基于网络药理学和分子对接探讨丹栀逍遥散治疗失眠障碍的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接分析丹栀逍遥散治疗失眠障碍的相关成分、靶点及通路,探讨其作用机制.方法:检索TCMSP数据库,获取丹栀逍遥散中各药物的活性成分及其靶点,在UniProt数据库中规范靶点名;在GeneCards、OMIM、TTD3个数据库中检索失眠障碍相关基因,筛选复方与疾病的交集靶点,将其导入String数据库,导出蛋白互作关系,并使用CytoscapeV3.8.0构建疾病-药物-成分-靶点网络和核心蛋白互作网络;利用Metascape平台分别对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将核心成分与核心靶点进行分子对接验证.结果:共获得丹栀逍遥散活性成分102种,对应靶点147个,与失眠障碍交集靶点52个,其中核心成分12种,核心靶点7个;GO富集分析共得762条结果,其中主要涉及神经递质水平调节、肾上腺素受体活性以及突触膜的组成部分等;KEGG通路富集分析共获得61条通路,主要涉及:神经活性配体-受体相互作用通路;分子对接结果显示核心靶点与核心成分均能形成稳定结合.结论:初步获得丹栀逍遥散治疗失眠障碍的关键成分、关键靶点和关键通路,为临床使用和进一步研究提供参考.     

基于整合药理学平台分析“独活-桑寄生”治疗KOA的分子机制

目的：采用整合药理学平台分析“独活-桑寄生”治疗膝骨性关节炎(Knee osteoarthritis,KOA)的作用机制。方法：通过药学理数据库查找出“独活-桑寄生”药对的活性成分及作用靶点,并找出从数据库平台查找出KOA的疾病靶点,利用软件分析出药对和疾病的交集靶点及其相应的活性成分,构建药物-成分-KOA网络图。并基于交集靶点构建蛋白互作网络(PPI),应用平台及软件进行GO和KEGG富集分析。结果：筛选出“独活-桑寄生”有效成分11个,作用靶点149个,KOA靶点353个,分析得到药物-疾病的交集靶点39个,根据度值排名靠前的为IL6、VEFA、CCL2、IL1B、CXCL8、MMP9等,通过GO分析发现,涉及的范围包括细胞因子活性、细胞因子受体结合、受体配体活动、肽链内切酶活性、生长因子受体结合等;KEGG富集分析表明主要涉及AGE-RAGE、TNF、IL-17、NF-κB等信号通路。结论：“独活-桑寄生”药对KOA的治疗作用可能主要通过调节IL6、VEGFA、CCL2等靶点,涉及的通路主要为AGE-RAGE、TNF、IL-17、NF-κB等。     

青蒿治疗系统性红斑狼疮的网络药理学分析

目的:通过网络药理学方法研究青蒿治疗系统性红斑狼疮(SLE)的潜在作用机制.方法:通过中国传统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选青蒿的有效活性成分和作用靶点,运用Uniprot数据库将药物靶点进行基因名字标准化处理,在GeneCards、OMIM数据库中检索SLE相关靶点,使用R软件绘制Venny图找出青蒿与SLE共同作用靶点,String数据库构建蛋白质互作(PPI)网络,Cytoscape软件中进行PPI网络可视化,构建"药物-活性成分-潜在靶点-疾病"网络,并筛选出核心基因,对共同作用靶基因进行GO、KEGG富集分析.结果:筛选得到青蒿的有效活性成分22个,111个青蒿有效成分与SLE共同作用靶基因,30个核心基因.GO功能富集显示青蒿治疗SLE生物学过程和功能主要集中在细胞因子受体结合、细胞因子活性、核受体活性、转录因子活性、受体配体活性、类固醇激素受体等.KEGG通路富集显示,青蒿治疗SLE主要涉及TNF、IL-17、Toll样受体、Th17细胞分化等信号通路.结论:通过构建"药物-活性成分-潜在靶点-疾病"网络,阐释了青蒿多成分、多靶点、多条通路治疗SLE的作用机制,为深入研究青蒿治疗SLE的机制提供一定参考意义.     

