军事医学本体概念获取方法研究

目的：研究军事医学本体构建过程中概念的获取方法,解决目前现有军事医学知识组织模式中概念陈旧不完善的问题。方法：在继承传统叙词表等知识组织法的基础上,提出基于文献关键词词频统计的综合集成法获取军事医学本体概念。结果：给出了军事医学本体概念获取方法实施的技术路线,对具体操作过程进行了阐述。结论：基于文献关键词词频统计的综合集成法能够从文献中提取高频词和热点词,对军事医学传统词库加以补充,使之不断更新和完善。     

基于本体的神经信息学概念及其关系研究

目的：通过构建神经信息学本体,为神经信息学研究提供良好的信息整合、知识表示、文本挖掘、智能教育和数据共享服务。方法：分析生物医学领域已有的统一医学语言系统、基因本体、癌症本体、解剖学本体、疾病本体和药物本体的结构和内容,对神经信息学领域专业概念及其关系进行了探讨,提出了神经信息学本体的设计原则、标准和规范、构建方式和基本流程,并利用Protégé工具编制本体。结果：构建了基于多层次概念语义网络的、符合网络本体语言（web ontology language,OWL）规范的神经信息学本体。结论：神经信息学本体可以从不同层次的形式化模式上给出神经信息学领域概念和概念之间相互关系的明确定义,形成清晰的神经信息学理论框架,实现对相关领域知识的共同理解。     

词共现分析在构建概念空间中的应用研究综述

利用共现分析构建概念空间,实现语义检索,是当前信息组织和检索领域研究热点之一。阐明概念空间的定义、意义、应用及构建方法,介绍词共现分析技术的内涵、应用前提、演进历程、步骤与方法,从多个角度系统综述词共现分析在构建概念空间、本体、揭示语义关系等方面的应用状况,为构建基于概念空间的信息检索可视化系统研究奠定基础。     

关于证候概念研究的思考

分析证候概念模糊和歧义的主要原因,认为证候是中医学对人体生命活动规律的认识成果,它不仅仅具有自然科学的特性,同时还与中国传统文化、思维方式等存在着密切联系,因此应当从多学科角度出发,对证候概念进行科学界定。基本思路为:从发生学角度对证候概念进行研究,运用概念学知识对证候概念进行研究,采用系统科学理论对证候概念进行研究,通过信息学方法对证候概念进行研究,利用系统生物医学技术对证候概念进行研究。     

基于针灸学本体的古医籍概念检索初探

介绍本体的概念及概念检索的内涵,将本体论的方法引入针灸学信息化领域。应用protege 3.0建立针灸学领域本体,探讨本体架构下的古医籍知识表达和标引方法,并建立试验性古医籍数据库,验证针灸学本体应用于古医籍检索的强大功能。     

论中医气概念的内涵

中医气概念内涵深刻,理解上易产生歧义。针对60年来关于"气"概念内涵研究的问题,总结认为中医气概念的基本内涵应包括:气是客观实在,气是生命流转,气是运动之象,气是人文状态。     

临床路径本体概念框架构建方法与实证研究

在总结国内外临床路径发展现状和纸质版临床路径管理弊端基础上,提出基于本体的电子化临床路径的概念框架构建方法,并以卫生部《乳腺癌临床路径(2009版)》表单为基础,参考医学专业叙词表、专业教科书及相关诊疗指南对乳腺癌临床路径本体概念框架构建进行实证研究。为临床路径电子管理系统建设提供理论参考,有助于医疗信息资源的开发和利用。     

Ontology在中医药概念表达中的研究

分析中医药领域概念表达的特点和中医药检索的现状,重点介绍建立中医方剂本体的尝试,并提出:对中医药概念的表达不必单纯的强求标准化和一致性,而应该在Ontology的启发和应用上,完整、忠实、准确地表达中医药传统理论的语义,并做到机读、通用、可共享,为实现中医药资源数字化奠定基础。     

论"疏泄"概念的变迁

长久以来,术语的歧义一直困扰着中医基础理论研究。要解决这个问题,现代语言学的语义分析方法可能会有帮助。本文拟以“疏泄”这个术语为例,考查其在古今中医文献中的用法、意义及其演变过程,通过源流的梳理和语义的分析,做一番澄清概念的尝试。     

面向医学科技评价的本体模型构建研究

目的：构建面向医学科技评价的本体模型,为完善医学科技评价本体奠定基础,为医学科技评价研究数据管理系统提供支持。方法：通过分析医学科技评价需求、调研医学科技评价维度及现有科研本体研究现状,以现有医学科技评价维度和科研本体为依据,构建本体模型,并抽取其中概念及属性。借鉴骨架法和七步法,利用Protégé构建本体并进行检索及可视化展示。结果：建立了包含8类顶层模块、303条概念及21种语义关系的医学科技评价工作的本体模型,并借助Protégé进行检索及可视化展示。结论：构建医学科技评价本体能够更好地管理和组织指标数据,揭示科研网络关系,为医学科技评价研究提供新的研究角度,便于科研数据或信息资源的共享。     

