脾肾阳虚型结肠腺瘤性息肉患者肠道菌群特征分析

目的探讨脾肾阳虚型结肠腺瘤性息肉患者肠道菌群与健康人群肠道菌群差异。方法选取2015年3—5月沈阳军区总医院中医消化门诊及病房收治的20例脾肾阳虚型结肠腺瘤性息肉患者的粪便样本为观察组,同时,选取体检的12例健康人粪便样本为对照组。提取两组样本中细菌总DNA,根据16Sr DNA V3~V4区设计引物进行扩增,使用Illumina Miseq平台予以高通量测序,通过生物信息分析软件对测序结果进行分析,比较两组样本物种信息。结果两组样本平均优化序列、平均高质量序列长度比较,差异无统计学意义(P>0.05)。对照组肠道菌群中种群多样性高于观察组,两组样本Chao、shannon、Ace指数比较,差异有统计学意义(P<0.05)。门分类水平,观察组与对照组样本丰度值较高依次为拟杆菌门、厚壁菌门;观察组与对照组样本肠道菌群中,拟杆菌门与厚壁菌门比值分别为(3.343±0.733)与(1.777±0.337),观察组明显高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);两组样本厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、疣微菌门及梭杆菌门丰度值比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。纲分类水平,两组样本丰度值较高依次为拟杆菌纲、梭菌纲;观察组梭菌纲丰度值低于对照组,γ变形菌纲丰度值高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。属分类水平,两组样本丰度值较高依次为拟杆菌属、柔嫩菌属;观察组布劳特氏菌属、瘤胃球菌属丰度值低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。主成分分析显示,观察组与对照组样本被分开,两组样本菌群结构存在显著差异。结论结肠腺瘤性息肉患者与健康人群在肠道菌群多样性方面有明显差异,菌群结构亦存在较大的差别。     

维持性血液透析终末期肾病患者肠道菌群特点探讨

 目的 探讨维持性血液透析终末期肾病(end stage renal disease,ESRD)患者肠道菌群的特点。方法 收集维持性血液透析的稳定ESRD患者和健康对照组受试者各22例粪便样本,提取样本DNA,进行16S rRNA基因测序,对肠道菌群的分布情况进行分析。结果 (1)维持性血液透析ESRD组观察到的各样品微生物物种量、物种多样性较健康对照组低,物种多样性在18～44岁组有统计学差异;(2)两组在纲、目、科、属、种分类水平上分别发现2、4、9、29、28个相对丰度有统计学差异的物种(P<0.05); 其中Negatibicutes纲、粪球菌属-3相对丰度维持性血液透析ESRD组低于健康对照组,而丹毒丝纲、目、科、属、种水平相对丰度维持性血液透析ESRD组高于健康对照组;(3)通过KEGG代谢途径的差异分析,推测两组间有3个存在统计学差异的代谢途径(P<0.05),其中与碳水化合物代谢途径相关基因在健康对照组粪便样品中显著富集,而与细胞运动性及药物耐药途径相关基因在维持性血液透析ESRD组粪便样品中显著富集。结论 维持性血液透析ESRD组患者肠道微生物群落多样性降低,与健康对照组比较在微生物群落相对丰度、KEGG功能预测相关基因代谢途径上存在差异。     

不同体力活动水平对女性肠道菌群的影响

目的观察无规律运动习惯,但体力活动水平不同的女性肠道菌群的差异。方法选取18～40岁女性受试者40人,采用国际体力活动问卷和食物频率问卷分别调查受试者体力活动水平和饮食情况,将受试者分为静坐少动组(20人)和体力活动组(20人)。采用Cortex心肺功能测试仪测试VO2max。收集受试者的粪便样本,通过Illumina Hiseq平台进行16SrDNA V4区测序检测肠道菌群。结果两组受试者基本身体情况和饮食差别均无统计学意义(P0.05)。体力活动组的每周体力活动水平和VO2max明显高于静坐少动组的每周体力活动水平和VO2max(P0.001)。两组间肠道菌群的Alpha多样性指数和Beta多样性指数差异无统计学意义(P0.05)。静坐少动组的变形菌门(Proteobacteria)、理研菌科(Rikenellaceae)和紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和Parabacteroides的丰度明显高于体力活动组(P0.05)。结论适当增加体力活动能够优化肠道菌群结构,对健康产生积极作用。     

