中国人群系统性红斑狼疮患者OAZ基因多态性研究

目的　研究 OL F1/EBF相关锌指蛋白 (OL F1/EBF associated zinc finger protein,OAZ)基因单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism,SNP)与系统性红斑狼疮 (systemic lupus erythematosus,SL E)的关联性。方法　选择经过验证、杂合度较高的 SNP对 2 4 4个 SL E家系进行等位基因分型 ,以Genehunter软件分析单个位点及单倍型传递情况。检测 OAZ基因表达水平 ,比较患者中不同单倍型对基因表达的影响。结果　未发现单个 OAZ SNP位点在 SL E患病子代中优势传递。单倍型分析显示 ,由rs1344 5 31- rs2 0 80 35 3- rs9335 6 4 - rs1345 4 31构成的单倍型 T- A- G- G与疾病连锁性较弱 (P=0 .0 4 ) ,而Rs9335 6 4 - D16 s5 17构成的单倍型 G- 2 71bp、Rs2 0 80 35 3- rs9335 6 4 - D16 s5 17构成的单倍型 A- G- 2 71bp优势传递给患者 (P=0 .0 0 0 0 0 0和 0 .0 0 0 0 0 2 )。 Rs2 0 80 35 3- rs9335 6 4 - D16 s5 17- rs1345 4 31构成的单倍型 A- G-2 71bp- G也优势传递给患者 (P=0 .0 0 84 ) ,且该单倍型与基因表达水平相关。结论　 SL E患者中存在特定的 OAZ基因单倍型 ,OAZ可能提示了狼疮发病的新通路。     

U5 snRNP在前体mRNA剪接加工中的作用

前体mRNA的剪接是基因表达过程中的关键一步,发生在基因的转录之后与蛋白合成之前。在由前体mRNA剪接加工而形成成熟mRNA时,需要将转录本中的内含子切除,因为它会干扰基因的表达。前体mRNA的剪接发生在细胞核中,是在一个大的RNA与蛋白质的复合体即剪接体的催化下完成的。复合体中含有U1、U2、U5,二聚体形式的U4/U6小核RNA(snRNA)和一些小核核糖核蛋白(snRNP)。U5snRNP特异蛋白包括hPrp8,hSnu114(aGTPase),hBrr2(aDExH/Dboxhelicase)和Prp28等。Prp8构成剪接体的催化核心,hSnu114可避免剪接复合体过早的活化。因此,U5snRNP在剪接体聚集过程和前体mRNA的剪接反应中发挥重要作用。     

Prp8蛋白在前体mRNA剪接中的作用

前体mRNA的剪接是基因表达的关键一步,发生在蛋白质的转录之后与合成之前。在前体mR- NA剪接加工过程中需要将转录本中的内含子切除,因为它会干扰基因的转录。前体mRNA的剪接发生在细胞核中,是在一个大的RNA与蛋白质的复合物即剪接体的催化下完成的。Prp8(precursor mRNA process- ing)是参与前体mRNA剪接的最大的蛋白,其序列从酵母到人类是高度保守的。Prp8同时也是细胞核内一个最重要的剪接因子。在剪接过程中,Prp8组成剪接体的催化中心。有人推断Prp8是剪接体的支架蛋白,很可能在催化中心起到锚定RNA的作用,同时也调节着激活剪接体所必需的构象变化。Prp8还与色素性视网膜炎的发生密切相关。     

组织特异性SmN蛋白不影响3T3转染细胞内源N-Cam和C-SRC RNAs选择性的剪接

一个单主基因在不同类型细胞,尤其是神经元细胞可转录产生不同的mRNA,这种选择性RNA剪接的过程已认为是广泛适用的基因调控机制。与所有细胞内剪接的主要过程中与RNA剪接之需求相对应,RNA剪接所需的剪接体中的绝大部分小分子RNA和蛋白已存在于所有的细胞类型中。其中SmN被确认是剪接体中细胞特异性成份。SmN蛋白在结构表现上与RNA剪接蛋白SmB,B蛋白关系密切,但仅出现在脑和心脏细胞。作用发现与SmN表现型相关的N-Cam mRNA VASE突变性     

