卵巢上皮癌差异表达microRNAs的筛选研究

目的:利用microRNA微阵列芯片技术筛选卵巢上皮癌及癌旁组织中差异表达的microRNAs,发现与卵巢上皮癌相关的microRNAs,为进一步阐明卵巢上皮癌发生发展的分子机制提出依据。方法:选取2010年6月至2011年6月在陕西省肿瘤医院妇瘤中心行手术治疗的8例卵巢上皮癌及对应癌旁组织,提取组织总RNA,采用microRNA芯片杂交技术检测卵巢上皮癌及对应癌旁组织中microRNAs表达水平,经统计分析寻找可能的差异表达的microRNAs,应用实时定量PCR方法验证芯片结果。利用microRNA靶基因预测数据库检索得到差异表达microRNAs与肿瘤相关的靶基因。结果:结合芯片与实时定量PCR结果,筛选获得miR-146a、miR-200c、miR-221和miR-429在卵巢上皮癌中显著性上调,miR-34b显著性下调,靶基因预测分析获得一系列肿瘤相关的靶基因。结论:结合芯片技术与实时定量PCR技术筛选获得卵巢上皮癌差异表达的microRNAs。     

非小细胞肺癌组织中低表达microRNA表达谱

  目的  检测非小细胞肺癌患者手术标本组织中低表达microRNA的表达谱,为进一步阐述肿瘤的发生发展机制和提供诊断或治疗的新策略提供基础,积累以国内患者为数据来源的microRNA资料。  方法  利用芯片技术初步筛选在非小细胞肺癌组织中低表达microRNA,进而利用实时荧光定量PCR验证癌组织和正常肺组织表达水平的差异。  结果  芯片结果发现有20种microRNA在非小细胞肺癌组织中发生明显下调。实时荧光定量PCR验证发现其中的13种microRNA表达量显著降低,分别是hsa-miR-125a-5p、hsa-miR-143、hsa-miR-519a、hsa-miR-223-5p、hsa-miR-1、hsa-miR-520c-3p、hsa-miR-489、hsa-miR-27a、hsa-miR-373、hsa-miR-125b、hsa-miR-27b、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-206。  结论  在非小细胞肺癌组织中发现一些表达水平显著下调的mciroRNA,这些microRNA可能与肿瘤的发生发展或某些功能相关。      

LncRNA-UCA1与淮安食管癌发病风险的初步研究

目的： 初步筛选淮安食管鳞癌与癌旁组织中差异表达的LncRNAs,为进一步研究lncRNAs在食管鳞癌发病机制中的作用奠定基础。方法：分别提取3例患者食管癌组织及配对癌旁组织的总RNA,体外逆转录制备并标记为双链cDNA(ds-cDNA),与人类LncRNA表达谱芯片进行杂交,经扫描后,用Agilent GeneSpring GX v11.5.1软件进行分析运算,筛选出差异表达的LncRNAs。qRT-PCR分析LncRNA在食管癌细胞及组织中的表达情况。结果：按照倍数≥2.0、P≤0.05的标准,筛选出表达差异有统计学意义的LncRNAs共1 019个,其中399个上调,620个下调。GO分析和通路分析结果显示这些LncRNAs调控的差异表达的mRNAs主要与细胞周期、细胞分化、蛋白酶的活动等有关。结合Gibb食管癌相关的LncRNA差异表达谱分析发现lncRNA-UCA1可能参与食管癌发生发展。qRT-PCR结果显示,与永生化食管上皮细胞及癌旁组织相比,食管癌细胞及食管癌组织中lncRNA-UCA1均表达下调。结论：共筛选出淮安食管鳞癌与癌旁组织中1 019个差异表达LncRNAs,其中LncRNAs-UCA1可能成为食管癌早期发现和诊断的生物标志物。     