某医院船不同舱室微生物多样性初步研究

目的：应用16S rDNA测序技术分析海军某医院船不同舱室细菌群落结构及其多样性,为医院船潜在感染的监测和控制提供科学依据。方法采用拭子涂抹方法在医院船的12个舱室（ A～L位）共采集样本31份,采用IlluminaHiseq2500高通量测序平台PE250测序策略对样品16S rDNA扩增的V3～V4区域进行测序,并进行物种分类、丰度及多样性等生物信息分析。结果31份样品共产生原始测序数据为1860．64 Mbp,每份样品平均产生54．86 Mbp的clean data序列,各样品检测的Tags数量平均为60000,Unique tags序列数量均值为58364;操作分类单元（ operational taxonomic units , OTU）数量181～2239。在医院船12个舱室中共检测到26个细菌门纲目等类,216个细菌科,414个细菌属。其中在各级水平分布的优势菌群分别为厚壁菌门（Firmicutes）、葡萄球菌科（Staphylo－coccaceae ）和葡萄球菌属（ Staphylococcus）。在属水平,葡萄球菌属在L位和J位分布最多,微球菌属在B位分布最多（27．15％）,不动杆菌属在K位占优势（23．83％）,栖水菌属则主要见于C位。12个舱室两间共有的OTU数量占检测到OTU总数的比例均＜22．3％,其中K位有着最高的Chao指数（4711．55）和Shannon－Wiener指数（8．58）,及最高的Simpson优势度指数（0．9905）。结论医院船菌群构成复杂、多样,以革兰阳性葡萄球菌为优势菌属,并有水生环境中的菌属分布,与陆地医院常见细菌分布存在明显差异,而且各舱室细菌物种丰度及分类也存在明显不同。     

受控生态生保系统180天试验人体表菌群结构研究

目的了解受控生态生保系统下长期生存对乘员体表微生物种群状况的影响。方法利用地面密闭舱4人180天实验,分别于实验前、进舱后30天、60天、90天、120天、150天及撤离前,对4名乘员的体表(包括额头、耳后、肘窝、腋窝,腹股沟)进行采样,采用16S r DNA V3-V4区的Illumina高通量测序技术,并进行生物信息学分析,包括群落结构、多样性、主坐标及物种丰度分析。结果肘窝和前额菌群多样性显著高于其他体表位置。体表菌属主要分属放线菌门、厚壁菌门、变形菌门和拟杆菌门等。在属水平,5个部位优势菌属为棒状杆菌和葡萄球菌,此外丙酸杆菌属在额头和耳后两位置也占优势比例。主坐标分析结果显示在属水平,肘窝在构成上有独立性,腋下和腹股沟菌群结构相似,额头和耳后菌群结构相似。与进舱前比较,乘员在进舱后第1个月菌群变化明显,之后逐渐恢复稳态。结论人体在不同体表位置菌群多样性不同;菌群结构在门水平差异小,但在属水平不同部位菌群结果有所差异。受控生态生保系统密闭环境作为应激因素可影响体表菌群结构。     

褪黑素在γ射线诱导的小鼠放射性肠损伤中对肠道菌群的影响

目的探讨褪黑素在γ射线诱导的小鼠放射性肠损伤中对肠道菌群的影响。方法采用简单随机分组法将C57BL/6J雄性小鼠分为3组, 即对照组(不给予任何处理)、照射组(以13 Gy剂量对小鼠进行腹部照射)和褪黑素+照射组(对小鼠实施褪黑素给药, 连续5 d, 然后以13 Gy剂量进行腹部照射), 每组5只, 共15只。照射后3 d收集小鼠粪便, 进行16S rDNA扩增子测序, 分析小鼠肠道菌群的变化, 应用Uparse软件进行操作分类单元聚类和物种注释, 应用Qiime微生物组分析平台进行样品复杂度分析和多样品比较分析。结果巴斯德菌属、分节丝状菌属和拟杆菌属是褪黑素+照射组小鼠肠道中丰度最大的菌群。与对照组相比, 褪黑素+照射组小鼠肠道菌群的丰度和多样性均下降(均P<0.01), 群落结构增加(P<0.001)。由门至种的不同分类级别的变形菌门/纲、肠杆菌目/科、巴斯德菌目/科/属/种和梭状芽孢杆菌纲/目是褪黑素+照射组小鼠肠道菌群组间丰度最大的菌群。在构建小鼠肠道菌群优势菌属共发生网络中, 确定了变形菌门、放线菌门、拟杆菌门和厚壁菌门这四大门类下占互作主导地位的菌属以及它们之间...     

