正常人外周血单核细胞基因表达谱的建立及临床意义

目的:建立正常人外周血单核细胞的基因表达谱,探讨颅内动脉瘤的差异基因,为研究颅内动脉瘤的发病机制及其可能的基因治疗打下基础。方法:分别抽提60例正常人和颅内动脉瘤患者外周血单核细胞的RNA,基因芯片技术检测其外周血中的基因表达情况。结果:在基因芯片所检测的共14112个基因中,有7749个基因在正常人外周血单核细胞中呈阳性表达,表达数量较多的基因分别是:细胞信号和传递蛋白表达类、代谢相关类、离子通道和运输蛋白、结构运动类基因。表达水平位于前3位的基因分别是核糖体蛋白L41(RPL41)、核糖体蛋白S3A(RPS3A)和核糖体蛋白L23A(RPL23A)基因。与正常人外周血阳性基因比较,颅内动脉瘤患者得到85个差异基因,其中KPNA4基因与信号传导、蛋白质转运过程功能有关,基因表达明显上调;SPG3A基因与核苷酸结合功能相关,基因表达明显下调。结论:建立了正常人外周血的基因表达谱,KPNA4基因和SPG3A基因可能与颅内动脉瘤形成和发展有关。     

应用基因芯片技术研究肝癌组织特异性候选基因

目的 筛选肝癌组织特异性癌症相关候选基因.方法 应用基因芯片技术检测肝癌细胞系Bel7402-2、肾癌细胞系KETR、胃癌细胞系SGC基因及人胎肝细胞系L-02的全基因组序列,分析其基因表达差异.结果 与肾癌细胞系KETR、胃癌细胞系SGC及人胎肝细胞系L-02相比,在检测的54614个探针组中,肝癌细胞系BEL7402-2表达共同上调2倍及2倍以上的有324个基因,表达下调2倍及2倍以上的有53个基因.涉及凋亡、细胞黏附、细胞增殖、信号通路等多种生物学过程.结论 筛选出377个肝癌组织特异性及癌症特异性相关抗原,为进一步鉴定肝癌特异性诊断指标提供了候选基因.     

高密度Oligo基因芯片检测榄香烯对胶质瘤U251细胞凋亡相关基因的影响

目的应用高密度Oligo基因芯片技术检测榄香烯对胶质瘤U251细胞凋亡相关基因的影响。方法实验分2组,实验组用含有终浓度为0.062mg/ml榄香烯作用于U251细胞24h,对照组为未行任何处理的U251细胞。抽提2组U251细胞的总RNA并逆转录合成Cy5、Cy3标记的cDNA,混合后杂交含22000个人类基因的人类高密度Oligo基因芯片,经过洗片和扫描,获得荧光信号图像并用计算机分析,随机抽取4种差异表达基因用PCR验证。结果按差异显著性标准,从22000条基因中筛选出差异表达基因179条,其中11个凋亡相关基因表达上调,15个凋亡相关基因表达下调。主要包括细胞周期蛋白、细胞凋亡、细胞骨架和运动蛋白等相关基因。结论榄香烯能够影响胶质瘤细胞相关凋亡基因的改变,而基因芯片技术有效分析其基因表达谱,有助于认识胶质瘤药物治疗的机制。     

应用基因芯片技术研究非毒性结节性甲状腺肿基因表达的初步研究

目的筛查非毒性结节性甲状腺肿（NTNG）相关基因,探讨NTNG发生机制。方法分别抽提NTNG患者甲状腺组织及正常甲状腺组织总RNA,逆转录合成相应以Cy5和Cy3标记的探针与基因表达谱芯片进行杂交,扫描芯片荧光信号图像,用对扫描图像进行数字化处理和分析。利用实时荧光定量PCR技术对筛选出的部分表达差异明显的基因进行验证。结果筛选出表达差异明显的基因48个,其中NTNG组中表达上调的基因36条,表达下调的基因12条。荧光定量PCR结果与基因芯片一致。结论NTNG患者甲状腺组织与正常甲状腺组织之间存在明显的基因表达差异,为NTNG患者提供相当数量的与细胞外基质、细胞因子、受体信号转细胞信号传递等相关的差异表达基因,为NTNG早期诊断和治疗提供了线索。     