鼻咽癌p53与bcl-2基因表达的相互关系

目的　研究鼻咽癌 p5 3与 bcl- 2基因表达的相互关系。方法　对 38例鼻咽癌和 16例非癌样本中 p5 3和 bcl- 2 m RNA进行逆转录聚合酶链反应定量分析及单链构象多态性分析。结果　 (1)鼻咽癌组p5 3m RNA的水平较高 ,差异有显著性 (t=2 .14,P<0 .0 5 )。 bcl- 2 m RNA水平亦较高 ,单侧 t检验有显著性。 (2 )非癌组 p5 3m RNA随 bcl- 2 m RNA水平的升高而升高 ,相关具有高度显著性 (r=0 .819,P<0 .0 0 1)。在鼻咽癌组虽然也观察到类似的相关关系 ,但 r值比非癌组小 (r=0 .46 6 ,P<0 .0 0 5 )。 (3)鼻咽癌组及非癌组 p5 3- bcl- 2回归系数 b的 t检验均有显著性。 (4 )逆转录聚合酶链反应 -单链构象多态性分析未发现所检查的基因片段有点突变。结论　鼻咽癌中 ,p5 3和 bcl- 2的表达均增高 ,p5 3的失活可能是导致bcl- 2 m RNA过度表达的原因。     

哺乳动物EJC的研究进展

真核生物 m RNA出核转运和 m RNA前体剪接、m RNA降解等基因表达步骤相偶联。研究介导 m RNA出核转运相关蛋白时发现蛋白复合物同时在基因转录、m RNA前体剪接、出核转运及其下游步骤中出现。 m RNA剪接时遗留下来的外显子 -外显子连接点可作为顺式作用元件通过蛋白复合物在 NMD中发挥功能 ,降解含有提前出现终止密码子的 m RNA。本文对分离剪接后 m RNP复合物 (主要是 EJC)各组成成分及功能进行综述     

二丁酰环磷酸腺苷诱导脆性X智力低下一号基因重启及再表达的研究

目的探讨二丁酰环磷酸腺苷(db-CAMP)对细胞内脆性X综合征FMR1基因再激活的可能性。方法利用硝普钠(SNP)封闭FMR1基因表达,建立脆性X综合征的细胞模型,用Real-time PCR及Western Blot的方法分别从基因及蛋白水平检测二丁酰环磷酸腺苷对FMR1基因封闭后的再激活作用。结果发现db-CAMP可以激活封闭的FMR1基因,0.5umol/LdbCAMP作用12h可使FMR1m RNA表达量上升为封闭组的9.4倍,达到正常细胞的水平;在蛋白水平,0.5mmol/L的db-CAMP作用72h时可提高FMRP表达量1.11倍。结论通过给予外源性c AMP(db-CAMP)可有效地诱导封闭FMR1基因的转录重启与蛋白水平的再表达,这为脆性X综合征的替代治疗提供一种新的思路与药物途径。     

胰岛淀粉样多肽对高糖刺激下INS-1细胞凋亡及其相关基因表达的影响

目的探讨高糖刺激下转染过表达人胰岛淀粉样多肽基因的大鼠胰岛素瘤细胞(INS-1)细胞凋亡的影响及其相关基因表达。方法应用酶联免疫吸附法(ELISA)检测高糖刺激后INS-1及转染人胰岛淀粉样多肽的INS-1细胞(h IAPP/INS-1)上清液的胰岛素水平;利用Hoechst33258染色检测细胞凋亡百分率;采用RTPCR方法检测高糖刺激培养后的Bcl2、Bax m RNA的水平。结果高糖刺激下,与未转染人胰岛淀粉样多肽INS-1细胞相比较,h IAPP/INS-1细胞胰岛素分泌功能显著下降,凋亡细胞比例明显增加,抗凋亡基因Bcl2 m RNA表达水平下调,促凋亡基因Bax m RNA表达水平上调,Bcl2/Bax比例明显降低。结论人胰岛淀粉样多肽上调促凋亡基因表达和抑制抗凋亡基因表达可能与糖尿病的发生发展相关。     

选择剪接:一种基因表达的调控方式

选择剪接是一种在转录后水平直接调节基因表达的调控方式,既可以直接在RNA水平上调节基因的表达过程,也可以改变基因的表达产物,对蛋白质的功能和活性进行调节。选择剪接在生物体发育过程中也起着重要的调控作用。     