miR-338基因簇与食管癌发病风险的病例对照研究

目的: 探讨miR-338基因簇在食管癌组织中的表达模式及其与食管癌发病风险的关系。方法: 选取86例经病理确诊的食管癌患者,分别提取食管癌和癌旁组织总RNA,采用实时荧光定量PCR法检测hsa-miR-338-3p、hsa-miR-338-5p与hsa-miR-657的表达,应用配对样本t检验分析癌和癌旁组织中miRNA表达差异,Pearson相关分析检验基因簇各miRNA表达的相关性,logistic回归分析miRNA异常表达对食管癌发病风险的影响。结果: hsa-miR-338-3p与hsa-miR-338-5p在食管癌组织中的表达均较癌旁组织降低(P均<0.05),hsa-miR-657在食管癌和癌旁组织中表达的差异无统计学意义(P>0.05),hsa-miR-338-3p与hsa-miR-338-5p表达显著相关(r=0.754,P<0.05),hsa-miR-338-5p的低表达增加了食管癌的发病风险(OR=1.264,P<0.05),可能是食管癌的危险因素。结论: miR-338基因簇可能抑制了食管癌的发生,hsa-miR-338-5p可能成为食管癌诊断的潜在标志物。     

miR-658和miR-492的差异表达与宫颈鳞状细胞癌盆腔淋巴结转移的关系

目的 寻找宫颈鳞癌盆腔淋巴结转移相关的microRNAs。方法 采用Affymetrix miRNA 4.0 芯片筛查宫颈鳞癌淋巴结转移组（n=8）和未转移组患者（n=16）癌组织中差异表达的microRNAs;并选择表达差异较大的2种microRNAs,采用实时定量RT-PCR法进行验证。结果 miRNA芯片筛查出两组间有5个microRNA存在差异表达,分别为miR-5585-3p、miR-6735-5p、miR-8073、miR-658和miR-492。且淋巴结转移组均为表达上调,其中以miR-658和miR-492的上调倍数最大,分别为4.24和5.43。实时定量RT-PCR检测miR-658和miR-492组间差异与miRNA芯片筛查结果基本一致。结 论 miR-658和miR-492表达上调可能与宫颈鳞癌盆腔淋巴结转移有关。     

人肝细胞肝癌和癌旁正常组织microRNA表达差异的分析

目的比较肝细胞肝癌和癌旁正常组织microRNA的表达差异,为研究肝癌的发病机理提供理论依据。方法用microRNA 微阵列芯片技术研究肝细胞肝癌细胞474种miRNAs表达谱,对比癌旁正常组织筛选差异表达miRNAs。结果获得213个差异表达（P<0.01）的miRNAs分子数据,与配对癌旁正常组织相比,其中上调表达的有116个,如miR-181,miR-21,let-7e等;下调表达的有97个,如miR-199,miR-451,miR-122等。结论miRNA可能成为肝癌的诊断工具,并对研究肝癌的致病机理提供新的理论依据。     

差异表达miRNA在胰腺癌预后判断中的价值

目的：分析胰腺癌组织和正常组织差异表达的miRNA,筛选与胰腺癌预后相关的生物标志。方法：下载并整理基因芯片表达汇编数据库（GEO）中GSE32678和GSE71533芯片数据集原始数据,应用R语言筛选差异表达miRNA,结合GSE24279数据集,获得差异表达的miRNA并取交集。应用生物信息学分析工具对交集miRNA进行靶基因预测,进而对靶基因进行功能分析,构建蛋白互作网络（PPI）、miRNA-mRNA调控网络、miRNA-mRNA-pathway调控网络,结合肿瘤基因组图谱数据库（TCGA）中胰腺癌样本的miRNA表达及预后数据,筛选出胰腺癌预后相关标志物。结果：共筛选出胰腺癌组织和正常组织22个交集miRNA,其中hsa-miR-30a-5p、hsa-miR-551a、hsa-miR-375与胰腺癌患者的生存预后密切相关。hsa-miR-125b-5p、hsa-miR-221-3p、hsamiR-31-5p、hsa-miR-222-3p、hsa-miR-10a-5p是miRNA-mRNA调控网络中的核心miRNA。结论：通过对GEO和TCGA数据库胰腺癌相关数据的分析发现hsa-miR-30a-5p、hsa-miR-551a、hsa-miR-375显著影响胰腺癌患者的预后,可以作为判断预后的标志。     