肠道菌群变化对大鼠激素性股骨头坏死造模效果的影响

目的 探究激素性股骨头坏死(GA-ONFH)模型大鼠的肠道菌群变化及其对造模效果的影响。方法 40只雄性SD大鼠随机分为空白对照组、抗生素组(ABX组)、激素性股骨头坏死模型组(GA-ONFH模型组)、抗生素+激素性股骨头坏死模型组(ABX+GA-ONFH组),每组10只。ABX组和ABX+GA-ONFH组持续给予抗生素溶液洗脱肠道微生物1周。1周后GA-ONFH模型组和ABX+GA-ONFH组给予脂多糖(LPS)+地塞米松腹腔注射建立早期GA-ONFH模型,空白对照组和ABX组腹腔注射等量生理盐水,连续注射6周。收集大鼠粪便和股骨头样本,基于16S rDNA扩增子测序分析大鼠肠道菌群的构成及丰度,使用micro-CT和HE染色观察早期GA-ONFH造模效果,评估肠道菌群对GA-ONFH造模效果的影响。结果 与空白对照组比较,GA-ONFH模型组大鼠肠道菌群丰度发生改变,其中拟杆菌门丰度明显下调,而厚壁菌门丰度明显上调,差异有统计学意义(P<0.05);在科水平上,普雷沃菌科、梭状芽胞杆菌科、消化球菌科、理研菌科和克里斯滕森菌科的丰度明显下调,而葡萄球菌科的丰度明显上调,差异有统...     

基于多重置换扩增技术的胃癌患者胃内微生物的宏基因组学研究

目的 通过多重置换扩增技术（multiple displacement amplification,MDA）与宏基因组鸟枪法测序相结合的方法研究胃癌患者和健康受试者胃内微生物的组成特征。方法 纳入2017年9月—2017年12月在医院就诊的胃腺癌患者4例,健康受试者4例,收集受试者胃液标本,经过标本预处理、DNA提取、MDA扩增提取的DNA、构建测序文库、高通量测序和生物信息学分析,研究2组受试者胃内微生物的组成特征,寻找与胃癌显著相关的菌种,并评估该方法用于胃内微生物宏基因组学研究的可行性。结果 MDA能显著扩增从胃液样本中提取的微量微生物DNA（207.27±33.17）倍,扩增后的DNA量能满足构建高质量测序文库的要求;总体上看,所有样本共鉴定出131个菌种,胃癌患者胃内菌群多样性显著低于健康受试者（P<0.01,t=4.189）;在细菌门水平,受试者胃液菌群主要由变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门组成;优势物种的组间差异分析表明,与健康受试者相比,牙髓卟啉单胞菌、口腔链球菌、干燥奈瑟菌在胃癌患者胃液中富集(P<0.05)。结论 MDA能有效用于扩增胃内微量微生物DNA;胃癌患者的胃液菌群构成与健康人存在显著差异;部分口腔及上呼吸道条件致病菌与胃癌显著相关,是潜在的胃癌生物学标志物;通过全基因组扩增和高通量测序相结合的方法可以从菌种甚至菌株的水平上寻找与胃癌发生、发展相关的微生物。     

