基于网络药理学探讨钩藤-桑寄生治疗原发性高血压的作用机制

目的:基于网络药理学探讨钩藤-桑寄生治疗原发性高血压的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选出钩藤、桑寄生药对的药物活性成分及作用靶点。利用基因名片数据库(GeneCards)及DisGeNET数据库筛选原发性高血压的疾病靶点。利用韦恩平台(Venny)取活性成分作用靶点和疾病靶点交集,得到共同靶点。通过Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络。通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape CentisCape 2.2插件提取核心靶点进行分析,并构建“有效成分-核心靶点”网络图。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并将富集结果可视化。结果:共筛选出钩藤-桑寄生的活性成分32个,作用于原发性高血压的主要靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B1(AKT1)、白细胞介素(IL)-6、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等;主要集中于晚期糖基化终末产物(AGE)/糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、脂质与动脉粥样...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨五苓散治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的应用网络药理学及分子对接技术探讨五苓散治疗慢性心力衰竭(CHF)的作用机制。方法在中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索五苓散主要成分及对应靶点;检索GeneCards、TTD、DrugBank、DisGeNET数据库,筛选CHF相关靶点;取疾病与药物交集靶点,构建韦恩图;应用Cytoscape 3.8.0软件建立五苓散药物-活性成分-靶点网络及药物成分-交集靶点网络,获得关键化合物;应用STRING平台构建交集靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)的网络图,分析网络图得到关键靶点;应用Metascape数据库对交集基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。比较关键靶点及KEGG通路富集基因,选取主要靶点蛋白及关键化合物,应用CB-Dock平台进行分子对接验证。结果通过口服生物利用度(OB)及生物活性分子类药性(DL)筛选得到五苓散共有46个活性成分,共涉及63个作用靶点,与CHF重合的靶点有36个,得到谷甾醇、3β-乙酰氧基-白术酮、二氢槲皮素等10个关键化合物,NOS3、CASP3、PTGS2等10个关键靶点。GO分析得到与循环系统、细胞膜成分及蛋白质相关的注释条目。KEGG通路富集通路主要包括AGE-RAGE信号通路、细胞凋亡、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示,五苓散关键化合物与新型利尿剂托伐普坦,与治疗靶点均具有良好结合活性。结论五苓散包括多个活性成分,作用于多个靶点,通过抑制细胞凋亡、氧化应激、心肌重构、炎症通路等多种机制作用于CHF,体现了中药治疗疾病多成分、多靶点、多途径的特点。     

黄连素治疗慢性心力衰竭的网络药理学分析

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨黄连素治疗慢性心力衰竭(CHF)的分子机制。方法:通过GeneCards、STRING等数据库和Cytoscape v3.9.0软件获取CHF核心蛋白;于HERB数据库获取黄连素靶蛋白,并与CHF核心蛋白取交集,利用Cytoscape v3.9.0软件分析黄连素与交集蛋白之间的关系;利用Rx64 4.0.2软件对交集蛋白进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,获得信号通路富集蛋白及筛选核心蛋白;将核心蛋白与黄连素通过AutoDock Vina、PyMOLWin.exe等软件进行分子对接和可视化分析。结果:黄连素可作用于23类CHF核心蛋白,治疗主要涉及调节细胞化学应激反应、DNA结合转录因子活性、炎症反应等功能,白细胞介素-17(IL-17)信号通路、辅助性T细胞17(Th17)分化信号通路、晚期糖基化终末产物(AGE)-晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路等。通路富集蛋白的核心为转录因子p65(RELA)、c-Jun原癌基因蛋白(JUN)、c-fos原癌基因蛋白(FOS)、丝裂原活化蛋白激酶14(...     

基于网络药理学和分子对接探讨养心氏片抗心肌纤维化的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接探讨养心氏片抗心肌纤维化的作用机制。方法:通过中医药系统药理学平台(TCMSP)检索养心氏片中13味中药的活性成分;运用基因名片数据库(GeneCards)、药物遗传学与药物基因组学知识库(PharmGKB)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DrugBank数据库及治疗靶点数据库(TTD)检索获得心肌纤维化相关靶点;将养心氏片活性成分靶点和疾病靶点取交集,运用Cytoscape 3.8.0软件绘制“药物-活性成分-靶点”网络图;将交集靶点上传至STRING平台进行蛋白相互作用(PPI)网络分析;运用R软件对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;运用AutoDock Vina 1.1.2对养心氏片的核心成分与核心靶点进行分子对接验证。结果:养心氏片通过β-谷甾醇、山柰酚、槲皮素等核心成分作用于表皮生长因子受体(EGFR)、雌激素受体(ESR1)、白介素1B(IL1B)等核心靶点,可调节心肌纤维化中晚期糖基化终末产物/晚期糖基化终末产物受体(AGE/RAGE)信号通路、低氧诱导因子(HIF-1)信号通...     

