堇菜属11种药用植物rDNAITS序列的克隆与分析

目的通过测定和分析11种堇菜属药用植物的核糖体DNA内转录间隔区(r DNA ITS)序列,为该属药用植物的分子鉴定提供依据。方法利用PCR法克隆ITS序列,借助生物信息学工具进行序列分析、遗传距离估算和系统发育树构建。结果 11种堇菜属植物的ITS全长为612~638 bp,ITS1与ITS2的长度为251~265 bp和198~211 bp,5.8 S的长度十分保守,均为163 bp;ITS1、ITS2与5.8 S的信息位点数分别为50、23和3。11种堇菜属植物的遗传距离为0.025~0.137,紫花堇菜与七星莲的遗传距离最大,亲缘关系最远;紫花堇菜和鸡腿堇菜的遗传距离最小,亲缘关系最近。结论克隆到堇菜属11种药用植物的ITS序列,它们的信息位点丰富,可用于分子鉴定。     

远志属7种药用植物ITS1和ITS2序列分析

目的采用ITS序列进行远志属7种药用植物的分子鉴定。方法通过测定远志Polygala tenuifolia、卵叶远志P.sibirica、瓜子金P.japonica、华南远志P.glomerata、蓼叶远志P.persicariifolia、肾果小扁豆P.furcata和小花远志P.arvensis的ITS1、ITS2序列,借助Clustal X、MEGA 3.1软件比较和分析ITS1、ITS2的序列特征。结果远志属7种药用植物ITS1长度为279~291 bp,ITS2的长度为211~219 bp,变异位点232个,信息位点53个;远志与卵叶远志的遗传距离最小,华南远志与肾果小扁豆遗传距离最大,亲缘关系最远。结论远志属7种药用植物的ITS1、ITS2序列可作为分子鉴定的依据。     

悬钩子属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

目的 通过测定和分析15种悬钩子属RubusL.药用植物的rDNA ITS序列,为分子鉴定和遗传多样性研究奠定基础.方法 以叶片基因组DNA和通用引物为材料,用PCR法克隆rDNA ITS全长,并利用生物信息学软件对序列进行分析.结果 15种悬钩子属植物ITS1、ITS2和5.8S的序列长度分别为255～258、208～211和164 bp; ITS1和ITS2序列有变异位点138个,其中信息位点41个,序列存在较多的颠换、转换和缺失现象;5.8S序列较为保守,仅含4个变异位点,没有发现信息位点;15种悬钩子属植物的遗传距离为0.139 0～0.008 1,灰毛泡和锈毛莓的遗传距离最小.结论 获得了15种悬钩子属药用植物的rDNA ITS序列,为分子鉴定和遗传多样性研究奠定了基础.     

白头翁属药用植物的ITS序列分子鉴定研究

目的通过测定并对比白头翁、兴安白头翁、朝鲜白头翁和细叶白头翁4种白头翁属植物的Internal Transcribed Spacer(ITS)序列,为白头翁属植物的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。方法提取4种白头翁属植物的DNA,扩增ITS序列并克隆测序。利用Clustal X、DNAMAN、MEGA 5等软件分析白头翁属植物的ITS序列特征。结果建立了4种白头翁植物ITS全序列数据库,包括14个变异位点和4个信息位点。细叶白头翁与朝鲜白头翁之间的遗传距离最小,与兴安白头翁遗传距离最大。结论 4种白头翁属药用植物的ITS序列可为其分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。     

斑叶兰属7种药用植物rDNA ITS序列的克隆与分析

目的克隆和分析7种斑叶兰属药用植物的ITS序列,为该属植物的分子鉴定提供依据。方法利用PCR法克隆ITS序列,在测序的基础上,借助生物信息学软件进行序列分析和系统发育分析。结果 7种斑叶兰属植物的ITS全长为700~702 bp,ITS1的长度为239~240 bp,ITS2为298~300 bp,而5.8 S的长度十分保守,均为162 bp;序列中检测到可变位点107个,其中信息位点34个。7种斑叶兰属植物的遗传距离为0.006~0.110,大花斑叶兰与高斑叶兰的遗传距离最大,亲缘关系最远,而斑叶兰和小斑叶兰的遗传距离最小,关系最近。结论克隆到7种斑叶兰属药用植物的ITS序列,它们信息位点丰富,这些位点可将7种植物完全区分。     

