两种冰冻全血基因组DNA提取方法的比较

目的比较挑取白细胞法和裂解红细胞法获得人冰冻全血中的白细胞，提取基因组DNA的方法。方法分别分析DNA的收获量和OD260／0D280比值，同时，用PCR/SNP敏感性分子开关技术对两种方法获得的模板DNA进行SNP分析。结果挑取白细胞法DNA收获率高，纯度高，裂解红细胞法得到的DNA的产量和纯度相对较低；用PCR/SNP敏感性分子开关检测表明挑取白细胞法和裂解红细胞法制备的DNA模板可进行有效的体外扩增，但挑取白细胞法目的条带特异，而裂解红细胞法有扩增条带但有非特异带。结论对冰冻全血推荐采用挑取白细胞法进行大规模血样DNA的提取，建立高质量的DNA库，用于复杂疾病的基因检测和疾病SNP相关性研究。     

一种改良的人DNA微量快速检验技术

目的 探索一种以口腔粘膜脱落细胞为材料的安全、高效、低成本、敏感性高的人DNA微量快速检测方法。方法 采用从漱口液或棉签擦拭口腔粘膜获取脱落细胞,应用混合树脂（Chelex100）煮沸沉淀法提取DNA;用PCR分别对线粒体特异性DNA片断和基因组中的特定基因进行扩增检测。结果 通过对线粒体DNA中440 bp的非编码片段和染色体基因组中220 bp的乙醛脱氢酶DNA片段进行扩增,结果显示,从漱口液脱落细胞提取的DNA中可以稳定地扩增出上述两种DNA片断。结论 建立了一种改良的人口腔粘膜脱落细胞DNA微量快速检验技术。该法取样方便,DNA样品获取量较大,一次取样可同时进行多项线粒体和基因组标志DNA片段的快速PCR检测。     

Silica-KI快速提取外周血基因组DNA的实验研究

目的 建立一种快速的外周血基因组DNA提取方法。方法 用硅胶-碘化钾(Silica—KI)吸附法直接从外周血提取基因组DNA。结果 提取的基因组DNA相对分子质量大，纯度较高，A260／280nm为1．75～1．93。每毫升外周血可获得25～35μg DNA，体外扩增和限制性内切酶酶切结果满意。结论 Silica—KI吸附法是一种简单、高效、快速、安全、适用于大量临床标本处理DNA的提取方法。     

石蜡包埋淋巴组织三种微量DNA提取方法的比较

目的为寻找一种高效、简便、实用的石蜡组织中DNA提取方法，本研究比较了三种不同的DNA提取方法对DNA质量的影响。方法选取淋巴相关组织的蜡块21例。三种DNA提取方法分别是简单消化煮沸法，酚／氯仿提纯法和试剂盒法。通过提取DNA的浓度和纯度、PCR扩增保守序列pglobin等方法，比较三种DNA提取方法的优劣。结果试剂盒法提取样品OD260／OD280平均比值位于1．6～1．8之间；提纯法位于1．3—1．5之间；简单消化煮沸法位于1，2—1．3之间。三种方法中，试剂盒法提取的DNA最为稳定。以3种DNA提取方法所获取DNA为模板，PCR扩增阳性率无统计学差异。结论从实用、快速、经济的角度综合分析，简单消化煮沸法简单快速，需要的组织样品少，是一个值得推荐的石蜡组织DNA提取方法。     

石蜡包埋组织中DNA提取方法的比较

目的通过比较两种从石蜡包埋组织中提取基因组DNA的方法,确定一种高效、经济而简便的方法指导实际工作。方法按照两种方法（脱蜡法与非脱蜡法）提取DNA,比较所提DNA的质量,PCR扩增β-Globin基因作为基因分析的对照扩增,并对其中非脱蜡法进行改良。结果两种方法所提取的DNA均能达到相关分子学实验的要求,PCR扩增带清晰,结果较为相似。结论非脱蜡法也能提取出适用于PCR技术要求的DNA,方法简便、经济。     

