活性成分、治疗靶点及分子机制。方法肝积汤的活性成分及作用靶点从TCMSP数据库筛选,肝癌相关靶点从GeneCard数据库获取,运用String数据库对共同靶点做蛋白互作网络分析,GO和KEGG富集分析采用Bioconductor生物信息软件包进行,“成分－靶点－通路”网络图采用Cytoscape制作。结果 从 TCMSP 中获得肝积汤有效活性成分 80种以及249 个药效分子靶点。与检索到的885 个肝癌相关靶点取交集,得到95个共同靶点。蛋白互作网络分析显示有TP53、VEGFA、AKT1等15个核心靶点。GO 功能分析表明,这些靶点主要富集在细胞对化学应激的反应,细胞对氧化应激的反应,对脂多糖反应等；涉及细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物,蛋白络氨酸激酶等,主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合。KEGG 富集分析结果显示,肝积汤作用靶点富集在相关肝癌发生与发展的通路上,如PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎病毒信号通路、人巨细胞病毒感染信号通路。结论 槲皮素、木犀草素、山柰酚等可能为肝积汤治疗肝癌的关键成分,TP53、VEGFA、AKT1等为核心靶点,PI3K-Akt、乙型肝炎病毒、人巨细胞病毒感染等通路为主要作用的通路。     

基于网络药理学方法研究大黄牡丹汤治疗阑尾炎的作用机制及物质基础

目的 运用网络药理学方法研究大黄牡丹汤治疗阑尾炎的作用机制及分子基础。方法 在TCMSP数据库中,检索大黄牡丹汤中五味中药的主要化学成分,通过TCMSP平台查找及预测中药化合物对应靶点,在genecards数据库中搜索阑尾炎疾病靶点,取二者靶点交集导入Swiss平台获得PPI网络,筛选核心作用靶点并构建大黄牡丹汤-潜在靶点-阑尾炎作用网络。对核心靶点进行基因本体（gene ontology,GO）分子功能及基因组百科全书（kyto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析。采用DiscoverStiudio软件对活性成分与靶点进行分子对接。结果 筛选得大黄牡丹汤中主要活性成分有11个,该活性成分的有效靶点有166个,阑尾炎疾病709个,取交集得核心靶点66个;GO富集分析显示靶点基因主要涉及RNA聚合酶II启动子的转录正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控、平滑肌细胞增殖正调控、蛋白磷酸化正调控等;KEGG富集结果显示大黄牡丹汤可能具有调控FoxO信号通路、鞘脂类信号通路、toll样受体信号通路等功效;结论 大黄牡丹汤可通过调控机体炎症反应、NF-kappa B信号通路、炎症介质对TRP通道,参与促炎症细胞因子的转录调节等治疗阑尾炎。     

川芎治疗腰椎间盘退行性病变潜在作用机制的网络药理学分析

目的 基于网络药理学分析川芎治疗腰椎间盘退行性病变(LIDD)的潜在作用机制.方法 通过检索TCMSP数据库、查阅相关文献筛选川芎有效成分,并查询其相对应的靶点.采用GeneCards、OMIM数据库检索LIDD的靶点,将其与川芎预测的靶点进行映射以获得川芎潜在治疗LIDD的交集靶点.采用Cytoscape v3.8....     

基于网络药理学对清肺排毒汤中射干-麻黄治疗新型冠状病毒肺炎的机制分析

通过网络药理学研究射干-麻黄治疗COVID-19的成分、靶点及通路,研究其中的机制。在TCMSP数据库中检索射干、麻黄的化学成分以及靶点信息,在GeneCards数据库和OMIM数据库和NCBI基因数据库中筛选出疾病的靶点。在Bioinformatics Evolutionary Genomics 数据库中筛选出射干-麻黄作用于疾病的靶点,用String数据库进行PPI网络的构建,将PPI网络导入Cystoscap 3.7.2中,通过NetworkAnalyzer工具进行拓扑分析, 应用 ^{Cytoscape 3. 7. 2} 软件构建中药-成分-疾病-靶点网络图,应用R语言进行GO富集及KEGG富集分析。结果：射干-麻黄筛选获得40个活性成分,218个药物靶点,与COVID-19共同靶点48个；射干-麻黄中的鼠李黄素、异鼠李素成分在治疗COVID-19中起主要作用。射干-麻黄治疗COVID-19的主要靶点蛋白是IL6、CASP3、MAPK3、MAPK8、IL10、CCL2等。射干-麻黄中的有效成分主要通过对脂多糖反应、对细菌源分子反应、细胞对内毒素的反应、细胞对细菌源分子反应等生物过程作用于COVID-19,射干-麻黄治疗COVID-19的主要信号通路有AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、恰加斯病(美国锥虫病)、利什曼病等。体现了射干-麻黄治疗COVID-19多成分、多靶点、多途径的特点。     

基于整合药理学平台预测黄芩-黄连对溃疡性结肠炎的作用靶点

目的:基于网络药理学,预测黄芩-黄连药对治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative Colitis, UC)的有效活性成分及其潜在的作用机制。方法:以"黄芩-黄连"药对为检索词,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中按条件查找,逐步筛选出相应活性成分及潜在作用靶点;然后在GeneCards数据库中查找出UC的疾病靶基因;通过软件分析,得出活性成分与靶点之间,以及疾病各靶点蛋白之间的相互关系,并通过GO和KEGG富集分析获得黄芩-黄连药对治疗UC的潜在作用靶点和通路。结果:通过查找有效成分,分析出黄芩-黄连药对中有效活性成分共51个,其中与UC密切相关的靶点共136个;通过GO富集分析得到2 226条与生物过程相关的条目,采用KEGG通路富集分析得到165条潜在信号通路。结论:磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)和AKT蛋白酶b (PI3K-AKT),丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)可能是黄芩-黄连药对治疗UC调控的主要通信号通路,涉及的靶点包括肿瘤蛋白53(TP53)、丝/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、转录因子JUN、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK1)、肿瘤坏死因子(TNF)等,为实验验证该药对治疗UC的作用机制提供了证据。     

