福建省肠道病毒71型分离株（2010FJLY008）全基因组核苷酸序列分析

目的了解肠道病毒71型在福建省的遗传背景,追踪EV71流行过程中可能发生的变异。方法对2010年福建1例手足口病患儿标本中分离到的1株肠道病毒71型分离株（2010FJLY008）进行全基因组核苷酸序列测定,并对基因组序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果2010FJLY008株全长7 403bp,核苷酸及编码氨基酸序列同源性比较,均与08年阜阳流行株Fuyang17.08 2同源性最高,整个基因组核苷酸同源性为98.2%,氨基酸同源性为99.5%;全长基因组核苷酸序列遗传进化分析及VP1区基因遗传进化分析,与Fuyang17.08 2株进化关系较为接近,同属于C4a基因亚型。结论2010年福建省EV71型病毒流行株（2010FJLY008）在病毒基因组结构、基因组核苷酸同源性比较、编码氨基酸同源性比较、全长基因组核苷酸序列遗传进化分析及VP1区基因遗传进化分析等方面,均与2008年阜阳流行株（Fuyang17.08 2）关系密切,未产生明显的抗原漂移及变异。     

2010年福建省肠道病毒71型分离株的基因型特征研究

摘 要:目的 全面研究和了解肠道病毒71型在福建省的遗传背景,分析和探讨肠道病毒71型在我省的基因型地理分布特征及传播特征。方法 对2010年福建省9个设区市的 50株EV71分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果 2010年福建省50株EV71型分离株的VP1区核苷酸序列全长均为891个bp,核苷酸及氨基酸序列同源性比较,50株EV71型分离株之间的VP1区核苷酸序列同源性为95.4%-100%,编码蛋白氨基酸序列同源性为97.3%-100%,与08年阜阳流行株Fuyang17.08-2同源性最高,核苷酸序列同源性为97.1%-99.3%,氨基酸序列同源性为98.7%-100%;VP1区基因遗传进化分析,与Fuyang17.08-2株进化关系较为接近,同属于C4a基因亚型。结论 2010年福建省50株EV71型分离株均属于C4a基因亚型,未产生明显的抗原漂移及变异;福建省及各个地市均分布亲缘关系较近的C4a基因亚型的EV71多传播链病毒,应加强长期动态地监测和分析。关键词:肠道病毒71型;VP1区;基因型特征;     

柯萨奇病毒A组4型分离株全基因序列分析

目的分析1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的全基因组序列和系统进化特征。方法使用细胞培养法对肠道病毒阳性标本中的病毒进行分离。提取病毒RNA,通过RT-PCR法分段扩增全基因组,经测序、比对和组装后获得CV-A4分离株的全基因组序列。利用MEGA7.0软件分别基于全长VP1序列和全基因组序列构建系统发育树;使用Geneious Prime 2020.1.2软件对全基因组及编码区各区段的核苷酸和氨基酸序列同源性进行分析,并对编码区氨基酸变异情况进行比较分析。结果从人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma, RD)细胞上分离到1株CV-A4分离株,命名为R09220/YN/CHN/2009。基于全长VP1序列的系统进化分析显示,该分离株属于C2基因亚型。在全基因组核苷酸序列上与其同源性最高的是CV-A4毒株CVA4/SZ/CHN/09(核苷酸为95.4%,氨基酸为98.7%)。与C2基因亚型内16株CV-A4代表株的全序列核苷酸相似性为88.4%～95.4%,氨基酸序列相似性为97.5%～98.7%。通过比较C2基因亚型内的23株CV-A4分离株的全基因组氨基酸序列,R09220/YN/CHN/2009共存在23个氨基酸变异位点,其中10个为其独有的变异位点。结论 R09220/YN/CHN/2009为肠道病毒CV-A4,属于C2基因亚型,该亚型在中国大陆流行的CV-A4病毒中占据优势地位。     