基于网络药理学探讨侯氏黑散治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的基于网络药理学探讨侯氏黑散治疗缺血性脑卒中的作用机制。方法采用检索中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)检索侯氏黑散的14味药(牡蛎为动物药,未纳入分析范围)中所有化学成分,筛选活性成分及作用靶点;通过GeneCards检索缺血性脑卒中疾病靶点;利用Venny工具绘制韦恩图,找出交集靶点;应用STRING构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图;通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共筛选到155个中药活性成分、164个作用靶点,缺血性脑卒中相关靶点3173个,从而得到药物-疾病的共同靶点121个。富集于分子功能、生物过程和细胞组分及47条信号通路,包括NOD样受体信号通路、胰岛素信号通路、钙信号通路等。预测侯氏黑散居前5位的主要活性成分是前列腺素内过氧化物合酶2、槲皮素、山奈酚、前列腺素内过氧化物合酶1、热休克蛋白90,主要通过调节白细胞介素6(IL-6)、血清对氧磷酶1(PON1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、白细胞介素2(IL-2)、趋化因子(CCL2)等靶点,调控NOD样受体信号通路、胰岛素信号通路等达到治疗缺血性脑卒中的目的。结论侯氏黑散通过多成分、多靶点、多通路治疗缺血性脑卒中。     

基于网络药理学探讨红花治疗缺血性脑卒中的机制

目的 基于网络药理学方法探讨红花治疗缺血性脑卒中的作用靶点、相关信号通路和潜在的作用机制。方法 通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)、有机小分子生物活性数据(PubChem)筛选红花的主要化学成分及其对应的作用靶点；利用人类基因数据库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获取缺血性脑卒中相关靶点基因；将两者取交集得到红花-缺血性脑卒中靶点基因的交集。运用Cytoscape3.7.1软件构建可视化的中药调控网络；借助STRING在线数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络。通过R语言软件对共同靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，筛选出潜在信号通路并分析其作用机制。结果 通过筛选共获得红花有效成分22个，红花作用于缺血性脑卒的靶点220个，红花-缺血性脑卒中靶点交集的基因100个；构建出的PPI网络中出现频数较高的节点有白蛋白(ALB)、丝氨酸/苏氨酸激酶(AKT)、白细胞介素(IL)-6、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子(VEGF)A、原癌基因蛋白Fos(FOS)、胱天蛋白酶(CASP)3、表皮细胞生长因子(EG...     

基于网络药理学探讨人参-钩藤药对治疗原发性高血压的作用机制

目的基于网络药理学探究人参-钩藤药对治疗原发性高血压有效成分的靶基因及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库(TCMSP)中药数据库检索人参-钩藤药对的化学成分和靶基因,以生物利用度(OB)>30%和类药性(DL)>0.18为条件筛选药对的潜在有效成分,并通过TCMSP数据库预测药对的潜在靶点。运用Uniprot数据库寻找到潜在靶点相对应的人类基因名称,通过GeneCards数据库检索原发性高血压的疾病靶点,与药对的潜在靶点相映射,绘制韦恩图,将映射找到的有效成分的靶基因导入Cytoscape 3.7.2构建疾病-药对-成分-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白互作网络图选出核心靶标,最后将人参-钩藤药对治疗原发性高血压的有效靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共获得人参-钩藤药对46个有效成分和176个有效靶点。GO分析发现,主要途径有调控核受体活性、转录因子活性、肾上腺素能受体活性、类固醇激素受体活性、G蛋白偶联胺受体活性等。KEGG通路富集分析发现,主要通路为丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等。结论人参-钩藤药对通过多种靶点、多种途径、多种信号通路协同发挥治疗原发性高血压的作用,为进一步药物作用机制的研究提供理论基础,并为指导临床提供依据。     

基于网络药理学及分子对接探究大黄-三七-蒲黄治疗脑出血的作用机制

目的:在活血化瘀理论指导下,运用网络药理学及分子对接方法研究大黄-三七-蒲黄治疗ICH的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、UniPort数据库获取大黄-三七-蒲黄活性成分及靶点蛋白,利用GEO数据库获得GSE24265芯片基因表达谱,运用R软件筛选ICH疾病差异基因,并获取药物与ICH交集靶点。运用Cytoscape软件与STRING数据库获得与靶点相关有效成分及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。通过R Cluster Profiler对交集基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。使用Cytoscape软件构建“药物有效成分-靶基因-KEGG网络”,获得药物核心成分及作用靶点。运用GSEA进一步富集核心靶点作用途径。运用Autodock软件分子对接以验证核心成分、靶点的结合活性。结果:筛选获得大黄-三七-蒲黄治疗ICH的核心成分为槲皮素、人参皂苷Rh2、芦荟大黄素等;核心靶点为白细胞介素1β(IL-1β)、白细胞介素6(IL-6)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、趋化因子配体2(CCL2)。核心靶点共同富集于NOD样受...     