基于网络药理学的桂枝茯苓丸治疗宫颈癌的机制研究

目的探讨桂枝茯苓丸治疗宫颈癌的有效活性成分及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)选取桂枝茯苓丸中各药物的化学成分,筛选活性成分及潜在靶点。通过Gene Cards数据库挖掘宫颈癌的疾病靶点,依据药物靶点与疾病靶点构建桂枝茯苓丸有效成分靶点与疾病靶点的韦恩图、化合物-靶点网络调控图、PPI网络图,同时进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果桂枝茯苓丸中共494个化合物,筛选出85个活性化合物,对应宫颈癌83个靶点,分析数据表明,桂枝茯苓丸治疗宫颈癌的核心有效活性成分依次为槲皮素、β谷甾醇、山奈酚、黄芩苷、红景天苷、豆甾醇、谷甾醇等,其治疗宫颈癌的核心靶点依次为PGR、NCOA2、PTGS1、CHRM1、NR3C2等;依据CS值发现的关键节点涉及IL-6、EGFR、MAPK8、CASP3、VEGF、MYC等;主要涉及反应依次为对酮的反应、类固醇激素的反应、细胞对化学应激的反应等;细胞过程主要涉及的部分依次为膜筏、膜微区、膜区、核染色质等;分子过程主要涉及的反应依次为DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、DNA结合转录激活物活性等;主要涉及关键信号通路依次为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt、MAPK等。结论桂枝茯苓丸可通过多靶点途径发挥治疗宫颈癌的作用,其治疗机制与调控核心相关蛋白、基因及信号通路密切相关,为基础研究提供参考。     

基于网络药理学-分子对接技术探讨泽泻 抗炎作用的分子机制

摘要：目的：应用网络药理学方法及分子对接技术，探讨泽泻发挥抗炎作用的活性成分及其对应靶点和相关通路。方法：通过TCMSP筛选出泽泻的活性成分，运用SwissTarget Prediction 数据库预测活性成分相关靶标，同时采用GeneCards数据库得到炎症相关靶点，再将获得的活性成分靶点和炎症靶点导入VENNY2.1得到药物治疗疾病的潜在靶点；再运用STRING数据库、Cytoscape3.7.1软件构建简化后的药物治疗疾病的靶蛋白互作图（PPI）并筛选关键靶点。利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析，再用Cytoscape3.7.1软件构建“化合物-靶点-通路”图并筛选核心成分与核心靶点。最后运用AutoDock Vina和Pymol将核心成分与核心靶点进行分子对接。结果：获得10个药物活性成分，得到相关潜在靶点284个，疾病潜在靶点11414个，药物治疗疾病的相关靶点260个，有SRC、HSP90AA1、PIK3CA、MAPK1、AKT1、LCK、FYN、JAK1、PLCG1、JAK1等关键靶点58个；涉及PI3K-Akt信号通路、ErbB信号通路、FoxO信号通路等133条通路。结论：泽泻发挥抗炎的作用机制可能是一方面通过调控PIK3、AKT、m-TOR等相关蛋白，激活PI3K-Akt信号通路，从而抑制细胞凋亡；另一方面可能通过调控EGFR相关蛋白，介导ErbB信号通路，从而干预炎症细胞生长。本研究基于网络药理学方法和分子对接技术，阐释了泽泻通过多种成分、多靶点、多信号通路发挥抗炎作用与机制，为该药的进一步研究提供了有益参考和科学依据。     

甘麦大枣汤治疗产后抑郁的相关靶点/通路预测

目的 通过网络药理学方法探寻甘麦大枣汤治疗产后抑郁的作用靶点,阐明其相关作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集甘麦大枣汤的化学成分,并筛选出活性成分及作用靶点.通过GeneCards数据库检索与产后抑郁相关的靶点.利用Venny 2.1软件筛选、收集药物与疾病的共有靶点.将筛选出的药物和疾...     

从分子学角度探讨柴胡-郁金对卒中后抑郁潜在作用机制

目的:基于网络药理学探讨柴胡-郁金药对治疗卒中后抑郁(PSD)的潜在分子学机制。方法:通过检索TCMSP(中药系统药理学技术平台)数据库结合文献挖掘筛选出柴胡-郁金药对的主要活性成分及靶点,采用GeneCard与OMIM数据库获得卒中后抑郁的作用靶点,得到药物与疾病相交的靶点,通过Cytoscape软件建立疾病-药物-成分-靶点网络图,将数据输入String数据库,利用Cytoscape构建靶点相互作用的PPI网络,通过Metascape进行GO和KEGG富集分析。结果:从数据库中筛选了“柴胡-郁金”与PSD的36个共有靶基因和8种共有化合物,PPI网络共涉及节点36个,核心蛋白为IL6、AKT1、VEGFA、CRP、CCL2、MMP9、SERPINE1,GO生物学过程、细胞组成和分子功能分别为39条、8个、11个,KEGG通路共12条。结论:通过网络药理学探讨了“柴胡-郁金”对PSD发挥效应的可能潜在机制,为PSD的进一步研究提供了可能。