基于网络药理学研究巴戟天抗抑郁的分子作用机制

目的运用网络药理学的方法探讨巴戟天治疗抑郁症的分子作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP数据库)筛选出巴戟天的活性成分和对应的作用靶点;利用GeneCard、OMIM等数据库筛选出抑郁症的潜在靶点;采用Cytoscape 3.6.1软件构建药物-成分-疾病-靶点的可视化网络;以STRING数据库对关建靶点构建蛋白互作网络分析;最后进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果从巴戟天中筛选出有效成分20个,得到可作用于抑郁症的靶点22个。GO分析富集得到65个生物学功能,KEGG通路分析富集得到48条信号通路。结论巴戟天通过多靶点、多通路发挥对抑郁症的治疗作用,其作用机制可能与胆碱能突触、神经活性配体-受体相互作用、甲状腺激素信号通路、PI3K-Akt信号通路、雌激素信号通路等相关。     

基于网络药理学和分子对接探讨肝脂平治疗非酒精性脂肪性肝病作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接探究肝脂平治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的作用机制。方法:利用TCMSP数据库收集肝脂平活性成分及靶点,通过Gene Cards、Drug Bank、TTD及OMIM数据库检索NAFLD相关靶点。利用Cytoscape 3.7.2构建蛋白质互作网络及“活性成分-靶点-通路”网络,使用DAVID平台进行GO富集分析和KEGG通路分析。最后通过Auto Dock进行分子对接。结果:筛选得到肝脂平112种活性成分,256个对应靶点,其中有130个靶点作用于NAFLD。GO富集分析和KEGG通路分析共得到734个生物过程,89条信号通路。分子对接结果显示,核心成分与关键靶点有较好的结合性。结论:肝脂平通过AKT1、TNF、IL-6、IL-1β、TP53等关键靶点对NAFLD发挥治疗作用,作用机制和脂质与动脉粥样硬化、AGE-RAGE、PI3K-Akt等信号通路有关。     

基于网络药理学和分子对接技术的白芍治疗抑郁症作用机制探讨

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术探讨白芍治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出白芍的活性成分及相关靶点;使用DisGeNET、GeneCards等数据库筛选抑郁症潜在靶点,得到活性成分与疾病的交集靶点;通过STRING数据库构建活性靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用R语言中CludterProfiler程序包进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-通路网络;通过Discovery Studio 2016软件对核心配体小分子和受体大分子进行分子对接分析。结果:筛选得到白芍相关活性化合物8个,相关靶点77个,白芍与抑郁症的共同靶点67个,β-谷甾醇、山柰酚和蛋白激酶B1 (Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)和孕激素受体(PGR)可能是白芍治疗抑郁症的有效化合物和作用靶点。GO功能富集分析筛选得到生物过程、细胞组成、分子功能分别为2825、189、358条;KEGG富集筛选得到糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)、神经活性配体-受体相互作用、TNF、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt等信号通路;分子对接结果表明,PGR与成分丁子香萜、β-谷甾醇、谷甾醇、芍药二酮和山柰酚均具有良好的亲和力。结论:白芍治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等相关。     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芩主要活性成分和作用靶点，通过OMIM、GeneCards、TTD及DrugBank等数据库筛选糖尿病和阿尔茨海默病的主要靶点，构建活性成分-靶点网络；利用STRING 11.0进行蛋白质互作分析，构建PPI网络以筛选重要靶点；运用Metascape库对关键交集靶点进行GO和KEGG富集分析；利用Cytoscape 3.7.2将分析得到的重要靶点和通路构建药物成分-疾病靶点-通路网络；进一步对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 筛选出黄芩重要活性成分有汉黄芩素、黄芩素、金合欢素、降穿心莲黄酮等，PPI网络中关键交集靶点61个，核心靶点有AKT1、IL-6、MAPK14、TNF、PRKCA、VEGFA等。GO富集分析得到细胞组成101条，分子功能76条，生物过程1 413条；KEGG通路富集分析得到258条，主要涉及AGE-RAGE信号介导的糖尿病并发症通路、IL-17、MAPK、TNF、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗通路等。分子对接结果可知，汉黄芩素、金合欢素、黄芩素、红...     

