DNA指纹技术在结核杆菌鉴定中的应用

结核分枝杆菌进行型别鉴定在结核病流行病学中具有重要价值 ,传统的分型方法因分型少或操作繁琐 ,且分型与传染活性、药物耐受性、毒力相关性之间的关系不明确 ,一直未得到认可。分子生物学分型方法是根据病原菌的遗传特征而区分的 ,有良好的特异性和稳定性。其中以 DNA指纹技术较为常用。本文就此应用综述如下。1　结核杆菌 DNA指纹技术常用标记物结核杆菌 DNA指纹技术所用标记物通常是结核杆菌DNA中的一些重复序列。这种重复序列有两种 ,即插入序列( IS)和短重复序列。IS是基因组中可移动的 DNA系列 ,屹今为止已发现有 5 0 0多种…     

延边州结核分枝杆菌DNA指纹图谱特征分析

目的 建立延边州结核分枝杆菌IS6110RFLP指纹图谱，并分析朝鲜、汉两族的图谱特征。方法 97株结核分枝杆菌分离株，提取DNA，经酶切，电泳，Southern转印，探针杂交，发光自显影技术得到IS6110RFLP图谱；按其指纹图谱特征的同源性高低进行分析。结果 延边州结核分枝杆菌IS6110拷贝数目平均为13个；57．7％菌株可成簇，具有“北京基因型”特征；IS6110 RFLP图谱特征分布无地域差异，无民族差异。结论 延边州结核分枝杆菌分离株同北京分离株有较近的亲缘关系，但其多态性较高。     

IS6110-限制性片段长度多态性DNA分型在结核分子流行病学研究中的应用

目的 建立宁夏、北京和上海等地结核分支杆菌发离株IS6110－RFLP DNA指纹图谱，观察其流行病学特征。方法 提取结核分支杆菌基因组DNA，经限制性内切酶PvuⅡ切割、琼脂糖凝胶电泳和Southern转印后，用荧光标记的IS6110DNA序列中245bp探针杂交，以核酸化学发光试剂盒探测荧光信号，比较各菌株指 IS6110拷贝数和带型，分析不同地理区域流行菌株的特点。结果 103例结核患的临床分离株，经245bp探针杂交后的指纹图谱显示大部分菌株含8－21个IS6110拷贝，在宁夏和北京地区流行的结核分支杆菌带型具有共同特点，并有成簇分布的现象，在上海分离株中发现1株零拷贝株和1株单拷贝株。结论 IS6110－RFLP DNA分型方法可用于我国流行的结核分支杆菌分子流行病学研究；宁夏分离株与北京分离株在基因上亲缘关系较相近。     

广东省肺结核临床分离菌株DNA指纹分析

目的 构建结核分支杆菌IS6110 DNA指纹图谱，从分子水平探讨广东省结核分支杆菌的特征。方法 参照Van Embden推荐的结核分支杆菌DNA指纹标准方法，构建标准菌株Mt14323和广东省的74株临床分离株的以RFLP为基础的结核分支杆菌的IS6110 DNA指纹图谱；经互联网与世界结核菌DNA指纹库进行相似性比较；应用Gel compar 4．1(Applied Maths，Kortrijk，Belgium)软件对上述菌株的指纹图谱进行聚类分析。结果 Mt14323标准菌株和74例临床分离菌株IS6110DNA指纹图谱结果与国外同类报道一致；其中24．3％(18／74)的结核菌株的IS6110 DNA指纹相似值在1-0．65之间，鉴定结果为它们均是北京家族结核分支杆菌；IS61100 1个拷贝和2个拷贝菌株较多(21／74)。结论 目前“北京家族”结核分支杆菌菌株一定程度上在广东地区流行。     

吉林市结核分支杆菌IS6110DNA指纹图谱特征分析

目的：分析吉林市结核分支杆菌IS6110RFLP图谱特征。方法：对53株结核分支杆菌分离株进行IS6110基因分型，得到IS6110RFLP图谱；按菌株指纹特征的同源性高低予以分组，并进行分析。结果：吉林市结核分支杆菌IS6110RFLP图谱特征为：（1）IS6110拷贝数目平均为13个；（2）A、B两组同源性很高，具有“北京基因型”特征，C组多态性较强；（3）IS6110RFLP图谱特征分布无地域差异；（4）耐药菌株与敏感菌株图谱特征无明显差异，但初治耐药菌株成簇率较高。结论：吉林市结核分支杆菌IS6110RFLP图谱特征以“北京基因型”为主；但还具一些独有的特征。     

