贵州省3株钩端螺旋体分离株PFGE分型与基因种鉴定

目的应用脉冲场电泳（PFGE）分型技术和16S rRNA基因测序分析技术分别对贵州省3株动物宿主钩 端螺旋体分离菌株进行分子分型和基因种鉴定,了解贵州省钩端螺旋体的分子流行病学特征。方法应用 DNA限制性内切酶Not I对钩端螺旋体染色体DNA酶切后,用PFGE将DNA片段分离,采用BionumericsV4.0将3 株钩体菌株PFGE图谱与中国15群15型参考菌株进行聚类分析;同时,应用PCR扩增几乎全长的钩体16S rRNA基因片段,并将扩增产物进行双向序列测定,并与GenBank数据库已注册的核酸序列进行同源性比对 、确定基因种、分析亲缘进化关系。结果来自贵州省的3株动物宿主分离钩体菌株PFGE带型命名为LepNot I 002和LepNot I 003,经聚类分析,3株菌株与黄疸出血群黄疸出血型赖株的相似性大于95%。16S rRNA 基因测序和分析表明,3株贵州分离钩体菌株之间的同源性为100%,与致病性钩体问号钩端螺旋体种（L. interrogans）不同血清型参考菌株的同源性达100%。结论3株贵州动物分离钩体菌株经PFGE分型鉴定与黄 疸出血群赖型赖株的相似性大于95%,经16S rRNA基因测序分析鉴定为L. interrogans种,上述两种方法 对贵州省钩体分离菌株的鉴定结果一致,有助于贵州省钩端螺旋体病的主动监测、暴发调查和传染源追踪 。     

2021年贵州省环境致病性钩端螺旋体分离培养及基因种分析

目的 对贵州省2021年钩端螺旋体(钩体)病疫区环境标本进行致病性钩体分离培养,了解其基因种特征,为钩体病防控提供科学依据。方法 采集钩体病疫情发生地环境水和土壤样品,采用EMJH培养基进行钩体分离培养。提取疑似钩体生长培养物基因组DNA,采用致病性钩体特异性PCR进行检测,同时采用16S rRNA序列分析法对其进行基因种鉴定,并应用MEGA 7.0软件构建系统发育树,分析菌株间进化关系。结果 从112份环境样品中分离出50株疑似钩体菌株,致病性钩体特异性PCR检测显示其中3株为致病性钩体,包含环境水样分离出的2株和土壤样品中分离出的1株。16S rRNA序列比对分析显示,经PCR检测为致病性钩体的3株菌株属于钩体致病性基因种,其中2株为Leptospira noguchii基因种,1株为Leptospira borgpetersenii基因种;另外47株菌株中5株菌株属于钩体中间种,42株菌株属于钩体非致病性基因种。系统发育树显示,致病性钩体菌株与其基因种代表性菌株进化关系较近。结论 贵州省钩体病疫区环境钩体基因种复杂,同时存在致病性基因种和非致病性基因种,本次检出的2种致病性钩体基...     

福建省鼠感染钩端螺旋体调查和分离株基因种的鉴定北大核心CSCD

目的了解福建省鼠感染钩端螺旋体(钩体)现状及分离株基因种的特征,为钩体病防控提供科学依据。方法2015-2019年根据疫情选取14个调查点,采用笼夜法捕鼠并采集心血或肾脏标本进行钩体培养,测定血清抗体;对鼠中分离保存的23株钩体菌株提取DNA,PCR扩增16S rRNA基因、PCR产物纯化测序,与GenBank数据库收录的钩体17种基因型进行比对确定基因种,并用Mega 6.0软件构建系统进化树并进行序列分析。结果福建省鼠种以黄毛鼠为主要优势鼠种,占40.87%(499/1221)、其次依次是黄胸鼠19.57%(239/1221)、针毛鼠16.79%(205/1221)和褐家鼠8.85%(108/1221),钩体血清抗体阳性率为29.32%(207/706),以黄毛鼠最高,为42.16%(121/287),不同地区鼠种构成及鼠钩体感染率不同。23株菌株均扩增出16S rRNA基因的目标条带1484 bp,测序及序列分析属于致病性的基因种有13株,其中L.borgpetersenii(伯氏)占8株,L.interrogans(问号)占5株,属于非致病的基因种10株。钩体菌株分离自福建省的优势鼠种(黄毛鼠、黄胸鼠、针毛鼠)及不同地区(闽东、闽南、闽西和闽北)。结论福建省鼠类感染钩体普遍,以致病性基因种(L.borgpetersenii和L.interrogans)为主,也携带非致病性基因种,需加强钩体病传染源啮齿动物的监测工作。     

致病性钩端螺旋体的多位点序列分型研究

目的 通过对致病性钩端螺旋体(简称钩体)多位点序列分型(MLST)分析,了解国内与全球致病性钩体种群结构及其分子进化.方法 应用16SrRNA基因测序和MLST分析方法对不同来源、不同时期国内钩体分离菌株与国际参考菌株进行分析,并与国内7株疫苗株结果平行比较,同时收集已公开的来自不同国家和不同时期1 238株致病性钩体...     

