人感染高致病性禽流感病毒H5N1核酸检测方法的建立及应用

目的 建立人感染高致病性禽流感病毒H5N1的核酸检测方法,用于人感染高致病性禽流感病毒疑似病例临床标本的检测.方法 针对甲型流感病毒保守基因M设计RT-PCR和real-time PCR引物检测是否为甲型流感病毒,同时针对H5N1禽流感病毒设计针对H5和N1基因的特异性RT-PCR和real-time PCR引物作亚型检测,建立禽流感H5N1病毒RT-PCR和real-time PCR检测方法.结果 本研究建立的RT-PCR和real-time PCR方法可以特异性地检测H5N1病毒,并且与人流感病毒H1、H3没有交叉反应.RT-PCR检测方法灵敏度可到1TCID50,real-time PCR灵敏度可达0.01TCID50.利用上述方法检测人感染高致病性禽流感病毒H5N1疑似病例临床标本,从42例不明原因肺炎病例中检测出阳性标本13例.结论 本研究建立的RT-PCR和real-time PCR方法可以用于人感染高致病性禽流感病毒H5N1临床标本的实验室检测.     

应用巢式RT-PCR扩增HA和NA基因片段并测序鉴定甲型H1N1流感病毒

目的 建立一种利用巢式RT-PCR特异扩增HA和NA基因片段并测序鉴定甲型H1N1流感病毒的技术.方法 设计两套共7条特异引物,通过巢式RT-PCR分别扩增甲型H1N1流感病毒HA和NA基因片段并测序,所得序列与人感染甲型流感病毒主要HA和NA亚型序列进行进化树分析以对结果作进一步鉴定,蛋白序列比对后分析其特征.结果 4例甲型H1N1流感患者流感病毒HA和NA基因RT-PCR扩增均分别得到442 bp和543 bp片段产物.核苷酸序列进化分析表明,该4例患者HA和NA序列分别与2009年爆发的甲型H1N1流感病毒HA及NA序列聚集在一起,与季节性H1、H2、H3、人禽流感H5亚型及季节性N1、N2、人禽流感N1亚型特异分开.蛋白序列分析表明,4例患者流感病毒HA蛋白裂解位点附近氨基酸序列均为PSIQSR↓GLF,不具有高致病性流感病毒的特性,NA蛋白第275位氨基酸为His,未出现H275Y的耐药变异.结论 本方法能特异扩增甲型H1N1流感病毒HA和NA基因片段,测序后可用于甲型H1N1流感病毒的进一步鉴定;同时,得到的序列也可用于流感病毒致病力及耐药性的分析.     

潜在的流感大流行病毒:H9N2禽流感病毒

流感是一种由甲(A)、乙(B)和丙型(C)流感病毒引起的急性呼吸道传染病.根据甲型流感病毒的包膜糖蛋白,病毒可以分为1 ～16个血凝素(HA)和9个神经氨酸酶(NA)亚型,而这些均可从水禽体内分离出来[1].最近,人们又从蝙蝠的体内发现了H17亚型,但未能成功分离出病毒.按照病毒的致病性来分,可以将所有的H1-16亚型禽流感病毒分为高致病性、低致病性和无致病性禽流感病毒[2].至今为止,人们仅发现H5和H7两种高致病性禽流感病毒.H5、H9和H7等禽流感病毒被证实能够偶尔感染人[3].     

北京市房山区2014-2015年流感病原学监测结果分析

目的 通过对北京市房山区2014-2015年流感病原学的监测结果进行分析,了解房山区流感病毒的流行特征.方法 采集房山区哨点医院流感样病例的咽拭子标本1 339份,用荧光定量PCR法检测核酸及亚型,同时进行流感病毒分离及血凝实验(HA)检测.结果 2014年1月6日-2015年12月28日,共采集1 339份流感样病例咽拭子,荧光定量PCR法检测核酸阳性数为215例(阳性率为16.06％),其中甲型H1N1流感病毒32株,甲型H3N2流感病毒107株,乙型流感病毒76株.病毒分离阳性数为148例(阳性分离率为11.05％).本年度第2-6周和第48-52周流感阳性率较高,且第2-6周以甲型H1N1和乙型流感病毒为主,第48-52周以甲型H3N2流感病毒为主.结论 房山区2014-2015年流感高发季节为第2-6周和第48-52周,上半年致病病原体以甲型HIN1流感病毒和乙型流感病毒为主,下半年以H3N2流感病毒为主,不同性别之间各亚型流感病毒的阳性率构成比无统计学差异(P＞ 0.05).     