应用基因芯片技术研究非毒性结节性甲状腺肿基因表达的初步研究

目的筛查非毒性结节性甲状腺肿(NTNG)相关基因,探讨NTNG发生机制。方法分别抽提NTNG患者甲状腺组织及正常甲状腺组织总RNA,逆转录合成相应以Cy5和Cy3标记的探针与基因表达谱芯片进行杂交,扫描芯片荧光信号图像,用对扫描图像进行数字化处理和分析。利用实时荧光定量PCR技术对筛选出的部分表达差异明显的基因进行验证。结果筛选出表达差异明显的基因48个,其中NTNG组中表达上调的基因36条,表达下调的基因12条。荧光定量PCR结果与基因芯片一致。结论 NTNG患者甲状腺组织与正常甲状腺组织之间存在明显的基因表达差异,为NTNG患者提供相当数量的与细胞外基质、细胞因子、受体信号转细胞信号传递等相关的差异表达基因,为NTNG早期诊断和治疗提供了线索。     

表达谱基因芯片筛选肝癌细胞中ATRA下游基因的应用研究

目的：全反式维甲酸( All Trans-Retinoic acid, ATRA)处理肝癌细胞系HepG2细胞后进行表达谱基因芯片技术分析,探索其对肝癌细胞基因表达谱的影响。方法80μmol/L的全反式维甲酸处理HepG2细胞24 h后,提取细胞的mRNA,应用基因表达谱芯片技术对差异表达的mRNA进行检测和分析,以等体积无水乙醇处理作为对照组。结果全反式维甲酸处理HepG2细胞后,共筛选出661个差异表达基因,这些差异基因与肿瘤细胞的信号转导、增殖分化等都有密切的关系。结论成功的应用表达谱芯片技术筛选出ATRA处理细胞后的差异表达基因,为进一步探讨ATRA对肝癌细胞的作用机制奠定了基础,也为临床应用ATRA诱导肝癌分化提供理论依据。     

基因芯片在肾癌相关基因研究中的应用

目的 :通过研究人肾癌组织和癌旁正常组织中差异表达的基因 ,寻找肾癌相关基因以用于诊断和治疗。方法 :以包含8000个cDNA基因表达谱芯片研究一组肾癌组织样本的基因表达谱。按一步法抽提肾癌和对照组癌旁正常组织的总RNA并纯化mRNA ;将等量的对照组组织和肾癌组织mRNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA—链做探针 ,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像 ,计算后分析比较两种组织中差异表达的基因。结果 :共筛选出差异表达基因95条 ,其中未知基因44条。结论 :基因芯片在筛选肾癌相关基因的改变具有快速、高通量、灵敏的特点 ,肾癌在细胞代谢、信号转录、蛋白合成的相关基因方面有异常表达     

丙泊酚对新生小鼠海马组织基因表达谱的影响研究

目的 通过生物信息学分析丙泊酚对新生小鼠海马组织基因表达谱的影响,对差异表达基因(DEGs)涉及的功能进行预测,并找出关键的差异表达基因,为后续的机制研究提供理论基础.方法 从基因芯片公共数据库(GEO)中获取丙泊酚处理的新生小鼠海马组织基因表达谱数据集GSE106799,以|logFC|＞1及FDR＜0.05为筛选标...     

肝硬化及肝癌组织共同差异基因表达的筛选

目的 筛选肝硬化和肝细胞癌(HCC)共同表达的差异基因.方法 按TRIzol法分别抽提2例肝硬化、2例HCC和1例正常肝组织总RNA,逆转录合成掺人生物素标记cDNA合成探针,应用基因芯片进行肝硬化及HCC的相关基因表达谱差异分析,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析,比较三种组织基因表达谱差异.结果 发现2例肝硬化组织中共有1424条基因(9.82%)表达差片;2例HCC组织中共有2756条基因(19.01%)表达差异;而2例肝硬化与2例HCC组织中有851条基因(5.87%)共同表达差异,其中共同上调基因有649条,共同下调基因有202条.结论 基因芯片技术能快速筛选肝硬化及HCC相关基因,分析这些共同差异性表达的基因,为阐明肝硬化及HCC复杂的生物学特性与基因表达之间的内在联系,寻找识别肿瘤的标记物提供了可能.     

