基于网络药理学与分子对接技术探究加味泽泻汤治疗梅尼埃病的作用机制

目的:探讨加味泽泻汤治疗梅尼埃病的潜在作用机制。方法:从TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM平台中收集加味泽泻汤组方中药物的活性成分及靶点,经标准化处理后利用Cytoscape软件绘制加味泽泻汤活性成分-靶点网络图并分析其核心成分;从GeneCards、OMIM、DisGeNET及CTD疾病数据库中收集梅尼埃病相关的疾病靶点,从而得到药物-疾病共有靶点,筛选出加味泽泻汤治疗梅尼埃病的潜在作用靶点并绘制药物活性成分-疾病靶点网络图;筛选提取加味泽泻汤和梅尼埃病的交集网络制作药物-疾病互作网络,通过计算相关属性值得到核心靶点,利用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并可视化。最后使用分子对接技术对加味泽泻汤核心活性成分与核心靶点对接并进行可视化处理。结果:经过筛选共得到加味泽泻汤药物活性成分39个,相关靶点144个;梅尼埃病疾病相关靶点1 556个,其中,有药物-疾病共同靶点44个,通过富集分析及筛选,得到排名靠前的GO功能条目及KEGG信号通路。分子对接得到4个关键化合物和3个核心靶点,具有较好的结合性,验...     

基于网络药理学及分子对接探讨灵芝的免疫调节机制

［摘要］　目的　通过网络药理学及分子对接探讨灵芝调控免疫功能的作用机制。方法　通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索和筛选灵芝有效成分,使用Swiss Target Prediction数据库预测其潜在作用靶点。从GeneCards、DrugBank、OMIM、PharmGKB、TDD数据库中获取免疫调控相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用String平台构建蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白。利用R软件进行GO富集分析和KEGG通路分析。通过分子对接技术进行活性成分和核心靶点的分子对接验证。结果　共获取灵芝活性成分43个,作用靶点499个,免疫相关靶点12 454个,药物与疾病的交集靶点483个。KEGG通路分析显示交集基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用、cAMP信号通路、蛋白多糖与癌症等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要参与脂质代谢过程的调节、肽基-丝氨酸磷酸化、肽基-丝氨酸修饰等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白有较好的结合活性。结论　研究构建的灵芝“成分-靶点-通路-疾病”网络,一定程度上揭示了灵芝多成分、多靶点的复杂作用机制,为灵芝的临床应用和产品开发提供理论基础。     

基于网络药理学与分子对接探讨失笑散治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨失笑散治疗冠心病的作用机制。方法:收集TCMSP及BATMAN-TCM、HERB数据库,分别检索蒲黄和五灵脂的化学成分及靶点,运用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-活性成分-潜在靶点网络图。通过GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选冠心病相关的靶点。利用Venny图获取疾病-药物交集靶点,并将其上传至STRING数据库,进一步通过Cytoscape 3.9.0软件绘制核心蛋白-蛋白互作(PPI)网络图。采用Metascape平台对交集靶点进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用AutoDockTools-1.5.7软件对核心成分与核心靶点进行分子对接,采用PyMOL软件进行可视化。结果:经筛选后获得失笑散核心成分为槲皮素、山柰酚、异鼠李素等;核心靶点包括蛋白激酶B(AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(p53)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)等。KEGG通路富集的主要通路为环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、核因子-κB(NF-κB)信号通路等。分子对接验证显示：多数核心成分与核心靶点具有...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗冠心病(CHD)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选四妙勇安汤的药物有效活性成分及作用靶点,应用全球蛋白质资源(UniProt)数据库对基因标准化处理。通过GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库检索冠心病的有关靶点,将药物有效活性成分靶点与冠心病的相关靶点进行映射,取交集即为四妙勇安汤治疗冠心病的潜在靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建四妙勇安汤治疗冠心病的“药物-成分-疾病-靶点”网络图,运用生物分子功能注释系统(STRING)数据库及Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,并筛选核心靶点。利用DAVID数据库对得到的交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用AutoDock及PyMOL等软件进行分子对接验证及结果的可视化分析。结果:共得到四妙勇安汤治疗冠心病的活性成分127个、相关靶点137个、交集靶点120个。四妙勇安汤治疗冠心病的生物过程涉及对缺氧的反应、一氧化氮生物合成过程的...     

