基于网络药理学与分子对接技术探究三棱-莪术药对治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的]运用网络药理学与分子对接技术探究三棱-莪术药对治疗动脉粥样硬化(As)的作用机制。 [方法]通过TCMSP、Swiss Target Prediction、STRING数据库和Cytoscape软件发现并探究相关治疗靶点的作用关系,通过Omicshare平台进行GO富集分析与KEGG通路富集分析,运用DockThor平台进行分子对接。 [结果]研究结果发现158个相关治疗靶点,其中丝氨酸/苏氨酸激酶1、SRC原癌基因、肿瘤坏死因子、丝裂原激活蛋白激酶3、白细胞介素6等49个靶点为核心靶点。GO富集分析发现三棱-莪术药对可以在多方面影响As的发生发展。KEGG通路富集分析发现,三棱-莪术药对可能通过C型凝集素受体信号通路、癌症通路等多条代谢通路来发挥治疗As的作用。分子对接显示靶点TNF与常春藤皂苷元的结合活性最高。 [结论]三棱-莪术药对治疗As的作用机制复杂,主要通过C型凝集素受体信号通路、癌症通路等多条代谢通路发挥作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨灵芝的免疫调节机制

［摘要］　目的　通过网络药理学及分子对接探讨灵芝调控免疫功能的作用机制。方法　通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索和筛选灵芝有效成分,使用Swiss Target Prediction数据库预测其潜在作用靶点。从GeneCards、DrugBank、OMIM、PharmGKB、TDD数据库中获取免疫调控相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用String平台构建蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白。利用R软件进行GO富集分析和KEGG通路分析。通过分子对接技术进行活性成分和核心靶点的分子对接验证。结果　共获取灵芝活性成分43个,作用靶点499个,免疫相关靶点12 454个,药物与疾病的交集靶点483个。KEGG通路分析显示交集基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用、cAMP信号通路、蛋白多糖与癌症等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要参与脂质代谢过程的调节、肽基-丝氨酸磷酸化、肽基-丝氨酸修饰等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白有较好的结合活性。结论　研究构建的灵芝“成分-靶点-通路-疾病”网络,一定程度上揭示了灵芝多成分、多靶点的复杂作用机制,为灵芝的临床应用和产品开发提供理论基础。     

川芎抗动脉粥样硬化作用机制的网络药理学与分子对接技术研究

目的使用网络药理学与分子对接技术探究川芎抗动脉粥样硬化的作用机制。方法运用中药系统药理(TCMSP)数据库筛选川芎的活性成分及质控成分,通过Swiss Target Prediction预测药物靶点。在DrugBank和DisGeNET数据库筛选出动脉粥样硬化的相关靶点。通过STRING构建靶点蛋白互作网络,运用Cytoscape绘制网络并进行拓扑学分析。使用Omicshare对相关靶点进行GO富集分析与KEGG富集分析。运用DockThor进行分子对接。结果获得川芎抗动脉粥样硬化的167个相关治疗靶点,通过网络拓扑分析发现钙敏感受体、丝裂原活化蛋白激酶3等46个靶点为核心靶点。GO富集分析发现川芎在生物过程、分子功能、细胞组成多方面影响动脉粥样硬化的发生发展。KEGG通路富集分析发现,川芎可能通过调节神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等多条代谢通路来发挥抗动脉粥样硬化的作用。结论运用网络药理学的方法证实了川芎抗动脉粥样硬化具有多途径、多靶点作用的特点。预测了川芎抗动脉粥样硬化的可能机制,为其后续基础研究提供了参考和理论依据。     