补益强心片治疗慢性心力衰竭的网络药理学研究

目的:确定补益强心片的有效成分和治疗慢性心力衰竭的靶点,以研究补益强心片治疗慢性心力衰竭的潜在机制。方法:通过中药系统药理分析平台(TCMSP)数据库获得补益强心片的有效成分和预测靶点。使用疾病数据库筛选慢性心力衰竭的疾病靶点,使用在线工具Draw Venn Diagram获取药物和疾病的共同靶点,将获得的共同靶点上传到STRING数据库,用于蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。然后,使用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-活性成分-靶点网络图和PPI网络的可视化分析。通过DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,使用Autodock Vina进行分子对接。结果:共获得115个药物活性成分、247个药物靶点、2 685个疾病靶点和153个与药物和疾病相关的共同靶点。通过PPI网络分析确定了蛋白激酶B1(AKT1)、白细胞介素6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、肿瘤蛋白P53(TP53)、白细胞介素-1β(IL-1β)、半胱氨酸蛋白酶3基因(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、JUN、基质金属...     

基于KEGG通路和蛋白互作对慢性心力衰竭靶点基因的筛选

目的:运用KEGG通路和蛋白互作筛选出慢性心力衰竭(CHF)靶点基因。方法:以"chronic heart failure"为关键词在NCBI数据库中检索CHF相关靶点基因,并运用R语言相关数据包进行KEGG通路分析,获得CHF的关键通路。对关键通路分析,筛选出CHF相关靶点基因和关键靶点基因。结果:在NCBI数据库检索到CHF相关靶点基因119个,获得关键通路后分析获得9个CHF靶点基因,为IL10,IL6,NOS3,TNF,VCAM1,AGT,EDN1,IFNG,IL17A,5个CHF关键靶点基因,分别为IL6,NOS3,TNF,VCAM1,IL10。结论:运用KEGG通路和蛋白互作筛选出CHF关键靶点基因,为进一步研究CHF的分子机制以及新药的开发奠定了基础。     

基于网络药理学及分子对接探讨灵芝的免疫调节机制

［摘要］　目的　通过网络药理学及分子对接探讨灵芝调控免疫功能的作用机制。方法　通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索和筛选灵芝有效成分,使用Swiss Target Prediction数据库预测其潜在作用靶点。从GeneCards、DrugBank、OMIM、PharmGKB、TDD数据库中获取免疫调控相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用String平台构建蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白。利用R软件进行GO富集分析和KEGG通路分析。通过分子对接技术进行活性成分和核心靶点的分子对接验证。结果　共获取灵芝活性成分43个,作用靶点499个,免疫相关靶点12 454个,药物与疾病的交集靶点483个。KEGG通路分析显示交集基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用、cAMP信号通路、蛋白多糖与癌症等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要参与脂质代谢过程的调节、肽基-丝氨酸磷酸化、肽基-丝氨酸修饰等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白有较好的结合活性。结论　研究构建的灵芝“成分-靶点-通路-疾病”网络,一定程度上揭示了灵芝多成分、多靶点的复杂作用机制,为灵芝的临床应用和产品开发提供理论基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参治疗冠心病和脑卒中的“异病同治”作用机制研究

目的:基于网络药理学及分子对接方法探讨丹参有效成分治疗冠心病和脑卒中“异病同治”的作用机制及关键靶点。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DrugBank等数据库筛选丹参治疗冠心病及脑卒中的潜在靶点,并通过Metascape在线平台进行靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)、基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,使用Cytoscape 3.9.1构建活性成分-关键靶点-核心通路网络,筛选出核心成分。采用分子对接模拟核心成分与关键靶点的结合程度。结果:筛选丹参治疗冠心病与脑卒中“异病同治”的潜在靶点52个,主要富集于糖基化终末产物/糖基化终末产物受体(AGE/RAGE)、血小板激活、脂质与动脉粥样硬化、流体剪应力与动脉粥样硬化等通路。核心药效成分与磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)、蛋白激酶B(AKT)、一氧化氮合酶(NOS3,eNOS)、B淋巴细胞瘤相关蛋白-2(Bcl-2)、环氧合酶2(PTGS2)、整合素亚基α2b(ITGA2B)、基质金属蛋白酶9(MMP9)等靶点结合稳定。结论:丹参“异病同治”冠心病与脑...     