面向分类统计的传统医学疾病本体构建研究

目的：构建传统医学疾病本体,促进中医疾病分类统计的规范化与标准化,推动我国传统医学名词与国际医学术语标准的融合与创新发展。方法：通过借鉴国际疾病本体建设模式,提出复用已有资源构建传统医学疾病本体的新方法。利用精确、向上、向下和相关4种匹配方式,研究新建本体与ICD-11中文版的语义映射。结果：通过复用已有标准中的中医病名、定义、结构体系等资源,完成了传统医学疾病本体构建,并实现了新构建本体与ICD-11中文版的语义关联。结论：新构建的传统医学疾病本体为中医疾病分类统计的规范化和标准化奠定了基础。     

基于本体的医学图像分析研究

医学图像在临床诊断与治疗中的应用日益广泛,如何有效利用影像管理系统中的大量图像来辅助医生进行分析与诊断,是一个非常重要的问题。传统的基于文本关键字的图像检索方法已不能满足对大型医学图像数据库检索的需要,在分析传统医学图像检索方法不足的基础上,结合模糊本体概念提出一种基于模糊本体的医学图像分析方法。该方法利用模糊本体中隶属度的概念,对查询语句和图像关键词向量空间模型进行模糊本体概念映射和概念相似度计算。实验证明,这一方法具有良好的性能。     

基于本体的向量空间模型在电子病历中的研究

电子病历在临床诊断与治疗中的应用日益广泛,如何有效利用电子病历系统中的大量数据辅助医生进行分析与诊断,是一个非常重要的问题.传统的基于索引的检索方法已不能满足对大型电子病历数据库检索的需要,将基于本体的向量空间模型引入到电子病历中进行研究,是一项非常有意义的工作.在分析传统电子病历检索方法不足的基础上,结合模糊本体概念,提出一种基于本体的向量空间模型.该方法充分利用了模糊本体中隶属度的概念,对查询语句和电子病历关键词向量空间模型进行模糊本体概念映射及概念相似度计算.最后通过数值实验,对该方法在查全率和查准率方面进行了性能分析,证明其具有良好性能.     

基于本体的SQL注入攻击检测方法研究

本文在介绍了SQL注入攻击的概念和步骤的基础上,提出了一种基于本体的SQL注入检测方法。通过在正常网页页面与异常网页页面（即可能存在SQL注入漏洞的页面）之间建立共识的领域本体,在二者之间进行信息比对,据此对Web页面中存在的SQL注入攻击漏洞进行检测。相关实验结果显示,该方法具备较高的检测准确率。     

亚健康的概念 范畴和分类

亚健康状态发生率呈逐年增加趋势,但目前对亚健康的概念、内涵、分类等问题缺乏统一认识,从而不利于亚健康评价、干预体系的建立。文章对亚健康的定义、范畴、分类等理论问题进行了文献回顾,总结了亚健康理论研究的现状。     

基于本体的文本挖掘结果的存储与表现

对基于文本挖掘的生物医学本体构建进行初步尝试,将文本挖掘结果用本体这一概念模型进行组织和表达,由此证实应用本体存储和表现文本挖掘的结果切实可行,挖掘深度越强,领域本体所表达的知识便会越丰富.     

从元整体发生学观点探讨“天人相应”的本质内涵

中医"天人相应"理论包括天人相副、人天依存、天人相合等不同认识。西医学整体观包含着"人的可分解性",即合整体观;中医学整体观的核心是人与环境、人体自身的"不可分割性",即元整体观。从元整体观探讨天人相应的理论内涵可知,天人相应包含天人本一、以人应天、天人合一在内的逻辑递进的多层次概念。其具体表现在:从宇宙本体论来看,天人相应首先是天人本一;从宇宙发生的过程看,人的健康疾病与自然环境息息相关;从宇宙生态平衡角度看,养生防病上需要天人合一。阐明"天人相应"理论深层次内涵,有助于从根本上理解健康与疾病及其防治,有益于中医"天人相应"理论的继承和发展。     

Quantitative Assessment of Dictionary-based Protein Named Entity Tagging

ObjectiveNatural language processing (NLP) approaches have been explored to manage and mine information recorded in biological literature. A critical step for biological literature mining is biological named entity tagging (BNET) that identifies names mentioned in text and normalizes them with entries in biological databases. The aim of this study was to provide quantitative assessment of the complexity of BNET on protein entities through BioThesaurus, a thesaurus of gene/protein names for UniProt knowledgebase (UniProtKB) entries that was acquired using online resources.MethodsWe evaluated the complexity through several perspectives: ambiguity (i.e., the number of genes/proteins represented by one name), synonymy (i.e., the number of names associated with the same gene/protein), and coverage (i.e., the percentage of gene/protein names in text included in the thesaurus). We also normalized names in BioThesaurus and measures were obtained twice, once before normalization and once after.ResultsThe current version of BioThesaurus has over 2.6 million names or 2.1 million normalized names covering more than 1.8 million UniProtKB entries. The average synonymy is 3.53 (2.86 after normalization), ambiguity is 2.31 before normalization and 2.32 after, while the coverage is 94.0% based on the BioCreAtive data set comprising MEDLINE abstracts containing genes/proteins.ConclusionThe study indicated that names for genes/proteins are highly ambiguous and there are usually multiple names for the same gene or protein. It also demonstrated that most gene/protein names appearing in text can be found in BioThesaurus.