微小RNA-181a、320a及其靶基因TGF-β1在食管鳞癌中的表达

目的：检测人食管鳞癌组织中miR-181a、320a及TGF-β1的表达情况,研究其在食管鳞癌发生中的作用。方法：收集食管鳞癌及癌旁正常组织各3例,抽取总RNA,利用miRNA芯片技术检测miRNA的表达;采用实时定量反转录一聚合酶链反应(qRT-PCR)方法验证miRNA芯片结果的可靠性。采用软件和数据库对差异表达miRNA调控的靶基因进行初步分析。收集食管鳞癌及对照正常组织各22例,采用实时定量反转录-聚合酶链反应(qRT-PCR)方法检测miR-181a、320a和TGF-β1mRNA。结果：miRNA芯片结果显示,共有22种miRNA在食管鳞癌中差异表达（p<0.05）,其中6种显著上调,16种显著下调;qRT-PCR证实miR-320a表达下降,miR-181a表达上升,差异均有统计学意义（P﹤0.05）,与芯片结果一致; TGF-β1mRNA在食管鳞癌中表达较对照正常组织稍升高,但差异无显著性。结论：miR-181a、miR-320a可能参与食管鳞癌的发生发展过程。     

肝细胞癌组织microRNA-187-3p表达预后意义

目的 微小RNA (microRNA,miRNA)差异表达与多种肿瘤的发生发展密切相关,但微小RNA-187-3p(miR-187-3p)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及预后意义研究较少.本研究检测HCC组织中microRNA的表达谱,分析miR-187-3p在HCC组织中的表达及其与临床病理特征之间的关系,探讨miR-187-3p表达在其发生、发展及预后中的作用.方法 利用microRNA芯片杂交技术筛选5例HCC组织及相应癌旁组织中差异表达的microRNA,然后通过实时荧光定量PCR(real-time fuorescence quantitative-PCR,RFQ-PCR)法验证86例HCC组织及相应癌旁组织中miR-187-3p表达水平,并统计临床病理资料,随访生存期.结果 148个microRNAs在HCC组织中差异表达,其中102个microRNAs在HCC组织较相应癌旁组织表达下调,46个microRNAs在HCC组织较相应癌旁组织表达上调.RFQ-PCR结果显示,miR-187-3p在HCC组织中表达水平明显低于相应癌旁组织,差异有统计学意义,Z=-2.244,P=0.025.HCC中miR-187-3p表达状态与肿瘤大小(x2=5.031,P=0.025)相关,而与性别(x2=3.648,P=0.056)、年龄(x2=0.003,P=0.956)、是否转移(x2=0.005,P=0.943)、TNM分期(x2=0.129,P=0.719)、肿瘤数目(x2 =0.126,P=0.722)、乙肝表面抗原(x2=0.019,P=0.890)、AFP水平(x2=0.187,P=0.665)和Child分级(x2=1.665,P=0.197)无关.miR-187-3p低表达的HCC患者总生存期较高表达者明显缩短,x2=7.684,P=0.006.且多因素分析发现,miR-187-3p表达水平和TNM分期是影响HCC患者生存预后的独立危险因素.结论 miR-187-3p在一定程度上参与了HCC的发生发展,其有望成为HCC新的潜在的治疗靶点以及诊断、判断病情和预测预后的分子标志物.     

应用cDNA芯片分析与食管鳞癌相关的基因表达

目的：应用cDNA芯片技术研究食管鳞癌的异常基因表达,并对这些基因的功能进行初步分析。方法：选择382个肿瘤相关基因克隆,制备成cDNA芯片,提取食管鳞癌组织以及相应正常食管组织RNA,反转录后标记为cDNA探针,与自行制备的cDNA芯片杂交,经扫描及分析后筛选出两种组织中差异表达基因。结果：发现差异表达基因75个,表达上调基因44个,下调基因31个,包括癌基因、抑癌基因、细胞周期相关蛋白、粘附因子、基质金属蛋白酶、信号传导因子、生长因子及其受体、与细胞代谢相关的酶等。结论：食管鳞癌的发生发展涉及多基因改变,cDNA芯片技术是疾病基因筛选的有效方法。     