基于网络药理学探讨黄连温胆汤治疗失眠的机制

目的基于"胃不和则卧不安"理论,采用网络药理学的研究方法,探讨黄连温胆汤治疗失眠的作用机制。方法从不同年代的中药著作中收集黄连温胆汤的药物归经,并绘制表格;利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和Uniprot数据库检索并收集黄连温胆汤的有效成分和作用靶点,使用Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-靶点-有效成分"网络图;在Genecards数据库收集"失眠症"的相关靶点,筛选出药物与疾病交集靶点,绘制交集靶点韦恩图;通过STRING数据库对交集靶点进行分析,借助Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白相互作用(PPI)网络图;对药物干预疾病的作用靶点进行靶点基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用Cytoscape 3.7.2软件构建"核心靶点-通路"网络图。结果黄连温胆汤共涉及8味中药,药物归经主要为脾、胃、肺、心经,且其余各经均有涉及;共筛选出83个药物有效成分、124个靶点,其中有42个关键靶点与失眠症相关;PPI网络中共得到40个节点、428条相互作用关系的连线;按照P0.05的标准,GO富集到51个基因功能,KEGG富集到35条基因通路。结论黄连温胆汤的药物归经具有脾、胃、心经的重点选择性;其主要化合物成分为槲皮素、川陈皮素、β-谷甾醇、柚皮苷、木犀草素等;主要作用于白细胞介素-6(IL-6)、细胞周期素D1(CCND1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、细胞间黏附分子-1(ICAM1)、低聚果糖(FOS)等核心靶点,以及核受体活性通路、神经递质结合通路、NF-κB信号通路等生物过程。黄酮类化合物及炎症因子的抗炎作用可能为黄连温胆汤治疗失眠的作用机制。     

基于网络药理学探讨合欢皮-远志药对的抗抑郁作用

目的:利用网络药理学方法分析贾跃进老中医常用药对合欢皮-远志的抗抑郁机制.方法:检索CNKI、TCMSP等数据库,获取各药物活性成分及相关靶点;利用GEO等数据库获得抑郁症的疾病靶点,筛选药物-疾病交集靶点;使用CytoscapeV3.8.0创建疾病-药物-成分-靶点网络及蛋白互作关系网络,并对交集靶点进行GO、KEGG通路富集分析;选择关键成分与关键靶点分子对接.结果:收集到合欢皮-远志药对活性成分54种,关联靶点708个.主要生物过程有:细胞过程、信号过程、对刺激的反应等;主要通路有:TNF信号通路、神经营养素信号通路、NF-κB信号通路等.结论:初步获得合欢皮-远志抗抑郁的作用机制,为临床应用和进一步研究提供一定理论参考.     

半夏-陈皮“异病同治”咳嗽和冠心病的网络药理学作用机制研究

目的：通过网络药理学探讨中药药对半夏-陈皮治疗咳嗽、冠心病的分子机制,以探究该药对“异病同治”的共同作用机制。方法：从TCMSP、BATMAN-TCM数据库得出半夏-陈皮的活性成分及潜在靶标,从DisGeNET 、OMIM、Drug Bank数据库得出与咳嗽、冠心病相关的疾病基因,并与半夏-陈皮潜在靶标进行映射,得出药对治疗两种疾病的共同靶标,将其输入String数据库及DAVID数据库,分别构建PPI网络、GO分析及KEGG PATHWAY分析。将半夏-陈皮治疗咳嗽、冠心病的活性成分及疾病基因输入Cytoscape软件,分别构建半夏-陈皮治疗咳嗽、冠心病的“活性成分-靶标”网络图。结果:研究发现半夏-陈皮治疗咳嗽的基因有49个、有效成分69个,治疗冠心病的基因有342个,有效成分87个,其中治疗两种疾病的交集靶标共有24个。构建PPI网络发现,交集靶标中排名前3的靶标蛋白为IL1B、TNF、CXCL8。DAVID分析发现,治疗咳嗽的作用机制与TNF通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体通路等25个通路相关。药对治疗冠心病的主要通路涉及HIF-1通路、TNF通路、AMPK通路等127个通路。“异病同治”的主要信号通路涉及NOD样受体信号通路、TNF通路、NF-κB通路、TGF-β等30个信号通路相关。结论：通过此次分析发现,半夏-陈皮药对“异病同治”的作用机制可能与作用NOD样受体信号通路、TNF通路、NF-κB通路、TGF-β等炎症相关通路。     