DNA指纹图谱在炎症性肠病肠道菌群分析中的价值

目的利用DNA指纹图谱分析肠道菌群变化与炎症性肠病的关系。方法研究对象分为正常组和病例组,每组各6例,分离结肠黏膜组织,提取黏膜细菌组DNA,应用细菌16 S rDNA的PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术对肠道菌落进行初步鉴定,并对其组成结构进行分析,留取部分远端结肠进行菌群定植数量分析。结果病例组和正常组的所有样本分别进行3次以上的PCR-SSCP指纹图谱分析,得到了稳定可重复的图谱。病例组同正常组比较,菌群多样性明显减少。肠球菌和肠杆菌数量增多(P<0.05),乳酸杆菌和双歧杆菌数量明显减少(P<0.05)。两组比较主要是不可培养细菌的差异。结论炎症性肠病患者肠道菌群菌属多样性减少,各肠道菌属间存在比例失调,肠道微生态失调可能参与炎症性肠病的产生或加重过程。     

制霉菌素引起的肠道菌群失衡及代谢物水平的变化

目的 研究广谱抗真菌药对肠道菌群平衡改变及代谢产物的影响.方法 选用C57BL/6雌性小鼠,用含广谱抗真菌药制霉菌素饮用水喂养7 d,分离小鼠血清进行代谢组学分析.分离口服制霉菌素7 d后小鼠结肠内容物,提取肠道菌群基因组进行16S rDNA扩增子测序、构建SMRT Bell文库,利用PacBio公司SMRT分析软件进行操作分类单元(OTU)物种注释.通过PCoA和PCA、NMDS等降维图和样品聚类树分析群落结构差异,选用t检验、MetaStat、LEfSe、Anosim和MRPP等方法对物种组成和群落结构进行差异显著性检验.结果 结肠内容物菌群基因组测序结果表明,微生物多样性分析显示制霉菌素降低肠道菌群多样性;与对照组比较,服药组硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)细菌增加;拟杆菌门(Bacteroidetes)、糖杆菌门(Saccharobacteria)细菌丰度降低;血清代谢组检测结果显示,服药组增加的物质包括葡萄糖、甘氨酸、丙氨酸、4-羟基丁酸、亮氨酸、谷氨酰胺,降低的物质为谷氨酸、乳酸.结论 小鼠肠道菌群稳态的改变可能与连续服用制霉菌素有关,厚壁菌门和拟杆菌门等优势菌种的变化明显,而且瘤胃菌群、毛螺菌科及拟杆菌群在两组之间结构差异显著,导致谷氨酸、亮氨酸等氨基酸代谢增加,而糖类代谢减慢.     

姥鲨共附生微生物抗菌活性筛选及系统发育分析

目的 以深海姥鲨鱼鳃和胃肠道共附生微生物为研究对象,对可培养微生物进行分离、纯化和初步鉴定,筛选抗菌活性,为寻找天然活性产物奠定基础.方法 采用倍比稀释涂布和划线法结合分离纯化可培养微生物;以枯草芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌、产气肠杆菌、白色念珠菌为抗菌活性筛选模型,利用琼脂块法和滤纸片法筛选纯培养菌株抗菌活性;利用形态观察、生理生化反应和16S rRNA技术对抑菌活性进行初步鉴定.结果 从姥鲨鱼鳃和胃肠道分离得到的可培养微生物36株,其中来自鱼鳃5株,来自胃肠道31株;菌株统计表明:真菌7株,占19%;放线菌1株,占3%;细菌28株,占78%.对23株来自姥鲨胃肠道的细菌进行抗菌活性筛选,15种表现抗(抑)菌活性,占分离菌株的65%.他们分别隶属于芽孢杆菌属(Bacillus)5株,葡萄球菌属(Staphylococcus)6株,短波单胞菌属(Brevundimonas)2株,嗜冷杆菌属(Psychrobacter)2株.结论 利用常规微生物学技术可以对姥鲨胃肠道和鱼鳃等部位存在共附生微生物分离和纯化,其中超过50%的菌株表现抗(抑)菌效果.     

p16蛋白在卵巢子宫内膜异位症中的表达及临床意义

目的探讨p16蛋白在卵巢子宫内膜异位症中的表达及临床意义。方法采用免疫组织化学的方法(S-P)检测p16蛋白在卵巢子宫内膜异位症及正常子宫内膜组织中的表达。结果 p16蛋白在卵巢子宫内膜异位症中的表达明显低于正常子宫内膜组织,差异有统计学意义(P<0.05)。在卵巢子宫内膜异位症中p16蛋白的表达与痛经、月经异常、不孕无明显关系,而与囊肿大小、异位内膜浸润深度及盆腔浸润情况关系密切,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 p16蛋白与卵巢子宫内膜异位症的发生、发展关系密切。     

