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相似文献
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1.
目的用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)对广西地区结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,并分析北京家族菌株与耐药的相关性。方法收集广西地区结核分枝杆菌临床分离株,应用Spoligotyping进行基因分型研究和比例法进行药物敏感性检测。基因聚类分析采用BioNumerics软件。统计分析采用χ2检验。结果共在广西地区收集到208株结核分枝杆菌临床分离株,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)或称北京基因型(Beijinggenotype),和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占55.3%(115/208)和44.7%(93/208),47种基因型,其中36株为独特类型,剩余172株分为11簇。北京家族菌株中,90.4%(104/115)为典型北京家族(TypicalBeijingfamily),非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为39个基因型,31株为独特的基因型。有耐药结果的205株菌株中,北京家族菌株,76.25%(76/113)表现为全敏感,而23.75%(37/113)表现为耐药;非北京家族菌株,75%表现为全敏感,而25%表现耐药,经卡方检验(Chi-SquareTests)(表2),两者间的差异无统计学意义(χ2=2.9721,P>0.05)。结论广西结核分枝杆菌存在明显的基因多态性。本研究证实北京基因型与耐药无明显相关性。  相似文献   

2.
目的 了解内蒙古自治区结核分枝杆菌临床分离株的基因型构成,及该地区北京家族菌株的分布特征。 方法 从内蒙古自治区结核病防治研究所收集2011年全年临床分离的372株结核分枝杆菌菌株及其372例来源患者的背景资料,采用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法和BioNumerics 5.0软件进行基因分型分析,将372株临床菌株Spoligotyping分型结果与SpolDB 4.0数据库进行比对。另外,采用NTF及LSP 对北京家族菌株进行分析。来源患者中汉族和蒙古族分别为282例及84例,其他为回族4例,维吾尔族和满族各1例,例数过少,因此仅分析主要民族与北京家族的易感性。以SPSS 13.0 软件进行统计学分析,χ2检验分析不同民族与北京家族易感性。 结果372株临床菌株共分为48种基因型,其中24种基因型为新的型别。85.48%(318/372)为北京家族,同时存在T家族(仅次于北京家族的主要流行基因型)占4.84% (18/372)、H家族(Haarlem)0.81%(3/372)、MANU家族(2004年最先于印度Delhi发现)0.27%(1/372)和LAM家族(Latin American and Mediterranean,拉丁美洲和地中海家族)0.27%(1/372)。汉族北京家族菌株占87.94%(248/282),非北京家族菌株占12.06% (34/282),蒙古族北京家族菌株79.76%(67/84),非北京家族菌株20.24% (17/84),差异无统计学意义(χ2=3.612, P=0.057)。 结论 内蒙古自治区结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,且北京基因型为该地区主要流行株,而北京家族菌株与民族易感性间无关联。  相似文献   

3.
目的 利用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法对宁夏回族自治区(简称“宁夏”)结核分枝杆菌流行株进行分型研究,并分析北京基因型与耐药性的相互关系。 方法 搜集宁夏结核分枝杆菌临床分离株115株,应用Spoligotyping方法进行基因分型研究,采用BioNumerics软件将分型结果进行基因聚类分析。应用比例法药物敏感性试验对115株结核分枝杆菌进行检测,最后将药敏结果结合基因型及流行病学资料进行分析。采用卡方检验比较不同组间结果的差异。 结果 在分离培养的115株菌株中,具有特异Spoligotyping指纹图谱的北京基因型菌株90株,占78.3%(90/115),25株为非北京基因型,占21.7%(25/115)。 90株北京基因型菌株中,41株为古代基因型(45.6%,41/90),任意耐药株为16株(17.8%,16/90);49株为现代基因型(54.4%,49/90),任意耐药株为33株(36.7%,33/90),两者间差异无统计学意义(χ2=1.27,P>0.05)。 结论 宁夏结核分枝杆菌以北京基因型流行为主,结核分枝杆菌北京基因型与耐药性之间无明显相关性。  相似文献   