牛膝-菟丝子药对防治高血压肾损伤网络药理学机制研究

目的：通过使用网络药理学方法探讨怀牛膝-菟丝子药治疗高血压肾损伤的潜在作用机制。方法：使用TCMSP、Uniprot数据库分别获取怀牛膝、菟丝子的活性成分和靶点基因,高血压肾损伤的疾病相关靶点是通过GenenCards、Omim数据库获取。在Venny在线工具中获取药物与疾病的交集基因,使用STRING数据库、Cytoscape3.9.1软件构建蛋白质相互作用网络。通过Metascape数据库和微生信网站获取的数据构建GO和KEGG通路富集分析,建立活性成分-靶点-关键通路网络。结果：在TCMSP数据库中共筛选出怀牛膝、菟丝子符合条件的有24种活性药物成分,活性成分靶点及疾病靶点分别为206、1762个。Venny在线工具中获得了药物和疾病的113个共同基因。PPI网络显示怀牛膝、菟丝子药对发挥重要作用的靶点有：丝裂原活化蛋白激酶1、肿瘤抑制蛋白P53、蛋白激酶B1、肿瘤坏死因子、原癌基因、白细胞介素6等。从GO和KEGG通路富集分析结果中可得到,药物和疾病的交集基因与无机物、氧化应激、化学应激、活性氧、金属离子等分子生物进程关系密切,相关信号通路包括有：癌症的途径、脂质与动脉粥样硬化...     

基于网络药理学的治伤风颗粒治疗感冒的作用机制探讨

目的应用网络药理学技术探讨治伤风颗粒治疗感冒的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和药物靶点信息数据库(DrugBank)检索治伤风颗粒的化学成分及作用靶点;基于GeneCards数据库检索“感冒”的靶点,取药物与疾病靶点交集,应用Cytoscape软件构建“活性成分-靶点-疾病”网络。应用STRING数据库建立蛋白质互作(PPI)网络,应用R软件进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果通过筛选共得到治伤风颗粒有效成分146种,药物靶点280个,疾病靶点1 418个,提取出两者的共同靶点117个。将药物与靶点导入Cytoscape软件,分析得出槲皮素、山奈酚和木犀草素等为中药中度值较高的活性成分,无水咖啡因为西药中度值最高的活性成分。STRING数据库分析得出IL-6、AKT1、INS、VEGFA、MAPK8等属于感冒的关键靶点。GO分析显示生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)3个方面的富集条目。KEGG通路富集分析筛选得出TNF信号通路、IL-17信号通路等20条信号通路,并绘制了“通路-靶点”关系图。结论基于网络药理学分析筛选出了治伤风颗粒治疗感冒的活性成分、作用靶点和通路,初步得出了其作用机制,为该药的深入研究提供了一定的依据。     

基于网络药理学的黑地黄丸治疗肾性贫血机制探究

目的:基于网络药理学方法探究黑地黄丸治疗肾性贫血的作用机制。方法:运用网络数据库对黑地黄丸成分及肾性贫血靶点进行检索筛选;运用Cytoscape软件,构建中药成分-靶点网络,运用STRING数据库构建黑地黄丸治疗肾性贫血的蛋白互作网络图,进行拓扑分析,找出核心靶点,最后用DAVID6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行GO生物过程及KEGG通路富集分析。结果:在黑地黄丸中共筛选出45个与肾性贫血相关的有效成分和725个潜在作用靶点;拓扑分析得到12个核心靶点;GO生物功能分析得到129条富集结果,其中生物过程107条,细胞组成8条,分子功能14条,主要包括蛋白质结合、细胞外空间、细胞质、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等;KEGG通路分析得到3条通路,主要涉及HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症通路等。结论:黑地黄丸治疗肾性贫血具有多成分、多靶点、多途径的特点,预测其主要活性成分、关键靶点和作用通路及生物过程为研究其作用机制和物质基础提供了理论依据。     

丹参-莪术药对治疗癌性厌食的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接研究丹参-莪术治疗癌性厌食（cancer-related anorexia,CA）的作用机制。方法：通过TCMSP数据库、Uniprot数据库、PharmMapper数据库并结合相关文献筛选出靶点基因,并运用Genecards数据库、OMIM数据库对CA的对应靶点进行获取筛选。使用String数据库构建疾病与药物的交集靶点的蛋白互作网络,并将结果导入cytoscape3.8.2软件进行可视化分析。再将从String数据库得出的交集基因通过Metascape数据库进行GO富集分析和KEGG富集通路分析。采用Autodock软件进行分子对接,并利用pymol软件进行可视化处理。结果：共得到丹参靶点126个、莪术靶点54个,共同靶点25个,CA靶点1893个,疾病与药物交集靶点14个。蛋白互作结果显示MAPK1、ESR1为核心靶点。GO富集分析中生物学过程主要涉及细胞对有机环状化合物的反应、类固醇激素介导的信号通路、类固醇激素反应等;KEGG富集通路主要涉及Estrogen signaling pathway、TNF signaling pathway等。分子对...