LNMTca8113舌癌细胞中CCR10下游分子鉴定

目的:在LNMTca8113舌癌细胞中获得与CCR10结合的下游分子并进行鉴定。方法:应用免疫共沉淀的方法,获得LNMTca8113舌癌细胞中CCR10的共沉淀产物,通过SDS-PAGE凝胶电泳分离共沉淀产物,显示差异条带。酶切差异条带,蛋白酶水解,进行液相色谱-质谱联用仪检测,对共沉淀产物的肽段进行鉴定。结果:对CCR10下游分子成功地进行了免疫共沉淀及有效的电泳分离,获得了差异表达条带。液相色谱-质谱（LC-MS）联用仪检测,20min-100min之间有样品被洗脱。质谱图观察,峰值正常,肽段二级质谱匹配图显示匹配率较高。按照筛选标准,通过软件检索,发现可信度高蛋白,包括cytoskeletal 1、5、9、10等多个分子。结论:CCR10下游分子包括多个细胞骨架蛋白,与癌细胞的迁移运动密切相关。CCR10与舌癌细胞淋巴结转移关系密切。     

JQ1下调SKP2和上调p27诱导HeLa细胞凋亡的研究

摘 要：［目的］ 观察JQ1对宫颈癌HeLa细胞增殖的影响及可能的作用机制。［方法］ 采用CCK-8比色法检测JQ1对HeLa细胞增殖的影响,分为二甲亚砜（DMSO）对照组和JQ1处理组（终浓度分别为0.01、0.1、1和10μmol/L）,分别处理24、48、72和120h。将细胞分为DMSO对照组和10μmol/L JQ1处理组进行后续实验,细胞培养12d后计算细胞克隆形成数量;细胞培养72h后采用流式细胞仪检测细胞凋亡的变化,采用实时荧光定量PCR（RT-qPCR）和蛋白印迹法检测S期激酶相关蛋白2（SKP2）和p27的表达变化。［结果］ JQ1抑制HeLa细胞增殖,且作用呈剂量与时间依赖性,10μmol/L JQ1处理细胞72h后细胞存活数量减半;与DMSO对照组相比,10μmol/L JQ1显著抑制HeLa细胞克隆形成（细胞克隆形成数量：3±2 vs 240±10,P<0.001）;且能诱导HeLa细胞凋亡（细胞凋亡百分比：12.80±0.88 vs 2.90±0.27,P< 0.01）;与DMSO对照组相比,JQ1能抑制细胞SKP2 mRNA 和蛋白表达（其中SKP2 mRNA表达倍数：0.43±0.02 vs 1.00±0.03,P<0.01）,并上调p27 mRNA 和蛋白表达（p27 mRNA表达倍数：2.60±0.13 vs 1.00±0.11,P<0.01）。［结论］ JQ1通过诱导细胞凋亡来抑制HeLa细胞的增殖,其可能的机制是抑制SKP2表达和上调p27表达。     

亲和纯化技术联合质谱分析筛选乳腺癌中p90核糖体S6蛋白激酶4相互作用蛋白

背景与目的：p90核糖体S6蛋白激酶4基因(ribosomal S6 kinase 4 gene,RSK4)作为抑癌基因,能够抑制细胞增殖、迁移并诱导细胞的凋亡,但与其配合发挥相应功能的相互作用蛋白尚不明确。该研究利用Flag标签纯化技术和质谱分析筛选鉴定乳腺癌细胞株MDA-MB-231中的RSK4相互作用蛋白。方法：构建含有RSK4全长和Flag亲和标签的真核表达载体pcDNA3.1/EGFP-RSK4-Flag,将其转染至MDA-MB-231乳腺癌细胞株,72 h后收集细胞蛋白。采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time lfuorescent quantitative polymerase chain re-action,RTFQ-PCR)和蛋白[质]印迹法(Western blot)检测RSK4表达情况。运用标签分离纯化RSK4蛋白,液相质谱/质谱分析技术(liquid chromatography mass spectrometry/mass spectrometry,LC-MS/MS)鉴定RSK4相互作用蛋白,通过生物信息学的方法(GO分析和IPA分析)归纳分析互作蛋白以及与RSK4相互作用机制。结果：通过标签纯化联合质谱分析成功鉴定出丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶38(serine/threonine-protein kinase 38,STK38)/丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶38类(serine/threonine-protein kinase 38-like,STK38L)、MOB激酶致活因子2(MOB kinase activator 2,MOB2)、蛋白精氨酸N甲基转移酶5(protein arginineN-methyltransferase 5,PRMT5)等24个RSK4相互作用蛋白。对所鉴定出的互作蛋白进行生物信息学分析,提示RSK4互作蛋白组参与包含细胞凋亡和细胞迁移运动等在内的多种生物信号通路。结论：利用亲和纯化技术联合质谱鉴定成功筛选出RSK4相互作用蛋白并通过生物信息学分析获得了RSK4参与乳腺癌细胞的凋亡、迁移相关生物调控网络。     