基于网络药理学和生物信息学探讨生脉饮(党参方)治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的:运用网络药理学和生物信息学方法,探究生脉饮(党参方)治疗慢性心力衰竭(CHF)的活性成分、作用靶点和分子通路,阐明生脉饮(党参方)治疗CHF的分子机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及BATMAN-TCM平台获取生脉饮(党参方)有效活性成分及化合物潜在靶点,检索GeneCards、治疗靶点数据库(TTD)、DrugBank、DisGeNET数据库,筛选CHF相关靶点;将化合物与疾病交集靶点通过STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络图,采用Cytoscape软件获得生脉饮(党参方)作用于CHF的关键化合物和核心靶点,使用R语言软件包进行基因本体(GO)生物学过程分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析并可视化,在基因表达综合数据库(GEO)下载CHF基因表达芯片,经过R语言软件包处理后验证核心靶点基因差异表达情况,最后,使用Autodock软件将有效成分和核心靶点进行分子对接再次验证,并将结果可视化展示。结果:共筛选得到35个有效化学成分、120个潜在靶点,获得菠菜甾醇、11-羟基兰金断肠草碱、α菠菜甾醇、邻苯二甲酸二异辛酯、黄豆黄素、...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨三参通脉合剂治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨三参通脉合剂治疗冠心病的主要化合物成分及复杂作用机制。方法:通过HERB数据库、SwissADME平台检索并筛选三参通脉合剂的潜在活性化合物,通过SwissTargetPrediction平台预测作用靶点。通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、DrugBank及TTD数据库检索并筛选冠心病相关靶点。取药物预测靶点与疾病相关靶点的交集,将交集靶点导入Cytoscape 3.9.1构建“中药-成分-靶点”网络;导入STRING 11.5数据库构建靶点蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并通过Cytoscape 3.9.1、CytoNCA插件进行拓扑分析。通过Metascape数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Tools 1.5.7、AutoDock Vina 1.1.2等进行分子对接分析。结果:共筛选得到三参通脉合剂365个活性成分,可能作用于320个冠心病相关靶点。根据“中药-成分-靶点”网络、PPI网络及相关文献筛选5个关键靶点与11个主要活性成分进行分...     

基于网络药理学和分子对接探讨巴戟天抗动脉粥样硬化的靶点及信号通路

[目的]应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及小分子药物靶点预测在线平台(Swiss Target Prediction)和疾病基因组数据库,结合分子对接技术,预测巴戟天抗动脉粥样硬化(As)的靶点及信号通路。[方法]通过中药网络药理学数据库及小分子药物靶点预测在线平台挖掘巴戟天的有效成分及其所对应的靶点,利用GeneCards、OMIM、Disgenet、UniProt收集并筛选As相关的疾病基因靶点,获取交集基因,将其导入String 11.5数据库中,构建疾病-药物蛋白互作分析(String-PPI)网络图,利用Cytoscape 3.9.1软件对关键靶点网络进行可视化;此外,运用Metascape网络在线平台进行GO、KEGG富集挖掘出其抗As的分子靶点,并通过KEGG数据库绘制通路图。最后,使用Autodock vina 1.1.2软件对核心化合物及核心靶点基因进行分子对接验证。[结果]通过以上数据库共收集得到包括β-谷甾醇和蒽醌在内的17个有效药物化合物、73个核心靶点和1 450个关键疾病基因;取交集后得到巴戟天治疗As的35个核心基因;经String-PPI...     

基于网络药理学和分子对接探讨大黄-三七配伍治疗脑出血机制及其实验验证

目的:运用网络药理学和分子对接探讨大黄-三七配伍治疗脑出血的作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)以及文献查找获取大黄和三七的活性成分,以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为阈值进行筛选,通过Swiss Target Prediction预测活性成分靶点;从人类基因综合数据库(GeneCard)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、治疗靶点数据库(TTD)获取脑出血疾病基因,并筛选出与药物靶标的交集基因;运用STRING对交集基因进行蛋白-蛋白互作(PPI)分析,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“疾病-中药-化合物-交集基因”网络图、PPI网络图,运用Metascape数据分析平台进行基因本体(GO)富集以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证,并通过动物实验验证大黄-三七药对对磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)通路以及Bcl-2家族促凋亡蛋白(Bax)、Bcl-2家族抗凋亡蛋白(Bcl xL)的影响。结果:最终筛选获得大黄-三七药对有效成分3...     