丙型肝炎病毒NS4B调控肝细胞增殖的相关机制研究

目的研究丙型肝炎病毒非结构蛋白4B（HCV-NS4B）对肝细胞IGF-Ⅱ、P16表达的影响,探讨HCV-NS4B对肝细胞增殖的影响及相关机制。方法转染载体PCXN2或PCXN2-NS4B至LO2肝细胞中,以正常LO2肝细胞为空白对照利用MTT法绘制空白载体PCXN2组及PCXN2-NS4B组细胞生长曲线,流式细胞仪检测各组细胞周期;利用放射免疫法测定各组的IGF-Ⅱ水平,RT-PCR检测P16的表达情况。结果 （1）PCXN2-NS4B质粒转染入LO2细胞并有稳定表达。（2）PCXN2-NS4B组与PCXN2组比较,细胞生长速度增加。（3）PCXN2组G0/G1期细胞比例高于PCXN2-NS4B组,而S期及G2/M细胞比例低于后者（P〈0.05或P〈0.01）。（4）空白对照组、PCXN2两组IGF-Ⅱ水平差异无统计学意义（P〉0.05）,但均显著低于PCXN2-NS4B组（P〈0.01）。（5）空白对照组、PCXN2两组P16表达差异无统计学意义,但均显著高于PCXN2-NS4B组（P〈0.01）。结论 PCXN2-NS4B质粒转染入肝细胞后有稳定表达,HCV-NS4B可能通过促进IGF-Ⅱ的表达及抑制P16表达而促进肝细胞异常增殖。     

pETNF-P16质粒的构建及其在食管癌细胞中的辐射诱导表达特性

目的　构建重组质粒pETNF P16并研究其在食管鳞状细胞癌细胞系EC970 6中X射线照射诱导表达特性和基因 放射治疗食管癌的可行性。方法　构建重组质粒pETNF P16 ,通过脂质体介导转染EC970 6细胞。利用ELISA ,Westernblot和免疫细胞化学的方法检测pETNF P16在被转染的EC970 6细胞中的X射线照射诱导表达特性。结果　成功构建真核载体pETNF P16并转染EC970 6细胞。在不同剂量X射线照射后被转染细胞中TNFα的表达量明显高于 0Gy组 (P <0 0 5或P <0 0 1)。 2GyX射线照射后 2～ 4 8hTNFα和P16的表达量明显高于对照组 (P <0 0 5或P <0 0 0 1)。在正常的EC970 6细胞中没有P16的表达 ,在转染组和辐射诱导组中P16有较强的表达。结论　在pETNF P16质粒转染的EC970 6细胞中X射线可诱导TNFα和P16的表达增强。本研究结果为临床食管癌基因 放射治疗进一步研究提供实验基础     

重组质粒p-Egr-p16的构建及在SMMC-7721细胞中的辐射诱导表达

目的 构建重组质粒p-Egr-p16并探讨在SMMC-772l细胞中的辐射诱导表达及抗肝癌的作用。方法 用双酶切、粘端连接的方法构建了含有辐射诱导特性的早期反应因子Egr—1和p16的p-Egr-p16的质粒载体，以脂质体介导的方法，将重组载体导人人肝癌SMMC-772l细胞，采用RT-PCR的方法检测了不同剂量^60Coγ射线照射转染后的人肝癌细胞p16基因转录水平的变化和2Gy照射后不同时间的p16基因转录水平的变化。结果经研究证实，1～6Gy照射后p16的转录水平高于对照，在2～4Gy照射后达到峰值，2Gy照射后不同时间均有所增高，在照射后24h增高最明显。结论 2Gy^60Coγ射线照射后p16基因转录水平在2～24h呈现时问依赖性的增高，在24h增高最明显，48和72h逐渐降低，但仍高于对照组。提示^60Coγ射线可激活早期反应生长因子Egr-1，从而介导其下游基因p16的表达增强。     