免疫沉淀——质谱联用揭示RCC2在乳腺癌MDA-MB-468细胞系中的新功能

目的 分析RCC2蛋白在乳腺癌MDA-MB-468细胞系中的互作蛋白组并揭示其功能调控网络。方法 运用酶切技术结合一代测序构建携带Flag标签RCC2蛋白过表达载体，慢病毒包装感染构建Flag-RCC2过表达的MDA-MB-468稳转细胞株。采用Flag抗体凝胶珠亲和沉淀，收集蛋白样品进行高敏感度质谱鉴定。生物信息蛋白组学分析互作蛋白组，包括GO注释，KEGG通路富集，构建蛋白互作网络（PPIN）。 结果 高可信度164个蛋白聚类分析显示，RCC2及其互作蛋白显著富于核糖体相关通路中，具有RNA与核蛋白体结合能力，揭示其参与蛋白翻译与成熟的过程。结论 成功鉴定RCC2互作蛋白组，揭示RCC2在乳腺癌细胞中发挥新的翻译调控功能。     

本草香对主流烟气暴露大鼠心血管系统蛋白组学的影响研究

目的：比较添加本草香成分香烟与普通香烟暴露后大鼠心脏组织中的差异表达蛋白及其涉及的生物学通路。方法：将24只SD大鼠分为2组：普通香烟烟气暴露组和含本草香成分香烟（金圣4）烟气暴露组,经过3个月主流烟气暴露后取心脏组织,采用串联质谱标记（TMT）定量蛋白质组学研究技术对两组大鼠心脏组织差异表达蛋白进行筛选,利用基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对差异蛋白进行生物信息学分析。结果：筛选出金圣4香烟组大鼠和普通香烟烟气暴露组大鼠心脏组织差异表达1.2倍以上的蛋白43个,差异表达蛋白GO分析结果发现,这些蛋白涉及分子功能、细胞组分及生物学过程3个分类;对金圣4香烟组大鼠心脏组织差异表达蛋白进行KEGG富集分析发现,差异表达蛋白涉及6个生物学通路。结论：本研究寻找到本草香成分香烟与普通香烟暴露后大鼠心脏组织中差异表达蛋白及差异蛋白所涉及的生物学通路,可以为进一步研究本草香的生物学功效提供帮助和研究线索。     

肿瘤血管靶向肽GX1的受体筛选

目的：筛选肿瘤血管靶向肽GX1（CGNSNPKSC）的受体。方法：化学合成生物素标记的GX1,分离培养原代人脐静脉内皮细胞（HUVECs）,培养并收集共培养人脐静脉内皮细胞（co-HUVECs）全蛋白;应用免疫沉淀、免疫磁珠法分离富集与GX1结合的蛋白质;采用银染检测,确定并获取特异性蛋白条带;利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALD I-TOF-MS）及生物信息学分析,对条带蛋白进行测序和分析。结果：免疫沉淀和银染法获得与GX1特异性结合的蛋白条带,其分子量在10-15KDa之间。利用MALDI-TOF-MS及生物信息学分析获得了一个有意义的候选蛋白核苷二磷酸激酶A（NDPKA）。结论：利用免疫沉淀-质谱法筛选获得了GX1受体的候选蛋白,为研究GX1的作用机制奠定了基础。     

小细胞肺癌关键基因及信号通路分析

目的 探究SCLC基因调控机制，为寻找SCLC早期诊断及靶向治疗潜在的生物标志物提供依据。方法 采用生物信息学方法从公共基因芯片数据库获取小细胞肺癌（SCLC）mRNA数据并筛选出差异表达基因（DEGs），对DEGs进行基因本体（GO）和基因组百科全书数据库（KEGG）富集分析，构建蛋白互作网络，筛选出核心基因并利用Kaplan-Meier在线工具进行生存分析。结果 17例SCLC组织样本和19例正常肺组织样本中筛选出248个DEGs，包括172个高表达基因和76个低表达基因（P<0.05）。GO和KEGG富集分析结果显示，DEGs的功能主要涉及细胞周期、DNA复制、错配修复、P53信号通路等，蛋白互作分析网络筛选出6个节点度最高的核心基因：TOP2A、PCNA、RFC4、 FEN1、CCNA2和MCM2，并与患者预后相关。结论 DEGs涉及的分子功能和信号通路可能是SCLC发生的分子机制，而核心基因可能是治疗SCLC的潜在靶点。     