基于网络药理学和生物信息学探讨养血清脑颗粒治疗血管性痴呆的作用机制

目的基于网络药理学及生物信息学探讨养血清脑颗粒治疗血管性痴呆的作用机制。方法通过TCMSP、BATMAN-TCM数据库、GEO数据库、OMIM数据库等获取养血清脑颗粒治疗血管性痴呆的活性成分及潜在靶点;应用R语言绘制GEO数据集相关热图, 使用Cytoscape 3.8.2软件构建"中药-活性成分-潜在靶点"网络, 并采用CytoNCA插件进行PPI网络拓扑分析;使用Metascape网站对潜在靶点进行GO及KEGG富集分析;采用AutoDock Vina 1.5.6软件将活性成分与潜在核心靶点进行分子对接。结果筛选得到养血清脑颗粒活性成分135个及治疗血管性痴呆的潜在靶点186个。GO功能富集分析显示, 主要涉及蛋白激酶结合、转录因子结合等生物功能;KEGG通路富集分析结果主要富集于PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路等;分子对接结果显示, 养血清脑颗粒主要活性成分与潜在作用靶点有良好的结合活性。结论养血清脑颗粒治疗血管性痴呆具有靶点多、通路广的特点, 可通过抑制神经细胞凋亡、减轻炎性反应等机制发挥治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接探讨茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭的作用机制。方法：利用TCMSP、Uniprot数据库收集茵陈蒿汤活性成分及对应靶点;使用GeneCards和OMIM数据库收集慢加急性肝衰竭相关靶点,并筛选药物与疾病交集靶点;运用STRING数据库获得蛋白质相互作用（PPI）网络,Cytoscape 3.9.1软件构建“中药-活性成分-靶点”网络,利用Metascape数据库进行GO生物功能和KEGG通路富集分析;借助AutoDock等软件进行分子对接验证。结果：茵陈蒿汤治疗ACLF的核心活性成分包括槲皮素、异鼠李素、山柰酚、豆甾醇、β-谷甾醇等,核心靶点有AKT1、MAPK、TNF、IL-6等。KEGG分析主要涉及AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路和TNF信号通路等188条信号通路。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有良好的结合活性。结论：茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭具有多成分、多靶点、多通路的综合优势和特点。     

基于网络药理学和分子对接探讨河南省新型冠状病毒肺炎预防方(成人方)作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接探讨河南省新冠肺炎预防方(成人方)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库获取河南省新冠肺炎预防方(成人方)的活性成分,使用OMIM、Gene Cards获取相关靶点。使用String数据库构建蛋白互作网络,并通过Cytoscape 3.8.2软件可视化处理。通过R 4.1.0软件进行GO富集分析及KEGG通路富集分析,运用Auto Dock 1.5.6进行分子对接预测。结果:河南省新冠肺炎预防方(成人方)的关键活性成分147个,活性成分-疾病的共同靶点165个。GO富集分析共筛选出包括活性氧生物合成过程、外源性凋亡信号通路、细胞对化学应激及药物的反应、炎症反应的调节、受体配体活性、趋化因子、内在凋亡信号通路等2443个生物过程。KEGG通路富集分析显示,可能涉及COVID-19、甲型流感、军团菌病、PI3K-Akt、MAPK、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、T细胞受体等179条通路。分子对接结果显示,槲皮素、山萘酚、β-谷甾醇、汉黄芩素、木犀草素均与3CLpro及 ACE2 受体有较好的结合活性。结论:MAPK3、MYC、VEGFA、MAPK14、CCND1、MAPK8等核心靶点可能通过COVID-19、甲型流感、PI3K-Akt、MAPK、等信号通路发挥抗炎、保护细胞损伤等作用,同时该药物通过活性氧生物合成过程、外源性凋亡信号通路等生物过程干预COVID-19,这为进一步探讨中药预防COVID-19提供相关依据。     

