应用基因芯片技术筛查膀胱移行细胞癌差异表达基因的研究

目的:研究膀胱移行细胞癌(BTCC)中差异表达基因,初步探讨这些基因与BTCC发生、发展的关系。方法:提取3例膀胱移行细胞癌(分别为G1Ta、G1T1和G2T2)组织块和1例正常膀胱黏膜组织块RNA,对样品RNA进行荧光标记,用包含21522条70mer长度的OligoDNA表达谱芯片3张进行检测。结果:21522条相关基因中,3例肿瘤标本共同出现的差异表达基因有307条,占总基因条数的1.42%,其中表达上调198条,表达下调109条。这些差异基因按其功能主要可以分为以下几类:原癌基因和抑癌基因、细胞周期调节蛋白、细胞信号和传递蛋白、细胞粘附分子、生长因子、免疫相关基因、细胞受体、离子通道和运输蛋白、细胞骨架和运动相关蛋白、细胞凋亡相关蛋白以及一些未知功能基因。结论:基因芯片技术为研究膀胱癌的分子生物学特性提供了一个比较理想的方法;膀胱癌的发生、发展与多个肿瘤相关基因的异常表达有关,是多基因、多途径作用的结果;BTCC明显表达异常的基因包括GJB2、DKFZP434K0410、NESCA、CKS2、ALB、MYOC、PCOLCE2、AREG、DPT等,其具体机制有待进一步研究。     

用基因表达谱芯片筛选原发性下肢静脉曲张相关基因的研究

目的运用基因表达谱芯片研究原发性下肢静脉曲张基因表达谱的变化。方法选取原发性下肢静脉曲张患者隐 股交界瓣膜区静脉 5条 ,取 5条正常静脉作对照。抽提总RNA、纯化mRNA、反转录制备杂交探针 ,应用含有 4 0 96种人类基因全长cDNA的表达谱芯片进行差异表达谱分析 ,随后应用反转录PCR验证部分差异表达基因。结果曲张大隐静脉瓣膜区表达谱中差异表达基因共有 16 8条 ,上调基因 96条 ,下调基因 72条 ;5例标本均差异表达的基因共 39条 ,其中上调2 8条 ,下调 11条 ;多条细胞凋亡相关基因、细胞信号和传递蛋白基因、原癌基因和抑癌基因等均有差异表达 ;反转录PCR证实caspase 9及MAP3K基因及其蛋白产物在曲张静脉中差异表达。 结论应用基因表达谱芯片筛选致病相关基因 ,可能为下肢静脉曲张的发病机制研究提供新思路。     

纯化结肠癌组织基因表达谱的变化

目的通过构建纯化正常结肠上皮组织和结肠癌组织基因表达谱筛选结肠癌相关基因。方法应用激光捕获显微切割-线性扩增-全基因组基因芯片流程对结肠癌组织及其相应正常结肠上皮组织进行实质细胞纯化并构建基因表达谱，筛选差异表达基因。结果纯化正常结肠上皮细胞和结肠癌细胞分别有14939和15276条基因表达。肿瘤组织差异表达基因中4倍以上者208条，其中上调基因72条，下调基因136条。上调基因前20条和下调基因前20条中，10条基因的表达变化在结肠癌中的意义已被证实，另有13条基因的表达变化在其他肿瘤研究中与以前报道一致。结论细胞纯化技术结合基因芯片构建基因表达谱可准确、高效的筛选结肠癌差异基因。     

表达谱芯片筛选粥样硬化性腹主动脉瘤的差异表达基因

目的运用基因芯片研究粥样硬化性腹主动脉瘤中基因表达谱的变化,筛选差异表达基因。方法选取粥样硬化性腹主动脉瘤(AAA)标本5例,以5例正常腹主动脉作对照。抽提总RNA,纯化mRNA后逆转录制备杂交探针,采用含有4096种人类基因全长cDNA的芯片进行差异表达谱分析。结果在粥样硬化性AAA的基因表达谱中差异表达基因共有186条,其中上调的基因102条,下调的基因84条;共存性基因有37条(上调基因26条,下调基因11条),其中有细胞凋亡相关基因、原癌基因和抑癌基因、细胞信号和传递蛋白等多种基因。反转录聚合酶链反应(RTPCR)及蛋白印迹验证了Caspase9及周期素依赖蛋白激酶(CDK)4在腹主动脉瘤中的差异表达。结论表达谱芯片筛选差异表达基因,为AAA发病机制的研究提供新思路;凋亡/增殖相关基因的表达失衡可能是粥样硬化性AAA的重要发病机制。     