基于网络药理学和分子对接研究钩藤治疗动脉粥样硬化的有效成分和作用机制

[目的]基于网络药理学和分子对接研究钩藤治疗动脉粥样硬化的有效成分、靶点及通路。[方法]利用TCMSP数据库并结合筛选条件,确定钩藤的主要有效成分和有效成分相应的靶点,构建有效成分-靶点网络;利用GeneCards、DisGeNET、OMIM及TTD数据库确定动脉粥样硬化的疾病靶点,获取药物靶点与疾病靶点的交集,并对交集靶点进行PPI网络分析、GO生物功能富集分析和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape 3.9.0软件中的“Analyze Network”工具,构建有效成分-靶点-通路网络,筛选出核心成分、核心靶点、核心通路,并对核心成分与核心靶点之间的亲和力进行分子对接验证。[结果]筛选出33种有效成分,其中一种有效成分没有相应的靶点,筛选出1 608个疾病靶点和115个药物与疾病的交集靶点。PPI分析得到的主要靶点为AKT1、TNF、IL-6、IL-1β、TP53、JUN、CASP3、MMP9、PTGS2等。GO生物功能富集分析获得生物过程条目22个、细胞成分条目57个、分子功能条目100个。KEGG通路富集分析筛选出20条信号通路,主要为脂质和动脉粥样硬化、MAPK、癌症信...     

基于网络药理学和分子对接探讨苗药黑骨藤治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术，探究苗药黑骨藤治疗阿尔茨海默病(AD)的活性成分和潜在作用机制。方法 通过文献搜集苗药黑骨藤的化学成分，利用中药系统药理学数据库(TCMSP)和Swiss ADME数据库筛选黑骨藤的主要活性成分，采用Swiss Target Prediction和SEA数据库预测活性成分的作用靶点。通过GeneCards、OMIM数据库检索AD相关靶点，经Venny2.1.0获取成分-疾病交集靶点，结合STRING数据库和Cytoscape3.8.0软件对交集靶点进行蛋白互作(PPI)网络分析。再借助HIPLOT数据库对交集靶点进行基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。最后，利用AutoDock Tools1.5.6软件将潜在成分与核心靶点进行分子对接。结果 苗药黑骨藤的活性成分共24个，对应靶点574个，1 513个AD靶点，交集靶点159个；GO分析得到2 661条生物过程，587条分子功能，311条细胞成分；KEGG分析得到AD主要参与神经退行性疾病-多发性疾病途径、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、癌症中的蛋白多糖等相关通路。分子对接结...     

基于网络药理学与分子对接研究四逆散治疗肝癌的作用机制

目的联合网络药理学-分子对接研究四逆散治疗肝癌的作用机制。方法运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取四逆散的化合物及靶标,通过Uniprot获取对应的基因Symbol;从人类基因数据库获取肝癌的疾病基因,并筛选出与四逆散靶标基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.1软件绘制"中药-化合物-治疗靶标"网络图;运用STRING构建蛋白质相互作用(PPI)网络、R studio软件对治疗靶标进行GO和KEGG富集分析,并对结果进行可视化;选择靶点数目最多的活性成分作为配体,PPI网络中度值(Degree)最大的靶点作为受体,预测受体-配体复合物结构与相互结合的氨基酸残基。结果研究筛选得到四逆散治疗肝癌核心靶标91个,相关活性成分141种,其中槲皮素、山柰酚等为四逆散治疗肝癌的主要活性成分; TP53、HSP90AA1等是治疗主要作用靶标; GO富集分析后共获得符合筛选标准的条目1007条,主要涉及抗氧化反应、蛋白丝氨酸-苏氨酸激酶活性调控、细胞应激反应等多个生物过程,KEGG富集分析共获得102条,主要调控乙型肝炎通路、PI3K-Akt信号通路以防治肝癌,分子对接结果验证槲皮素-TP53的VAL147、CYS220、GLU221、PRO222等晶体结构域的协同抗癌效应。结论本研究揭示了四逆散作用于多靶点、多信号通路治疗肝癌的作用机制,为生物实验提供理论基础。     

