藿朴夏苓汤治疗早期新型冠状病毒肺炎（COVID-19）湿邪郁肺证物质基础及功效的网络分析

目的筛选藿朴夏苓汤治疗早期新型冠状病毒肺炎(COVID-19)湿邪郁肺证的物质基础,预测其作用机制。方法查阅文献及临床报道分析藿朴夏苓汤与早期COVID-19湿邪郁肺证的方证关系。运用TCMSP数据库筛选藿朴夏苓汤中潜在活性成分,将活性成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接,根据结合能筛选与两者均有较好结合作用的核心成分。借助Cytoscape软件构建关键成分靶点蛋白互作网络,筛选出核心靶点;通过STRING数据库进行核心靶点的GO分析,Cytoscape软件Clue GO插件进行Pathway、KEGG富集分析。结果方证关系分析藿朴夏苓汤用于治疗早期COVID-19湿邪郁肺证,筛选出藿朴夏苓汤中潜在作用成分12个,核心靶点67个。其中通草中的通脱木皂苷元Ⅰ,茯苓、猪苓中的过氧麦角甾醇,半夏中的黄芩苷与SARS-CoV-2 3CL水解酶、ACE2均具有较好的结合活性。GO、Pathway、KEGG富集分析结果显示藿朴夏苓汤中12个潜在作用成分参与调节刺激反应、信号转导、细胞死亡等生物过程以及白介素信号通路、癌症EGFR信号通路、酪氨酸激酶信号转导途径、编程性细胞死亡途径、MAPK信号通路等。结论藿朴夏苓汤以化湿解毒、宣肺透邪治疗早期COVID-19湿邪郁肺证患者,菲酮、黄芩苷、酸枣仁皂苷、啤酒甾醇、常春藤皂苷元、过氧麦角甾醇、柠檬二烯醇、麦角甾-7,22-二烯-3-酮、通脱木皂苷元Ⅰ、泽泻醇B-23-醋酸酯、泽泻醇B、新橙皮苷可能为其主要的物质基础,通过阻断SARS-CoV-2病毒蛋白合成,阻止病毒进入宿主细胞,通过调控白介素信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、T细胞受体信号通路、C型凝集素受体信号通路,抑制相关炎症因子的表达发挥作用。     

基于分子对接柴胡桂枝干姜汤干预初期寒湿郁肺型新型冠状病毒肺炎的活性成分及功效作用机制探讨

目的预测柴胡桂枝干姜汤干预初期寒湿郁肺型新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的药效成分及关键靶标,明确其作用机制。方法查阅文献及临床报道,总结COVID-19中医分期、临床表现及柴胡桂枝干姜汤的功用进行方证关系分析。运用TCMSP数据库筛选柴胡桂枝干姜汤中潜在活性成分及相关靶点,PubMed等数据库筛选肺炎、咳嗽、发热相关靶点,借助Cytoscape软件构建"药物-疾病-靶点"的可视化网络图、蛋白互作网络,并通过STRING数据库进行关键靶点的GO和通路(pathway)富集分析,药效成分采用AutoDock与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶蛋白及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果方证关系分析柴胡桂枝干姜汤可奏温阳散寒化湿、兼清郁热、开达膜原之功干预初期寒湿郁肺型COVID-19,通过筛选,预测柴胡桂枝干姜汤中发挥治疗作用主要为156个化学成分作用于159个相关靶点,核心基因有EGFR、TP53、YWHAZ、HSP90AB1、PIK3R1、GRB2等27个,GO和pathway分析柴胡桂枝干姜汤主要参与细胞调节等生物过程及免疫系统相关通路发挥治疗作用,对10个核心成分进行分子对接所得,方中柴胡中柴胡皂苷A、柴胡皂苷D与桂枝中的过氧麦角固醇与SARS-CoV-23CL水解酶蛋白和ACE2有较好的亲和力。结论通过网络药理学与分子对接技术预测柴胡桂枝干姜汤可用于初期寒湿郁肺型COVID-19治疗,方中柴胡、桂枝等中药含有的潜在抗病毒成分可通过调控免疫系统等发挥治疗作用,阐释了中药"多成分-多靶点-多疾病"的作用特点,为临床用药提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨寒湿阻肺方治疗COVID-19 的作用机制