Affymetrix基因表达谱芯片技术筛选胰腺癌异常表达基因的研究

目的:利用基因表达谱芯片筛选出胰腺癌组织与癌旁正常组织的差异表达基因。方法:收集新疆医科大学第三附属医院2014年1月—2016年6月间手术切除的10例胰腺导管细胞癌组织及其相应癌旁正常组织,用TRIzol法提取总RNA后采用含49395个基因探针的Affymetrix基因表达谱芯片筛选出差异表达基因,并行GO分析和pathway分析,对部分差异表达基因行实时定量PCR法验证表达情况。结果:样本总RNA检测合格,基因芯片质量评估良好,检测结果可靠且可重复性高。经芯片降噪处理后共检测38079个基因,其中存在差异表达的基因共512个,表达上调的基因419个,表达下调的基因93个;共287个差异表达基因编码与3个GO分类(生物学过程、分子功能、细胞组分)相关的蛋白;共29条信号通路存在明显基因差异表达,涉及126个基因。经PCR验证,差异表达基因CPB1、CELA3B、CPA1、POSTN、PLA2G1B、CTRC及SPINK1的表达情况与基因芯片检测结果吻合。结论:胰腺导管细胞癌组织与癌旁正常组织间存在大量差异表达的基因,这些基因主要与生物学过程、分子功能及细胞组分相关,且参与了多个细胞信号通路的调控。     

膀胱尿路上皮癌与正常尿路上皮组织LncRNA表达谱差异性的研究

目的利用基因芯片技术,检测人膀胱尿路上皮癌与正常膀胱组织之间LncRNA表达谱的差异,对差异表达的LncRNA进行分类汇总,分析其生物学信息。方法取人膀胱尿路上皮癌组织与配对的癌旁正常组织3对。分别提取尿路上皮癌组织及正常癌旁组织的总RNA并纯化RNA,与人LncRNA芯片杂交。使用Agilent Genespring GX(Agilent)软件分析尿路上皮癌组织及正常癌旁组织的LncRNA表达情况。结果人膀胱尿路上皮癌组织与配对的癌旁正常组织的LncRNA表达谱差异明显。以P0.05,上调或下调信号差异大于2倍变化为标准,与正常膀胱组织比较,共筛选出差异表达基因1 122个,其中上调基因734个,下调基因388个。结论膀胱尿路上皮癌的发生发展是一个涉及多基因调控、多条染色体参与的复杂过程。所获得的膀胱癌差异表达LncRNA,尤其差异表达明显的上调基因AK124776、lincRNA-RAB12-1、KRT8P25、RP11-474J18.4、AC000110.1、KRT8P13、KRT8P10、BC072678等、下调基因nc-HOXB9-206、RP11-160A10.2、nc-HOXA11-86、nc-HOXD10-7、nc-HOXB9-205、CES4、nc-HOXD12-3等,考虑上述上调、下调基因对于膀胱癌发生的分子机制及膀胱癌的临床早期诊疗具有重要意义。     

错配修复基因hMLH1在膀胱移行细胞癌中的表达及其意义

目的 观察错配修复基因hMLH1在膀胱移行细胞癌中的表达,探讨hMLH1与膀胱移行细胞癌的关系.方法 通过免疫组织化学方法 测定hMLH1在80例膀胱移行细胞癌中及20例正常膀胱组织中的表达.结果 hMLH1在膀胱移行细胞癌中的低表达率(32.5%)明显高于在正常膀胱组织中的低表达率(0%),差异有统计学意义(P＜0.05),且hMLH1在膀胱移行细胞癌中的低表达与肿瘤的分期分级有关(P＜0.05).结论 hMLH1的低表达与膀胱移行细胞癌的发生有关,与肿瘤的高分期和高分级有关,hMLH1的低表达在浸润性及分化差的膀胱移行细胞癌多见.     

c—erbB—2,H—ras和P53,Rb基因在膀胱癌中的表达

为探讨癌基因，抑癌基因在评估膀胱移行细胞癌预后中的意义，应用免疫组化法对９３例膀胱移行细胞癌组织中癌基因ｃｅｒｂＢ２、Ｈｒａｓ及抑癌基因Ｐ５３、Ｒｂ的表达产物进行检测。结果显示ｃｅｒｂＢ２、Ｈｒａｓ和Ｐ５３的表达率分别为２６％、２４％和４８％，Ｒｂ的失表达率为３１％。大多数（６９％）肿瘤有上述癌基因和（或）抑癌基因的表达异常，其中３８％的肿瘤同时有多个基因的表达异常，多基因表达异常与肿瘤的病理分级、临床分期、复发及５年生存率关系极为密切。提示肿瘤的多基因分析比单基因分析更有价值，多基因表达异常是判断膀胱移行细胞癌预后的一个可靠指标。     