基于网络药理学探析5种经典方剂治疗肝细胞癌的作用机制

目的运用网络药理学及分子对接技术探究逍遥散合四君子汤、茵陈蒿汤、龙胆泻肝汤合下瘀血汤、五皮饮合四君子汤、一贯煎治疗肝细胞癌的作用机制。方法运用TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM、TCM-MESH等数据库筛选中药有效成分并预测其作用靶点,通过TTD、Drugbank、Disgenet、Liverome、OncoDB. HCC、GEO等数据库挖掘肝癌相关靶点;将药物和疾病靶点进行映射获得交集靶点,通过可视化软件Cytoscape3.7. 1构建核心成分-交集靶点网络以及蛋白相互作用网络,筛选核心成分及关键基因并在GEPIA数据库进行生存分析,将筛选出的活性成分和关键基因导入DockThor在线网站进行分子对接。此外,利用David数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析以及基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果经过筛选去重获得5种经典方剂活性成分分别为110、19、154、121、51个,药物作用靶点分别为7426、1435、9544、6619、2427个。筛选去重后获得肝癌疾病靶点4001个。5种方剂经典方剂的成分靶点与肝癌疾病靶点的交集靶点分别为260、169、276、242、192个,共同Hub基因在GEPIA在线网站生存分析结果为PIK3CA、SRC、MAPK1、MAPK3(P值均0.05)、AKT1(P 0.05)。5种方剂共同活性成分是槲皮素,其中3种经典方剂(逍遥散合四君子汤、龙胆泻肝汤合下瘀血汤、五皮饮合四君子汤)的共同活性成分是异补骨脂黄酮、Kanzonol W。分子对接结果从总体趋势来看3种成分与PIK3CA、SRC结合能力相对较好。GO富集分析显示这些靶点共同参与对药物的反应、蛋白质磷酸化、炎症反应、血管生成等生物学过程。KEGG富集分析显示共同参与的通路为癌症通路、PI3K-AKT通路、MAPK通路、Ras通路、HIF-1通路、乙型肝炎通路、丙型肝炎通路。结论槲皮素、异补骨脂黄酮和Kanzonol W抗肝癌具有多靶点、多通路的潜在作用机制。     

基于网络药理学研究小柴胡汤治疗乙型肝炎的作用机制

目的通过网络药理学研究小柴胡汤治疗乙型肝炎的作用机制。方法利用TCMSP数据库收集小柴胡汤中7味中药的主要化学成分和作用靶点;通过GeneCards和OMIM数据库获取乙型肝炎相关靶点,利用STRING在线平台构建潜在靶点PPI网络并利用R语言获取GO功能富集分析及KEGG通路分析;运用Cytoscape3.7. 2构建"活性成分-核心靶点"网络并对网络进行拓扑分析;最后利用AutoDock vina等软件对网络中度值较高的活性成分与核心靶点进行分子对接和可视化分析。结果筛选到小柴胡汤中槲皮素、山奈酚、汉黄芩素、柚皮素等193种主要化学成分和247个相关靶点,其中关键靶点有RELA、MAPK1、TP53、ESR1、EGFR、AKT1等; GO功能富集分析共得到2612条富集结果,主要涉及细胞对化学应激的反应、对药物的反应、氧化应激反应、对脂多糖的反应等生物过程的调节; KEGG通路分析共得到174条通路富集结果,主要涉及乙型肝炎、PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路等;分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点的结合力均较强,蛋白结晶复合物构象稳定。结论研究初步表明了小柴胡汤通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗乙型肝炎的作用机制。     

基于网络药理学与分子对接探讨失笑散治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨失笑散治疗冠心病的作用机制。方法:收集TCMSP及BATMAN-TCM、HERB数据库,分别检索蒲黄和五灵脂的化学成分及靶点,运用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-活性成分-潜在靶点网络图。通过GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选冠心病相关的靶点。利用Venny图获取疾病-药物交集靶点,并将其上传至STRING数据库,进一步通过Cytoscape 3.9.0软件绘制核心蛋白-蛋白互作(PPI)网络图。采用Metascape平台对交集靶点进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用AutoDockTools-1.5.7软件对核心成分与核心靶点进行分子对接,采用PyMOL软件进行可视化。结果:经筛选后获得失笑散核心成分为槲皮素、山柰酚、异鼠李素等;核心靶点包括蛋白激酶B(AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(p53)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)等。KEGG通路富集的主要通路为环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、核因子-κB(NF-κB)信号通路等。分子对接验证显示：多数核心成分与核心靶点具有...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨五苓散治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的应用网络药理学及分子对接技术探讨五苓散治疗慢性心力衰竭(CHF)的作用机制。方法在中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索五苓散主要成分及对应靶点;检索GeneCards、TTD、DrugBank、DisGeNET数据库,筛选CHF相关靶点;取疾病与药物交集靶点,构建韦恩图;应用Cytoscape 3.8.0软件建立五苓散药物-活性成分-靶点网络及药物成分-交集靶点网络,获得关键化合物;应用STRING平台构建交集靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)的网络图,分析网络图得到关键靶点;应用Metascape数据库对交集基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。比较关键靶点及KEGG通路富集基因,选取主要靶点蛋白及关键化合物,应用CB-Dock平台进行分子对接验证。结果通过口服生物利用度(OB)及生物活性分子类药性(DL)筛选得到五苓散共有46个活性成分,共涉及63个作用靶点,与CHF重合的靶点有36个,得到谷甾醇、3β-乙酰氧基-白术酮、二氢槲皮素等10个关键化合物,NOS3、CASP3、PTGS2等10个关键靶点。GO分析得到与循环系统、细胞膜成分及蛋白质相关的注释条目。KEGG通路富集通路主要包括AGE-RAGE信号通路、细胞凋亡、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示,五苓散关键化合物与新型利尿剂托伐普坦,与治疗靶点均具有良好结合活性。结论五苓散包括多个活性成分,作用于多个靶点,通过抑制细胞凋亡、氧化应激、心肌重构、炎症通路等多种机制作用于CHF,体现了中药治疗疾病多成分、多靶点、多途径的特点。     