基于网络药理学与分子对接及实验验证探讨苦杏仁-桔梗药对治疗肺癌的作用机制

目的：运用网络药理学方法及分子对接初步预测苦杏仁-桔梗药对治疗肺癌的主要靶点及其作用机制,再通过体外实验验证部分关键靶点及其通路。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、SwissTargetPrediction、GeneCard数据库获取活性成分和靶点,利用UniProt数据库将靶点标准化,通过在线veny2.1绘制韦恩图。运用STRING数据库绘制靶点的PPI网络图,使用Cytoscape3.8.2软件建立“药物-成分-靶点”“核心蛋白-蛋白”网络关系图,利用Matescape数据库进行GO和KEGG通路富集分析。通过PyMOL、AutoDockTool 1.5.6软件进行分子对接。用不同浓度的小鼠含药血清培养Lewis肺癌细胞,CCK8检测细胞活性,流式细胞Annen V-FITC/PI标记法检测细胞凋亡率,实时荧光定量PCR技术、Western Blot检测Lewis肺癌细胞中SRC蛋白表达水平。结果：获得苦杏仁-桔梗有效活性成分23个,靶点为227个,关键靶点为SRC,KEGG富集程度较高的为PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。分子对接显示结合能良好...     

基于网络药理学与分子对接探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接的方法探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的潜在分子作用机制。方法:通过TCMSP、Swiss TargetPrediction数据库得到肝乐颗粒中各个药物的有效活性成分及对应的蛋白质靶点,GeneCards数据库获取非酒精性脂肪性肝病的疾病靶点,利用Venny软件取药物和疾病的交集靶点,运用Cytoscape3.7.1软件创建“药物-化合物-靶点”网络图,并联合String平台对药物-疾病交集靶点进行蛋白质网络互作分析,将筛选过的核心基因导入David数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析,应用AutoDock和Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:肝乐颗粒中的药物成分作用于非酒精性脂肪性肝病的靶点93个,拓扑分析出83个核心靶点信息,GO分析共包含288条生物过程、55条分子功能、33条细胞组成等376条富集结果,KEGG通路分析发现86个条目,其中主要涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等多条信号通路。分子对接结果显示,肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的主要活性成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、柚皮素、异鼠李素、芒柄花素等与A...     

基于网络药理学和分子对接探讨虎杖-金钱草药对治疗肝癌作用机制

目的：通过网络药理学及分子对接方法探究虎杖-金钱草药对治疗肝癌的作用机制。方法：以TCMSP、TCMIP、BATMAN-TCM、HERB、GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD数据库为来源,获取虎杖及金钱草的活性成分、作用靶点及肝癌疾病靶点。使用STRING数据库和Cytoscaape软件对共同靶点绘制蛋白质相互作用网络（PPI）获取核心靶点。应用DAVID数据库进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析。应用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点-疾病-信号通路”网络。最后运用AutoDock Tools、PyMOL进行分子对接验证。结果：经过筛选得到“虎杖-金钱草”治疗肝癌的潜在核心靶点17个。GO功能分析得到663条结果,KEGG通路富集分析主要涉及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等139条通路。分子对接结果显示,虎杖-金钱草主要活性成分与关键潜在作用靶点Akt1、Src、EGFR、HSP90AA1和ErbB2均能自发结合且具有较好的亲和力。结论：虎杖-金钱草可能结合多个成分和靶点,调控多条通路发挥靶向治疗肝癌的作用。     

基于网络药理学与分子对接技术的益气散瘀解毒方治疗骨肉瘤的潜在机制分析

目的探讨益气散瘀解毒方治疗骨肉瘤的活性成分及其潜在作用机制。方法通过TCMSP、TCMID数据库及文献检索查找黄芪、重楼、黄连3味中药的活性成分及作用靶点;利用Genecards、OMIM、TTD数据库获取骨肉瘤相关靶基因;对药物靶点和疾病靶点取交集,运用Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-靶点-疾病网络";通过String数据库获取益气散瘀解毒方治疗骨肉瘤相关蛋白相互作用网络(PPI),利用Network Analyzer工具进行拓扑学分析;利用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock Vina软件将化合物与骨肉瘤相关蛋白进行分子对接。结果筛选得到益气散瘀解毒方中的共49种活性成分,关键活性成分共23个,治疗骨肉瘤的潜在靶点93个;PPI网络分析得出益气散瘀解毒方治疗骨肉瘤的17个关键靶点蛋白,涉及Akt1、MAPK1、PTGS2和VEGFA等。GO功能富集分析得到GO条目1 720个(P0.05),其中生物过程(BP)条目1 583个,细胞组成(CC)条目30个,分子功能(MF)条目107个。KEGG通路富集筛选得到112条信号通路(P0.05),涉及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路等。分子对接结果显示,山柰酚、黄连素和槲皮素与骨肉瘤的Akt1、MAPK1蛋白具有较强的亲和力。结论益气散瘀解毒方中的活性成分可能通过作用于Akt1、MAPK1等靶点,调节多条信号通路,进而起到治疗骨肉瘤的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄连-葛根药对“异病同治”糖尿病视网膜病变和糖尿病肾病作用机制