基于网络药理学的白藜芦醇治疗创伤性颅脑损伤的作用机制研究

目的 基于网络药理学探讨白藜芦醇治疗创伤性颅脑损伤(TBI)的作用机制。方法 检索TCMSP、BATMANTCM、SuperPred、PharmMapper、Swiss TargetPrediction和Drugbank数据库筛选获得白藜芦醇作用靶点577个,检索TTD、Drugbank、CTD、GeneCards、OMIM和Malacards数据库获得TBI相关靶点1 100个,利用UniProt数据库获得交集靶点(即白藜芦醇治疗TBI的作用靶点)165个,构建药物-靶点-疾病网络。采用STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI)。采用Metascape数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。采用AutoDockTools 1.5.6、Pymol2.4.0、DiscoveryStudio 2020软件进行白藜芦醇与核心靶点的分子对接分析。结果 165个交集靶点中,PPI排名前10的节点(即核心靶点)包括胰岛素(INS)、胰岛素样生长因子1、肿瘤坏死因子、TP53、白蛋白、白细胞介素(IL)-6、SRC、信号转导和转录活化因子3、血管内皮生长因子A、...     

基于网络药理学及实验验证探讨稳心汤治疗冠心病心绞痛的作用机制

目的:基于网络药理学探讨稳心汤治疗气虚血瘀型冠心病心绞痛的潜在作用靶点及其分子机制,并结合大鼠心肌梗死模型深入探析其可能的作用机制。方法:将中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取的稳心汤中药物潜在相关靶点,与人类孟德尔遗传病数据库(OMIM)、药物数据库(DrugBank)、人类基因数据库(GeneCards)中筛选得到的冠心病心绞痛靶点取交集,并基于STRING数据库构建交集靶点蛋白互作网络图。根据Cytoscape 3.9.1软件构建稳心汤关键活性成分-疾病靶点网络,筛选出核心靶点。利用Metascape平台对药物与疾病交集靶点进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,筛选出稳心汤治疗气虚血瘀型冠心病心绞痛过程中可能参与的信号通路。构建大鼠心肌梗死模型,采用苏木精-伊红(HE)、马松(Masson)染色观察心脏炎症及纤维化情况,利用蛋白免疫印迹法(Western Blot)实验验证网络药理学富集分析结果。结果:共获取稳心汤与冠心病心绞痛交集靶点173个,包括白介素6(IL6)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Akt1)等,KEGG...     

基于网络药理学与分子对接探讨失笑散治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨失笑散治疗冠心病的作用机制。方法:收集TCMSP及BATMAN-TCM、HERB数据库,分别检索蒲黄和五灵脂的化学成分及靶点,运用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-活性成分-潜在靶点网络图。通过GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选冠心病相关的靶点。利用Venny图获取疾病-药物交集靶点,并将其上传至STRING数据库,进一步通过Cytoscape 3.9.0软件绘制核心蛋白-蛋白互作(PPI)网络图。采用Metascape平台对交集靶点进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用AutoDockTools-1.5.7软件对核心成分与核心靶点进行分子对接,采用PyMOL软件进行可视化。结果:经筛选后获得失笑散核心成分为槲皮素、山柰酚、异鼠李素等;核心靶点包括蛋白激酶B(AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(p53)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)等。KEGG通路富集的主要通路为环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、核因子-κB(NF-κB)信号通路等。分子对接验证显示：多数核心成分与核心靶点具有...     

基于网络药理学和分子对接探讨苗药黑骨藤治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术，探究苗药黑骨藤治疗阿尔茨海默病(AD)的活性成分和潜在作用机制。方法 通过文献搜集苗药黑骨藤的化学成分，利用中药系统药理学数据库(TCMSP)和Swiss ADME数据库筛选黑骨藤的主要活性成分，采用Swiss Target Prediction和SEA数据库预测活性成分的作用靶点。通过GeneCards、OMIM数据库检索AD相关靶点，经Venny2.1.0获取成分-疾病交集靶点，结合STRING数据库和Cytoscape3.8.0软件对交集靶点进行蛋白互作(PPI)网络分析。再借助HIPLOT数据库对交集靶点进行基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。最后，利用AutoDock Tools1.5.6软件将潜在成分与核心靶点进行分子对接。结果 苗药黑骨藤的活性成分共24个，对应靶点574个，1 513个AD靶点，交集靶点159个；GO分析得到2 661条生物过程，587条分子功能，311条细胞成分；KEGG分析得到AD主要参与神经退行性疾病-多发性疾病途径、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、癌症中的蛋白多糖等相关通路。分子对接结...     