目的利用网络药理学数据挖掘分析和分子对接的方法,探讨寒湿阻肺方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法在中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)等获取寒湿阻肺方的有效成分和靶点,使用GeneCards等数据库检索冠状病毒肺炎的靶点,借助Cytoscape软件构建和分析有效成分-靶点网络,开展基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析,使用Autodock Vina进行分子对接。结果筛选出寒湿阻肺方治疗冠状病毒肺炎的48个有效成分和48个潜在作用靶点;GO富集主要集中在脂多糖反应、细胞因子受体结合等条目;KEGG主要涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)、肿瘤坏死因子(TNF)、白介素17(IL-17)等信号通路;分子对接显示柚皮素等多个有效成分与刺突糖蛋白及血管紧张素转化酶2(ACE2)的亲和力高于参考药物。结论寒湿阻肺方治疗COVID-19主要通过调控AGE-RAGE、TNF、IL-17等信号通路,抑制过度的炎症反应,减轻肺损伤。     

基于网络药理学和分子对接技术芩苏胶囊干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质预测分析

目的运用网络药理学和分子对接技术探究芩苏胶囊防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索出芩苏胶囊中4味药材(黄芩、紫苏子、苦参和丹参)所含有效成分与作用靶点;通过UniProt、GeneCards和OMIM数据库,筛选出COVID-19相关靶点,得到与芩苏胶囊有效成分作用的共同靶点,采用String数据库构建PPI网络;借助Cytoscape3.7.2构建"中药-化合物-靶点"网络;运用DAVID数据库对相关靶点进行GO功能和KEGG通路的富集分析;通过分子对接技术评价"中药-成分-靶点"网络中核心成分与COVID-19的3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的结合作用。结果芩苏胶囊"中药-成分-靶点"网络121个化合物和274个相关靶点,包含14个核心化合物和33个核心靶点。GO功能富集分析得到527个条目,主要涉及药物应答、炎症反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等。KEGG路富集共得到111条信号通路,筛选得到20条信号通路,涉及乙型肝炎、甲型流感、肺结核等与病毒感染相关的通路。分子对接表明,芩苏胶囊中14个核心成分与COVID-19的3CL水解酶和ACE2的亲和作用较好。质谱指认出芩苏胶囊中5个成分可能是防治COVID-19的核心成分。黄芩素、汉黄芩素、隐丹参酮、丹参酮ⅡA和木犀草素是芩苏胶囊治疗COVID-19的核心药效物质。结论芩苏胶囊可能通过多成分结合SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2作用于IL-6、TNF和TP53等关键靶点调节多条信号通路,从而对COVID-19起到治疗作用。     

基于网络药理学的小柴胡汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)发热的可行性探讨

目的通过网络药理学和分子对接的方法,初步探讨小柴胡汤在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)治疗中缓解发热及抗病毒的可能作用机制。方法运用网络药理学方法分析小柴胡汤治疗发热的潜在靶点及通路;从TCMSP、Pharm Mapper数据库收集小柴胡汤的成分和作用靶点;OMIM和Genecards数据库收集发热相关靶点;String数据库构建蛋白相互作用网络,分析核心靶点;DAVID数据库和KOBAS3.0进行基于基因本体论(GO)的功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)的通路富集分析;Cytoscape3.2.7构建成分-靶点-通路网络图。运用分子对接技术筛选与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)以及SARS-CoV-2感染靶细胞关键受体血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)结合力较强的活性成分,预测可能的结合位点。结果网络药理学分析表明,小柴胡汤共筛选出165种活性成分,预测到靶点168个,筛选出发热相关靶点7 006个,取交集得到小柴胡汤与发热相关的靶点141个。GO富集到基因功能292个,KEGG富集到基因通路30条。分子对接结果表明,小柴胡汤的主要活性成分与SARS-CoV-2和ACE2均有较强的结合能力,其中β-谷甾醇、豆甾醇和3′-羟基-4′-O-甲基葡萄糖苷为结合最强的3个有效成分。结论网络药理学方法初步探讨了小柴胡汤缓解COVID-19发热的作用机制,β-谷甾醇、豆甾醇和3′-羟基-4′-O-甲基葡萄糖苷可能为小柴胡汤中主要发挥抑制SARS-CoV-2的成分,为进一步的研究提供了方向。     