食管鳞癌中GPX3基因的甲基化特征及其临床意义

目的:采用将食管鳞癌组织和癌旁组织相对比,并将食管鳞癌患者的血浆与正常人的血浆相对比的策略,检测GPX3的甲基化状态和频率。结合患者的临床病理特征,分析GPX3基因甲基化在食管鳞癌中的意义。 方法:收集42例食管鳞癌组织标本和相对应的癌旁组织标本,同时收集42例食管鳞癌患者和50例正常人的血浆标本;应用甲基化特异性PCR（MSP）结合琼脂糖凝胶电泳检测GPX3在组织和血浆中的甲基化情况,对比分析。 结果:GPX3在肿瘤组织中的甲基化频率为54.8%,显著高于癌旁组织9.5%（P＜0.001）。GPX3在肿瘤患者血浆中的甲基化频率为40.5%,在正常对照组的血浆中没有检测到甲基化。组织中的甲基化频率在病理分期为T3组和N2组分别显著高于病理分期为T1-T2组和N0-N1组。血浆中的甲基化频率在病理分期T3组明显高于病理分期T1-T2组。结论:GPX3在食管鳞癌组织的甲基化频率高于癌旁组织,在食管鳞癌患者血浆中的甲基化频率显著高于正常人,且临床分期越晚的甲基化频率越高。     

ABCG2和p75NTR在食管鳞癌组织中的表达及其与临床病理学特征的关系

目的:观察ABCG2和p75NTR在食管鳞癌（esophageal squamous carcinoma cell,ESCC）组织及与癌旁正常组织中的表达差异及其与患者临床病理学特征及相互之间的关系。方法:以免疫组化方法检测80例食管鳞癌患者手术标本和62例癌旁正常食管组织中的ABCG2和p75NTR表达,分析其与临床病理学特征及生存率的关系。结果:ABCG2和 p75NTR在食管鳞癌组织中的表达显著高于癌旁正常食管组织;与TNM分期有显著相关性（P＜0.05）。结论:食管癌干细胞标志物ABCG2和p75NTR在食管鳞癌组织中高表达,并且高于癌旁组织,与TNM分期关系密切,提示该研究为探索食管癌干细胞标志物奠定了基础。     

DNA修复酶基因MGMT启动子区异常甲基化与食管癌的关系

背景与目的： 分析食管癌组织中MGMT启动子区CpG岛甲基化状态和食管癌发病风险的关系,探讨MGMT基因启动子的异常甲基化在食管癌筛查及早期诊断中的意义。 材料与方法： 对江苏淮安的91例新发食管癌病例的癌组织、癌旁组织及外周血血浆样本提取DNA,应用甲基化特异性PCR(MSP)分析MGMT启动子区CpG岛的甲基化状态;对食管癌组织和癌旁组织提取总RNA,采用SYBR GREEN I 实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)测定MGMT的mRNA水平。 结果： MGMT启动子区CpG岛异常甲基化与食管癌发病风险增高有关联 (OR=7.750, 95％CI=2.736～21.955);MGMT启动子区CpG岛甲基化状态与MGMT mRNA水平无显著相关;血浆循环DNA中MGMT启动子区CpG岛甲基化与癌组织中MGMT启动子区CpG岛甲基化相关(P<0.01),血浆循环DNA中MGMT启动子区CpG岛甲基化检出率与癌组织中MGMT启动子区CpG岛甲基化检出率中度相关(Kappa=0.603, P<0.01)。 结论： MGMT基因的启动子区CpG岛的异常甲基化与食管癌发病风险增加有关;检测血浆循环DNA中MGMT基因启动子的异常甲基化,可为食管癌的筛查、早期诊断提供有价值的信息。     

Overexpression of Aurora-A contributes to malignant development of human esophageal squamous cell carcinoma.