4.
目的了解西安市结核分枝杆菌临床分离株的耐药情况及其与北京家族基因型(Beijing Family)的相关性,为有效防治结核病提供依据。方法对临床分离结核分枝杆菌采用绝对浓度法进行药物敏感性检测。间隔寡核苷酸分型(Spoli-gotyping)方法进行北京家族基因型鉴定。结果统计学分析采用χ2检验。结果104株结核分枝杆菌对4种一线抗结核药物,异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(SM)和乙胺丁醇(EMB),全部敏感的菌株为71株(68.3%);耐药菌株33株(31.7%),其中,单耐药菌株12株(11.5%),耐多药菌株21株(20.2%)。结核分枝杆菌对4种一线药物INH、RFP、SM和EMB的耐药率分别为24.04%(25/104)、18.69%(19/104)、16.34%(17/104)和2.88%(3/104)。104株结核分枝杆菌中北京家族基因型(BeijingFamily)占全部菌株的83.7%,非北京家族基因型占16.3%。87株北京家族基因型菌株中耐药菌株28株(32.18%),敏感菌株59株(67.82%),而17株非北京家族基因型菌株中耐药菌株5株(29.41%),敏感菌株为12株(70.59%)。经统计学分析其差异无统计学意义(χ2=0.05,P>0.05)。结论西安市分枝杆菌的耐药情况较为严重。结核分枝杆菌北京家族基因型与耐药性之间无明显相关性。  相似文献   

5.
结核分枝杆菌北京基因型菌株rpoB基因突变特征研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的分析结核分枝杆菌临床分离株北京基因型的rpoB基因突变特点。方法同时采用IS6110-限制性片段长度多态性(IS6110-RFLP),间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法对102株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,确定北京基因型。采用反相斑点杂交方法检测ropB基因突变。结果 73.5%(75/102)的临床分离株是北京基因型,62株(60.8%,62/102)利福平耐药株中有52株(83.9%,52/62)为北京基因型,10株为非北京基因型;40株利福平敏感株中北京基因型23株,非北京基因型17株。47株北京基因型和7株非北京基因型存在ropB基因突变,最普遍的点突变发生在526位点。结论尽管北京基因型与非北京基因型在ropB基因突变特征上无显著性差别,但北京基因型菌株利福平耐药率和rpoB基因突变率显著高于非北京基因型菌株;以PCR为基础的反相斑点杂交方法具有较高的敏感度和特异度,适用于大批量结核分枝杆菌利福平耐药性的初筛。  相似文献   

6.
目的了解结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型种类和特征,为结核病防治研究提供基础科学依据。评价两种分型方法在北京地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集北京市结核分枝杆菌临床分离株,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)二种分型方法进行基因分型,结果聚类分析采用BioNu-merics(Version5.0)软件。结果共在北京地区收集到220株结核分枝杆菌临床分离株。采用Spoligotyping分型方法,220株菌可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(non-Beijing family),20种基因型。其中北京家族含有202株菌,占91.82%。北京家族菌株中,典型北京家族菌株占95.05%(192/202),非典型北京家族占4.95%(10/202)。北京家族菌株的耐药率为22.55%(22/98),非北京家族菌株的耐药率为16.67%(1/6),两者间的差异无统计学意义(fisher analysis,P=0.5835>0.05)。采用MLVA分型方法,202株菌可分成5个基因群59种基因型,主要为Beijing family、China2和China3,分别占91.37%、2.73%和4.55%。结论北京地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族。北京家族菌株与耐药性无明显相关性。  相似文献   