2013-2022年江苏省柯萨奇病毒A6型全基因组序列特征分析

目的 研究江苏省2013-2022年分离到的柯萨奇病毒A6型(CV-A6)全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析,以期从分子流行病学特征的角度解释CV-A6取代肠道病毒A71和柯萨奇病毒A16成为江苏省引起手足口病(HFMD)主要病原的原因。方法 选取2013-2022年间江苏省地区流行的35株CV-A6毒株进行全基因组测序,采用DNASTAR、MEGA7.0和Similarity plots3.5.1等软件对获取的全基因组序列进行比对、相似性分析、系统进化分析和基因重组分析,对P1编码区和3D区主要氨基酸变异位点进行分析。结果 35株CV-A6江苏毒株的全基因组核苷酸和氨基酸序列相似性分别为87.5%～99.6%和97.0%～99.8%,与CV-A6原型株Gdula/USA/1949的全基因组核苷酸序列相似性仅为80.3%～81.0%,氨基酸序列相似性为94.7%～95.3%。基于VP1序列的系统进化树结果显示,2013-2022年江苏省有34株CV-A6分离毒株分属于D3a基因亚型,1株分属于D2基因亚型;基于3D区进化树划分不同重组模式,2013-2022年江苏省流...     

两株不同毒力EV71全基因组序列测定及分析

目的了解济南市2008年EV71的流行和变异情况,寻求潜在的EV71毒力决定位点。方法采用分段扩增的RT-PCR方法对EV71JN200803和JN200804株的基因组全长进行扩增、测序。对两株EV71的全基因组核苷酸、氨基酸序列进行比较,对非编码区进行RNA二级结构的预测和分析,并对VP1区和全基因组进行遗传进化分析。结果 EV71JN200803和JN200804株的基因组全长分别为7 405nt和7 404nt,编码区没有核苷酸的插入和缺失,全基因组序列的组成和结构均符合肠道病毒71型的特征。JN200803和JN200804全基因组有106个核苷酸突变,编码区98个,非编码区8个,编码区多数属于同义突变,仅造成16个氨基酸突变。遗传进化分析显示,EV71JN200803和JN200804株与2008年国内其他流行株同属C4亚型的C4a进化分支,与Fuyang/17.08/1株进化关系最近。结论 2008年济南市流行的EV71属于C4a亚型,济南分离株的毒力决定位点不但具有非单一性,而且具有较为独特的济南区域特点。     

手足口病病例及其密切接触者病原检测与基因特征分析

目的了解广东省手足口病病例及其密切接触者病原体基因型,为科学防控手足口病提供依据。方法采集手足口病病例及其密切接触者的粪便标本,采用荧光定量PCR检测病原体基因,采用RDa细胞进行病毒分离,对毒株进行VP1区全序列分析。结果EVT1或CA16感染病例密切接触者均分别检出EVT1或CA16,阳性率分别为25．64％和38．03％;EV71毒株与C4亚型的C4a群同源性最高（98．50～98．7％）;5株CA16毒株与B1亚型的B1b群同源性最高（94．9％～97．1％）;16株CA16毒株与B1亚型的B1a群同源性最高（97．4％～98．1％）;病例与其密切接触者的EV71或CA16毒株核苷酸同源性分别为99．9％～100．0％和99．8％～100．0％。结论2010年广东省手足口病病原体EV71属C4亚型C4a群;CA16属B1亚型,包括Bla和B1b两个群;病例与其密切接触者病毒分离株的VP1区核苷酸高度同源,但存在变异现象。     

2017年南京市2株肠道病毒71型分离株全基因组序列测定分析

目的 对2017年南京市2株肠道病毒71型分离株进行全基因组序列测定,分析其进化及遗传变异特征,为手足口病疫情的监控与防治提供依据。方法 通过对临床检测EV71阳性的标本进行病毒分离,设计8对特异性引物对病毒全基因组进行PCR分段扩增,经序列测定及拼接获得EV71基因组序列,将其与其他代表毒株序列分别进行核苷酸和氨基酸同源性比对,并进行遗传进化分析。结果 基因组核苷酸同源性分析显示,2株分离株的同源性为94.0%。以EV71 NJ2017iso2作为参照,与2008年安徽流行株Fuyang 17.08-02的同源性最高(96.9%),而与原型株BrCr的同源性较低(79.8%)。同时基于VP1基因和全基因组序列构建的进化树均可以看出,2株分离株与C4亚型代表株聚为一簇,与国内各地既往的C4流行毒株相比,未发生大的变异。结论 2株EV71分离株均属于C4a型,虽病毒核苷酸序列之间差异显著,但大多为无明显的突变,其相应的氨基酸序列的遗传变化相对稳定。     