11种铁线莲属药用植物地上部分总黄酮含量比较研究

目的：对产自浙江省的11种铁线莲属药用植物的茎、叶中总黄酮含量进行测定分析,试图发现铁线莲属植物地上部分总黄酮含量较高的具体种类及铁线莲属植株中总黄酮含量较高的部位。方法：以芦丁为标品,采用紫外分光光度法。结果：（1）芦丁对照品在15．936～47．808μg·mL“（r=0．9999）线形关系良好,平均回收率为100．8％,RSD=1．74％。（2）总黄酮含量总体趋势为叶〉茎,铁线莲属植物叶中总黄酮平均含量为2．636％,茎中总黄酮平均含量为0．617％。（3）总黄酮含量最高的为女萎叶,达5．581％,最低为湖州铁线莲茎,仅0．195％。（4）铁线莲属植物不同物种的总黄酮含量差异显著,同一物种不同部位间的总黄酮含量也存在一定的差异。（5）聚类分析表明,铁线莲属地上部分总黄酮含量和该属植物系统演化有一定的相关性。结论：研究表明女萎、山木通地上部分较适合用作黄酮类药物开发,该研究同时将为铁线莲属不同药用种类、不同药用部位及药用植物亲缘关系的深入研究提供参考依据。     

9种铁线莲属药用植物的比较鉴别

毛茛科铁线莲属植物约有 3 0 0种 ,我国有 1 0 8种 [1]。其中作为正品威灵仙入药的为威灵仙Clematis chinesis Osbeck、棉团铁线莲 Clematishexapetala Pall.和东北铁线莲 ClematismanshuricaRupr.的干燥根及根茎[2 ] 。目前市场上作为威灵仙流通的药材种类较多 ,而且性状相似 ,难以区别。现对 9种铁线莲属药用植物的形态进行比较、鉴别 ,为今后的研究提供依据。1　种类及学名见表 1。表 1　 9种铁线莲属药用植物的种类及学名 [3 ]植物名学名大叶铁线莲 Clematis heracleifolia DC.小叶光萼铁线莲 C.hexapetala Pall.var.tchefouensis(…     

11种铁线莲属药用植物地上部分总黄酮含量比较研究

目的:对产自浙江省的11种铁线莲属药用植物的茎、叶中总黄酮含量进行测定分析,试图发现铁线莲属植物地上部分总黄酮含量较高的具体种类及铁线莲属植株中总黄酮含量较高的部位.方法:以芦丁为标品,采用紫外分光光度法.结果:(1)芦丁对照品在15.936 ～47.808μg·mL-1(r =0.999 9)线形关系良好,平均回收率为100.8％,RSD= 1.74％.(2)总黄酮含量总体趋势为叶＞茎,铁线莲属植物叶中总黄酮平均含量为2.636％,茎中总黄酮平均含量为0.617％.(3)总黄酮含量最高的为女萎叶,达5.581％,最低为湖州铁线莲茎,仅0.195％.(4)铁线莲属植物不同物种的总黄酮含量差异显著,同一物种不同部位间的总黄酮含量也存在一定的差异.(5)聚类分析表明,铁线莲属地上部分总黄酮含量和该属植物系统演化有一定的相关性.结论:研究表明女萎、山木通地上部分较适合用作黄酮类药物开发,该研究同时将为铁线莲属不同药用种类、不同药用部位及药用植物亲缘关系的深入研究提供参考依据.     

虾脊兰属11种药用植物rDNA ITS的克隆与序列分析

目的通过比对11种虾脊兰属药用植物的rDNA ITS序列,为该属植物的分子鉴定奠定基础。方法以叶片基因组DNA为材料,利用PCR法克隆虾脊兰属植物的ITS序列,利用Clustal、Gen Doc和Mega等软件进行生物信息学分析。结果 11种虾脊兰属植物的ITS全长为652~661 bp,其中ITS1为228~230 bp,ITS2为256~264 bp,5.8 S的长度则完全一致,均为167 bp;ITS1和ITS2分别有44与46个变异位点,其中信息位点数为22和24个,而5.8 S中没有检测到变异位点和信息位点;系统发育分析结果表明,11种虾脊兰属植物之间的遗传距离为0.002~0.081,在发育树上可分为3组,I~Ⅲ组的物种数量分别为5、4和2。结论 11种虾脊兰属植物的ITS序列具有丰富的信息位点,可用于这些药用植物的分子鉴定。     