非小细胞肺癌患者外周血中淋巴细胞肝素酶基因表达与淋巴结转移的关系

目的探讨非小细胞肺癌（NSCLC）患者外周血中淋巴细胞肝素酶基因表达与淋巴结转移的关系。方法采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）技术对62例NSCLC患者手术前、后外周血及15例正常人外周血中淋巴细胞肝素酶表达水平进行检测。结果 28例淋巴结转移患者肝素酶基因阳性表达率89.29%（25/28）,34例无淋巴结转移的患者肝素酶基因阳性表达率89.29%（25/28）,差异有统计学意义（P〈0.01）,而15例正常人外周血中淋巴细胞肝素酶均呈阴性表达。25例有淋巴结转移的肝素酶基因阳性NSCLC患者手术前、后外周血中淋巴细胞肝素酶基因表达水平高于10例无淋巴结转移的肝素酶基因表达水平,差异有统计学意义（P〈0.01）;而手术前后外周血中淋巴细胞肝素酶基因表达水平差异无统计学意义（P〉0.05）,鳞癌患者手术前后外周血中淋巴细胞肝素酶基因阳性表达率低于腺癌患者,差异有统计学意义（P〈0.05）。结论 NSCLC患者外周血中淋巴细胞肝素酶基因表达水平与非小细胞肺癌淋巴结转移有关,它可能成为预测非小细胞肺癌转移与否的指标。     

胃癌组织中SEL1L和c-erbB-2的表达及其临床意义

目的探讨人sel-1样(SEL1L)基因和癌基因c-erbB-2在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法采用免疫组化方法检测SEL1L和c-erbB-2在96例胃癌组织中的表达。结果胃癌组织中SEL1L基因的阳性表达率为84.4%(81/96);其表达与胃癌组织的分化程度显著相关(P=0.001),而与年龄、性别、肿瘤大小、浸润深度、淋巴结转移及TNM分期无关(P>0.05)。c-erbB-2的阳性表达率为70.8%(68/96);其表达与胃癌组织的分化程度、浸润深度、淋巴结转移及TNM分期相关(P=0.002,P<0.05),而与年龄、性别、肿瘤大小无关(P>0.05)。SEL1L和c-erbB-2的表达显著正相关(r=0.568,P<0.01)。结论 SEL1L和c-erbB-2在胃癌组织中均有较高表达;联合检测SEL1L基因和c-erbB-2可作为识别胃癌高风险患者的生物标记物。     

脐血干细胞分化的巨核细胞信号转导基因表达的分析

目的研究脐血干细胞向巨核细胞分化后信号转导基因表达的改变。方法分别收集同一份脐血分化培养前CD34＋细胞和培养后CD41＋细胞,提取总RNA。用基因芯片技术比较两组之间的基因表达差异,并用RT-PCR技术验证芯片结果。结果芯片分析结果显示,共筛选出3522个差异基因,其中上调1705个,下调1817个。3522个差异基因中,与细胞信号相关的基因有343个,与转录调节相关的有150个,与分化相关的有21个。其中,CD61基因的表达增加了369.83倍,CD41基因的表达增加27.38倍,PF4基因的表达增加24.06倍;MAPKs、GPCRs（G蛋白偶联受体）、RAS家族相关的基因多数表达上调;与STAT通路相关的基因中,SOCS1、JAK2表达上调,STAT5A表达下调。结论TPO等造血生长因子可能主要通过GPCRs-Ras-MAPK途径,促进脐血干细胞向巨核细胞系增殖、分化。     

风湿性二尖瓣狭窄患者外周血细胞因子的基因表达谱

目的 利用基因芯片技术。比较风湿性二尖瓣狭窄病人和健康人外周血细胞因子基因表达的差异，从整体上认识风湿性二尖瓣狭窄的心脏瓣膜病的细胞因子表达状况。方法 单纯性二尖瓣狭窄的病人3人，以健康人5人作为对照，应用Trizol法分别提取他们的外周血总RNA，逆转录合成cDNA，用Cy5、Cy3分别标记病人、对照组的cDNA。混合后在细胞因子表达谱芯片上杂交。结果经对原始数据的标准化和SAM芯片数据软件的应用，获得CXCR4，RGS2和IRAK13种显著性差异表达的细胞因子基因，均为表达上调的细胞因子基因．并对各自的作用进行归纳、分析。结论 获得风湿性二尖瓣狭窄外周血细胞因子的基因表达图谱，并证实了风湿性二尖瓣狭窄的心脏瓣膜病是炎症反应和抗炎反应相互作用的结果，为进一步临床研究该病与细胞因子的关系提供一定的方向。     

Data mining of microarray for differentially expressed genes in liver metastasis from gastric cancer

Tumor metastasis is the leading cause of death for gastric cancer. Metastasis is the main reason for the failure of clinical treatment for gastric cancer. In order to find metastasis-related genes and abnormal signal transduction pathway of high-invasive gastric cancer, samples of gastric cancer with liver metastasis were collected for microarray detection; up-regulated or down-regulated genes in all three cases were simultaneously screened out. Subsequently, from the preliminary screened genes, molecular pathways possibly impacting liver metastasis from gastric cancer were investigated by the Gene Cluster with Literature Profiles (GenCLip) analysis software. Many biological effects including apoptosis have been validated. Functional analysis of differentially expressed genes revealed that a variety of biological pathways, such as blood circulation and gas exchange, vasodilation and vasoconstriction regulation, and immune defense, could be significantly activated. Besides, gene sequences, specific keywords or gene regulatory networks were further searched by GenCLiP. We conclude that data mining allows to quickly identify a series of special signal transduction pathways involving abnormally expressed genes.     