抑制性消减杂交分析肌动蛋白细胞骨架和细胞外基质基因在膀胱癌中的表达下调

目的：分析膀胱移行细胞癌的差异表达基因，探讨肿瘤行为的分子生物学基础及筛选有效的肿瘤标记。方法：应用抑制性消减杂交（SSH）方法构建在正常膀胱组织和膀胱癌组织中差异表达序列的消减文库，用差异筛选技术分离差异表达基因。结果：从消减文库中共获得了9个在正常膀胱组织中高表达、在膀胱癌组织中表达下调的基因，分别属于细胞外基质成分和肌动蛋白细胞骨架体系。结论：细胞外基质和肌动蛋白细胞骨架体系中相关基因的表达下调可能反映了肿瘤细胞在细胞粘附、细胞间相互作用、迁移及运动等诸多过程中的异常，可能与癌细胞的侵袭和转移密切相关，对发展成为膀胱癌的分子标记物具有潜在价值；gelsolin、tuopomyosin等抑癌基因在膀胱癌形成过程中可能起了重要作用。     

膀胱移行细胞癌中凋亡相关蛋白survivin及caspase3的表达及相关性

目的探讨凋亡相关蛋白survivin及caspase3的表达与膀胱移行细胞癌发生及发展的关系。方法应用SP免疫组织化学法检测69例膀胱移行细胞癌石蜡切片,应用免疫印迹法（Western blotting）检测33例膀胱移行细胞癌新鲜组织中survivin和caspase3表达的情况,结合临床资料进行分析。结果免疫组化结果显示,survivin在膀胱移行细胞癌标本中的表达阳性率为88．4％（61／69）,而正常对照组均呈阴性;caspase3在膀胱移行细胞癌标本中的表达阳性率为59．4％（41／69）,但是与对照组相比无明显差异。Western blotting结果显示,93．9％（31／33）的肿瘤组织可见survivin蛋白表达,而对照组全部阴性表达;81．8％（27／33）的肿瘤标本可见caspase3蛋白表达,对照组中阳性表达率为80％（8／10）,实验组与对照组间无明显差异。在Ⅲ级膀胱移行细胞癌中survivin的表达强度较Ⅰ级为高,二者之间差异有显著性（P〈0．05）。survivin和caspase3的表达与肿瘤的临床分期无关（P〉0．05）,而且survivin的表达与easpase3的表达之间也没有相关性。结论survivin蛋白在膀胱移行细胞癌中特异性表达,其表达的上调可能提示肿瘤分化不良。Caspase3蛋白的表达情况与膀胱移行细胞癌关系不密切。     

人膀胱浅表性移行细胞癌基因表达变化的基因芯片研究

目的研究人膀胱浅表性移行上皮细胞癌（TCC）和正常膀胱组织差异表达基因。方法应用基因芯片技术对6例膀胱浅表性TCC癌组织和正常膀胱组织的总RNA进行检测。结果在13939条目的基因中共发现差异表达基因720条。在癌组织中234条表达增加，486条表达降低；678条能在GeneBank中登录。结论膀胱浅表性TCC的发生、发展足多基因异常引起多条传导通路异常致使细胞恶性转化的结果，基因芯片技术可同时定量研究大量基因表达水平，是一种稳定、高效的方法。     

人膀胱癌基因表达变化的基因芯片研究

目的 研究膀胱移行上皮细胞癌（TCC）和正常组织差异表达基因。方法 应用基因芯片技术对5例TCC癌组织和正常组织的mRNA进行检测。结果 在12800条目的基因中共发现差异表达基因384条。在癌组织中87条表达增加，297条表达降低；259条能在GeneBank中登录。结论 TCC的发生、发展涉及多基因改变，基因芯片技术可同时定量研究大量基因表达水平，是一种稳定、高效的方法。     