基于网络药理学与分子对接探讨藤梨根治疗胃癌的作用机制

目的 通过数据库挖掘藤梨根治疗胃癌的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选药物活性成分及作用靶点,结合Gene Cards、OMIM、PharmGKB、DrugBank以及TTD数据库中的胃癌相关靶点,构建“药物-化合物-交集靶点”网络,并对交集靶点进行蛋白网络互作(PPI)运算及功能分析以进一步得出藤梨根治疗胃癌的核心基因。最后使用Autodock软件对藤梨根活性成分及核心基因进行分子对接。结果 经分析发现,藤梨根有效化合物共6个,对应靶点468个;胃癌靶点12117个,与藤梨根中5个化合物取得交集靶点共148个,其中核心基因13个。GO功能分析结果示,生物过程涉及细胞对化学应激的反应、金属离子响应、脂多糖反应等,KEGG富集分析主要涉及PI3K-AKT信号通路、炎症相关信号通路(TNF、IL17A)、肿瘤相关信号通路等。分子对接结果显示藤梨根其主要活性成分与核心靶点结合能均<-5 kcal/mol,能够自发结合,其中具有较强结合活性(结合能≤-7 kcal/mol)成分靶点占82.8%以上。结论 藤梨根的活性成分可能主要通过调控PI3K-Akt、TNF等信号通路,作用于AK...     

基于网络药理学和分子对接探讨苗药黑骨藤治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术，探究苗药黑骨藤治疗阿尔茨海默病(AD)的活性成分和潜在作用机制。方法 通过文献搜集苗药黑骨藤的化学成分，利用中药系统药理学数据库(TCMSP)和Swiss ADME数据库筛选黑骨藤的主要活性成分，采用Swiss Target Prediction和SEA数据库预测活性成分的作用靶点。通过GeneCards、OMIM数据库检索AD相关靶点，经Venny2.1.0获取成分-疾病交集靶点，结合STRING数据库和Cytoscape3.8.0软件对交集靶点进行蛋白互作(PPI)网络分析。再借助HIPLOT数据库对交集靶点进行基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。最后，利用AutoDock Tools1.5.6软件将潜在成分与核心靶点进行分子对接。结果 苗药黑骨藤的活性成分共24个，对应靶点574个，1 513个AD靶点，交集靶点159个；GO分析得到2 661条生物过程，587条分子功能，311条细胞成分；KEGG分析得到AD主要参与神经退行性疾病-多发性疾病途径、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、癌症中的蛋白多糖等相关通路。分子对接结...     

基于网络药理学探究灵宝护心丹治疗急性心肌梗死的潜在机制

目的利用网络药理学和分子模拟对接的方法探究灵宝护心丹治疗急性心肌梗死(AMI)的分子机制。方法通过中药系统药理学数据库(TCMSP)、中医综合数据库(TCMID)获得灵宝护心丹所含9味中药相关活性化合物和作用靶点;通过人类基因数据库Gene Cards获得AMI相关基因,利用String 11.0数据库获得目标基因;利用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶标网络,根据拓扑学参数筛选灵宝护心丹治疗AMI的核心靶点;利用Cytoscape 3.7.2插件ClueGO+Cluepedia对疾病和药物交集靶点进行基因本体(GO)生物学过程富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路注释分析。结果灵宝护心丹化合物-AMI靶点网络包含57个疾病靶点和104个活性化合物,核心靶点包括叉头转录因子(FoxO1)、沉默信息调节因子1(Sirt1)、CASP3、白介素-6(IL-6)、AKT1、SOD2、Bcl2等。GO功能富集得到73个条目;KEGG富集到111个通路,并且被分类为16个具有统计学意义的亚组,主要涉及FoxO信号通路、HIF-1信号通路、凋亡信号通路、NF-κB信号通路等。使用GeneMANIA数据库构建核心靶标蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并对其进行生物学功能分析。利用分子对接模拟软件Autodock Vina 1.1.2,对关键药效分子与核心靶标进行配体-受体对接模拟计算。结论基于网络药理学预测灵宝护心丹治疗AMI的潜在分子机制,为进一步研究其药效和作用机制奠定了基础。     