北京市甲型H1N1型流感病毒基因检测与流行趋势分析

目的 通过对甲H1N1型流感病毒基因的检测分析,揭示其基因变异情况及探讨甲型流感病毒的流行趋势,为甲型流感的防控提供理论依据.方法 样本为患者鼻咽部的粘膜上皮细胞和分泌物.取200μL标本置于核酸分离纯化系统中提取核酸,然后以LightCycler 480 PCR仪进行核酸扩增,最后分析曲线判断结果.每份标本均对甲型H1N1流感病毒基质蛋白基因（M基因）、核蛋白基因（NP基因）、血凝素基因（HA基因）、人类的RNA酶P基因（RNase P基因）进行检测和分析.结果判定：M基因、NP基因、HA基因、RNase P基因均阳性,为真阳性;HA基因阴性,其它三种基因阳性,为可疑阳性.结果 共检测3673份样本,其中,阴性2404份,甲型流感阳性样本共1269份,阳性率34.5％;阳性样本中季节性甲型流感641份,占50.5％;甲型H1N1流感阳性628份,占49.5％（真阳性433份,占68.9％,可疑阳性195份,占31.1％）.在整个流行季,真阳性与可疑阳性在相同时间的检出率比值基本不变.甲型H1N1检出高峰在10月,季节性甲流则分别在9月和12月.中青年人群的阳性检出率为57.5％,儿童为39.9％,而60岁以上的老年人仅占2.6％.结论 甲型H1N1流感以M、HA、NP、RNaesP四种基因阳性毒株为主,其流行高峰出现在10月份,感染人群以中青年和儿童为主.     

流感/禽流感病毒及其致病力鉴别的基因芯片技术研究

目的 建立流感/禽流感病毒及其致病力鉴别的基因芯片检测技术.方法 以血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、核蛋白(NP)基冈作为靶片段,设计病毒检测和致病力特异性鉴别探针,建立基因芯片鉴别检测技术,采用单引物扩增法(SPA)处理样本核酸,分别对此芯片进行特异性、敏感性和符合率评价.结果 此芯片能够特异性的检测H1N1、H3N2、B型流感病毒及H5N1、H9N2禽流感病毒,敏感性分别为8HAU、16HAU、32HAU及8HAU、8HAU.致病力鉴别探针敏感性为32HAU.同RT-PCR方法比较,检测灵敏度为83.9%.结论 建立的常见流感病毒检测基因芯片特异性高、敏感性高、灵敏度高,更能够对致病力进行有效甄别,可作为临床诊断、传染病防控等方面的有益补充.     

2009年泉州市H1N1流感监测及基因特性分析

目的 了解2009年泉州地区H1N1流感监测情况,分析泉州市H1N1流感病毒的HA和NA基因特征,探讨该病毒的遗传变异及分子特性.方法 对泉州市H1N1流感监测期间的病人咽拭子采用real-time RT-PCR方法检测病毒核酸,MDCK细胞培养进行病毒分离、鉴定,并提取其中2株代表性毒株病毒RNA;采用RT-PCR扩增病毒HA和NA基因,纯化产物进行核苷酸序列测定;用DNAStar Megalign软件进行序列分析.结果 1020份咽拭子中有200份为H1N1流感病毒核酸阳性,70份季节性流感病毒核酸阳性,其中53份为H3N2亚型,14份为H1N1亚型,3份为B型,并分离到29株甲型H1N1流感病毒株.HA基因经核苷酸序列测定显示,该毒株与北美流行株高度同源,由HA基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/59/2007相比,有22个位于抗原决定簇的氨基酸位点发生变异,但受体结合特异性仍为人样受体.NA基因耐药性位点分析,显示对达菲药物依然敏感.结论 2009年泉州市H1N1流感流行毒株与北美流行株高度同源,相对于疫苗代表株出现了HA蛋白抗原性的改变.     