PURPOSE: Aurora-A/STK15/BTAK, a centrosome-associated oncogenic protein, is implicated in the control of mitosis. Overexpression of Aurora-A has been shown to result in chromosomal aberration and genomic instability. Multiple lines of evidence indicate that Aurora-A induces cell malignant transformation. In the current study, we are interested in investigating the expression of Aurora-A in human esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) and characterizing the association of Aurora-A with ESCCmalignant progression. EXPERIMENTAL DESIGN: Aurora-A protein expression was examined in 84 ESCC tissues and 81 paired normal adjacent tissues by either immunohistochemistry or Western blot analysis. In addition, a gene-knockdown small interfering RNA technique was used in ESCC cells to investigate whether Aurora-A contributes to the ability of a tumor to grow invasively. RESULTS: The amount of Aurora-A protein in ESCC was considerably higher than that in normal adjacent tissues. Overexpression of Aurora-A was observed in 57 of 84 (67.5%) ESCC samples. In contrast, <2% of normal adjacent tissue displayed high expression of Aurora-A. Interestingly, overexpression of Aurora-A seemed to correlate with the invasive malignancy of ESCC. Disruption of endogenous Aurora-A using small interfering RNA technique substantially suppressed cell migrating ability. CONCLUSION: The findings presented in this report show that Aurora-A expression is elevated in human esophageal squamous cell carcinoma and is possibly associated with tumor invasion, indicating that overexpression of Aurora-A may contribute to ESCC occurrence and progression.     

食管鳞状细胞癌中Wnt2、β-catenin、c-myc 和cyclinD1的表达及临床意义

 目的研究Wnt2、β-catenin及其下游的靶基因c-myc、cyclinD1在食管鳞癌中的表达情况,以期探讨其在食管鳞癌发生发展中的作用及意义。方法用免疫组织化学SP法检测40例食管鳞癌患者石蜡包埋的癌组织、癌旁组织及正常组织中Wnt2、β-catenin、c-myc、cyclinD1表达情况,分析Wnt2、β-catenin和c-myc、cyclinD1表达之间的相关性及与临床病理特征的关系。结果Wnt2、β-catenin和c-myc、cyclinD1在食管癌组织、癌旁组织及食管正常组织中表达阳性率逐渐降低,差异有统计学意义（P<0.01）,β-catenin和c-myc与肿瘤浸润和有无淋巴结转移相关（P<0.05）。结论Wnt2β-catenin Tcf4通路在食管鳞状细胞癌发生发展中起重要作用,该通路有可能成为基因治疗的潜在靶点。     

CtBP2 在食管鳞状细胞癌中的表达及其临床意义*

目的:研究羧基末端结合蛋白2（C-terminal binding protein 2,CtBP2）在食管鳞状细胞癌组织中的表达情况及其与食管癌发生发展的关系。方法:Westernblot法检测8 对食管鳞状细胞癌新鲜冰冻组织、免疫组化法检测90例食管鳞状细胞癌石蜡切片组织中CtBP2 表达情况,结合临床病理和随访资料分析CtBP2 表达与患者临床病理参数及总生存率的关系。结果:两法检测结果均显示CtBP2 食管鳞状细胞癌组织中的表达明显高于对应的癌旁组织,且CtBP2 的表达水平与食管癌的组织学分级（P =0.002）、浸润深度（P = 0.032）相关,而与年龄、性别等参数无相关性。Kaplan-Meier 分析结果显示,CtBP2 高表达组患者的总体生存率明显低于CtBP2 低表达组患者。结论:CtBP2 在食管鳞状细胞癌组织中表达显著上调,提示其可能与食管鳞状细胞癌的发生发展相关。      

hsa_circ_0064369在食管鳞癌组织和细胞中的表达及临床意义

目的:分析hsa_circ_0064369在食管鳞癌中的表达及其临床意义。方法:采用高通量芯片技术检测6例食管鳞癌患者癌组织和对应癌旁组织中差异表达circRNA,依据差异倍数≥5、P＜0.01、样本间一致性高、原始信号值相对高等这几个特征挑选出下调8.4倍的hsa_circ_0064369为研究对象。运用实时荧光定量PCR（real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR）检测并比较43对食管鳞癌组织和对应癌旁组织及正常食管上皮细胞（NE6）和两种食管鳞癌细胞（NE3、KYSE9706）中hsa_circ_0064369的表达水平。分析hsa_circ_0064369表达水平与临床病理特征的关系;Kaplan-Meier法分析hsa_circ_0064369表达水平与生存期的关系;构建受试者工作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线评估hsa_circ_0064369对食管鳞癌诊断的灵敏度和特异性。结果:食管鳞癌组织中hsa_circ_0064369相对表达量（0.35±0.41）低于癌旁正常组织（1.88±1.22）（P＜0.01）;两种食管癌细胞中hsa_circ_0064369的表达水平（0.46±0.18,0.53±0.09）均低于正常食管上皮细胞（1.00±0.37）（P＜0.05）。hsa_circ_0064369表达下调与TNM分期显著相关（P=0.022）,与性别、年龄、分化程度、肿瘤最大径、肿瘤位置、淋巴结转移无统计学相关（P＞0.05）。hsa_circ_0064369低表达食管鳞癌患者无进展生存期较高表达患者短;ROC曲线下面积为0.928,当截断值为0.699 5时其诊断灵敏度和特异性为88.4%和90.7%。结论:hsa_circ_0064369在食管鳞癌中表达量下降,其低表达提示预后不良,是潜在的食管癌诊断和治疗的新型分子标志物。     