基于网络药理学探讨散寒除湿抗毒方治疗COVID-19的物质基础和作用机制

目的:运用网络药理学技术分析国医大师伍炳彩的散寒除湿抗毒方治疗COVID-19的有效成分、作用靶点,及其治疗COVID-19的作用机制。方法:借助TCMSP数据库查询散寒除湿抗毒方的化学成分和作用靶点;分别从Gene Cards和OMIM数据库筛选出COVID-19的疾病靶点;使用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络和潜在靶点的相互作用关系,通过Metascape富集分析预测核心模块和作用机制。结果:共获得散寒除湿抗毒方潜在有效化学成分148个,去重后得到药物靶点289个,主要潜在核心靶点5个,COVID-19疾病靶点355个,药物与疾病的交集靶点59个; KEGG通路富集筛选出153条信号通路,并预测散寒除湿抗毒方主要通过17条通路治疗COVID-19,GO富集分析共得到条目1958个。结论:散寒除湿抗毒方可通过调节免疫炎症反应并直接对靶点基因进行干预,从而治疗COVID-19。     

基于网络药理学与分子对接技术的补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期治疗的分子机制研究

目的探索补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)恢复期治疗的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM、中国知网(CNKI)和Pubmed数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,并采用交集法筛选出与补肺活血胶囊活性组分作用的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2构建"中药-化合物-靶点"网络,并通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,并运用R version 3.6.3软件将结果进行可视化;采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接研究。结果从补肺活血胶囊中共筛选出潜在活性成分32个,对应靶点203个,核心化合物11个,核心靶点52个;PPI网络分析获得补肺活血胶囊干预COVID-19关键作用靶点25个;GO及KEGG富集分析得出与补肺活血胶囊治疗COVID-19作用相关的生物过程251个(P0.05),相关信号通路93条(P0.05);分子对接结果显示补肺活血胶囊核心化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶和血管紧张素转化酶II(ACE2)具有较好的亲和。结论补肺活血胶囊含有的核心化合物可作用于IL6、MAPK8、PTGS2、PTGS1、NCOA2等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19恢复期的治疗作用。     

夏天无对新型冠状病毒肺炎的网络药理学和分子对接研究

目的:通过网络药理学和分子对接方法讨论夏天无对新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)的作用机制。方法:通过TCMIP和GeneCards数据库检索得到COVID-19的疾病靶点,并在TCMSP数据库检索夏天无的成分并参照筛选标准:OB≥30%和DL≥0.18筛选活性成分,借助Swiss Target Prediction数据库检索其活性成分作用靶点,再通过VENNY2.1平台映射夏天无活性成分作用靶点和COVID-19疾病靶点的相同部分以获得重要靶点,并使用Cytoscape3.2.1软件将其与活性成分与重要靶点构建"中药-活性成分-重要靶点-疾病"网络以分析核心靶点和重要成分;同时,借助STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络以辅助筛选核心靶点;最终将核心靶点导入DAVID数据库和Cytoscape3.2.1软件,得到相关KEGG信号通路和Go生物过程并筛得核心成分。以此为基础,分析核心成分对SARS-CoV-2病毒的COVID-19(6y84)构型的分子对接情况。结果:1)检索得到723个与COVID-19相关的疾病靶点;2)检索得到夏天无含有8个活性成分,可作用于853个(400种)靶点;3)夏天无可作用于COVID-19的重要靶点75个;4)夏天无可作用于COVID-19的核心靶点35个;5)得到与核心靶点相关的KEGG通路共17条,其中P0.01的重要信号通路共有4条,P0.01的生物过程53条。核心成分可与COVID-19(6y84)形成构象能量较低、结构稳定的对接。结论:夏天无具备治疗COVID-19的成分物质基础,值得进一步研发。     

基于网络药理学和分子对接技术的款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）中的作用分析

目的采用网络药理学和分子对接法分析款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中发挥的作用。方法基于课题组前期研究,确定款冬花中的主要成分。采用SwissTargetPrediction和BATMAN-TCM数据库对款冬花主要化学成分的潜在靶点进行整理;在GenCLiP 3和GeneCard数据库搜索COVID-19相关靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制款冬花成分-靶点-疾病网络图;使用String数据库构建靶点PPI网络;通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将各成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶和血管紧张素转化酶II(ACE2)进行分子对接。结果款冬花治疗COVID-19的化合物-靶点-疾病网络包含化合物14个、靶点104个、疾病4个。GO功能富集分析得到GO条目444个(P0.05),其中包括生物过程(BP)条目325个、细胞组成(CC)条目44个、分子功能(MF)条目75个。KEGG通路富集筛选得到94条信号通路(P0.05)。分子对接结果显示异绿原酸B(3,4-dicaffeoylquinicacid)和异绿原酸C(4,5-dicaffeoylquinic acid)与蛋白的亲和力要优于瑞德西韦。结论款冬花中主要化合物能通过与SARS-Co V-2 3CL水解酶和ACE2结合,作用于多靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的防治作用。     