目的运用网络药理学方法探究黄连-葛根药对治疗糖尿病视网膜病变(DR)和DN的作用机制。方法应用TCMSP、UniProt数据库检索黄连-葛根活性成分及对应靶点, 应用GeneCards、OMIM数据库检索DR和DN靶点基因, 运用在线工具Venny获得交集靶点, 利用Cytoscape 3.8.2软件构建"成分-靶点"网络, 采用STRING数据库构建PPI网络, 并通过DAVID数据库进行GO功能及KEGG通路富集分析, 并进行分子对接验证。结果获得黄连-葛根药对活性成分18个, 疾病-药物交集靶点74个。GO功能富集分析发现, 交集靶点主要富集于炎症反应及凋亡等生物过程, 涉及到细胞外间隙、质膜、细胞质等细胞组分, 且与蛋白质结合、ATP结合、酶结合等分子功能有关。KEGG通路富集分析发现, 交集靶点可能与TNF信号通路、Toll样受体信号通路、PI3K-Akt信号通路等机制相关。分子对接结果显示, 核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论黄连-葛根可能通过TNF、IL6、TP53等靶点, 调控TNF信号通路、Toll样受体信号通路和PI3K/Akt信号通路, 发挥抑制细胞凋亡、氧...     

黄芪-党参药对治疗胃癌的网络药理学研究

目的运用网络药理学探讨黄芪-党参药对治疗胃癌的作用机制。方法通过DisGeNET数据库检索胃癌的相关靶点。使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄芪、党参的潜在活性成分和作用靶点,借助PubChem数据库,预测黄芪-党参药对活性成分的所有潜在靶点,并将活性成分预测的靶点与疾病靶点取交集,获取黄芪-党参药对治疗胃癌的靶点集。使用Auto Dockt Vina对筛选所得的主要活性成分及主要相关靶点进行分子对接验证。通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用Cytoscape 3.7.1构建"药物-化合物-靶点-通路-疾病"网络及蛋白相互作用(PPI)网络,研究其作用机制。结果"药物-化合物-靶点-通路-疾病"网络包括52个活性化合物、62个作用靶点以及34条通路,关键化合物为3-β-Hydroxymethyllenetanshiquinone、黄芪皂苷Ⅰ、咖啡酸、异阿魏酸等,关键靶点涉及MAPK、PI3Ks、EGFR、NF-κB1等;PPI网络关键靶点主要为STAT3、PIK3CA、MAPK1、HRAS等。GO富集分析共涉及264个生物过程(BP),38个细胞组分(CC)以及57个分子功能(MF);KEGG通路富集分析筛选得到34条与胃癌相关的通路,主要为癌症通路、PI3K-Akt信号通路等。结论黄芪-党参药对可能是通过介导PI3K-Akt等信号通路调控肿瘤细胞的增殖、凋亡、迁移、失巢凋亡及血管生成等生物过程进而达到治疗胃癌的目的。     

基于复方网络药理学和分子对接技术研究丹蒌片治疗冠心病的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探究丹蒌片在冠心病治疗过程中的活性成份以及可能的作用机制,为后续临床试验的广泛靶向代谢组学分析提供参考,为其治疗冠心病提供现代医学理论依据。首先通过TCMSP数据库获取丹蒌片复方中药材有效成份和药物潜在靶点,通过Drugbank和Genecards数据库筛选出冠心病疾病靶点,将筛选出的药物靶点与疾病靶点取交集,获取丹蒌片治疗冠心病的靶点集。通过String数据库对靶点集进行PPI分析,并筛选核心靶基因。基于Metascape数据库对交集基因进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,最后采用Auto Dock、Pymol软件对丹蒌片关键作用成分与作用靶点进行分子对接验证和可视化处理。结果共筛选得到165个丹蒌片活性成份,344个药物靶点,获得冠心病疾病靶点947个,145个药物与疾病交集基因。通过GO功能富集分析和KEGG通路分析,结果主要涉及AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果显示药物8种关键活性成分与作用靶点受体蛋白对接良好。该研究初步揭示了丹蒌片药物活性成份...     