基于TCGA数据库对前列腺癌中免疫相关的长链非编码RNA(lncRNA)的生物信息学分析

目的探讨前列腺癌(PCa)组织中免疫相关长链非编码RNA(lncRNA)临床意义,为治疗PCa提供参考。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载PCa转录数据与临床数据,获取PCa中lncRNA;再下载与免疫相关的基因集;对获取的免疫基因与lncRNA采用Pearson相关性分析法进行共表达以确定与免疫相关的lncRNA,再通过单因素Cox回归和Lasso回归确定关键的lncRNA;采用R软件中的"ggplot package"和"survival package"分析这些lncRNA与临床特征的相关性与预后价值。我们使用lnc2RNA数据库分析lncRNA在正常前列腺组织与PCa组织之间的表达差异。最后使用Starbase、 David在线网站确定有预后价值的lncRNA的靶基因和靶基因的富集分析。结果 AL162586.1、 AC138028.4、 SLC25A25-AS1、 AC002553.1、 AC004816.1、 LINC00641、 AC027796.4是免疫相关且关键的lncRNA,其表达量随着N等级的升高而升高;AL162586.1和SLC25A25-AS1表达量随着T等级升高而升高。SLC25A25-AS1和LINC00641在肿瘤组织中和正常组织中表达量有差异。基因本体论(GO)富集结果显示SLC25A25-AS1主要分布于细胞膜、通过剪接体对mRNA剪接进行负调控,并与核苷酸结合;在KEGG富集中主要富集在剪接体通路。结论 lncRNA已成为PCa新的研究方向,其中SLC25A25-AS1可能是通过剪接途径影响PCa患者预后。     

降钙素/降钙素基因相关肽基因前体RNA的加工

降钙素和降钙素基因相关肽是由一个基因表达出的两种功能完全不同的多肽激素,其基因的表达主要在RNA水平上受到调控。前体RNA在加工成为成熟RNA的过程中,在不同的组织中经过不同的剪接形成不同的RNA。其剪接的特异性受到顺式元件和反式因子的调控,基因 的exon4上游剪接受点和下游polyA位点均存在弱的加工位点,通过增强子序列使之产生选择性剪接,另外,可能存在组织特异的反式剪接因子。     

细胞凋亡相关新基因Apr-3转录剪接体的克隆、测序及亚细胞定位

目的克隆Apr-3基因的一个转录剪接体,并对其进行测序及亚细胞定位。方法培养HL-60细胞,提取HL-60细胞总RNA,应用RT-PCR获取Apr-3的转录剪接体的编码区cDNA序列,将该cDNA与质粒pcDNA3·1/myc-His(-)B连接,构建克隆载体,将其转化E.coli DH5α,进行测序,与GenBank中登录序列比对结果正确后将该cDNA与质粒pEGFP-C3连接,并将其转染COS-7细胞。结果对测序结果进行序列分析,与GenBank中登录的Apr-3编码区完全一致。pEGFP-Apr-3基因表达产物定位于COS-7细胞的细胞膜和细胞质。结论对Apr-3基因的一个转录剪接体进行克隆,构建了真核表达载体,首次发现Apr-3的该转录剪接体主要在真核细胞的细胞膜和细胞质表达,为后期对该基因的结构和功能的研究奠定基础。     

Fcγ受体a多态性与系统性红斑狼疮关联性及连锁证据研究

目的　探讨中国南方汉族人群中 Fcγ受体 a(FcγR a)多态性与系统性红斑狼疮的关联及连锁关系。方法　应用聚合酶链反应 -特异性寡核苷酸杂交的方法 ,对 71例系统性红斑狼疮 (system lupuserythematosus,SL E)患者、6 4名健康对照和 15例 SL E患者及其父母进行了基因分型。对 FcγR a- 131基因多态性进行了研究。结果　 (1)携带 FcγR A- R131等位基因和 FcγR a- R/R131基因型者发生 SL E的危险性大 (OR=2 .0 6 ,P<0 .0 1;OR=4.17,P=0 .0 135 ) ;(2 )种族间 FcγR a- 131多态性存在差异 ,中国汉族人与日本人等位基因频率相似 ;(3)家系关联分析和传递不平衡分析结果无统计学意义 ,可能与样本量小有关。结论　FcγR a- 131多态位点是中国南方汉族人群中 SL E患者的易感位点     