经方华盖散抗新型冠状病毒肺炎的网络药理学分析

目的探讨经方华盖散抗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的药效物质基础及分子作用机制。方法通过 中药成分数据库联合检索，结合药动学参数（口服生物利用度和类药性）筛选华盖散候选活性成分；通过蛋白数 据库预测华盖散抗COVID-19 的潜在靶点；通过STRING 平台分析潜在靶点与血管紧张素转化酶Ⅱ（ACE2）的 蛋白-蛋白相互作用（PPI）关系；通过Cytoscape 软件构建华盖散抗COVID-19 活性成分-靶点网络；通过 DAVID 平台进行GO 生物过程及KEGG 通路富集分析；对华盖散关键活性成分与抗COVID-19 重要靶点 ACE2、Spike 蛋白、3CL 水解酶及木瓜样蛋白酶（PLP）进行分子对接验证。结果共获得华盖散潜在活性成分 195 个，包括槲皮素、甘草酸、柚皮素、甘草查尔酮、橘皮素等。潜在活性成分对应候选靶点共191 个，其中 抗COVID-19 核心靶点44 个，包括PTGS2、PPARG、NOS2、DPP4、MAPK14 等。GO 功能富集分析涉及生物 学过程（BP）、细胞组成（CC）及分子功能（MF）分别为151、33、48 个条目，与炎症反应、细胞凋亡进程调控及 MAPK 级联等生物作用相关。KEGG 通路富集筛选得到98 条相关通路，涉及乙型肝炎、TNF 信号通路、NOD 样受体信号通路、Toll 样受体信号通路、甲型流感等通路。华盖散关键活性成分与ACE2、Spike 蛋白、3CL 水 解酶、PLP 进行分子对接后，对接总评分＞5 分的分别有87、48、47、46 个。其中，橙皮苷、柚皮苷、苦杏 仁甙、甘草宁H 等与ACE2，常春藤皂甙元、华良姜素等与3CL 水解酶，橙皮苷与Spike 蛋白酶，新绿原酸 与PLP 均具有较好的亲和力。结论华盖散可能通过槲皮素、甘草酸、木犀草素、橙皮苷等多种活性成分， 作用于ACE2、3CL、Spike、PLP、TNF 等靶点，调节多条与炎症及免疫相关的信号通路，发挥抗COVID-19 的作用。     

基于网络药理学和分子对接法筛选藏药五味沙棘散治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）活性成分的研究＊

目的 筛选藏药五味沙棘散（WSP）治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分。方法 采用中药系统药理学技术平台（TCMSP）筛选藏药五味沙棘散（沙棘、余甘子、木香、甘草、葡萄）潜在活性成分，采用Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在靶点，通过String数据库绘制蛋白质相互作用网络，通过DAVID数据库对WSP作用靶点进行Gene Ontology （GO）功能注释和KEGG通路富集分析，借助Cytoscape 3.7.2构建“药物-成分-靶点”网络。通过Maestro version 11.5软件，将活性成分作为配体与受体血管紧张素转换酶II（ACE2）、细胞丝氨酸蛋白酶（TMPRSS2）和COVID-19 3CL水解酶（Mpro）进行分子对接验证。结果 “药物-成分-靶点”网络包含5味药物、29个化合物和32个核心靶点，得到GO功能富集条目225条（p < 0.05），KEGG通路富集筛选得到15条信号通路（p < 0.05）。分子对接结果显示甘草苷、甘草异黄烷酮、槲皮素、山柰酚等核心化合物与COVID-19靶点结合力最强。结论 本研究体现出藏药五味沙棘散“多成分-多靶点-多途径”的作用特点，其活性成分通过与ACE2，TMPRSS2和COVID-19 3CL水解酶结合作用于AKT1、VEGFA、EGFR等靶点，调节MAPK signaling pathway、Toll-like receptor signaling pathway、T cell receptor signaling pathway等多条信号通路，实现对治疗COVID-19肺炎潜在的治疗作用。     