延边州结核分枝杆菌DNA指纹图谱特征分析

目的　建立延边州结核分枝杆菌IS6110 RFLP指纹图谱 ,并分析朝鲜、汉两族的图谱特征。方法 97株结核分枝杆菌分离株 ,提取DNA ,经酶切 ,电泳 ,Southem转印 ,探针杂交 ,发光自显影技术得到IS6110 RFLP图谱;按其指纹图谱特征的同源性高低进行分析。结果 延边州结核分枝杆菌IS6110拷贝数目平均为 13个;57.7%菌株可成簇 ,具有“北京基因型”特征;IS6110 RFLP图谱特征分布无地域差异 ,无民族差异。结论 延边州结核分枝杆菌分离株同北京分离株有较近的亲缘关系 ,但其多态性较高。     

DNA指纹技术检测耐多药结核分枝杆菌的应用研究

目的应用结核分枝杆菌DNA指纹技术,了解耐多药结核分枝杆菌的基因型状况并探讨耐多药结核病的分子流行病学。方法以结核分枝杆菌插入序列IS6110序列为模板,设计一对特异外向引物,建立一种结核分枝杆菌DNA指纹技术方法,对临床标本中分离的220株耐多药结核分枝杆菌进行DNA指纹基因分析。同时对实验数据进行聚类分析,进行耐多药结核病分子流行病学研究。结果根据结核分枝杆菌DNA指纹图谱分析,220株耐多药结核分枝杆菌均产生特征DNA指纹图谱,DNA指纹图谱变异很大。每一菌株DNA指纹的拷贝数介于3至18之间。其中大部分菌株,即205株（93.2%）包含613个拷贝,平均为11个带。这205株DNA指纹图谱中,162株为特异的,提示它们在流行病学上是独立的。有58株（26.4%）指纹图谱组成了15个簇,每簇28株,它们的IDNA指纹图谱相同,可能代表了近期的传播。尤其是在此DNA指纹图谱中,其中分子量为200 bp扩增带频率最大,在220株耐多药结核分枝杆菌均出现。结论结核杆菌DNA指纹技术检测可应用耐多药结核分枝杆菌DNA指纹图谱分型,并可用于耐多药结核病分子流行病学调查。     

DNA指纹技术检测耐多药结核分枝杆菌的应用研究

目的 应用结核分枝杆菌DNA指纹技术,了解耐多药结核分枝杆菌的基因型状况并探讨耐多药结核病的分子流行病学.方法 以结核分枝杆菌插入序列IS6110序列为模板,设计一对特异外向引物,建立一种结核分枝杆菌DNA指纹技术方法,对临床标本中分离的220株耐多药结核分枝杆菌进行DNA指纹基因分析.同时对实验数据进行聚类分析,进行耐多药结核病分子流行病学研究.结果 根据结核分枝杆菌DNA指纹图谱分析,220株耐多药结核分枝杆菌均产生特征DNA指纹图谱,DNA指纹图谱变异很大.每一菌株DNA指纹的拷贝数介于3至18之间.其中大部分菌株,即205株(93.2%)包含6～13个拷贝,平均为11个带.这205株DNA指纹图谱中,162株为特异的,提示它们在流行病学上是独立的.有58株(26.4%)指纹图谱组成了15个簇,每簇2～8株,它们的IDNA指纹图谱相同,可能代表了近期的传播.尤其是在此DNA指纹图谱中,其中分子量为200 bp扩增带频率最大,在220株耐多药结核分枝杆菌均出现.结论 结核杆菌DNA指纹技术检测可应用耐多药结核分枝杆菌DNA指纹图谱分型,并可用于耐多药结核病分子流行病学调查.     

IS6110-PCR分型方法用于安徽、湖南、江苏三省结核病分子流行病学的初步研究

目的了解安徽、湖南、江苏省结核分支杆菌的基因型状况及其分子流行病学规律。方法以结核分枝杆菌插入序列IS6110序列为模板,设计一对特异外向引物,建立一种结核分枝杆菌的快速分子生物学分型方法——IS6110PCR分型方法,进行三省结核病分子流行病学研究。结果根据IS6110PCR指纹图谱,191株安徽、湖南和江苏三省的结核分枝杆菌菌株可被分成6个主要的基因型(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ,Ⅴ和Ⅵ),江苏省的主要基因型为I和V型,安徽省的主要基因型为III型,湖南省的主要基因型为I和II型,V型菌株全部为江苏省菌株,IV型菌株全部为湖南省菌株。结论三省之间结核分支杆菌的基因型存在明显的差异,各自存在着独立的流行菌型,其真实原因有待进一步研究。     