7.
目的 研究结核分枝杆菌(MTB)不同基因型在广东省各地区的流行情况及其耐药相关性。方法 随机数字法抽取广州市胸科医院2014-2015年临床分离的来自于广东省不同地区的504株结核分枝杆菌菌株,采用比例法进行药物敏感性实验,选用间隔区寡核苷酸分型方法(Spoligotyping)对结核分枝杆菌进行基因分型。基因型耐药率差异比较采用χ2检验。结果 (1)在504株结核分枝杆菌临床分离株中北京家族和非北京家族分别是386株和118株。非北京家族中,T家族高达48株;其余是H3家族、EAI家族、MANU家族、AMBIGO家族、LAM家族以及新发基因型。北京家族构成比在性别、年龄上无统计学差异(P>0.05),但在汕头、汕尾、揭阳、东莞四个地级市的构成比低于广州市,差异有统计学意义(P<0.05)。(2)504株结核分枝杆菌中,453株在SPOIDB 4.0数据库中分为49种寡核苷酸类型归类于30个簇,其主要流行簇依次为:SIT1、SIT53、SIT52、SIT19、SIT523。SIT1基因型的异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(SM)、乙胺丁醇(EMB)、 吡嗪酰胺(PZA)、 阿米卡星(AMK)、左氧氟沙星(LVFX)、耐多药(MDR)、泛耐药(XDR) 的耐药率均高于SIT53、 SIT52、SIT19,而SIT523在 RFP、SM、EMB、MDR的耐药率方面高于SIT1 (3)主要流行基因型北京家族的INH、PZA、AMK的耐药率高于非北京家族,差异有统计学意义(P<0.05),其余药物的耐药性无显著性差异(P>0.05)。结论 广东省结核分枝杆菌呈基因多态性,北京基因型菌株为本省结核分枝杆菌主要流行株,而且与异烟肼、吡嗪酰胺、阿米卡星耐药相关。非北京基因型在潮汕和东莞等华侨之乡比例有所增加。  相似文献   

8.
目的 分析新疆喀什地区结核分枝杆菌临床分离株对8种抗结核药物的耐药情况,探讨本地区耐药结核病和菌型流行情况。 方法 收集2010年6月1日至2010年12月31日新疆喀什地区结核病防治所确诊的214例结核病患者痰标本,对分离培养的214株分枝杆菌采用比例法进行药物敏感(包括异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇、氧氟沙星、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星8种抗结核药物)和菌型鉴定试验,计数资料组间比较采用χ2检验,P<0.05为差异有统计学意义。 结果 214株分离株中175例(81.78%)为人结核分枝杆菌,39例(18.22%)为牛结核分枝杆菌,人结核分枝杆菌耐药率(29.14%,51/175)与牛结核分枝杆菌耐药率(12.82%,5/39)差异有统计学意义(χ2=4.398,P=0.034),人结核分枝杆菌耐多药率(5.71%,10/175)与牛结核分枝杆菌耐多药率(0%)相比,差异无统计学意义(χ2=1.231,P=0.267);患者总耐药率为26.17%(56/214),初治患者耐药率25.97%(20/77),复治患者耐药率26.28%(36/137),两者差异无统计学意义(χ2=0.0003,P=1.00)。8种耐任一抗结核药物耐药率占前四位的分别为:异烟肼、链霉素、利福平、乙胺丁醇。 结论 新疆喀什地区结核病患者耐药情况仍较严重,分型以人结核分枝杆菌为主,在结核病治疗工作中应给予高度重视。  相似文献   

9.
目的 了解HIV/MTB双重感染病例中结核分枝杆菌基因型构成情况以及北京家族基因型菌株所占的比例,为HIV/MTB双重感染病例结核病预防控制提供分子流行病学依据。方法 收集HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌临床分离株114株,利用间隔寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术对所收集的临床分离株进行分型研究,分析HIV/MTB双重感染病例中结核分枝杆菌基因型构成情况及主要流行型。结果 114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌成2个大的基因家族,即北京家族(Beijing Family)和非北京家族(non-Beijing Family),分别占66.7%(76/114)和33.3%(38/114),共30种基因型。其中,非北京家族包括T家族共18株,H家族共5株,EAI5基因家族1株,CAS1_DEHLI基因家族1株及12种在数据库中没有对应基因家族或没有匹配的结果的新基因型13株。结论 HIV/MTB双重感染病例中,结核分枝杆菌基因型呈明显的多态性,北京家族基因型菌株仍为HIV/MTB双重感染病例中结核分枝杆菌主要流行菌株。  相似文献   