基于网络药理学探讨大黄治疗儿童功能性便秘的作用机制研究

目的：采用网络药理学探讨大黄治疗儿童功能性便秘（FC） 的作用机制。方法：通过TCMSP 数据库获取大黄的主要活性成分和作用靶点,利用Genecards 数据库检索出FC 的潜在靶点,再筛选以上两者的共同靶点,获得靶蛋白之间的相互作用关系,采用Cytoscape3.7.2 软件绘制“大黄-活性成分-靶点-FC”相互作用网络图,最后对交集靶点进行蛋白互作网络（PPI）分析,GO 功能分析和KEGG 通路富集分析。结果：收集到大黄有效活性成分16 个,所对应基因靶点37 个,FC 基因靶点4 521 个,大黄和FC 共同交集靶点为26 个。PPI 结果显示：大黄中的CASP3、MYC、ESR1、HSP90AA1、CCNB1、CASP8 等为治疗FC 的核心靶点。GO 功能分析显示靶点基因主要富集于对类固醇激素的反应、对雌二醇的反等。KEGG 通路富集分析主要包括化学致癌作用-受体激活、乙型肝炎、人类免疫缺陷病毒1 型感染、脂质和动脉粥样硬化信号通路、PI3K-Akt 信号通路、神经退行性疾病信号通路、p53 信号通路、胆碱能突触和雌激素信号通路等对FC 产生治疗作用。结论：大黄通过多成分、多靶点和多通路治疗FC,但其机制仍需进一步体内体外实验证实。     

基于网络药理学及分子对接探讨前列舒通胶囊治疗慢性前列腺炎的分子机制

目的基于网络药理学及分子对接技术探讨前列舒通胶囊治疗慢性前列腺炎(CP)的分子机制。方法通过查询TCMSP、BATMAN-TCM、Swiss数据库获取前列舒通胶囊的成分及作用靶点,通过Genecards、OMIM、DisGeNET数据库获取治疗CP的作用靶点,利用R软件获取药物和疾病共有靶点基因,利用String平台对共有基因构建蛋白相互作用(PPI)网络,利用R软件对共有基因进行GO及KEGG富集分析。利用Cytoscape软件构建"药物—成分—靶点—通路"网络图。利用PyMoL及AutoDock Vina软件进行分子对接。根据预测结果绘制前列舒通胶囊治疗CP的作用机制图。结果筛选后得到前列舒通胶囊有效成分186个,垂钓靶点277个,作用于CP的有效成分133个,靶点108个。与调节氧化应激反应、凋亡信号通路、脂多糖、活性氧代谢、细菌原始分子等相关,涉及NF-κB、IL-17、PI3K-Akt、MAPK等信号通路。分子对接表明靶标蛋白与药物主要活性成分结合性较好。结论 NF-κB、IL-17、PI3K-Akt及MAPK信号通路可能是前列舒通胶囊治疗CP的主要作用通路。     

基于网络药理学探讨肉苁蓉治疗血管性痴呆的作用机制

目的基于网络药理学探讨肉苁蓉治疗血管性痴呆(vascular dementia,VD)的作用机制。方法采用TCMSP分析平台检索中药活性成分和中药靶点,利用GeneCards数据库和OMIM数据库筛选肉苁蓉治疗VD的作用靶点,构建蛋白互作网络(PPI),进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,构建可视化的中药-疾病靶点相关的信号通路。结果从肉苁蓉中筛选出4个有效成分,作用于60个血管性痴呆靶点,肉苁蓉治疗VD的核心基因主要有IL6、VEGFA、EGFR、CASP3、MYC、CCND1、FOS、PPARG、AR、RELA、NOS3、ICAM1等。中药-疾病靶点涉及的GO功能主要包括DNA结合转录激活活性、核受体活性、转录因子活性,直接配体调节的序列特异性DNA、乙酰胆碱受体活性、泛素蛋白连接酶结合、RNA聚合酶II转录因子结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、前列腺癌信号通路、糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、癌症中的蛋白多糖信号通路、PI3K-Akt信号通路、肝细胞癌信号通路、细胞凋亡信号通路、丙肝信号通路等。结论基于网络药理学探讨了肉苁蓉治疗血管性痴呆的分子机制,为中药现代化研究提供了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接法探讨虎杖干预类风湿关节炎作用机制