2019年云南省埃可病毒18型分离株的全基因组分析

目的对2019年云南省埃可病毒18型(E-18)的分离株K88R3-19进行全基因组序列测定及分析,了解其进化和变异特性。方法利用RD、Vero和KMB17细胞分离病毒,提取病毒RNA,RT-PCR扩增全基因,并测序拼接获得全基因组序列。利用Mega 5.05、Geneious Basic 5.4.1和SimPlot 3.5.1等软件分析全基因组序列。结果 K88R3-19株全基因组序列长度为7 422 bp,编码含2 190个氨基酸的多聚蛋白。K88R3-19与E18/LJ/0601/2019全基因组核苷酸一致性和氨基酸同源性分别为97.6%和99.2%;与其他E-18毒株的核苷酸一致性和氨基酸同源性分别为79.7%～86.1%和95.8%～97.7%;与其他E18毒株的各区段核苷酸一致性和氨基酸同源性分别为72.7%～98.5%和91.9%～100%,其中与中国株VP1-VP4区段核苷酸的一致性为89.8%～98.7%。基于E18全长VP1序列的种系进化分析可将E18分为1-6个基因型,其中5基因型可再分为5-1～5-3 3个基因亚型。中国E-18流行株主要聚集在5-3基因亚型。K88R3-19株较其他E-18株在VP1氨基酸序列上有2个独特突变:第2和28位点分别由D→V和V→A。结论 K88R3-19分离株为5-3基因亚型,为2019年中国大陆流行株。     

山东省肠道病毒71型分离株SDLY11全基因组序列分析

目的了解2009年山东省临沂市分离的肠道病毒71型(EV71)分离株SDLY11的基因组序列特征,探讨病毒的神经毒力候选位点。[HTH]方法自手足口病患者的粪便标本中分离EV71,采用一步法RT PCR对病毒株基因组进行全序列扩增,运用DNAstar 和MEGA 4软件进行序列分析。[HTH]结果SDLY 11基因组全长为7 405 nt,其中5′非编码区（UTR） 742 nt,3′UTR 84nt,中间为6 579 nt的开放阅读框架（ORF）,编码2 193个氨基酸的多聚蛋白。VP1区及全基因组序列系统进化分析表明SDLY 11位于EV71病毒C4亚型的分支,同源性分析显示SDLY 11与安徽阜阳株同源性最高。序列比对结果发现,CNS累及HFMD患者病毒株在5[WTBX]′[WTBZ]UTR区出现了两处核苷酸位点的突变（T40C、C575T）,在VP2区第144位出现了氨基酸的突变（T144S）。[HTH]结论SDLY 11分离株属EV71病毒C4亚型。5′UTR区的两处突变（T40C、C575T）及VP2区的一处突变（T144S）可能与病毒的致神经毒力作用有关。     

不同毒力EV71济南分离株全基因组序列比较分析

目的研究EV71济南分离株的基因特点,寻找潜存的EV7l毒力决定位点。方法将6株EV71济南分离株（JN200803、JN200804、Jinanl002、Jinanl004、Jinan1005和Jinan1006株）分别接种1d龄BALB／c小鼠,确定其对小鼠的致病性程度。对6株EV71全基因组核苷酸、氨基酸序列进行比较,对非编码区进行RNA二级结构的预测和分析,对VPl区进行遗传进化分析。结果通过动物实验可将6株EV71济南分离株分为强、中、弱毒力株。小鼠感染强毒株（JN200804、Jinan1002、Jinanl004、Jinanl005株）的主要症状为后肢麻痹并死亡,感染弱毒株（Jinanl006株）的主要症状为后肢麻痹但能自愈,感染无毒株（JN200803株）未引起明显症状。不同毒力EV71分离株全基因组序列比对发现,共有40个核苷酸位点的差异,导致编码区8个氨基酸突变,其中第937位氨基酸（位于2A片段）在强毒株、弱毒株和无毒株间发生了连续突变（937aa：S→C→G）。非编码区RNA二级结构预测表明,5’UTR第115位核苷酸突变对内部核糖体进入位点（IRES）的结构有较大影响。遗传进化分析显示,与同内2003年以后的流行毒株相同,6株EV71济南分离株均属C4亚型的C4a进化分支。结论全基因组序列比较分析发现不同毒力EV71济南分离株之间存在差异位点,为采用反向遗传学方法鉴定EV71毒力决定位点奠定了基础。     

2010年上海地区肠道病毒71型分离株VP1区基因特征分析

目的 了解2010年上海地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株VP1区基因特征.方法 选取2010年不同时间的轻症与重症病例EV71分离株18株,对其抗原决定簇部位VP1区进行核苷酸序列测定、比对,并与美国国立生物技术信息中心公布的EV71 A、B、C各基因型分离株序列进行比对,构建系统发生树.结果 上...     