两株钩端螺旋体16srRNA基因部分核苷酸序列分析

本文采用聚合酶链反应技术对爪哇型和帕托克型两株钩端螺旋体(简称钩体)的部分16s rRNA基因进行扩增和核苷酸序列分析,并与已报道的犬型钩体序列加以比较。结果发现爪哇型钩体与犬型钩体的16s rRNA基因核苷酸序列具有高度同源性,而在爪哇型与帕托克型之间则存在着较明显差别。     

江西省致病性钩端螺旋体血清学和分子流行病学研究

目的 对2013年以来江西省致病性钩端螺旋体进行血清学、基因分型分析,以了解江西省钩端螺旋体血清学和分子流行病学特征。方法 对27株钩端螺旋体进行暗视野显微镜凝集试验确定血清群。PCR扩增16S rRNA基因、测序,确定基因种。利用MLST(multilocus sequence typing)研究进行基因分型分析,并应用BioNumerics (Version5.10)软件进行聚类分析。结果 血清群鉴定:27株菌株隶属于4个血清群,其中黄疸出血群为主要优势血清群,占59.26%,其次依次是爪哇群25.92%、澳洲群7.41%和巴达维亚群7.41%。基因种鉴定:27株菌株隶属于L. interrogans和L. borgpetersenii 2个致病性基因种,L. interrogans为江西省主要优势型别,占77.78%。MLST研究显示27株菌株隶属于5个ST型别,其中ST1为主要基因型,占59.26%。BioNumerics软件分析:27株菌株分为5个Clusters对应于5个ST型,MLST基因型别具有明显的地域性特征,而年代间变化不明显。结论 黄疸出血群为江西省主要流行血清群,L. interrogan为主要致病基因种,ST1为主要基因型,充分了解江西省钩体病血清学和分子流行病学特征将对钩体病防控和疫苗制备有一定的指导意义。     

我国首株牛源贾第虫的分子鉴定

目的通过16S及内转录间区(ITS)rDNA基因序列的扩增、克隆以及序列分析,从分子水平对首次在我国分离的一株牛源贾第虫进行种类及基因型鉴定。方法根据GenBank中登录的贾第虫rRNA基因序列,设计引物,采用热启动-降落PCR方法从牛源贾第虫基因组DNA中扩增出目的片段,经TA克隆至pMD18-T载体后测定其核苷酸序列,然后进行序列分析。结果成功地扩增出该株牛源贾第虫的16S rRNA全基因及rDNA ITS序列,大小为1 715 bp,包括1 447 bp的16S rDNA全长序列和243 bp的ITS间区序列,以及25 bp的26S rDNA基因5'末端。序列分析表明此牛源贾第虫为E型蓝氏贾第虫。结论本研究从分子水平鉴定我国首株牛源贾第虫为蓝氏贾第虫(E型),并首次报道了该虫株的rDNA 16S及ITS序列,为牛源贾第虫的进一步研究奠定了基础。     

肠球菌为主要菌群的腹泻标本的16S rRNA与PFGE分析

目的了解肠球菌为主要菌群的腹泻标本的微生态及分离肠球菌菌株的克隆特征。方法根据细菌16S rRNA保守区序列设计通用引物,以腹泻病人粪便标本中的总DNA为模板,PCR扩增16S rRNA片段。将获得的片段克隆入T载体进行测序,与数据库中发表的序列进行比对,判断标本中细菌的种类和比例,并对每份标本分离的各50株肠球菌选择20株进行PFGE分析。结果对4份标本的多次16S rRNA序列分析表明,该4份标本均以Enterococcus faecium为主(所占比例>68%),PFGE结果显示每个病人分离屎肠球菌菌株是克隆性的(一份标本除外)。结论从16S rRNA和PFGE的角度对腹泻粪便标本进行了分析,得到腹泻儿童肠球菌分布的基本特征,其致病性和相关机理还待今后实验范围的进一步扩大和研究的深入。     

贵州省钩端螺旋体血清群特异性PCR鉴定结果与分析北大核心CSCD

目的采用血清群特异性PCR技术了解贵州省近年钩端螺旋体(钩体)流行菌群,为贵州省钩体病的防控提供技术手段和科学依据。方法采用致病性钩体特异性PCR方法(G1/G2-PCR)对来自贵州省近年的钩体分离菌株进行鉴定,进一步应用基于致病性钩体O抗原基因的血清群特异性PCR(O-PCR)对贵州省近年的58株钩体分离株进行血清群鉴定,并采用显微凝集试验(MAT)对O-PCR方法的检测结果进行验证。结果 G1/G2-PCR检测结果显示58株菌株均为致病性钩体,O-PCR将58株致病性钩体菌株鉴定为黄疸出血群,与传统的MAT法鉴定结果一致。结论 O-PCR技术可作为我省钩体快速分群鉴定可靠的实验室诊断技术手段,贵州省近年的钩体流行菌群为黄疸出血群。     

4种病原菌特异基因片段阳性蜱的16S rRNA基因克隆文库分析

目的 建立16S rRNA基因克隆文库分析蜱媒菌群的方法,观察该方法对蜱寄生病原菌的检测效率以及对细菌群落多样性分析和对病原菌的筛检能力.方法 用伯氏疏螺旋体、汉赛巴通体、嗜吞噬细胞无形体和查菲埃立克体4种病原菌特异基因设计引物,扩增蜱标本提取的核酸,以上述4种病原菌特异基因片段扩增均阳性的蜱核酸提取物做模板,用16S rRNA基因的通用引物进行PCR扩增、纯化、连接、克隆和测序,建立16S rRNA基因克隆文库,将测序结果与数据库进行比对,计算克隆文库Coverage值和Shannon-Wiener多样性指数.结果 测出103个有效序列,检出16种已知种属的细菌,其中8个是优势类型(克隆子数>5个);检测到伯氏疏螺旋体、汉赛巴通体和立克次体3种病原菌,但这3种病原菌均不是优势类型(克隆子数均<5个).Coverage值为96.11%,Shannon-Wiener多样性指数为2.40.克隆序列分析结果表明,蜱寄生细菌主要为α、γ变形菌纲,占56.25%(9/16).结论 16S rRNA基因序列分析可以对蜱标本进行菌群相对定量研究,可以同时检出多种病原菌,是一种较好的细菌菌群多样性分析和病原菌筛检方法.