反向斑点杂交检测甲/乙型流感病毒及其基因分型的方法研究

目的建立一种特异、灵敏的检测甲/乙型流感病毒并对其进行基因分型的反向斑点杂交方法。方法应用生物软件针对甲/乙型流感病毒的膜蛋白（Matrix Protein）基因和血凝素（Hemagglutinin,HA）基因的保守区域设计引物及探针,通过优化PCR和杂交的反应条件,建立检测甲/乙型流感病毒并对其进行基因分型的反向斑点杂交方法,验证方法的特异性和敏感性,并与直接免疫荧光法分别对相同的临床咽拭子标本进行检测,比较两者的检测结果,以评价该方法的临床应用价值。结果该方法对甲/乙型流感病毒的检测具有特异性,对呼吸道合胞病毒、柯萨奇病毒A型、副流感病毒3型、鼻病毒和腺病毒3型均无交叉反应,检测灵敏度为102～103copies/μL。在111例发热门诊病人的咽试子标本中,免疫荧光检测出3例甲型流感病毒、0例乙型流感病毒,阳性率为2.7%;反向斑点杂交检测出3例甲型流感病毒,其中1例H1、2例H3、0例H5、0例H9,4例乙型流感病毒,阳性率为6.3%。结论初步应用结果表明,本研究建立的检测甲/乙型流感病毒并对其进行基因分型的反向斑点杂交方法具有特异、灵敏的特点,为该方法的后续临床应用奠定基础。     

2012-2015年北京市顺义区流感监测结果分析

目的 分析顺义区2012-2015年流感病毒核酸的监测结果,掌握流感流行规律.方法 用实时定量PCR法对采集的流感样病例标本进行核酸检测.结果 2012年9月-2013年8月共检测流感样病例标本1040份,核酸检测阳性标本95例,阳性率为9.13％,高峰出现在12月-次年1月,主要以H3N2和新甲型H1N1流感病毒为主;2013年9月-2014年8月共检测流感样病例标本889份,核酸阳性标本138例,阳性率为15.52％,流行高峰出现在1-3月,以H3N2和甲型H1N1流感、乙型流感病毒为主.在2014年9月-2015年8月共检测流感样病例标本798份,核酸阳性标本151例,阳性率为18.92％,流行高峰出现在2014年11月-2015年4月份,以H3N2和乙型流感为主.检测阳性率最高的为60岁以上人群,其次是5-14岁组.结论 2012-2015年,顺义区新甲型H1N1亚型、H3N2亚型、乙型流感均有流行,且各年度优势毒株不一.     

一起甲型H1N1流感疫情病原检测及其HA与NA基因特性研究

目的 确认引起一起流感暴发疫情的病原,阐明该病原的血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)的特性.方法 疫情中最早出现流感样症状病例的咽拭子样本用real-time RT-PCR方法检测甲型H1N1流感病毒核酸,采用鸡胚分离法进行病毒培养,选取两病毒分离株进行HA和NA核苷酸序列测定,并进行基因特性分析.结果 此次流感疫情是由甲型H1N1流感病毒引起的,其HA和NA基因均与参比毒株的HA和NA基因高度同源,NA基因没有发生H274Y突变.结论 本研究的甲型H1N1流感病毒分离株为疫苗亲本株和中国分离株的类似株,对神经氨酸酶抑制剂类药物(如达菲)敏感.     