10.
利用多重PCR方法快速鉴定结核分枝杆菌北京基因型菌株   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的 建立结核分枝杆菌北京基因型菌株快速鉴定方法 ,研究该家族在人群中的流行传播的规律和特点。 方法 采用间隔区寡核苷酸(spoligotyping)分型与多重PCR方法 分别对临床分离的112株结核分枝杆菌进行北京基因型菌株鉴定。 结果在分析的112株结核分枝杆菌中,107株为北京基因型,多重PCR鉴定结果与Spoligotyping分型符合率为100%。 结论 与spoligotyping分型相比,多重PCR技术可以快速地区分北京基因型与非北京基因型株,且方法 简单,更适于基层试验室中对北京基因型结核分枝杆菌在人群中的流行进行大规模监测。  相似文献   

11.
目的 初步明确江西省耐二线抗结核药相关基因突变的特征,评价等位基因特异性多重PCR(multiplex allele-specific polymerase chain reaction,MAS-PCR)检测二线抗结核药耐药性的可行性。 方法 采用DNA测序方法和MAS-PCR技术,对江西省52株耐二线抗结核药的结核分枝杆菌进行耐药相关基因突变位点检测。 结果DNA测序分析:39株耐氧氟沙星(Ofx)菌株中,32株存在gyrA基因错义突变,2株发生gyrB基因错义突变。29株耐卡那霉素(Km)或卷曲霉素(Cm)菌株中,22株为rrs1401位点A→G突变。52株耐二线抗结核药的结核分枝杆菌,40株为北京基因型(76.92%,40/52),其中17株北京基因型菌株发生gyrA-GAC94GGC突变(42.50%,17/40),19株北京基因型菌株发生rrs-A1401G突变(47.50%,19/40)。北京基因型与基因突变类型gyrA-GAC94GGC和rrs-A1401G无明显相关性(χ2=1.16、1.92,P值均>0.05)。MAS-PCR检测Ofx耐药株的敏感度为61.54%(24/39),检测Km或Cm耐药株的敏感度为79.31%(23/29)。 结论 gyrA基因94位密码子突变是江西省结核分枝杆菌Ofx耐药的主要机制; rrs-A1401G突变则是Km或Cm耐药的主要原因。MAS-PCR方法对于快速检测二线抗结核药的耐药性有一定的临床应用价值。  相似文献   

12.
目的初步探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)和多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)用于浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解浙江省结核分枝杆菌的基因型特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集菌体,提取基因组DNA。采用聚合酶链反应(PCR)扩增整个DR区进行Spoligotyping分型,同时分别扩增15个VNTR位点进行MLVA分型。聚类分析采用BioNumerics软件。统计学分析采用卡方检验。结果对70株菌进行了基因分型,Spoligotyping结果显示,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占70和30,49株北京家族菌株中,89.8为典型北京家族;MLVA结果显示,可分4个基因群,分别为Ⅰ群占8.5,含5个基因型,Ⅱ群占18.3,含13个基因型,Ⅲ群占70.4,含38个基因型,Ⅳ群占2.8,含2个基因型。两种方法对菌株的基因分型结果非常吻合,Spoligotyping分型为北京家族的菌株均分布在MLVAⅢ型中,非北京家族菌株的基因多态性,分属于MLVAⅠ、Ⅱ和Ⅳ型。MLVA将70株菌分为58个基因型(含53个独特基因型),而Spoligotyping只分为18种基因型(含12个独特基因型)。结合对临床一线4种药物的耐药检测结果分析,两种方法的分型结果均显示北京家族菌株中表现为全敏感者71.4(35/49),表现为耐药者为28.6(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7,表现为耐药者为33.3,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(χ2=0.158,P>0.05)。结论初步证实浙江省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族。北京家族与耐药无明显相关性。MLVA株水平鉴定能力明显高于Spoligotyping,尤其是在鉴别北京家族菌株上具有明显的优势。  相似文献   