基于“胃不和则卧不安”理论探讨贾跃进治疗失眠障碍的用药规律

目的基于中医“胃不和则卧不安”理论与数据挖掘技术探讨贾跃进临床治疗失眠障碍的用药规律。方法通过简述贾跃进对“胃不和则卧不安”的认识,使用古今医案云平台V 2.2.3将门诊近2年中药治疗失眠障碍的处方进行药物频次、属性统计及关联、聚类和复杂网络分析,得到核心组方。再运用TCMSP、GEO等数据库得到核心组方各药物有效成分的靶点与疾病靶点并取交集,利用Cytoscape 3.8.0及其插件构建疾病-药物-成分-靶点、蛋白-蛋白互作网络,并进行基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,选取关键有效成分和关键靶点进行Vina分子对接分析。结果共获得病案228个、方剂228首,涉及中药119味;药性以平、温为多;药味以甘、辛、苦为主;药物主要归脾、肝、胃经;通过药物关联、聚类和复杂网络分析综合得到6味药物的核心组方。共获得核心组方有效成分45种,相关靶点243个,交集基因72个,关键成分包括α-香树素、豆甾醇等;关键靶点有RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、钠依赖性5-羟色胺转运蛋白(SLC6A4)等。GO功能富集分析包括生物调节、信号通路等;KEGG通路富集分析包括神经活性配体-受体相互作用、血清素能突触等。关键成分和关键靶点分子对接显示可稳定结合。结论初步得到贾跃进中药论治失眠障碍的用药规律及相关多成分、多靶点、多通路的作用机制。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用机制

目的基于网络药理学探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用机制。方法检索中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库中各中药化合物,并将化合物的靶蛋白信息导入UniProt网站进行基因名转换。将整合的数据导入Cytoscape 3.5.1软件,构建“中药-化合物-靶点”可视化网络图。登录DisGeNET、GeneCards、DrugBank、OMIM、GAD、TTD数据库对冠心病基因靶点进行检索,并将疾病与药物的交集靶点录入STRING网站构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,对节点信息进行分析与计算后筛选得到核心靶点。将靶点基因导入Metascape网站进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,同时对通路进行预测。运用AutoDock 4.2、PyMOL 2.3.2软件对核心靶点进行分子对接验证。结果共筛选出瓜蒌薤白半夏汤包含的32种化合物,度值较高的是β-谷甾醇、豆甾醇、柚皮素等。通过Cytoscape 3.5.1软件构建的PPI网络包含98个节点、1318条边,核心靶点为前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基a(PIK3CA)、基质金属蛋白酶2(MMP2)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等。通过GO及KEGG富集筛选出与冠心病相关的磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)等10条核心通路,并采用分子对接方法对结果进行了验证。结论柚皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、松柏苷、槲皮素可能是瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病发挥关键作用的化合物,可能通过作用于PTGS2、PIK3CA、MMP2、VEGFA等靶点对肾素-血管紧张素系统(RAS)、RAS相关蛋白-A(Rap1)、血管内皮生长因子(VEGF)等通路进行调控,而PI3K-Akt可能是瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的核心通路。     

川芎抗动脉粥样硬化作用机制的网络药理学与分子对接技术研究

目的使用网络药理学与分子对接技术探究川芎抗动脉粥样硬化的作用机制。方法运用中药系统药理(TCMSP)数据库筛选川芎的活性成分及质控成分,通过Swiss Target Prediction预测药物靶点。在DrugBank和DisGeNET数据库筛选出动脉粥样硬化的相关靶点。通过STRING构建靶点蛋白互作网络,运用Cytoscape绘制网络并进行拓扑学分析。使用Omicshare对相关靶点进行GO富集分析与KEGG富集分析。运用DockThor进行分子对接。结果获得川芎抗动脉粥样硬化的167个相关治疗靶点,通过网络拓扑分析发现钙敏感受体、丝裂原活化蛋白激酶3等46个靶点为核心靶点。GO富集分析发现川芎在生物过程、分子功能、细胞组成多方面影响动脉粥样硬化的发生发展。KEGG通路富集分析发现,川芎可能通过调节神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等多条代谢通路来发挥抗动脉粥样硬化的作用。结论运用网络药理学的方法证实了川芎抗动脉粥样硬化具有多途径、多靶点作用的特点。预测了川芎抗动脉粥样硬化的可能机制,为其后续基础研究提供了参考和理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探究余甘子治疗肝细胞癌的分子机制