应用cDNA微阵列对MDS骨髓细胞基因表达谱的初步研究

目的应用cDNA微阵列初步研究骨髓增生异常综合征(MDS)的基因表达谱。方法将2例患骨髓单个核细胞RNA各取等量混合后进行逆转录Cy5标记，和Cy3标记的正常对照cDNA混合，然后与H141微阵列杂交。结果H141s芯片中共点样13484个基因克隆，其中1064个靶克隆是针对同一基因内不同序列的cDNA片段，重复点样至少2次，表达结果在2张芯片内各自完全一致的分别为625个(58．7％)和630个(59．2％)，而2张芯片之间对应位置点检测结果完全相同的为783个(73．6％)。MDS患存在表达差异的基因为409个，其中101个基因参与造血调控，主要涉及转录因子、细胞周期调节蛋白、代谢相关基因、表面黏附分子等。结论cDNA微阵列可高效提供丰富的基因表达信息，并为深入研究MDS的发病分子机理提供线索。重复点样实验可降低微阵列操作过程引起的表达偏差。     

CD105和细胞间粘附分子-1在胃癌中的表达及意义

目的研究CD105在胃癌新生血管中的表达及胃癌患者胃癌组织及外周血中细胞间粘附分子-1（ICAM-1）的表达,探讨其在胃癌生长、转移和判断预后中的临床价值。方法以鼠抗人CD105单克隆抗体应用免疫组织化学染色法检测胃癌及正常组织中的微血管密度（MVD）,采用免疫组织化学染色和酶联免疫吸附法分别检测胃癌患者胃癌组织和外周血中ICAM-1的水平。结果 MVD和ICAM-1在胃癌组明显高于对照组,在胃癌组中MVD和ICAM-1与浸润深度、淋巴结转移和TNM分期有关（P〈0.05或〈0.01）,和肿瘤分化程度无关（P〉0.05）。结论以CD105标记的MVD和ICAM-1可作为反映胃癌生物学行为的客观指标,为临床判断胃癌的生长、转移、分期及预后提供一定的依据。     

食管-胃结合部腺癌的表达基因谱变化

目的 探讨食管-胃结合部腺癌的表达基因谱.方法 采用基因表达谱芯片Affymetrix U133A2.0对5例手术切除的食管-胃结合部腺及正常胃黏膜标本的基因表达谱进行分析.结果 食管-胃结合部腺癌与正常胃黏膜相比较,差异表达基因(2倍以上)共773个.其中,上调的基因有364个,下调的基因有409个.这些相关基因的功能涉及凋亡、细胞信号转导、细胞周期、离子通道及运输、代谢、细胞骨架等方面.结论 初步筛选出与食管-胃结合部腺癌相关的多种功能基因,为研究食管-胃结合部癌的发病机制提供了可能候选基因.     

基因芯片筛查Ⅰb2～Ⅱb期宫颈鳞癌新辅助化疗前后差异表达基因

目的应用基因芯片技术筛查山西地区宫颈鳞癌Ⅰb2~Ⅱb期癌组织新辅助化疗(NACT)前后特异性差异表达基因,全面客观地描绘出NACT在宫颈鳞癌Ⅰb2~Ⅱb期的主要作用途径及机制。方法利用全基因组差异表达芯片对NACT前后癌组织差异表达基因进行筛查后将差异表达基因系统归类并应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法验证。结果筛选出差异表达的基因823个,显著变化(2±3)倍的有75个,(2±3)倍以上增高表达的48个;(2±3)倍以下降低表达的27个,分属于原癌基因、抑癌基因、凋亡基因、核增殖因子、生长因子及血管增殖因子,信号转导因子,金属基质蛋白酶类,转录因子等。RT-PCR法验证结果与芯片结果相一致。结论NACT前后基因表达谱存在较大差别,NACT主要通过抑制癌细胞增殖分化,促进其凋亡,降低癌细胞代谢速率、控制金属基质蛋白酶的水解防止癌细胞扩散,抑制癌细胞血管增殖,减少血流等多方面作用于癌组织,从而达到其临床疗效。