13.
SETTING: The small urban country of Singapore. OBJECTIVES: To investigate the relationships between Mycobacterium tuberculosis genotypes and drug-resistant phenotypes and to analyse the transmission of drug-resistant tuberculosis (DR-TB). DESIGN: A 29-month population-based study comparing drug-resistant and drug-susceptible M. tuberculosis isolates. RESULTS: We found that multidrug-resistant (MDR) isolates (n = 41, OR 2.66, 95%CI 1.28-5.50), rifampicin-resistant isolates (n = 48, OR 2.88, 95%CI 1.44-5.76), and streptomycin (SM) resistant isolates (n = 103, OR 3.35, 95%CI 1.99-5.62) were more common among Beijing genotype strains than among non-Beijing strains, while SM-resistant isolates were less common in East-African-Indian (EAI) genotype strains than in non-EAI strains (OR 0.30, 95%CI 0.14-0.64). Based on clustering analysis and drug-resistant patterns, 22 of 230 drug-resistant isolates were found to have likely resulted from recent transmission. The estimated transmission rate of DR-TB was 9.6% and that of MDR-TB was 7.7%. The transmission rate of DR-TB was significantly higher among Beijing genotype strains than non-Beijing strains (12.9% vs. 4.4%; P = 0.034). CONCLUSIONS: Compared to other genotypes, Beijing genotype strains are associated with a higher frequency of drug resistance, including multidrug resistance, and are more transmissible. However, the overall transmission rate of DR-TB in Singapore is low.  相似文献   

14.
目的分析结核病高发县结核分枝杆菌临床分离株及其基因型特征,探索高疫情地区结核菌株流行情况。方法在罗甸县结核病定点医院门诊收集临床分离的分枝杆菌菌株,用PNB生长试验、结核分枝杆菌散在重复单位(VNTR) 和RD105缺失基因检测法分别进行菌种、结核分枝杆菌DNA多态性和北京基因型鉴定。结果80株菌株中非结核分枝杆菌占12.5%,70株结核分枝杆菌中北京家族占42.9%,非北京家族占57.1%。VNTR结果显示,菌株可分为5个基因群,其中 I群占15.7%,含 11个基因型,Ⅱ群占35.7%,含25个基因型,Ⅲ群占15.7%,含11个基因型,Ⅳ群占30.0%,含 21个基因型,Ⅴ群占2.9%,含2个基因型,未见成簇菌株。结论初步证实罗甸县结核分枝杆菌存在基因多态性,Ⅱ群、Ⅳ群为当地主要流行群,同时存在一定比例的非结核分枝杆菌感染。  相似文献   