目的:基于网络药理学及分子对接虚拟预测方法,探究余甘子治疗肝细胞癌的潜在分子机制。方法:通过公共数据库获取余甘子的有效活性成分及作用靶点,并筛选肝细胞癌相关靶点,构建“活性成分-靶点”关系图与PPI网络,进行GO分析和KEGG、Reactome通路富集,采用分子对接评价活性成分与核心靶点的结合活性。结果:共获得19个有效活性成分和12个重要靶点。通过GO分析获得了1794个细胞生物过程,而KEGG和Reactome富集分析分别涉及315和391个相关通路。结论:余甘子的主要有效活性成分为鞣花酸、木犀草素、槲皮素和山奈酚,可能作用于AKT1、MMP9、SRC、ESR1、PPARG和AR等关键靶点,调控内分泌抵抗、癌症中的蛋白多糖、癌症通路、受体酪氨酸激酶信号、白细胞介素信号通路、生长因子受体和第二信使信号转导、PI3K/AKT信号通路等以治疗肝癌。除了直接的肿瘤相关信号通路,间接的炎症、代谢通路在抑制肝癌进展中发挥了重要作用。     

基于网络药理学探讨葛根芩连汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制

[目的]:运用网络药理学方法对葛根芩连汤治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制进行研究。[方法]运用TCMSP数据库获取葛根芩连汤有效成分及预测药物作用靶点;运用CTD数据库获取UC疾病基因;运用STRING在线工具构建蛋白互相作用网络;使用Cytoscape 3.7.1软件进行蛋白网络可视化处理,运用cytoHubba、MCODE插件筛选关键基因;使用WebGestalt工具进行基因本体及KEGG信号通路分析。[结果]葛根芩连汤靶点与UC疾病的交集基因共112个,功能涉及细胞增殖、细胞凋亡、蛋白质磷酸化、细胞膜、转录因子等方面;KEGG信号通路结果显示交集基因富集于免疫调节密切相关的Th17细胞分化、IL-17信号、肿瘤坏死因子信号通路、与缺氧相关的低氧诱导因子-1信号通路、肿瘤相关的癌症的途径、结直肠癌通路和PI3K-Akt信号通路;筛选得共10个关键靶点基因,这些基因与免疫反应、肿瘤密切相关。[结论]葛根芩连汤治疗UC的机制是多靶点、多通路的复杂过程,其机制与调节免疫反应、缺氧反应、抗肿瘤等相关通路有关。     

To explore the Radix Paeoniae Rubra-Flos Carthami herb pair's potential mechanism in the treatment of ischemic stroke by network pharmacology and molecular docking technology

To explore the Radix Paeoniae Rubra-Flos Carthami herb pair''s (RPR-FC) potential mechanism in treating ischemic stroke (IS) by network pharmacology and molecular docking technology.The Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database was used to screen the active components of the RPR-FC, and Cytoscape 3.8 software was used to construct a network map of its active components and targets of action. The GeneCards and OMIM databases were used to identify disease targets of IS, and the common targets were chosen as research targets and imported into the STRING database to construct a protein–protein interaction network map of these targets. R language software was used to analyze the enrichment of GO terms and KEGG pathways, and explore the mechanisms of these targets. Molecular docking technology was used to verify that the RPR-FC components had a good bonding activity with their potential targets.A total of 44 active components, which corresponded to 197 targets, were identified in the RPR-FC. There were 139 common targets between the herb pair and IS. GO functional enrichment analysis revealed 2253 biological process entries, 72 cellular components entries, and 183 molecular functions entries. KEGG pathway enrichment analysis was mainly related to the NF-kappa B signaling pathway, the TNF signaling pathway, apoptosis, the MAPK signaling pathway, the PI3K-Akt signaling pathway, the VEGF signaling pathway, etc. The molecular docking results showed the components that docked well with key targets were quercetin, luteolin, kaempferol, and baicalein.The active components (quercetin, luteolin, kaempferol, and baicalein) of the RPR-FC and their targets act on proteins such as MAPK1, AKT1, VEGFA, and CASP3, which are closely related to IS.¹ These targets are closely related to the NF-kappa B signaling pathway, the MAPK signaling pathway, the PI3K-Akt signaling pathway, the VEGF signaling pathway, and other signaling pathways. These pathways are involved in the recovery of nerve function, angiogenesis, and neuronal apoptosis and the regulation of inflammatory factors, which may have a therapeutic effect on IS.     