To explore the Radix Paeoniae Rubra-Flos Carthami herb pair's potential mechanism in the treatment of ischemic stroke by network pharmacology and molecular docking technology

To explore the Radix Paeoniae Rubra-Flos Carthami herb pair''s (RPR-FC) potential mechanism in treating ischemic stroke (IS) by network pharmacology and molecular docking technology.The Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database was used to screen the active components of the RPR-FC, and Cytoscape 3.8 software was used to construct a network map of its active components and targets of action. The GeneCards and OMIM databases were used to identify disease targets of IS, and the common targets were chosen as research targets and imported into the STRING database to construct a protein–protein interaction network map of these targets. R language software was used to analyze the enrichment of GO terms and KEGG pathways, and explore the mechanisms of these targets. Molecular docking technology was used to verify that the RPR-FC components had a good bonding activity with their potential targets.A total of 44 active components, which corresponded to 197 targets, were identified in the RPR-FC. There were 139 common targets between the herb pair and IS. GO functional enrichment analysis revealed 2253 biological process entries, 72 cellular components entries, and 183 molecular functions entries. KEGG pathway enrichment analysis was mainly related to the NF-kappa B signaling pathway, the TNF signaling pathway, apoptosis, the MAPK signaling pathway, the PI3K-Akt signaling pathway, the VEGF signaling pathway, etc. The molecular docking results showed the components that docked well with key targets were quercetin, luteolin, kaempferol, and baicalein.The active components (quercetin, luteolin, kaempferol, and baicalein) of the RPR-FC and their targets act on proteins such as MAPK1, AKT1, VEGFA, and CASP3, which are closely related to IS.¹ These targets are closely related to the NF-kappa B signaling pathway, the MAPK signaling pathway, the PI3K-Akt signaling pathway, the VEGF signaling pathway, and other signaling pathways. These pathways are involved in the recovery of nerve function, angiogenesis, and neuronal apoptosis and the regulation of inflammatory factors, which may have a therapeutic effect on IS.     

基于网络药理学探究灵宝护心丹治疗急性心肌梗死的潜在机制

目的利用网络药理学和分子模拟对接的方法探究灵宝护心丹治疗急性心肌梗死(AMI)的分子机制。方法通过中药系统药理学数据库(TCMSP)、中医综合数据库(TCMID)获得灵宝护心丹所含9味中药相关活性化合物和作用靶点;通过人类基因数据库Gene Cards获得AMI相关基因,利用String 11.0数据库获得目标基因;利用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶标网络,根据拓扑学参数筛选灵宝护心丹治疗AMI的核心靶点;利用Cytoscape 3.7.2插件ClueGO+Cluepedia对疾病和药物交集靶点进行基因本体(GO)生物学过程富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路注释分析。结果灵宝护心丹化合物-AMI靶点网络包含57个疾病靶点和104个活性化合物,核心靶点包括叉头转录因子(FoxO1)、沉默信息调节因子1(Sirt1)、CASP3、白介素-6(IL-6)、AKT1、SOD2、Bcl2等。GO功能富集得到73个条目;KEGG富集到111个通路,并且被分类为16个具有统计学意义的亚组,主要涉及FoxO信号通路、HIF-1信号通路、凋亡信号通路、NF-κB信号通路等。使用GeneMANIA数据库构建核心靶标蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并对其进行生物学功能分析。利用分子对接模拟软件Autodock Vina 1.1.2,对关键药效分子与核心靶标进行配体-受体对接模拟计算。结论基于网络药理学预测灵宝护心丹治疗AMI的潜在分子机制,为进一步研究其药效和作用机制奠定了基础。     