肠道病毒71型VP1基因及蛋白结构与功能的生物信息学分析

目的 分析肠道病毒71型(EV71)VP1基因及其编码蛋白的结构与功能,以指导其生物学功能研究.方法 利用多种生物信息在线分析工具和分析软件包分析EV71 2008-GZCH07株VP1基因及编码蛋白与其他EV71代表株的序列,进行多序列同源比对,并构建分子进化树.预测该基因编码的蛋白质理化特性,二级结构、三维结构等结构特性,酶学特性和抗原表位等免疫学特性.结果 2008-GZCH07株与ZJ001株同源性最高(97%和98%),与人柯萨奇病毒A16同源性最低,与EV71 A、B、C型病毒的同源性为86%～98%.2008-GZCH07株与ZJ001株和 BJ08-Z025-5株的进化距离较近,属于C4亚型;A、B、C三型EV71的VP1编码蛋白中,2008-GZCH07株VP1编码蛋白与B、C型进化距离较A型近.VP1基因全长510 bp,开放读码框位于116～510 bp区域,编码132个氨基酸,等电点为4.39.VP1蛋白富含α螺旋和无规卷曲,无跨膜区域,含5个高疏水性区域,属于胞外蛋白.蛋白质同源建模分析表明该区域位于蛋白表面,形成环状结构,含有5个抗原簇,7个关键催化位点位于该区域内或其附近.结论 EV71-VP1基因编码蛋白分布有多个磷酸化位点,具有较多的生物功能位点和潜在的抗原表位区域,可能是免疫诊断、药物作用研究及疫苗研制的靶抗原,可为EV71诊断、治疗及预防方面的应用价值提供重要的参考依据.     

Identification of 5′ capped structure and 3′ terminal sequence of hepatitis E virus isolated from Morocco

AIM: To examine 5′ and 3′ terminal sequences of hepatitis E virus (HEV) isolated from Morocco, to confirm 5′ methylated cap structure of the genome, and to investigate whether the 3′ UTR can be used to distinguish HEV genotypes instead of HEV complete genome sequence.METHODS: RNA ligase-mediated rapid amplification of cDNA ends (RLM-RACE) was employed to obtain the 5′ and 3′ terminal sequences of HEV Morocco strain. The 3′ UTR sequence of the Morocco strain was compared with that of the other 29 HEV strains using the DNAStar software.RESULTS: The 5′ PCR product was obtained only from the RLM-RACE based on the capped RNA template. The 5′ UTR of the Morocco strain had 26 nucleotides, and the 3′ UTR had 65 nucleotides upstream to the polyA. The 5′ UTR between HEV strains had only point mutations of nucleotides.The phylogenetic tree based on the sequences of 3′ UTR was not the same as that based on the complete sequences.CONCLUSION: The genome of HEV Morocco strain was methylated cap structure. The 3′ terminal sequence can not be used for distinguishing HEV genotype for all HEV strains in place of the whole HEV genome sequence.     

上海地区2009年上半年手足口病患儿肠道病毒71病毒壳体蛋白VP1基因的检测与亚型分析

目的 了解2009年4月至5月肠道病毒(EV)71在上海地区儿童手足口病(HFMD)中的分子流行病学特点.方法 收集2009年4月至5月在复旦大学附属儿科医院临床诊断为HFMD的95例住院患儿咽拭子标本73份与粪便标本38份,采用TaqMan实时RT-PCR及套式RT-PCR进行EV71病毒壳体蛋白VP1基因检测,并进行基因测序分析.结果 73份咽拭子标本中,EV71阳性6份,检出率为8.2%;38份粪便标本中,EV71阳性24份,检出率为63.2%.28份套式RT-PCR阳性标本基因测序分析结果显示,27株为C4亚型,为绝对优势流行株,另有一株为C2亚型株;1例死亡患儿分离株为C4亚型,其VP1基因序列未见明显变异.结论 EV71是上海地区2009年4月至5月儿童HFMD的重要病原体,C4亚型株占绝对优势地位,同时伴有C2亚型株的流行.     