原发性骨质疏松症信号转导基因表达谱系特征的初步分析

目的探讨原发性骨质疏松症患者与正常人细胞信号转导基因表达谱系的差异,初步分析原发性骨质疏松症信号转导基因表达谱系的特征,探讨原发性骨质疏松症的信号转导病理机制。方法应用基因芯片技术检测原发性骨质疏松症患者及正常人外周静脉血信号转导相关基因的表达,通过美国国立医学生物技术信息中心对差异表达基因进行基因信息学分析,运用Pathway Studio软件进行信号转导信息学分析。结果原发性骨质疏松症涉及118个表达差异显著的基因介导的22条信号转导通路异常,其中67条基因上调,51条基因下调,有12条基因共表达调控大于等于4套信号转导通路。结论原发性骨质疏松症信号转导基因表达谱存在信号转导过程异常、信号转导通路中的信号分子异常、信号途径发育不良等特征。这些信号转导通路与细胞增殖、凋亡、黏附、迁移和生物学行为,以及血液循环、营养、发育、衰老、内分泌、免疫、能量代谢等密切相关。     

用基因芯片筛选胃黏膜癌变相关基因

目的 用基因芯片技术筛选与胃黏膜癌变相关的基因。方法 利用Affymetrix公司生产的U133A基因芯片，对癌旁黏膜和切缘正常胃黏膜基因表达谱进行检测，并利用生物信息学方法对检测结果进行分析。结果 （1）癌旁黏膜与正常胃黏膜比较差异3倍以上共有150个基因，其中表达上调[SLR（信号比的对数值）〉1．5]有130个，表达下调（SLR〈-1．5）有20个。从表达差异的基因功能分类看，以酶和酶调控子活性改变最多（28，占18．7％）；其次是与核酸结合活性相关基因（17，占11．3％）；第三是与信号传导活性相关基因（15，占10％）；第四是与蛋白结合活性相关基因（13，占8．7％）。除了40个功能未知的基因占总数26．7％外，以上4大类共占基因总数的48．7％。（2）癌旁黏膜（P）和胃癌（T）同时与正常胃黏膜比较，有71个相同的基因表达差异。其中表达上调（癌旁上皮SLR〉1．5）有61个，表达下调（癌旁上皮SLR〈-1．5）有10个。71个同时出现癌旁黏膜和胃癌的基因在染色体定位，发现19号染色体异常基因最多有11个；其次是1、2、16、17号染色体，分别是6个；5、14、22号和Y染色体未发现异常的基因。结论 71个癌旁黏膜与胃癌同时出现、表达相同的基因可能与早期胃癌的演化有关。酶和酶调控子活性、核酸结合活性、信号传导活性和蛋白结合活性4大类相关基因是研究胃癌发生的重要基因。19号染色体及1、2、16、17号染色体是研究胃癌发生的重要基因位点。     

前列腺癌相关基因表达谱分析

目的　探讨前列腺癌发生发展中相关基因群的表达意义。　方法　应用含有 4 36 6条人类全长基因cDNA基因芯片研究一组前列腺癌及正常前列腺组织基因表达谱的差异性。同时进行生物信息学分析。　结果　在前列腺癌与正常前列腺组织间存在差异表达的基因 2 87条 ,未知基因16 5条 ,已知基因 12 2条。已知基因中有显著差异表达基因 5 6条 ,其中上调基因 2 0条 ,下调基因 36条。　结论　生物信息分析显示 :显著差异表达基因与肿瘤的发病机理可能存在相关性。     

膀胱移行细胞癌微卫星不稳定性表达及机理探讨

目的 探讨微卫星不稳定性在膀胱移行细胞癌的表达及其作用机制。方法 用PCR方法分析35例膀胱移行细胞癌尿沉渣标本中微卫星不稳定性表达;用RT-PCR方法监测5种人类错配修复基因在膀胱癌细胞系mRNA转录水平的表达;用PCR方法检测膀胱癌细胞系BIU-87中错配修复基因hMLH1的启动子区域出现异常甲基化。结果 35例膀胱癌患者尿沉渣中,有31例（88.6%)可检出微卫星不稳定性表现;5种人的错配修复基因在BIU-87膀胱癌细胞系中有hMLH1和hMSH2表达缺失,而在正常近曲小管细胞系中都有表达;BIU-87细胞错配修复基因hMLH1的启动子区域出现异常甲基化,应用去甲基化剂处理后可检测到hMLH1的启动子区域的表达,再次去除去甲基化剂后叠不能检测hMLH1的启动子区域。结论 微卫星不稳定性与错配修复基因表达有关。甲基化对膀胱癌细胞系BIU-87错配修复基因hMLH1的表达具有调控作用。