基于网络药理学探讨金叶拜毒颗粒抗新冠病毒的作用机制

目的:运用网络药理学分析金叶拜毒颗粒抗新型冠状病毒的有效成分、靶点和通路,探讨其抗新型冠状病毒的机制,为中医药治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-2019)提供参考。方法:通过TCMSP、Pub Med、Swiss Target Prediction等数据库及相关文献中筛选金叶拜毒颗粒方中中药的化学成分和作用靶点;通过Genecards、OMIMS数据库筛选出新型冠状病毒的疾病靶点;使用Cytoscape3.7.2软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络和潜在靶点的相互作用关系,使用String数据库和Cytoscape3.7.2软件绘制蛋白相互作用网络;通过Matescape富集分析预测核心模块和作用机制。结果:挖掘出金叶拜毒颗粒中化合物46个,465个药物靶点,COVID-19相关疾病靶点465个,二者交集靶点71个,组方中主要化学成分23个,关键靶点涉及GAPDH、ALB、TNF、TP53、MAPK3、IL6、MAPK1、CASP3、MAPK8、FOS等,预测到4个核心板块。GO富集分析共得到1665个条目,KEGG通路富集筛选出条149信号通路。结论:金叶拜毒颗粒具有多成分、多靶点、多通路作用于新型冠状病毒。     

基于网络药理学及分子对接探讨热毒宁注射液抑制新型冠状病毒肺炎炎症风暴机制

目的:基于网络药理学及分子对接探讨热毒宁注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)炎症风暴的作用机制。方法:利用TCMSP数据库获取热毒宁注射液的活性成分及对应靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选COVID-19的预测靶点。将药物靶点与疾病靶点映射获取共同靶点,利用String数据库及Cytoscape3.7.2软件构建蛋白质相互作用网络图,通过Metascape数据库进行GO分析及KEGG通路富集分析预测其作用机制。利用Autodock将关键活性成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶和血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果:热毒宁注射液-成分-靶点网络图中包含活性成分50个,相应靶点127个;关键靶点涉及IL-6、TNF、CCL2、MAPK1等;GO分析及KEGG富集分析通路得到1 367个,其中主要涉及氧化应激反应通路、MAPK信号通路、趋化因子通路等炎症风暴相关通路等。分子对接结果显示热毒宁注射液关键活性成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶均有较好的结合力,槲皮素、山柰酚、豆甾醇、β-谷甾醇、异鼠李素与ACE2有较好的结合力。结论:热毒宁注射液的槲皮素、山柰酚等关键活性成分通过干预白介素信号通路、趋化因子通路、MAPK信号通路、氧化应激反应等通路发挥抗COVID-19炎症风暴作用。     

基于网络药理学的连花清瘟方抗冠状病毒的物质基础及机制探讨

目的探寻连花清瘟方抗冠状病毒的物质基础及作用机制,为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的中医药治疗提供参考。方法借助TCMSP、Batman、Swiss Target Prediction等数据库检索连花清瘟方中药味的化学成分和作用靶点。通过Gene Cards筛选出冠状病毒的疾病靶点。使用Cytoscape软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络和潜在靶点的相互作用关系,通过富集分析预测作用机制,并将连花清瘟方的主要活性成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接验证。结果挖掘出连花清瘟方中100种活性成分、636个药物靶点,冠状病毒347个疾病靶点,得到药物-疾病共同靶点67个,关键靶点涉及PTGS2、IL6、CASP3、MAPK1、EGFR、ACE2等。GO富集分析共得到条目1 946个,主要涉及T细胞活化、病毒受体、炎症反应等。KEGG通路富集筛选出166条信号通路,包括肾素-血管紧张素系统、Toll样受体信号通路、JAK-STAT信号通路、T细胞受体信号通路、TNF信号通路等。分子对接结果显示山柰酚、槲皮素、木犀草素与Mpro有较好的结合能力;甘草次酸、豆甾醇、靛蓝与ACE2有较好的结合能力。结论连花清瘟方可通过多成分、多靶点、多通路作用于冠状病毒,其主要成分与Mpro、ACE2有较好的结合能力,从而可能对COVID-19有治疗作用。     