目的探讨虎杖干预类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的分子作用机制。方法通过TCMSP筛选虎杖的有效活性成分并预测相关靶点,通过GeneCards数据库预测RA相关靶点,将虎杖药效靶点与RA相关靶点取交集,得到虎杖干预RA的共同靶点,使用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-靶点-疾病网络。将获得的共同靶点导入STRING数据库进行蛋白质相互作用分析,经R语言计算筛选出虎杖干预RA的核心靶点。运用DAVID在线数据库及R语言对共同靶点进行GO分子功能富集分析和KEGG通路富集分析。使用AutoDock Vina软件对活性成分和前5位核心靶点进行分子对接。结果筛选获得10个虎杖有效活性成分和对应的203个药效靶点,检索得到4424个RA相关靶基因,取交集后得到139个虎杖干预RA的共同靶点,蛋白相互作用网络分析提示,v-akt鼠科胸腺瘤病毒癌基因同源物Ⅰ(v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1,AKT1)基因、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)基因、JUN、MAPK1、人v-rel禽网状内皮细胞过多症病毒癌基因同源物(AV-Rel Reticuloendotheliosis Viral Oncogene Homolog A,RELA)等为核心靶点。GO富集分析得到虎杖干预RA的分子功能共35个,包括ATP结合、锌离子结合、转录因子活性等。KEGG富集分析得到虎杖干预RA的相关信号通路共117条,包括PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、癌症通路等。分子对接显示,有效成分均与基因AKT1、TP53、JUN、MAPK1、RELA对接良好,其中大黄素甲醚双葡萄糖苷与JUN显示出较好的结合能力。结论基于网络药理学和分子对接法分析虎杖可多靶点、多通路干预RA,为其药品研发提供参考。     

基于网络药理学与分子对接探究化湿宣肺合剂抗新型冠状病毒的潜在药效物质基础

目的：通过网络药理学和分子对接探寻化湿宣肺合剂用于防治新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的活性化合物、作用靶点及通路，探索其可能的作用机制。方法：借助TCMSP、ETCM等数据库检索化湿宣肺合剂中药物的化学成分和作用靶点，使用Cytoscape软件构建其“中药-活性成分-相关靶点”网络图，通过GO富集和KEGG通路注释分析预测潜在的作用机制，并将化湿宣肺合剂中的核心成分与SARS-CoV-2、血管紧张素转化酶Ⅱ（ACE2）进行分子对接验证。结果：经筛选获得化湿宣肺合剂共280个活性化合物与4713个作用靶点，关键靶点涉及病毒感染、AKT1、TNF、MAPK及VEGF等。GO富集分析得到细胞组成（CC）功能条目599个，KEGG通路获得113条（P<0.05），主要涉及甲型流感（Influenza A）信号通路、TLR(Toll-like receptor)信号通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路等。分子对接结果显示化湿宣肺合剂中连翘苷、绿原酸、阿魏酸、木犀草素等核心成分与核心蛋白的亲和力较强。结论：化湿宣肺合剂中的连翘苷、绿原酸、木犀草素等核心成分可能通过与ACE...     

基于生物信息学分析Scoparone对肝癌的作用机制

目的：研究茵陈活性成分6,7-二甲氧基香豆素（Scoparone）治疗肝癌的分子机制。方法：使用GEO数据库下载肝癌的芯片数据,从TCMSP数据库检索Scoparone的作用靶点,使用R软件获取肝癌差异基因;通过Jvenn和Cytoscape3.9.1软件筛选两者交集靶点,构建蛋白互作网络,进一步使用R软件对核心交集靶点进行GO、KEGG分析;使用AutoDockTools1.5.7及AutoDockVina软件进行分子对接,对活性成分与核心靶点的结合能力进行验证;使用TCGA数据库进行核心基因的生存预后分析。结果：得到肝癌显著性差异基因1 788个、Scoparaone作用靶点100个,筛选出药物-疾病交集靶点97个。PPI拓扑分析得出的核心靶点有JAK1、JAK2、EGFR、ICAM1、KDR等。GO功能富集分析主要涉及氧化应激反应、蛋白质酪氨酸磷酸化及修饰、PI3K级联的正调节等,KEGG通路分析在主要富集在EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药机制、PI3K/Akt信号通路、上皮细胞信号传导通路、Rap1信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路等途径。分子对接验证显示...