Chelex-100法快速提取石蜡组织中EB病毒基因组DNA

目的:以鼻咽癌石蜡组织为材料,用Chelex-100法提取鼻咽癌组织中EB病毒基因组DNA,并以此为模板扩增出EBNA-3C片段,以建立快速提取石蜡组织中EB病毒基因组DNA的方法。方法:应用原位杂交方法检测30例鼻咽癌石蜡切片组织中EB病毒编码的小RNA(EBER)的情况,应用Chelex-100法快速提取鼻咽癌组织中EB病毒基因组DNA,并以此为模板用PCR扩增出EBNA-3C片段。结果:(1)30例鼻咽癌石蜡组织中原位杂交检测EBER全为阳性。(2)用Chelex-100法从30例鼻咽癌石蜡组织中提取了EB病毒基因组DNA并成功扩增出EBNA-3C片段。结论:Chelex-100法是快速提取鼻咽癌石蜡组织中EB病毒基因组DNA的高效方法。     

改良碘化钾法提取冻存外周血基因组DNA的方法探讨

目的探讨用改良碘化钾法（改良法）提取长期冻存外周血基因组DNA的方法。方法对碘化钾（KI）法加以改良,包括：血量由100μL增加到200μL;使用0．9％NH4CL溶液代替无菌重蒸馏水裂解红细胞;增加裂解白细胞膜的5mol／LKI溶液的用量（为70μL）;低温（4℃）离心。然后用改良碘化钾法从82份．80℃冻存外周血标本中提取基因组DNA。同时使用碘化钾法提取其中的30份血标本,比对两种方法提取DNA的浓度和纯度,并进行CYP2C19相关基因PCR扩增。结果两种方法所提取的DNA浓度和纯度分别是碘化钾法为128．2±34．9μg／mL和A260／A280 1．74±0．08,改良法为220±91．29μg／mL和A260／A280 1．87±0．12。改良法获得的DNA纯度更高,差异有统计学意义（P〈0．01）,通过增加样本量及对方法进行改良获得的DNA量较多。对改良后方法提取的基因组DNA进行PCR扩增,结果稳定。结论改良碘化钾法从长期冻存外周血中所提取的基因组DNA质量较高,能够满足对临床冻存样本研究的需求。     

改良碘化钠法提取人类微量全血基因组DNA的探索

目的通过改良碘化钠(NaI)法,建立一种简单、快速、经济的从人微量全血中提取基因组DNA的方法。方法采用经典NaI法和改良NaI法分别从人微量全血中提取基因组DNA,并进行常规和荧光定量聚合酶链反应(PCR),比较两种方法DNA提取的效果。结果采用改良NaI法从人外周全血中提取的DNA浓度和纯度与经典NaI法相比较,差异无统计学意义(P0.05),并且可以在较短时间内获得满意的常规和荧光定量PCR结果,且耗时较短。结论改良NaI法是一种简便、快速的提取人微量全血基因组DNA的方法,在临床和基础研究中具有较大的应用价值。     

Silica-KI快速提取外周血基因组DNA的实验研究

目的　建立一种快速的外周血基因组DNA提取方法。方法　用硅胶 碘化钾 (Silica KI)吸附法直接从外周血提取基因组DNA。结果　提取的基因组DNA相对分子质量大 ,纯度较高 ,A2 60 / 2 80nm为 1.75～ 1.93。每毫升外周血可获得 2 5～ 35 μgDNA ,体外扩增和限制性内切酶酶切结果满意。 结论　Silica KI吸附法是一种简单、高效、快速、安全、适用于大量临床标本处理DNA的提取方法。     

石蜡组织提取DNA 4种方法的比较

目前，从石蜡包埋组织中提取DNA在数量和质量上都不能令人满意^[1]。而按常规酚一氯仿法抽提DNA，过程长，有毒性，用于PCR扩增，成功率较低。我们应用4种不同方法从石蜡包埋人胃癌组织中提取DNA，用于PCR扩增，从中摸索出一个简便，经济，实用的方法，现报道如下。     

探讨从人血凝块中提取基因组DNA

目的从人血凝块中提取基因组DNA。方法室温自然解冻,人工磨碎,用Relax Gene Blood DNA System血液基因组DNA提取试剂盒提取DNA。结果用此试剂盒从人血凝块中成功提取基因组DNA,提取DNA浓度为16.1±4.7mg/L。结论用此试剂盒提取的基因组DNA的总量较高,提取效率高,PCR扩增效果好,可很好的用于血凝块基因组DNA的提取。     