十神汤治疗新型冠状病毒肺炎机制的网络药理学探讨

目的:基于网络药理学探寻十神汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分、关键靶点和作用机制,为该方的临床应用提供参考。方法:采用TCMSP数据库检索十神汤中葛根、升麻、陈皮、甘草、川芎、紫苏叶、白芷、麻黄、赤芍、香附的化学成分和作用靶点,并通过UniProt数据库查询靶点对应的基因;采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,通过度值(Degree)筛选关键靶点、通过DisGeNET数据库对关键靶点所属的类型进行归属;运用Cytoscape 3.7.2软件构建、分析网络;使用DAVID数据库对十神汤治疗COVID-19关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和KEGG通路富集分析,以探究其作用机制。结果:十神汤中的中药大多归肺、脾经,共有活性化合物213个,其265个靶点中有73个靶点是与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的受体血管紧张素转化酶2 (ACE2)在结肠中呈现共表达;关键靶点涉及CASP3、MAPK3、EGF、CTNNB1、CASP8、BCL2L1等;GO分析得到GO条目136个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目91个,细胞成分(CC)条目21个,分子功能(MF)条目24个;KEGG通路富集筛选得到61条信号通路(P<0.05),主要涉及细胞凋亡、MAPK、Ras信号通路等。结论:十神汤可能以多成分、多靶点形式调控与ACE2共表达的蛋白以及细胞凋亡、MAPK、Ras信号通路,发挥抑制COVID-19患者炎症反应、缓解肺损伤的作用,从而达到治疗COVID-19的目的。     

基于网络药理学和分子对接探究枸杞子-菟丝子“异病同治”2型糖尿病性骨质疏松症和肾病综合征的作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨枸杞子-菟丝子“异病同治”2型糖尿病性骨质疏松症（DOP）和肾病综合征（NS）的作用机制。方法：通过TCMSP数据库筛选枸杞子-菟丝子的主要活性成分和作用靶点,利用UniProt数据库及Perl语言进行规范以及转化为标准基因名称,利用Cytoscape3.9.1软件构建药物-活性成分-靶点网络。通过GeneCards、OMIM及PharmGkb数据库搜集DOP和NS相关疾病靶点,将疾病靶点与药物靶点取交集,通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络并筛选核心蛋白;对交集蛋白运用Rx4.1.3软件及R脚本进行GO功能富集和KEGG通路分析,运用Autodock 4.2软件进行分子对接。结果：筛选后得到枸杞子-菟丝子活性成分42个,作用靶点208个;DOP、NS疾病靶点分别为2834个、2114个,共有靶点915个,疾病和药物交集靶点86个。GO富集分析得到分子功能121条;KEGG通路富集分析获得126条信号通路,靠前的通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样硬化信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、IL-17信号通路,...     

湖南二号方调节机体免疫防治新型冠状病毒肺炎的网络药理学研究

目的:应用网络药理学方法探究湖南二号方通过增强免疫力防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19感染的作用与机制。方法:通过TCMSP等数据库筛选湖南二号方主要有效成分和潜在治疗靶点,通过GeneCards等数据库获取疾病基因,并将药物相关靶点与疾病靶点相互映射,通过Cytoscape3.8.0可视化筛选出核心基因,对共有靶点进行蛋白质相互作用网络构建、GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:湖南二号方中药-成分-靶点-疾病网络包括5味中药、99种活性成分和73个疾病靶点。其中湖南二号方治疗新型冠状病毒肺炎的靶点主要包括IL-6、VEGFA、ALB、CXCL8、MMP9和AKT1等。GO功能富集分析共得到条目1962个,主要涉及氧化应激反应和活性氧代谢过程等。KEGG通路富集分析筛选出145条信号通路,包括HIF-1、PI3K-Akt、TNF等信号通路。结论:湖南二号方中的槲皮素、山奈酚、异鼠李素活性成分可能通过介导HIF-1、IL-17等多条信号通路影响IL-6、VEGFA、ALB、CXCL8等靶蛋白的表达,发挥防治COVID-19的作用。     