Mechanism research of Salvia miltiorrhiza on treating myocardial ischemia reperfusion injury according to network pharmacology combined with molecular docking technique

Myocardial ischemia reperfusion injury (MIRI) is a kind of complicated disease with an increasing incidence all over the world. Danshen was shown to exert therapeutic effect on MIRI. However, its chemical and pharmacological profiles remain to be elucidated. Network pharmacology was applied to characterize the mechanisms of Danshen on MIRI.The active compounds were screened from the online database according to their oral bioavailability and drug-likeness. The potential proteins of Danshen were collected from the TCMSP database, whereas the potential genes of MIRI were obtained from Gene Card database. The function of gene and pathways involved were researched by GO and KEGG enrichment analysis. The compounds-targets and protein–protein interaction networks were constructed by Cytoscape software. The affinity between active components and potential targets was detected by molecular docking simulation.A total of 202 compounds in Danshen were obtained, and 65 were further selected as active components for which conforming to criteria. Combined the network analysis and molecular docking simulation, the results firstly demonstrated that the effect of Danshen on MIRI may be realized through the targeting of vascular endothelial growth factor A, interleukin-6, and AKT1 by its active components tanshinone IIA, cryptotanshinone, and luteolin. The main regulatory pathways involved may include PI3K/ Akt signaling pathway, HIF-1 signaling pathway, and interleukin-17 signaling pathway. The present study firstly researched the mechanism of Danshen on MIRI based on network pharmacology.The results revealed the multicomponents and multi-targets effects of Danshen in the treatment of MIRI. Importantly, the study provides objective basis for further experimental research.     

苦参汤治疗隐孢子虫病的潜在靶标及协同作用机制研究

目的　采用网络药理学方法和分子对接技术探究苦参汤治疗隐孢子虫病的潜在作用靶标及协同作用机制。方法　检索中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, TCMSP）及蛋白质信息数据库（The Universal Protein Resource, UniProt）,获取苦参汤主要活性成分并预测其潜在靶标。检索中国知网、万方数据、中国生物医学文献数据库（CBM）、PubMed和Web of Science数据库,对TCMSP数据库未收录的成分加以补充,利用TargetNet数据库在线预测所补充活性成分的靶标基因。应用Cytoscape软件进行网络构建与分析,在比较毒物遗传学数据库和GeneCards数据库中检索隐孢子虫病相关疾病靶标。基于STRING数据库构建靶标蛋白质⁃蛋白质相互作用网络（PPI）,采用DAVID数据库进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路注释分析,采用BioGPS数据库定位关键靶标的组织器官分布,应用AutoDockTools软件进行分子对接模拟验证。结果　共筛选出苦参汤活性成分38种,其中核心成分为槲皮素、（+）⁃14α⁃羟基苦参碱、芹菜素等。预测得到831个苦参汤相关靶标及512个隐孢子虫病相关靶标。PPI网络分析发现AKT1、TNF、IL⁃6等69个关键靶标。苦参汤治疗隐孢子虫病可能与303个生物进程、46种分子功能、29种细胞组分相关,Toll样受体（TLR）、核因子kappa B（NF⁃ĸB）、核苷酸结合寡聚化结构域样受体（NLR）信号通路等13条KEGG通路在多靶标协同作用下发挥治疗作用。进一步分析发现,核心靶标主要分布于血液和免疫系统。分子对接显示,活性成分与关键靶标对接的结合能均小于0 kJ/mol,配体与受体结合紧密。结论　苦参汤中槲皮素、（+）⁃14α⁃羟基苦参碱、芹菜素等活性成分可能作用于AKT1、TNF、IL⁃6等靶标,进而调控TLR、NLR、NF⁃κB等信号通路,并主要在血液免疫系统中协同发挥对隐孢子虫病的治疗作用。     