抗炎药物对溃疡性结肠炎患者肠黏膜组织NF-κB的活化和细胞黏附分子表达的影响

探讨抗炎药物柳氮磺胺吡啶 (SASP)和糖皮质激素对溃疡性结肠炎 (Ulcerative colitis,UC)患者肠黏膜活检组织细胞间黏附分子 (Intercellular adhesion molecule- 1,ICAM- 1)与血管细胞黏附分子 (Vascular cell adhes-ion molecule- 1,VCAM- 1) m RNA和蛋白表达的影响 ,以及黏附分子 m RNA的表达与 NF- κB活化的关系。2 7例来自四川大学华西医院的 U C患者 (符合 1993年太原会议溃疡性结肠炎诊断标准 )被纳入本研究。其中 15例使用过药物 (SASP或 SASP 糖皮质激素 )治疗 ,12例未用过任何与 U C治疗相关的药物 ,9例同期结肠癌患者 (取其癌旁正常组织 )被作为对照。采用逆转录聚合酶链反应 (RT- PCR)检测 ICAM- 1与 VCAM- 1m RNA的表达 ;酶联免疫吸附试验 (EL ISA)测定 ICAM- 1与 VCAM- 1蛋白水平。凝胶电泳迁移率改变分析 (EMSA)检测 NF-κB DNA结合活性。结果显示 :与对照组相比 ,UC患者肠黏膜活检组织 ICAM- 1与 VCAM- 1m RNA和蛋白表达以及 NF-κBDNA结合活性明显升高 (P<0 .0 5 ) ;糖皮质激素和 SASP明显抑制 U C患者 NF-κB DNA结合活性 ,降低 ICAM- 1与 VCAM- 1m RNA和蛋白的表达 (P<0 .0 5 ) ;ICAM- 1和 VCAM- 1基因激活与 NF-κB DNA结合活性呈显著正相关 (ICAM- 1:r=0 .86 5 2 ,P<0 .0 5 ;VCAM-     

c-fos反义寡聚核苷酸对亚硒酸钠引起的皮质神经元凋亡的保护作用(英文)

本文利用 c-fos ASO(反义链全部硫代磷酸化修饰 )技术阻断 c-fos的表达 ,观察此项处理对亚硒酸钠在体外培养皮质神经细胞致凋亡作用和相关基因表达改变的影响。结果显示 :( 1) c-fos ASO可阻断亚硒酸钠的致凋亡作用 ,且有一定的剂量和时间依赖性 ;用琼脂糖凝胶电泳分析由各个时间点提取的 DNA片段 ,与对照组比较 ,c-fos ASO能明显阻断亚硒酸钠诱导的典型的 DNA梯型 ;用流式细胞仪检测得到的 DNA含量直方图也显示 ,在 c-fos ASO处理后 ,与对照组比较 ,亚硒酸钠引起的亚二倍体峰变小 ;( 2 )用 RT-PCR法检测表明 ,在用 c-fos ASO和亚硒酸钠处理皮质神经细胞后 ,不仅阻断了 c-fos表达的上调 ,对其它几种基因表达的改变也有不同的影响 ,与对照组比较 ,c-fosm RNA在各个时间点 ( 0 .5、1、2、4和 2 4h)不再上升 ,bcl-2 m RNA则不再下降 ,bax m RNA和 ACh E m RNA都不再上升 ;唯一不同的是 ,p5 3m RNA的变化趋势则与未经 c-fos ASO预处理时基本相同 ,在多数时间点两组 p-5 3m RNA水平之间无显著性差异 ( P>0 .0 5 ) ,说明此基因的表达基本不受 c-fos ASO作用的影响。上述结果提示 ,亚硒酸钠诱导的神经元凋亡可能是一组级联式基因表达更变的结果 ,c-fos是其中的一个组成成员 ,它的表达改变被阻断后 ,处于它下游?     

“荧光定量PCR溶解曲线法”监测人TCRβ链CDR3谱系漂移技术的建立

目的 建立"荧光定量PCR溶解曲线分析技术"监测人外周血T细胞TCR β链CDR3谱系漂移(单/寡/多克隆增生).方法 提取4例正常人、9例大肠癌患者外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell-PBMC)中的总RNA,逆转录成cDNA,以26个人TRBV基因家族设计上游引物,共同的TRBC基因设计下游引物,荧光定量PCR(FQ-PCR)扩增26个TRBV基因各家族CDR3谱系,溶解曲线法分析各家族CDR3谱系的单/寡/多克隆增生.结果 正常人外周血T细胞TCR β链26个家族CDR3表达频率不一致,各家族PCR产物的"溶解曲线谱型图"(melting curve spectratyping)呈现溶点不同的CDR3多态性,为多克隆增生的高斯分布;9例大肠癌患者的外周血TCR β链CDR3谱系的26个家族CDR3表达频率不一致,有的患者部分家族呈缺失状态,患者各家族PCR产物的"溶解曲线谱型图"上,多数家族为多克隆增生的高斯分布,但每个患者均出现数量不等的单克隆和寡克隆增生家族.结论 "荧光定量PCR溶解曲线分析TCR CDR3谱系漂移技术",方法稳定简便,能较好的监测正常人和临床样本外周血T细胞TCR β链CDR3谱系漂移(单/寡/多克隆增生).     