分枝杆菌散在重复单位对结核分枝杆菌分型的研究

目的评价分枝杆菌散在重复单位（MIRU）分型方法在结核病流行病学上的应用，探讨该方法的应用前景。方法采用MIRU分型对158株结核分枝杆菌进行基因分型，这些菌株均已进行IS6110－RFLP分型。结果MIRU分型结果产生只需1d。158株结核分枝杆菌共产生105个类型，其中65个为独特类型。在MIRU的12个区中，重复区4、10、26、40具有较高的多态性。用Hunter-Gaston Index（HGI）对2种方法进行评价，IS6110－RFLP的分辨指数为99．4％，MIRU技术的分辨指数为97．8％。当IS6110拷贝数小于等于10个时，IS6110－RFLP的分辨指数为98％，MIRU的分辨指数达到98．2％。结论MtRU分型方法具有快速、简便、分辨力较高的特点，便于普及，可在结核病分子流行病学研究中发挥重要作用。     

北京结核菌株分子流行病学的研究

目的：北京结核分枝杆菌分子流行病学的方法。方法（1）使用标准化的RFLP法检测并分析从128位初治患者分离的结核分支杆菌IS6110指纹多态性;（2）对选例患者进行社会人口学和流行病学调查问卷;（3）分析结核分枝杆菌IS6110指纹多态特征与流行病学的关系。结果（1）根据IS6110指纹特征的同源性,检测的128株结核分枝杆菌可基本分为3组,A、B组的菌株间因具有较高的同源性而被称为：北京基因型”菌株,并且此类菌株在检测菌株中所占的比例较高（103／128,80．5％）;C组菌株间同源性较低,多态性变化多而被称为“非北京基因型”,仅占19．5％。（2）从较低年龄（＜40岁）,患者分离菌株的多态性变化,与从较高年龄（＞40岁）患者分离菌株多态性变化比较存在差异,提示“北京基因型”菌株不是由于BCG接种而造成的选择性优势。（3）检测菌株的多态性变化与患者结核病接触史、患者长期居住地、菌株药物敏感性情况无明显联系。结论：结核分枝杆菌的指纹分析对结核病现代流行病学的研究是一个有用的工具。     

PCR扩增IS6110在结核病检测和流行病学中的应用评价

插入序列6110(IS6110)是结核分支杆菌基因组中的一个多拷贝的保守片段。Thierry等在1990年首先报道了结核分支杆菌一个插入序列的核苷酸顺序,并命名为IS6110。IS6110中含有1361bp的核苷酸和28bp的反向末端重复序列,它属于插入序列IS3家族,并且只存在于结核分支杆菌复合群(Mycobacteria tuberculosiscomplex,MTC)中〔1〕。该序列在大多数结核分支杆菌分离株中拷贝数较高(大约10~25个),它是一种可移动的遗传成分,不同亲本的菌株之间的IS6110拷贝数和在染色体中位置是高度变异的,但它在基因组内发生转位、重复和缺失机率很低,因而不会影响它作为流行病遗传标志的价值〔2〕。由于其拷贝数较多,在同一结核杆菌基因组中相对稳定,因此是分子生物学方法研究结核杆菌的首选片段。本文就该序列在结核杆菌检测中的应用综述之。1PCR直接扩增靶序列检测结核杆菌一般认为,靶序列拷贝数越多,PCR的敏感性越高。因为IS6110插入序列的拷贝数约有10-25个,且为结核杆菌复合群所特有,所以选择该序列作为扩增靶序列,可以得到较高的敏感性和特异性,从理论上讲应该比单拷贝序列(如MP...     

结核分枝杆菌DNA指纹技术在河南结核病流行病学中的应用

结核分枝杆菌DNA指纹技术是一种用于结核流行病学分析的分子生物学手段，它除能追踪传染源，查证传播途径、筛选结核病易于传播的人群外，还能分析某一地区流行的结核分枝杆菌的群结构特征。本研究利用结核分枝杆菌DNA指纹技术分析2000年河南省内流调获得的结核分枝杆菌野生株，并对其进行了一些统计学分析，以期获得一些新的提示：     

结核分支杆菌DNA指纹技术及其应用研究

目的：探讨北京及其周围地区结核分杆菌的分布特征。方法：构建以IS6110为基础的结构分支杆菌DNA指纹图谱,应用Microbiology Information Numeral Taxonomy System软件进行处理,并且x2检验比较不同组别结核病人临床分离菌株成族（clustering)率的差别,结果：H37Rv,BCG两个标准菌株和62例临床分离菌株IS6110DNA指纹结果与国外同类报道一致,其中70％（44／62）的临床分离菌株IS6110DNA指纹相似值在1－065之间;分组统计结果显示;男性组与女性组成族率之间存在显著性差异（P＜0．05）。结论：北京及周围地区结核分支杆菌临床分离菌株多数遗传关系较近,在基因水平上相关程度较强。结核分支杆菌在男性人群中的传播频率可能较女性更高。     