肿瘤转移相关基因1对宫颈癌HeLa细胞放疗敏感性的作用及机制

目的探讨肿瘤转移相关基因1(MTA1)对宫颈癌HeLa细胞放疗敏感性的影响及其分子机制。方法对MTA1敲降的HeLa细胞及对照HeLa细胞进行转录测序, 获得差异表达基因并对其进行基因集富集分析和GO聚类分析。采用流式细胞术检测MTA1过表达的HeLa细胞和对照HeLa细胞在10 Gy X射线照射前后的细胞凋亡情况, 克隆形成实验和实时无标记动态细胞分析(RTCA)技术检测细胞的增殖情况。选取差异表达基因编码的蛋白构建蛋白相互作用网络, 采用免疫荧光实验检测γ-H2AX的表达情况, 采用Western blot法检测γ-H2AX、β-CHK2、PARP和cleaved caspase 3的表达水平。结果转录组测序分析获得差异表达基因649个, 其中402个基因在MTA1敲降的HeLa细胞中表达上调, 247个基因表达下调。与MTA1相关的差异表达基因富集于DNA损伤修复过程, GO聚类分析提示, DNA损伤修复富集于第2位。流式细胞术检测结果显示, 10 Gy X射线照射后, MTA1过表达的HeLa细胞凋亡率[(15.67±0.81)%]低于对照HeLa细胞[(40.27±2.73)...     

非吸烟女性肺癌潜在相关基因的生物信息学分析及功能预测

目的：对非吸烟女性肺癌潜在相关基因进行生物信息学分析及功能预测,探讨非吸烟女性肺癌患者的发病机制及预后标志物。方法：选择从GEO数据库下载非吸烟女性肺癌患者的基因芯片并用GEO2R软件筛选出差异表达基因（differentially expressed gene,DEG）,再利用STRING 在线分析软件对DEG 进行GO 和KEGG 分析以及蛋白互作（protein-protein interaction,PPI）网络分析,然后利用插件（M-CODE）对所有DEG进行可视化处理,筛选关键DEG,最后利用GEPIA及Kaplan-Meier plotter在线工具对关键DEG进行功能预测及预后分析。结果：共筛选出160 个DEG,其中上调54 个、下调106 个;GO分析其生物学功能主要与血管形成、单个生物细胞间黏附、GTPase活性正调控和信号转导密切相关（均P<0.05）。KEGG分析发现,可能主要与细胞黏附分子、白细胞迁移、紧密连接和胞吞作用相关（均P<0.05）。PPI 网络分析获得8 个关键DEG,分别是TIE1、PECAM1、VEGFD、ICAM2、ESAM、EMCN、ROBO4 和CLDN5。结论：TIE1、CLDN5、ICAM2、ESAM、VEGFD、ROBO4 可能是非吸烟女性肺癌发病机制的研究靶点,PECAM1、EMCN可能是预测非吸烟女性肺癌患者病情进展及预后的标志物。     

胃癌血管特异性短肽GEBP11结合受体的免疫沉淀法筛选

目的：筛选胃癌血管特异性短肽GEBP11（CTKNSYLMC）的结合受体.方法：采用Western-blot、免疫细胞化学染色法对共培养人脐静脉内皮细胞（co-HUVECs）CD31和KDR的表达进行检测;化学合成生物素标记的GEBP11,应用免疫沉淀、免疫磁珠法分离富集与GEBP11结合的蛋白质;采用Western-blot检测,确定并获取特异性蛋白条带;利用液相色谱一二级质谱（LC-MS/MS）及生物信息学分析,对条带蛋白进行测序和分析.结果：co-HUVECs表达CD31,KDR表达增加.通过免疫沉淀和Western-blot分析,发现一条与GEBP11特异结合的条带,其分子量约为12KD.经LC-MS/MS和生物信息学分析,获得候选蛋白ATP7B.结论：经鉴定co-HUVECs表达内皮细胞标志性分子且KDR表达上调;利用免疫沉淀-质谱法筛选获得了GEBP11受体的候选蛋白,为研究GEBP11的作用机制奠定了基础.