siRNA沉默LBH基因促进人支气管上皮细胞周期进展

目的: 利用合成的小分子干扰RNA(siRNA)转染人支气管上皮细胞16HBE,观察LBH(limb-bud and heart) 基因表达下调对16HBE细胞周期及相关基因表达的影响。方法: 脂质体2000转染靶向LBH 基因的siRNA到16HBE细胞,荧光定量RT-PCR检测siRNA转染后LBH基因表达,流式细胞术检测LBH基因沉默后16HBE 细胞周期的改变,荧光定量RT-PCR及Western blotting检测LBH基因沉默后细胞周期素E1和E2表达水平。结果: 50 nmol/L siRNA转染16HBE细胞48 h后, LBH基因的表达水平只有对照组的14%;siRNA转染16HBE细胞48 h,其G₁期细胞百分率比对照组减少9.28%,而S期细胞百分比增加14.08%;16HBE细胞在50 nmol/L siRNA的转染后,细胞周期素E2的表达水平为对照组的2倍,而细胞周期素E1的表达没有发生明显改变。结论: 靶向于LBH基因的siRNA能有效沉默16HBE细胞中LBH基因的表达,LBH基因的表达下调促进了16HBE细胞周期G₁/S期的进展;细胞周期素E2的表达上调参与了LBH沉默导致的细胞周期G₁/S期的进展。     

BMI1基因在肝细胞癌患者中的基因富集分析及临床意义

目的探讨B细胞特异的莫洛尼白血病毒插入位点1基因(BMI1)在肝细胞癌(HCC)中表达上调及其与患者预后的关系。方法生物信息学分析BMI1与肝癌患者的临床资料及预后的关系。采用实时定量PCR检测HCC组织中BMI1表达情况,验证BMI1表达水平与患者临床病理学特征关系。从GEO数据库中下载肝癌基因表达数据GSE56140,分析BMI1高表达在HCC中的生物学功能。结果 linkedomics在线分析结果显示,BMI1与377例肝癌患者的病理学N分期、种族、总生存期具有相关性(P 0. 05),BMI1主要表达于细胞核中。Kaplan-Meier plotter分析结果为HR=1. 46,95%CI:1～2. 13,log rank P=0. 048。BMI1高表达组与低表达组相比,差异具有统计学意义(P 0. 05); BMI1的高表达组与肿瘤直径、血管侵犯、TNM分期、Edmonson分级、肿瘤无包膜显著相关,差异有统计学意义(P 0. 05)。Kaplan-Meier结果显示BMI1高表达的HCC患者预后比BMI1低表达的患者预后差;基因富集分析结果显示BMI1可能通过细胞周期、RNA降解、剪接体、DNA复制、氧化磷酸化、错配修复等生物学过程促进肝癌细胞增殖。结论 BMI1可能参与HCC的发生和发展过程,并与预后相关。     

抑制cyclinD1表达对乳腺癌细胞增殖及cyclinE、CDK2和p21cip1转录的影响

目的　分析探讨人乳腺癌细胞中 cyclin D1的表达受到反义 RNA抑制后 ,细胞增殖能力的变化以及cyclin E,CDK2和 p2 1cip1 (cip1/ waf1/ sdi1)基因表达受到的影响。　方法　将表达 cyclin D1反义 RNA的重组质粒转入人乳腺癌细胞 ,由此抑制细胞中 cyclin D1的表达 ,然后分析细胞生长速率和各时相细胞分布比例的变化 ,并通过Northern blot分析有关基因的表达水平。　结果　 cyclin D1表达受到抑制的细胞与对照相比 ,细胞增殖速率明显下降 ,培养至第 6 d时 ,生长抑制率为 5 4%。细胞周期各时相的分布比例也有较大的变化 ,G1期细胞比例上升 ,而 S期及 G2 / M期细胞比例下降。cyclin E和 CDK2的 m RNA水平显示出有不同程度的下降 ,而 p2 1cip1的表达无明显变化。　结论　 cyclin D1表达的抑制可明显减弱人乳腺癌细胞的异常增殖 ,同时表明同为细胞周期调控基因的 cyclin E和CDK2的表达与 cyclin D1的表达密切相关 ,而 p2 1cip1的表达不受 cyclin D1的影响