基于网络药理学和分子对接探讨大黄-三七配伍治疗脑出血机制及其实验验证

目的:运用网络药理学和分子对接探讨大黄-三七配伍治疗脑出血的作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)以及文献查找获取大黄和三七的活性成分,以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为阈值进行筛选,通过Swiss Target Prediction预测活性成分靶点;从人类基因综合数据库(GeneCard)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、治疗靶点数据库(TTD)获取脑出血疾病基因,并筛选出与药物靶标的交集基因;运用STRING对交集基因进行蛋白-蛋白互作(PPI)分析,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“疾病-中药-化合物-交集基因”网络图、PPI网络图,运用Metascape数据分析平台进行基因本体(GO)富集以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证,并通过动物实验验证大黄-三七药对对磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)通路以及Bcl-2家族促凋亡蛋白(Bax)、Bcl-2家族抗凋亡蛋白(Bcl xL)的影响。结果:最终筛选获得大黄-三七药对有效成分3...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗冠心病(CHD)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选四妙勇安汤的药物有效活性成分及作用靶点,应用全球蛋白质资源(UniProt)数据库对基因标准化处理。通过GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库检索冠心病的有关靶点,将药物有效活性成分靶点与冠心病的相关靶点进行映射,取交集即为四妙勇安汤治疗冠心病的潜在靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建四妙勇安汤治疗冠心病的“药物-成分-疾病-靶点”网络图,运用生物分子功能注释系统(STRING)数据库及Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,并筛选核心靶点。利用DAVID数据库对得到的交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用AutoDock及PyMOL等软件进行分子对接验证及结果的可视化分析。结果:共得到四妙勇安汤治疗冠心病的活性成分127个、相关靶点137个、交集靶点120个。四妙勇安汤治疗冠心病的生物过程涉及对缺氧的反应、一氧化氮生物合成过程的...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨三参通脉合剂治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨三参通脉合剂治疗冠心病的主要化合物成分及复杂作用机制。方法:通过HERB数据库、SwissADME平台检索并筛选三参通脉合剂的潜在活性化合物,通过SwissTargetPrediction平台预测作用靶点。通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、DrugBank及TTD数据库检索并筛选冠心病相关靶点。取药物预测靶点与疾病相关靶点的交集,将交集靶点导入Cytoscape 3.9.1构建“中药-成分-靶点”网络;导入STRING 11.5数据库构建靶点蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并通过Cytoscape 3.9.1、CytoNCA插件进行拓扑分析。通过Metascape数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Tools 1.5.7、AutoDock Vina 1.1.2等进行分子对接分析。结果:共筛选得到三参通脉合剂365个活性成分,可能作用于320个冠心病相关靶点。根据“中药-成分-靶点”网络、PPI网络及相关文献筛选5个关键靶点与11个主要活性成分进行分...     

基于网络药理学探讨麝香通心滴丸治疗心力衰竭的潜在机制

目的应用网络药理学方法分析麝香通心滴丸治疗心力衰竭的潜在机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中药综合数据库(TCMID)筛选麝香通心滴丸潜在的活性成分与靶点,通过GeneCards数据库检索心力衰竭相关的靶点,采用STRING数据库构建共有靶点的蛋白互作网络,最后应用R Studio的clusterProfiler包进行基因本体(GO)与京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果根据口服生物利用度(OB)≥30%且类药性(DL)≥0.18为标准筛选出化合物92个有效成分。从GeneCards数据库中获得13194个与心力衰竭相关的靶基因,有效成分靶点与疾病靶点共筛选出140个共有基因。这些基因主要参与细胞对药物的反应、循环系统血管过程、对类固醇激素的反应、管径的调节、血管直径的调节等生物学过程。分子功能主要包括神经递质受体活性、G蛋白偶联氨受体活性、突触后神经递质受体活性、肾上腺素能受体活性等。活性物质主要作用于神经活动配体-受体相互作用、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、人巨细胞病毒感染等通路。结论麝香通心滴丸中的有效成分可能通过调节血管直径、改变激素作用、改善代谢等机制对心力衰竭产生治疗作用。