基于LC-MS和网络药理学探讨银杏酮酯治疗合并心血管疾病的新型冠状病毒肺炎的研究

目的基于LC-MS技术建立银杏酮酯(GBE50)化学成分质谱,并采用网络药理学探索GBE50抗心血管疾病合并新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过UPLC-Q-TOF技术,鉴定GBE50中主要化学成分,并通过TCMSP等中药数据库检索和获取GBE50相关成分的作用靶点;在DisGeNET、HGDB等数据库中获得心血管疾病、炎症、病毒性疾病靶点;Cytoscape 3.6.0构建疾病-成分-靶点网络图;String平台和Cytoscape 3.6.0构建靶点PPI网络;DAVID平台进行KEGG通路富集,分析预测其作用机制;Swissdock数据库对各类成分中关键成分与关键靶点AKT1、3CL水解酶、ACE2进行分子对接。结果通过LC-MS技术和网络药理学研究,共鉴定和筛选了39个活性成分,主要分为黄酮类、萜内酯类、双黄酮、黄烷醇、有机酸5类,基本均具有抗心血管疾病及抗炎抗病毒作用;根据PPI网络和同类成分共同靶点,获得AKT1、VEGFA、ABCB1、TNF等关键靶点;KEGG富集得到乙型肝炎、PI3K/Akt信号通路等146(P0.05)条信号通路;分子对接验证了关键成分能与心血管关键靶点AKT1、COVID-19相关靶点2019-nCoV 3CL、ACE2紧密结合。结论揭示了GBE50通过多成分、多靶点、多通路的形式发挥抗心血管疾病作用,及具有潜在抗COVID-19的作用,为GBE50的临床应用拓展提供参考依据。     

基于网络药理学探讨益肺散结方治疗肺腺癌的作用机制及JAK2/STAT3/VEGF信号通路验证

目的 基于网络药理学预测益肺散结方治疗肺腺癌的潜在作用机制,并通过体外细胞实验对关键信号通路之一Janus蛋白酪氨酸激酶2(JAK2)/信号转导和转录激活子3(STAT3)/血管内皮生长因子（VEGF）信号通路进行实验验证。方法 利用中药系统药理数据库（TCMSP）筛选益肺散结方的主要活性成分和潜在作用靶点。通过人类基因数据库（GeneCards）和在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索获取肺腺癌主要靶点。运用韦恩图获取两者的交集靶点,通过Cytoscape3.7.2进行拓扑学分析,并建立中药-活性成分-靶点网络图。采用蛋白质相互作用平台（STRING）与Cytoscape3.7.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。应用Metascape数据库进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。借助Vina 1.2.3软件进行分子对接验证。通过CCK-8法检测益肺散结方对细胞活性的影响,细胞划痕实验观察对细胞迁移的影响,Western blot法检测p-STAT3、STAT3、p-JAK2、JAK2、VEGF-A表达。结果 获取益肺散结方活...     

基于网络药理学与分子对接技术的化湿败毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎作用机制及活性成分筛选研究

目的:采用网络药理学与分子对接技术相结合的方法研究化湿败毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制及活性成分筛选。方法:采用中药系统药理学分析平台筛选化湿败毒颗粒活性成分及预测作用靶点,与OMIM和Gene Cards数据库筛选的病毒及肺炎靶基因取交集,得到潜在靶基因。利用Cytoscape软件构建“化合物-靶点”网络并进行分析。取平均度数较高的重要活性成分分别与3CLpro、ACE2及RdRp 3种靶蛋白采用AutoDock Vina进行分子对接,筛选关键活性成分。采用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析化湿败毒颗粒的作用机制。结果:化湿败毒颗粒作用“化合物-靶点”网络包含123个化合物和237个相应靶点,关键靶点涉及PTGS2、PTGS1、ESR1、NCOA2、AR、NOS2、PPARG、SCN5A、PRSS1等。GO功能富集分析得到GO条目1 147个(P0.05),KEGG通路富集筛选得到170个通路(P0.05),涉及AGE-RAGE、IL-17、TNF、C-type lectin receptor及HIF-1等信号通路。分子对接结果显示:Kaempferol、Baicalein等与3CLpro蛋白亲和力较好;Stigmasterol、Shinpterocarpin等与ACE2蛋白亲和力较好;Beta-sitosterol、Shinpterocarpin等与RdRp蛋白亲和力较好。结论:采用网络药理学与分子对接技术相结合的方法筛选化湿败毒颗粒抗COVID-19关键活性成分并对其作用机制进行了分析,可为治疗化湿败毒颗粒的临床应用提供参考。