福建分离株(FJ96-71)肠道病毒新血清型的鉴定及特征分析

目的对肠道病毒福建分离株FJ96-71进行新血清型鉴定及其特征分析。方法应用传统的血清中和试验及分子生物学方法进行血清型的鉴定,并通过序列比对分析其遗传特征。结果FJ96-71无法被常规用于型别鉴定的血清所中和,且其特异性型中和抗体也无法中和本实验室保存的其它22个血清型分离株病毒,提示FJ96-71可能为一新血清型。全基因组序列分析显示其VP1基因序列与美国分离株USA/OK85-10362(AY556070)核苷酸同源性80.6%(氨基酸同源性95.5%),而与其它血清型的参考株序列同源性均低于69.7%,说明FJ96-71与USA/OK85-10362为同一血清型,即新近拟定的肠道病毒75型(EV75)。针对P1区序列分析结果进一步确证此结果。FJ96-71与USA/OK85-10362在5’非编码区以及P2、P3非结构编码区的差异性说明EV75早已在外界循环且波及范围较广。结论FJ96-71与USA/OK85-10362一样同属于肠道病毒一新血清型—EV75。     

Antigenic relationships among human rotaviruses as determined by outer capsid protein VP4.

cDNA clones representing the VP4 gene of symptomatic human rotavirus strain KU (VP7 serotype 1) or DS-1 (VP7 serotype 2) or asymptomatic human rotavirus strain 1076 (VP7 serotype 2) were constructed and inserted into a baculovirus expression vector under the control of the polyhedrin promoter. The resulting recombinants expressed the appropriate authentic VP4 rotavirus outer capsid protein. Guinea pigs immunized with these VP4 proteins developed antibodies that neutralized infectivity of the rotavirus from which the immunizing VP4 was derived. These antisera were then used in neutralization tests to define the extent and distribution of VP4 antigenic polymorphism among human rotaviruses. Three distinct serotypes and one subtype of the VP4 outer capsid protein were identified among 17 human rotavirus strains that had previously been assigned to five distinct VP7 serotypes. For the most part, VP4 serotype segregated independently of VP7 serotype. Ten strains of human rotavirus that were associated with symptomatic infection and that exhibited VP7 serotype 1, 3, 4, or 9 specificity, each possessed a VP4 of the same serotype and subtype, designated VP4 serotype 1A. Both symptomatic human rotavirus strains with VP7 serotype 2 specificity were related by neutralization to the VP4 serotype 1A strains and were classified as a subtype of VP4 serotype 1--i.e., serotype 1B--since viruses of serotype 1A appeared to be prime strains. Four human rotavirus strains that were recovered from healthy infants in newborn nurseries in which virus transmission persisted over a long interval, belonged to VP7 serotype 1, 2, 3, or 4, but each strain possessed the same VP4 antigenic specificity that was designated VP4 serotype 2. Finally, a single strain of symptomatic human rotavirus of VP7 serotype 1 specificity possessed a unique VP4 that was provisionally classified as VP4 serotype 3 but this remains to be confirmed because neutralization tests were performed in only one direction. Among the 10 rotavirus strains whose VP4 gene was previously sequenced, there was complete concordance between assignment of VP4 serotype by neutralization and classification according to VP4 amino acid homology. Thus, rotaviruses that exhibited a VP4 amino acid homology of 89% or greater belonged to the same VP4 serotype and subtype as determined by neutralization. Finally, evidence was obtained that the serotype-specific domain is located on the VP8 subunit of VP4.     

手足口病患儿感染肠道病毒71型全基因组基因特征分析

目的从手足口病患儿粪便中分离肠道病毒71型(EV71),对其进行全基因组测序,了解秦皇岛市EV71全基因组基因特征,为手足口病的综合防治提供依据。方法从秦皇岛市各医院收集手足口病患儿粪便标本,进行EV71检测,阳性标本进行病毒分离及核酸提取,通过RT-PCR进行全基因组序列扩增,通过电泳、测序及序列拼接一系列操作分析其基因特征。结果用提取的核酸扩增出7 406bp的目的基因片段测序后与已记录的EV71相应序列进行比对完全一致,且测序峰图较好,可信度也较高;各基因片段间通过核苷酸序列拼接后得出,秦皇岛市医院EV71全基因组序列长7 406bp,编码区各基因片段的长度分别为:2A450bp、2B297bp、2C987bp、3A258bp、3B66bp、3C549bp、3D1 386bp、VPl 891bp、VP2 762bp、VP3 726bp、VP4 207bp。结论秦皇岛市EV71分离株为C4a型全基因组序列长7 406bp,可为当地手足口病的防控提供参考。