几种提取生殖道常见病原菌DNA方法的比较

目的建立一种快速、有效提取生殖道常见病原菌DNA的方法。方法用3种方法分别提取念珠菌、淋病奈瑟氏菌、生殖支原体、阴道毛滴虫等生殖道常见病原菌的DNA,然后PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳,比较3种DNA提取方法。结果蛋白酶K/SDS法提取DNA质量较好,PCR扩增条带也较清楚,但操作复杂,T riton X-100煮沸法虽提取质量不及蛋白酶K/SDS法,但简便快速。结论对于提取上述病原菌的临床分离株DNA除可采用蛋白酶K/SDS法外,还可采用T ri-ton X-100煮沸法进行提取,不宜采用SDS法提取念珠菌DNA。     

人类基因组DNA四种不同抽提方法比较

目的探讨四种不同人类基因组DNA抽提方法的最佳方法.方法分别用淋巴细胞分离液、红细胞裂解液处理全血样本,用经典酚醇法、盐析法、碘化钾法、煮沸法提取DNA,比较这些方法所获得的DNA模板对PCR法检测HLA的影响,并进行了标本放置不同时间对DNA抽提结果的影响的实验.结果在所比较的几种方法中,经典酚醇法、盐析法、碘化钾法提取的DNA有较高的纯度和浓度,以其为模扳所进行的PCR结果较好,其中以碘化钾法的操作最为简便可靠.结论常规抽提DNA以碘化钾法最为适用,一月内4.C放置全血标本对人类基因组DNA抽提结果无明显影响.     

真菌DNA提取方法的建立和比较燃

目的：DNA的提取效率，尤其是DNA的纯度严重影响实验结果，同一标本采用不同方法或不同标本采用相同方法提取DNA，其纯度和提取率有很大差异。以丝状真菌为材料，进行DNA提取，对真菌DNA的提取方法进行优化，探讨其最佳DNA提取方法。 方法：实验于2004—06／2006—12在吉林大学基础医学院真菌实验室进行。以临床常见致病真菌标本为材料，采用玻璃珠-盐析法、CTAB法、Gene TLE^TM法3种不同方法提取DNA，通过琼脂糖凝胶电泳比较不同方法提取DNA的效率。 结果：同等菌体量下，A260和A80的比值采用Gene TLE^TM法获得的样品最高，表明其蛋白质含量相对最少。3种提取的基因组DNA琼脂糖凝胶电泳图都在相应的多重PCR体系中扩增出目的片段，Gene TLE^TM DNA抽提法带型最清楚、明亮。 结论：Gene TLE^TM法提取DNA效率高、质量好，操作简单，适于DNA的提取.     

酚/氯仿法和盐析法提取人类外周血基因组DNA方法的比较

目的比较两种不同方法提取的基因组DNA的纯度、产量和后续实验效果。方法采用酚/氯仿法和盐析法两种方法直接从全血中提取基因组DNA,并采用电泳、PCR和基质支持的激光释放/电离飞行时间质谱分析（MALDI-TOF MS）方法进行检测。结果酚/氯仿法提取的基因组DNA纯度高于盐析法（P〈0.001）,但两组纯度平均值都高于1.80;没有发现两种方法提取的DNA浓度存在差异（P=0.819）。两组DNA在电泳中都没有出现明显拖尾现象,均很容易扩增出胰岛素诱导基因2片段,并且在MALDI-TOF MS检测中,两组DNA样本结果没有明显差异。结论酚/氯仿法和盐析法提取的基因组DNA质量无明显差异。相比酚/氯仿法,盐析法能简便、快速、无毒地进行DNA提取,适合于大规模的分子生物学实验。     