15.
目的 检测北京/W系和非北京/W系结核分枝杆菌HspX、Hsp65、38kDa、Ag85B和MPT64在基因、mRNA和蛋白水平有无差异,探讨5个重要蛋白对于北京/W系菌株广泛流行的可能作用。方法 收集结核分枝杆菌临床分离株,其中北京/W系与非北京/W系菌株各30株,运用DNA直接测序法检测北京/W系和非北京/W系菌株HspX、Hsp65、38 kDa、Ag85B和MPT64对应编码基因的PCR扩增产物,采用实时定量PCR技术检测细菌在对数生长期5个重要蛋白的编码基因mRNA的表达水平,使用Western blot技术检测细菌感染巨噬细胞24 h后5个蛋白在不同菌株中的表达水平。结果统计分析采用t检验,P<0.05为差异有统计学意义。结果 HspX、Hsp65、38kDa、Ag85B和MPT64对应编码基因的PCR扩增产物测序均未发现突变。HspX、Hsp65在北京/W系菌株中的mRNA在对数生长期的表达差异均无统计学意义(P>0.05),而在感染巨噬细胞24 h后,细菌中两个热休克蛋白的表达高于非北京/W系菌株,差异有统计学意义(P<0.05)。在细菌感染细胞前后,北京/W系菌株中38 kDa、Ag85B的mRNA和蛋白水平的表达均低于非北京/W系菌株,差异有统计学意义(P<0.05)。MPT64在mRNA和蛋白水平的表达差异均无统计学意义(P>0.05)。结论 与非北京/W系菌株比较,北京/W系菌株中HspX、Hsp65高表达,38 kDa、Ag85B表达较低,推测这几个蛋白表达的改变可能与北京/W系菌株的流行有一定的关系。  相似文献   

16.
目的 根据黑龙江省结核分枝杆菌差异区域105(RD105)缺失基因检测与北京基因型菌株的相关性分析,了解黑龙江省五常市结核分枝杆菌基因型特征及传播特征,为该地区控制结核病提供有效的工具。方法 对黑龙江省五常市结核病防治(简称“结防”)所登记并培养阳性的121例肺结核患者的结核分枝杆菌分离株,采用比例法药敏试验检测其耐药性,用RD105缺失基因检测和7个位点可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)进行分子分型, 计算耐药率、Hunter-Gaston指数(Hunter-Gaston Index,HGI)、成簇率,分析结核分枝杆菌DNA多态性及北京基因型菌株与耐药的相关性。结果 在黑龙江省五常市121株结核分枝杆菌菌株中,通过RD105缺失基因检测,其结果显示有101株为北京基因型菌株,占83.5 %.(101/121),其余20株为非北京基因型菌株,占16.5%(20/121)。121株菌株对异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素的耐药率分别为5.8%(7/121)、3.3% (4/121) 、 5.0%(6/121)、15.7%(19/121);其中北京基因型菌株对上述药物的耐药率分别为5.0%(5/101)、3.0% (3/101)、5.9%(6/101)、17.8%(18/101),非北京基因型菌株对上述药物的耐药率分别为10.0%(2/20)、 5.0% (1/20) 、 5.0%(1/20)、未检出对乙胺丁醇耐药0.0%(0/20)。两者比较差异无统计学意义(χ 2=1.090,P=0.296)。121株菌株中耐多药率为2.5%(3/121),其中2株为北京家族基因型,1株为非北京基因型;北京基因型和非北京基因型耐多药率分别为2.0%(2/101)和5.0%(1/20),两者比较差异无统计学意义(χ 2=0.531,P=0.460)。进一步使用7位点VNTR分型技术检测,结果显示121株菌株可分为17个基因簇和64个独立的基因型;每个簇包括2~14株临床分离株,最大的簇由14株结核分枝杆菌菌株构成,所占比较高为11.6%(14/121);121株结核分枝杆菌菌株中成簇菌株57株,成簇率为 47.1%(57/121)。近期感染率最小估计值为33.1%(40/121)。7位点VNTR检测结果表现出高度多态性,各位点的HGI值为0.513~0.786;经聚类分析,121株结核分枝杆菌菌株可分为3个大的基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群),81个基因型。分别为:Ⅰ群占14.9%(18/121),含15 个基因型;Ⅱ群占76.9%(93/121),含59个基因型,Ⅲ群占8.2%(10/121),含7个基因型。结论 北京基因型为黑龙江省五常市主要流行株,且该地区的结核分枝杆菌呈明显的基因多态性。耐药菌株中北京基因型菌株所占比率较高,要加强对耐药优势菌群的监测和防控。  相似文献   

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