分枝杆菌散在重复单位对结核分枝杆菌分型的研究

目的 评价分枝杆菌散在重复单位（MIRU）分型方法在结核病流行病学上的应用,探讨该方法的应用前景。方法采用MIRU分型对158株结核分枝杆菌进行基因分型,这些菌株均已进行IS6110-RFLP分型。结果MIRU分型结果产生只需1d。158株结核分枝杆菌共产生105个类型,其中65个为独特类型。在MIRU 的12个区中,重复区4、 10、26、40具有较高的多态性。用Hunter-Gaston Index（HGI）对2种方法进行评价,IS6110-RFLP的分辨指数为99.4%,MIRU技术的分辨指数为97.8％。当IS6110拷贝数小于等于10个时,IS6110-RFLP的分辨指数为98％,MIRU的分辨指数达到98.2％。结论MIRU 分型方法具有快速、简便、分辨力较高的特点,便于普及,可在结核病分子流行病学研究中发挥重要作用。     

细胞壁缺陷结核分枝杆菌IS986序列的检测与分析

插入序列(IS)是染色体的特殊组分,是导致染色体大片段基因突变的主要原因。许多细菌的IS在其进化及作为一种基因标志在流行病学中的作用已被证实[1] ,因此我们探讨细胞壁缺陷变异对结核分枝杆菌染色体DNA保守重复序列IS986的影响。材料与方法　菌种:(1)结核分枝杆菌(TB) :编号930 0 9,中国药品生物制品检定所提供。(2 )结核分枝杆菌稳定L型(TBL) :按文献方法[2 ] 获得传代纯培养物。结核聚合酶链反应(TB PCR)检测试剂盒:由华美生物工程公司提供。纯化试剂盒:ResincolumnTM琼脂糖纯化系统,由华美生物工程公司提供。IS986扩增:按TB…     

吉林市结核分支杆菌IS6110 DNA指纹图谱特征分析

目的　分析吉林市结核分支杆菌IS6110 RFLP图谱特征。方法 对53株结核分支杆菌分离株进行IS6110基因分型,得到IS6110 RFLP图谱;按菌株指纹特征的同源性高低予以分组,并进行分析。结果 吉林市结核分支杆菌IS6110 RFLP图谱特征为：(1)IS6110拷贝数目平均为13个;(2)A、B两组同源性很高,具有“北京基因型”特征,C组多态性较强;(3)IS6110 RFLP图谱特征分布无地域差异;(4)耐药菌株与敏感菌株图谱特征无明显差异,但初治耐药菌株成簇率较高。结论 吉林市结核分支杆菌IS6110RFLP图谱特征以“北京基因型”为主;但还具一些独有的特征。     

结核分枝杆菌IS6110序列在石蜡组织中的检测、克隆与测序

目的：探讨套式-聚合酶链反应（Nested-PCR)检测石蜡组织中结核分枝杆菌的特异性和敏感性。方法：采用套式-PCR检测石蜡包埋组织中结核菌复合体特异插入序列IS6110，并对部分标本的PCR产物进行克隆和测序。结果：31例结核标本石蜡组织检出结核菌DNA共28例，套式-PCR的敏感度为90.3%,特异度为100%。阳性预测值为100%。随机选取两例PCR产物没是序结果与结核菌标准株H37Rv同源性分别为97%和95.3%。结论：套式-PCR检测常规石蜡包埋组织中结核菌IS6110序列具有特异性强和敏感性高的特点，可应用于临床诊断，尤其是对那些常规苏木精-伊红染色和抗酸染色无法确诊的病例更具意义。     

结核分枝杆菌IS6110探针的克隆化

目的 制备克隆化结核分枝杆菌IS6110探针。方法 将IS6110的PCR扩增245bp片段克隆至质粒载体pCR2.1中。结果 得到了含有IS6110克隆化245bp的质粒菌析。结论 克隆化的探针易操作且一致性较好。     

以PCR为基础的结核分支杆菌DNA分型技术及其应用

1998年结核分枝杆菌标准菌株H37Rv基因组测序工作宣告完成，这就为建立分子生物学方法鉴定结核分枝杆菌并对其分型提供了更有力的依据。H37Rv整个基因组由4，411，529对碱基组成，含有约4000个基因，整个基因组内有56个区与插入序列(ISs)同源。在结核分枝杆菌基因组插入序列