Mechanism research of Salvia miltiorrhiza on treating myocardial ischemia reperfusion injury according to network pharmacology combined with molecular docking technique

Myocardial ischemia reperfusion injury (MIRI) is a kind of complicated disease with an increasing incidence all over the world. Danshen was shown to exert therapeutic effect on MIRI. However, its chemical and pharmacological profiles remain to be elucidated. Network pharmacology was applied to characterize the mechanisms of Danshen on MIRI.The active compounds were screened from the online database according to their oral bioavailability and drug-likeness. The potential proteins of Danshen were collected from the TCMSP database, whereas the potential genes of MIRI were obtained from Gene Card database. The function of gene and pathways involved were researched by GO and KEGG enrichment analysis. The compounds-targets and protein–protein interaction networks were constructed by Cytoscape software. The affinity between active components and potential targets was detected by molecular docking simulation.A total of 202 compounds in Danshen were obtained, and 65 were further selected as active components for which conforming to criteria. Combined the network analysis and molecular docking simulation, the results firstly demonstrated that the effect of Danshen on MIRI may be realized through the targeting of vascular endothelial growth factor A, interleukin-6, and AKT1 by its active components tanshinone IIA, cryptotanshinone, and luteolin. The main regulatory pathways involved may include PI3K/ Akt signaling pathway, HIF-1 signaling pathway, and interleukin-17 signaling pathway. The present study firstly researched the mechanism of Danshen on MIRI based on network pharmacology.The results revealed the multicomponents and multi-targets effects of Danshen in the treatment of MIRI. Importantly, the study provides objective basis for further experimental research.     

基于网络药理学与分子对接技术探究三棱-莪术药对治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的]运用网络药理学与分子对接技术探究三棱-莪术药对治疗动脉粥样硬化(As)的作用机制。 [方法]通过TCMSP、Swiss Target Prediction、STRING数据库和Cytoscape软件发现并探究相关治疗靶点的作用关系,通过Omicshare平台进行GO富集分析与KEGG通路富集分析,运用DockThor平台进行分子对接。 [结果]研究结果发现158个相关治疗靶点,其中丝氨酸/苏氨酸激酶1、SRC原癌基因、肿瘤坏死因子、丝裂原激活蛋白激酶3、白细胞介素6等49个靶点为核心靶点。GO富集分析发现三棱-莪术药对可以在多方面影响As的发生发展。KEGG通路富集分析发现,三棱-莪术药对可能通过C型凝集素受体信号通路、癌症通路等多条代谢通路来发挥治疗As的作用。分子对接显示靶点TNF与常春藤皂苷元的结合活性最高。 [结论]三棱-莪术药对治疗As的作用机制复杂,主要通过C型凝集素受体信号通路、癌症通路等多条代谢通路发挥作用。     

基于网络药理学探讨附子理中汤治疗非酒精性脂肪性肝病作用机制

目的:运用网络药理学方法分析附子理中汤(FZLZD)治疗非酒精性脂肪肝性病(NAFLD)的潜在作用机制。方法:检索TCMSP数据库筛选出FZLZD药物活性成分及作用靶点,并借助Uniprot平台进行靶点蛋白规范化处理。检索GeneCards与OMIM数据库得到NAFLD靶点基因,进一步获取药物和疾病共有靶点,即为FZLZD治疗NAFLD的潜在靶点基因。利用Cytoscape 3.7.2绘制药物活性成分-靶点-疾病网络图,利用Cytoscape 3.7.2结合String数据库构建蛋白互作(PPI)网络,利用Metascape数据库对共有靶点进行GO和KEGG富集分析。结果:最终筛选出80种药物活性成分、43个潜在作用靶点;富集分析获取808个生物学过程及25条与NAFLD相关信号通路。结论:FZLZD通过多成分-多靶点-多信号通路协同调控NAFLD。