基于基因芯片技术新疆汉族食管鳞癌差异表达mRNA的筛选

目的 食管癌是全球常见的的恶性肿瘤,新疆为发病率较高的地区之一.本研究旨在完善新疆汉族食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)基因表达谱,进一步了解ESCC的发生、发展机制,提供与ESCC的预防、诊断及治疗相关的新的生物标志.方法 收集2014-11-03-2015-09-25新疆石河子大学医学院第一附属医院兵团内镜中心6例汉族中分化ESCC患者的癌组织和癌旁正常组织(距癌组织＞5 cm).利用基因芯片技术检测新疆汉族ESCC的差异表达基因.结果 共筛选出汉族ESCC差异表达的mRNAs 335个,其中有138个表达上调的mRNAs和197个表达下调的mRNAs,差异倍数(fold change,FC)≥2且P＜0.01,这些基因涉及多种生物学功能及通路.结论 利用基因芯片技术基于人类全基因谱筛选了新疆汉族ESCC差异表达基因,完善了新疆汉族ESCC基因谱,为ESCC的诊断及预后的进一步研究打下基础.     

MicroRNA analysis of microdissected normal squamous esophageal epithelium and tumor cells

Previous studies have identified several dysregulated microRNAs in esophageal squamous cell carcinoma (ESCC); however, to date there are no ex vivo analyses comparing expression levels of these regulatory molecules in esophageal squamous cell tumors versus patient-matched normal epithelium. We describe here a technical strategy to evaluate microRNAs in normal esophageal basal cells (NB), normal esophageal differentiated cells (ND), and tumor cells (T). Laser capture microdissection was used to procure target populations from five cases and 18 ESCC-associated microRNAs were measured by RT-qPCR. Five microRNAs (miR-25, miR-106b, miR-21, miR-203, and miR-145) demonstrated consistent differential expression in at least one of the three comparisons: T vs. NB, T vs. ND, or NB vs. ND. The potential regulatory role of the microRNAs in ESCC was further evaluated by correlating their expression with a matched mRNA dataset, which included the same five cases and cell populations. In conclusion, the present work demonstrates the feasibility of studying microRNA levels in precisely dissected cell populations from clinical samples, and sheds light on the molecular mechanisms associated with ESCC.     

HIP1在食管癌中的表达及其临床意义

目的:探究亨廷顿蛋白相互作用蛋白1(Huntingtin interacting protein 1,HIP1)基因和蛋白在食管癌组织中的表达及其临床意义。方法:采用免疫组织化学法检测85例食管癌组织及其对应癌旁组织中HIP1蛋白的表达,并分析该表达与食管癌患者临床病理特征的关系。荧光定量PCR及Western blot法检测HIP1基因和蛋白在食管癌及其癌旁组织中的表达。结果:HIP1在食管癌组织中的阳性表达率为91.8%（78/85）,显著高于食管癌旁组织（5.9%,5/85）,差异具有统计学意义（P<0.001）。统计分析发现,HIP1在病理分级组间差异显著（P=0.03）,而在性别、年龄、TNM分期组间无统计学差异（P>0.05）。荧光定量PCR及Western blot结果发现,与食管癌旁组织相比,HIP1基因和蛋白在食管癌组织中高表达。结论:HIP1蛋白可能是食管癌组织和癌旁组织中的差异蛋白,可能是食管癌新的分子标志物。