巢式聚合酶链式反应检测布鲁氏菌核酸DNA方法的建立

目的建立一种具有灵敏性高,特异性强的巢式聚合酶链式反应(PCR)方法检测血液标本中布鲁氏菌核酸DNA。方法使用细菌基因组提取试剂盒提取纯菌核酸DNA;使用血液等组织基因组核酸DNA提取试剂盒提取血液标本核酸DNA,对提取的核酸DNA先行常规PCR预扩增,以扩增的PCR产物为模板进行荧光定量PCR第二次扩增(即巢式PCR)。对纯菌提取的核酸DNA进行灵敏度和和特异性测试,构建巢式PCR的Ct值与核酸DNA拷贝数之关系曲线;检测临床血液标本核酸DNA,同时比较常规两种PCR方法检测结果。结果常规PCR检测的灵敏度为512个核酸DNA拷贝数;巢氏PCR检测有效范围为921.6 ng/μl^6.8 fg/μl,对应的Ct值为12.04~37.50,其指数关系为:y=(e-0.695x)×1012;R2=0.9986,巢式PCR扩增效率为2.28×109倍,检测限为2个布鲁氏核酸DNA拷贝数。巢式PCR的灵敏度为91.67%,特异度为93.10%,阳性预测值为91.67%,阴性预测值为93.10%。对一起羊养殖场采集的25份血液标本应用巢式PCR方法检测,结果阳性率为92.00%(23/25);27份健康人群血液标本没有检测出(无Ct值)。结论巢式PCR具有较好的灵敏性和特异性,特别适合于血液标本布鲁氏菌核酸DNA的检测。     

一种快速提取新生隐球菌及其他酵母样真菌DNA方法

目的寻找一种快速提取酵母样真菌DNA的方法。方法使用酶溶解法提取新生隐球菌及其他酵母样真菌DNA,并对提取的DNA通过特异性引物进行PCR,所得产物进行酶切验证。结果用此方法提取的新生隐球菌基因组DNA浓度为280～395ng/μL,OD260/OD280比值为1.6～1.8,所提取的DNA可用于PCR的扩增检测特异性酵母样真菌。结论该方法可以用于提取新生隐球菌及其他酵母样真菌。     

粪便标本中细菌DNA提取方法的比较

目的比较粪便标本中细菌DNA三种提取方法的优缺点。方法采用传统法,溴化十六烷基三甲基铵(CTAB)提取法和试剂盒法提取粪便标本中细菌DNA,比较其作为模板用于PCR扩增细菌16SrDNA的优缺点。结果三种方法制备的细菌DNA均能成功用作后续PCR扩增的模板。传统法经济可靠,但提取的DNA量及纯度均较低。利用CTAB法进行提取可有效去除粪便中的色素和多糖成分,但操作要求较高,难以标准化。试剂盒法提取方便,操作简单,质量稳定,易标准化,且价格适中,是临床值得推荐的提取方法。结论三种方法各具优缺点,应根据实验室条件和实验要求进行选择。     

基于高通量测序下低拷贝乙型肝炎病毒检测方法的应用分析

目的建立一种针对临床低拷贝乙型肝炎病毒(HBV)的检测方法。方法选取2017年1-10月该院收治的乙型肝炎患者30例作为研究对象。采集患者血清样本进行HBV病毒基因组提取,通过HBV DNA定量检测试剂盒[聚合酶链反应(PCR)荧光探针法]对HBV DNA样本进行定量检测。选择HBV4×103 copy/mL的病毒DNA 6例,分别进行全基因组一步法建库及巢式PCR扩增法建库。采用Illumina Miseq平台对构建好的文库进行测序。通过生物信息学方法对所得数据进行分析。结果与HBV B型参考基因组比对,全基因组一步法建库匹配率很低,且数据产量低。巢式PCR扩增法建库匹配率达75.61%,且样本覆盖率及测序深度较好。6例低拷贝HBV样本共发现29个宿主内iSNV,且存在15个低频突变。结论巢式PCR扩增HBV全基因组建库进行高通量测序可用于低拷贝HBV的检测,且能发现低频突变。     

碘化钾法抽提冻存外周血DNA的方法初探

目的:探讨碘化钾法从冻存外周血中抽提基因组DNA的产量及质量.方法:对400μL冻存血标本(-20℃保存半年)及200 μL新鲜血标本(4℃保存不超过1周)分别采用KI法提取基因组DNA,比较其浓度和纯度.并进行CYP2C19相关基因的PCR扩增.结果:通过增加处理标本量,可以相应提高从冻存外周血中提取的基因组DNA产量,但获取的DNA纯度低于新鲜血标本.结论:KI法提取DNA时,需要根据实验目的和要求,选择适当的保存方法.