基于“胃不和则卧不安”理论探讨贾跃进治疗失眠障碍的用药规律

目的基于中医“胃不和则卧不安”理论与数据挖掘技术探讨贾跃进临床治疗失眠障碍的用药规律。方法通过简述贾跃进对“胃不和则卧不安”的认识,使用古今医案云平台V 2.2.3将门诊近2年中药治疗失眠障碍的处方进行药物频次、属性统计及关联、聚类和复杂网络分析,得到核心组方。再运用TCMSP、GEO等数据库得到核心组方各药物有效成分的靶点与疾病靶点并取交集,利用Cytoscape 3.8.0及其插件构建疾病-药物-成分-靶点、蛋白-蛋白互作网络,并进行基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,选取关键有效成分和关键靶点进行Vina分子对接分析。结果共获得病案228个、方剂228首,涉及中药119味;药性以平、温为多;药味以甘、辛、苦为主;药物主要归脾、肝、胃经;通过药物关联、聚类和复杂网络分析综合得到6味药物的核心组方。共获得核心组方有效成分45种,相关靶点243个,交集基因72个,关键成分包括α-香树素、豆甾醇等;关键靶点有RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、钠依赖性5-羟色胺转运蛋白(SLC6A4)等。GO功能富集分析包括生物调节、信号通路等;KEGG通路富集分析包括神经活性配体-受体相互作用、血清素能突触等。关键成分和关键靶点分子对接显示可稳定结合。结论初步得到贾跃进中药论治失眠障碍的用药规律及相关多成分、多靶点、多通路的作用机制。     

基于网络药理学及分子对接研究柚皮素抗胃癌机制

目的:柚皮素是一种广泛存在于多种中药中的黄酮类化合物,具有优秀的抗炎、抗氧化以及抗癌功能,该研究系统探讨柚皮素抗胃癌的可能作用机制。方法:通过检索TCMSP、CTD、GeneCard、OMIM、DisGeNET及STRING数据平台获得相关数据,筛选后制成"成分-靶点"网络及蛋白互作网络,利用R软件运行bioconductor平台的数据包将相关靶点进行GO和KEGG的富集分析,并应用Schroedinger软件进行分子对接,以分析柚皮素与治疗靶点的作用力及结合自由能。结果:柚皮素治疗胃癌涉及61个靶点,包括TP53、AKT1、Casp3、ALB、MAPK3、EGFR、ESR1等,其中TP53、Casp3对接分数优于原配体。柚皮素可以调控Apoptosis、p53、NF-kB、PI3K-AKT等信号通路可阻滞细胞周期、诱发细胞程序性死亡,能抗肿瘤和抑制新生血管形成。结论:柚皮素治疗胃癌是多靶点、多通路作用结果,具有一定的研究和开发前景。     

基于网络药理学探讨侯氏黑散治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的基于网络药理学探讨侯氏黑散治疗缺血性脑卒中的作用机制。方法采用检索中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)检索侯氏黑散的14味药(牡蛎为动物药,未纳入分析范围)中所有化学成分,筛选活性成分及作用靶点;通过GeneCards检索缺血性脑卒中疾病靶点;利用Venny工具绘制韦恩图,找出交集靶点;应用STRING构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图;通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共筛选到155个中药活性成分、164个作用靶点,缺血性脑卒中相关靶点3173个,从而得到药物-疾病的共同靶点121个。富集于分子功能、生物过程和细胞组分及47条信号通路,包括NOD样受体信号通路、胰岛素信号通路、钙信号通路等。预测侯氏黑散居前5位的主要活性成分是前列腺素内过氧化物合酶2、槲皮素、山奈酚、前列腺素内过氧化物合酶1、热休克蛋白90,主要通过调节白细胞介素6(IL-6)、血清对氧磷酶1(PON1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、白细胞介素2(IL-2)、趋化因子(CCL2)等靶点,调控NOD样受体信号通路、胰岛素信号通路等达到治疗缺血性脑卒中的目的。结论侯氏黑散通过多成分、多靶点、多通路治疗缺血性脑卒中。