药材与资源石豆兰属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

目的通过测定11种石豆兰属植物的ITS序列,为石豆兰属植物分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。方法利用PCR法从叶片基因组DNA中克隆ITS序列,并借助生物信息学软件对其进行分析。结果 11种石豆兰属植物的ITS全长为633～645 bp,5.8 S序列长度162 bp,ITS1和ITS2序列变异位点丰富,共168个,其中信息位点95个,序列存在大量的转换、颠换和缺失;5.8 S序列较为保守,仅含6个变异位点和2个信息位点;11种石豆兰属植物的遗传距离为0.002 2～0.212 0,其中齿瓣石豆兰与斑唇石豆兰之间的遗传距离最小,亲缘关系最为接近。序列已上传至NCBI,登录号为JN619409～JN619419。结论获得了11种石豆兰属植物的rDNA ITS序列,为石豆兰属植物分子鉴定和遗传多样性研究奠定了基础。     

中日当归属药用植物ITS序列分析

目的建立当归属药用植物功效的分子系统学基础,为当归属药用植物功效的差异性提供分子依据。方法采用PCR技术与克隆技术相结合,获得ITS基因,进行测序,经Phy lip软件统计分析和分支分析,建立系统发育树,计算各类群间的遗传距离。结果当归属药用植物中ITS1-5.8 S-ITS2序列长度为600~629 bp,去除序列长度为165 bp的5.8 S,ITS1 ITS2排序后的长度为468个位点。系统树将当归属药用植物分为两组,以独活、白芷为代表分别聚类,甘肃产岷当归Ang elica sinensis不与上述任何一组聚类,却与欧当归L ev isticum off icina le遗传距离相对较小。结论上述结果与当归属药用植物功效差异基本吻合,启示药用植物亲缘演化关系可能是研究药用植物功效规律的一条重要途径。     

17种毛茛科藏药材的分子鉴别＊

目的 毛茛科的多种植物是民族药的基原，本研究以ITS2序列作为DNA条形码对17种毛茛科藏药材进行鉴定，为药材的安全使用提供可靠的检测方法。方法 从四个省份采集或购买17种毛茛科藏药材样本，分布于8个属。采用试剂盒法提取基因组DNA，PCR扩增ITS2序列后，将扩增产物进行双向测序。利用CodonCode Aligner（v.9.0.1）软件进行序列拼接，将拼接后的序列在NCBI网站进行在线比对。在GenBank数据库中下载相关物种的rDNA序列（包含完整的ITS2区域）。上述序列经过CodonCode Aligner（v.9.0.1）软件剪切后，采用BLAST方法进行比对，然后再采用两种评估ITS2序列的鉴定能力。第一种是系统聚类树法（Tree-based method），用MEGA（v.5.0）软件构建NJ系统聚类树（Neighbour-Joining tree）；第二种是遗传距离法（Distance-based method），用TaxonGap（v.2.4.1）软件分析物种的种内与种间变异关系。结果 29份试验样本的ITS2序列测序成功率为100%，与93条数据库中下载的ITS2序列合并后，长度为213-230 bp，比对长度为244 bp，变异位点数72.1%。BLAST结果表明，29条ITS2序列可以将全部物种鉴定到属。系统聚类分析结果表明，ITS2序列能够成功鉴别8个物种；遗传距离分析结果表明，ITS2序列能够成功鉴别7种毛茛科药材。两种方法总共可以鉴别9种药材，它们是露蕊乌头（Aconitum gymnandrum）、草玉梅（Anemone rivularis）、多小叶升麻（Cimicifuga foetida var. foliolosa）、短尾铁线莲（Clematis brevicaudata）、长花铁线莲（Clematis rehderiana）、甘青铁线莲（Clematis tangutica）、腺毛黑种草（Nigella glandulifera）、拟耧斗菜（Paraquilegia microphylla）和芸香叶唐松草（Thalictrum rutifolium），鉴定效率为52.9%。结论 ITS2序列可以快速、准确地识别和鉴定部分毛茛科藏药材，为原植物和药材的分子鉴定提供依据。     

DNA条形码序列对9种蒿属药用植物的鉴定

目的采用DNA条形码序列对9种常见的蒿属药用植物进行鉴定,为常见蒿属药用植物的鉴定提供分子依据。方法对9种常见蒿属药用植物的4条候选DNA条形码序列(ITS2、rbcL、matK、psbA-trnH)进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率,应用BLAST1、Distance方法来评估各序列的鉴定效率。此外,基于MEGA5分析9种常见蒿属药用植物ITS2序列种间K2P遗传距离并构建NJ树。结果除matK外,其余3条片段的PCR扩增和测序效率均为100%,ITS2序列对9种蒿属药用植物的物种水平鉴定成功率最高,为100%,而psbA-trnH、rbcL、matK、matK+rbcL的鉴定成功率(BLAST1法)分别为83.3%、66.7%、54.5%、75%。通过ITS2序列的种间K2P遗传距离及NJ树均能将不同物种全部区分。结论 ITS2序列可以作为鉴定蒿属药用植物的潜在条形码。     