辐射诱导pEgr-p16表达增强及其体外抑制B16黑色素瘤作用

目的研究pEgr-p16重组质粒在转染的黑色素瘤B16细胞中的辐射诱导表达特性,验证其联合放射治疗体外抑制B16细胞增殖的作用。方法将脂质体包裹的pEgr-p16重组质粒,转染B16细胞株;采用定量PCR方法检测不同剂量X射线诱导后p16的表达和同一剂量X射线诱导下p16的表达时程,流式细胞数术检测细胞凋亡率的变化;MTT法检测pEgr-p16基因协同放射治疗后B16细胞的存活情况。结果pEgr-p16重组质粒转染B16细胞,不同剂量X射线均可诱导p16表达增强,为假照组的3.78-6.67倍（P〈0.01）;2GyX射线照射后,p16表达随时间延长而逐渐增强,在照射后72h达到最高值。p16基因联合放射可诱导B16细胞凋亡,凋亡率高于单纯照射组和单纯基因诱导组（P〈0.05-0.01）;转染pEgr-p16质粒的细胞经2GyX射线照射,8d后细胞数明显低于同时间其他实验组（P〈0.05-0.001）。结论pEgr-p16基因-放射联合治疗有明显的抑制黑色素瘤B16细胞生长的作用,其作用优于单纯给予射线或基因转染。     

电离辐射对p16基因转录及蛋白表达的影响

目的　研究电离辐射对p16基因转录及蛋白表达的影响。方法　采用Northernblot检测p16mRNA水平的变化 ;采用单克隆抗体免疫荧光标记及流式细胞术检测p16蛋白表达的变化。结果　研究证实 ,2 0Gy照射后 2～ 2 4h ,胸腺细胞p16mRNA水平明显增高 ,8～ 4 8hp16蛋白表达显著增高 (P <0 0 5～P <0 0 1) ;照射后 2～ 8h脾细胞p16mRNA水平明显增高 ,2 4hp16蛋白表达显著增高 (P <0 0 5 )。研究还证实 ,0 5～ 6 0Gy照射后 ,胸腺细胞p16mRNA水平呈剂量依赖性增高 ,p16蛋白表达在 1 0～ 4 0Gy组显著增高 (P <0 0 5～P <0 0 1) ;脾细胞p16mRNA水平亦增高 ,但增幅远低于胸腺细胞 ,p16蛋白表达在 1 0～ 4 0Gy组显著增高 (P <0 0 5～P <0 0 1)。结论　电离辐射可诱导p16基因转录及蛋白表达增高 ,其增高幅度表现出一定的细胞异质性。     

P16、Cyclin D1在外阴鳞状上皮增生和外阴鳞癌中的表达及意义

目的:探讨P16、Cyclin D1在外阴鳞癌发生、发展中的作用。方法:采用免疫组化SABC法,检测32例外阴鳞状上皮增生、32例VIN、34例外阴鳞癌组织标本中P16、Cyclin D1的表达。结果:与正常皮肤及外阴鳞状上皮增生相比,VIN组织中P16的阳性率降低,Cyclin D1的阳性率升高,差异均有显著意义(P<0.05)。VIN及鳞癌组织中,组织分级越高,P16蛋白缺失、Cyclin D1过表达越明显。结论:P16蛋白缺失与Cyclin D1过表达在外阴鳞癌发生、发展过程中具有重要作用。     

p16基因与头颈部鳞状细胞癌的研究进展

细胞周期受控于周期蛋白与抑制蛋白的相互作用，细胞周期失调导致细胞增殖失控是肿瘤形成的主要原因。p16为细胞周期蛋白依赖性激酶(Cyclin dependent kinase，CDK)的主要抑制因子，是迄今为止所发现的人类第一个最直接抑制肿瘤发生的细胞固有成分。其编码基因是CDKN2A／p16INK4A基因，又名多肿瘤抑制基因，简称p16基因。p16基因在诸多肿瘤中的改变及其抑癌特性，使它成为近年来抑癌基因研究的热点。