基于ITS2序列的市售木通药材及其混伪品的分子鉴定

目的 建立基于核糖体内部转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列的木通药材DNA条形码鉴定方法,对市售木通药材进行物种分析。方法 收集河北、安徽、贵州等地的样品总计45份,其中木通药材及其混伪品的原植物样品18份,市售木通药材样品27份。通过提取DNA、聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增、双向测序获得ITS2序列,基于邻接（neighbor joining,NJ）系统发育树和单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNP）位点进行物种鉴定分析。结果 基于木通药材及其混伪品原植物ITS2序列构建的NJ树分析结果表明,木通药材正品及其混伪品在NJ树上聚为独立的分支,木通药材正品及其混伪品在NJ树上可明确区分;基于NJ树对27份市售木通药材的物种分析表明,市售样品中仅有4份为正品木通,2份为小木通,21份为粗齿铁线莲,正品率为14.8%。结论 基于ITS2序列的DNA条形码技术可以准确区分中药材木通及其混伪品,市售木通药材物种较混乱。     

苏皖产大戟属药用植物rDNA的ITS序列分析

目的研究苏皖产大戟属内6种药用植物的ITS长度的变异,为探讨大戟属植物的系统演化关系和大戟属植物鉴定提供DNA分子证据。方法利用PCR技术对大戟属植物的rDNAITS区碱基序列进行测定。结果这6种大戟属植物的ITS1的长度范围为255~262bp,ITS2的长度范围为214~236bp。运用Mega2软件进行的系统分析得到大戟属内6种植物的系统进化树。这一分析结果与来自形态学的研究结果相吻合。结论此法可用于大戟属植物种间及真伪品鉴别。     

唇形科常见药用植物DNA条形码的鉴定研究

目的筛选出适合唇形科常见药用植物的DNA条形码序列。方法通过对33种唇形科常见药用植物的核糖体ITS序列和40种唇形科常见药用植物的叶绿体matK基因进行PCR扩增和测序,用MEGA 6.0软件计算其种间、种内的Kimura2-parameter(K2P)距离及各序列变异位点,评估序列的条形码间距(barcoding gap),采用邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统聚类树。结果 ITS序列长度为620~698 bp,平均(G+C)量为62.8%,叶绿体matK基因序列长度为859~932 bp,平均(G+C)量为34%,ITS序列与matK基因都有明显的barcoding gap,但matK基因的barcoding gap要小于ITS序列,从聚类分析来看,matK基因能更好地鉴定唇形科不同物种。结论推荐matK基因序列作为唇形科植物鉴定的优选序列之一。     

基于ITS2序列对藏药材植物的分子鉴定

目的选用ITS2序列作为条形码来鉴定44种藏药材植物。方法用高盐低pH法提取藏药材植物的基因组DNA,通过PCR扩增藏药材植物的ITS2序列,共得到ITS2序列145条,分属于24科,39属,44种。在GenBank数据库中通过序列比对选取了部分藏药材的同源序列。将ITS2序列在Bioedit软件中进行序列比对,在MEGA软件中计算双参数(K2P)种内和种间遗传距离,并基于邻接法构建系统进化树来分析物种的系统发育关系。结果 ITS2区域有显著的种内、种间差异,基于ITS2区域的系统进化分析与形态学结果一致,并可以反映物种之间的亲缘关系。此外,藏药材的ITS2序列二级结构各有不同,为物种鉴定提供了另一种方法。结论 ITS2序列是藏药材植物鉴定和系统发育研究的非常有效的单条形码,为藏药材植物资源的利用和保护提供了科学依据。     

基于ITS条形码标记对当归属药用植物的鉴别

目的利用ITS条形码标记技术对当归属药用植物进行鉴别。方法选取该属32个物种158条核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行分子鉴别分析。所得序列运用MEGA 6.0软件计算种内和种间遗传距离,同时分别构建邻接树(neighbor-joining tree,NJ)、最大似然树(maximum-likelihood tree,ML)和最大简约树(maximum-parsimony tree,MP),分析ITS序列的鉴别能力和当归属药用植物种间的系统发育关系。结果当归属物种间ITS序列最小遗传距离大于种内最大遗传距离,而且系统发育结果显示,每个物种的ITS基因型序列能较好地聚类为对应于该物种本身的分支,且具有中到高度的支持率,说明ITS序列能够将当归属物种区分开。结论 ITS序列可以作为当归属药用植物的DNA分子条形码标记,将在该属物种的分子鉴定方面发挥重要潜力。