Genome-sequenee Analysis of the Pathogenic H5N1 Avian Influenza A Virus Isolated in China in 2004

Analysis of the sequences of the genome of the avian influenza A/chicken/Hubei/327/2004 (H5N1) virus, isolated from a poultry farm during the outbreak of avian influenza (AI) in Hubei Province, central China, in the spring of 2004, revealed that the hemagglutinin (HA) gene of the virus was genetically similar to those of the H5 highly pathogenic avian influenza virus (HPAI). Notably, the neuraminidase gene of the virus had a 20-amino acid deletion in the stalk region and a 5-amino acid deletion in the NS gene which belonged to allele B. Furthermore, the internal genes (PB2, PA, NP, M2) of the A/chicken/Hubei/327/2004 virus with the particular amino acid residues were more closely related to H5N1 viruses of 2000–2003 isolated in Hong Kong and the AIV of Thailand and Vietnam in 2004, but less likely to evolve from the viruses of Hong Kong 1997. Finally, our results demonstrated that the influenza A/chicken/Hubei/327/2004 (H5N1) virus was similar to those of the AI viruses isolated from Hong Kong (2000–2003), Vietnam, and Thailand rather than the viruses from the 1997 lineage of Hong Kong and with closest genetic relatives to the influenza A/Chicken/Hong Kong/61.9/02 (H5N1) virus. These data suggest that the influenza A/chicken/Hubei/327/2004 (H5N1) virus which circulated in central China derived its internal gene from a virus similar to the influenza A/Chicken/Hong Kong/61.9/02 (H5N1) virus.     

采用反向遗传学技术构建H5亚型禽流感疫苗株

目的构建重组H5亚型禽流感疫苗株。方法采用RT-PCR技术，分别扩增鹅源高产禽流感病毒A／Goose／Dalian／3／01（H9N2）的6条内部基因片段、高致病性禽流感病毒株A／Goose／HLJ／QFY／04（H5N1）的血凝素（HA）基因和N3亚型参考株A／Duck／Germany／1215／73（H2N3）的神经氨酸酶（NA）基因，并对HA1和HA2连接肽处的5个碱性氨基酸（R-R-R-K-K）的编码序列进行缺失与修饰，然后分别构建这8个基因的转录与表达载体，将其共转染293T／MDCK混合培养细胞单层，对拯救出的重组病毒进行表型分析。结果利用反向遗传学技术拯救出了全部基因都源于禽流感病毒的疫苗株，其基因序列符合设计要求包括删除HA基因的毒力相关序列，疫苗株的表型为H5N3。结论构建成功重组禽流感疫苗株rH5N3，为制备H5亚型禽流感疫苗打下了坚实的基础。     

Vaccinia virus expression and sequence of an avian influenza nucleoprotein gene: potential use in diagnosis

Summary The nucleoprotein (NP) gene from avian influenza strain A/Shearwater/Aust/1/72 (H6N5) was cloned, sequenced, and expressed in vaccinia virus for the production of potent sera in immunised rabbits. The NP gene is 1565 bp and shares >95% amino acid sequence identity with other NPs of the avian subtype. The recombinant NP expressed by vaccinia virus comigrated with endogenous A/Shearwater/Aust/1/72 NP by Western blot analysis. Polyclonal rabbit sera raised against recombinant NP was evaluated in an antigen capture ELISA system as a potential diagnostic tool for the detection of avian influenza. All type A strains, comprising several HA and NA subtypes, but not type B nor other avian viruses, were detected.     

2016-2018年长沙市人群及活禽市场环境H5N6亚型禽流感病毒监测分析

目的开展2016-2018年长沙市人群感染和活禽市场(live poultry markets,LPMs)环境污染H5N6亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)监测,为防控人感染H5N6亚型AIV提供实验室数据。方法采集2016-2018年长沙市流感样病例和不明原因肺炎病例咽拭子6909份及LPMs环境样品1719份,利用实时RT-PCR进行A型、H5、H7、H9和N6亚型AIV核酸扩增,并对82份AIV核酸阳性样品进行高通量核苷酸测序,然后对测序结果进行BLAST比对和氨基酸(amino acids,aa)关键位点分析。结果从6909份病例的咽拭子样品中检出H5N6亚型AIV核酸阳性1份,从1719份LPMs环境样品中检出A型AIV核酸阳性927份(53.93%),H5N6亚型AIV核酸阳性193份(11.23%)。高通量核苷酸测序获得14株H5N6亚型AIV的基因组序列,aa关键位点分析显示病毒血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白连接肽第338~347位出现6个碱性aa,对禽表现为高致病性的分子特征,受体结合位点(receptor binding site,RBS)第238~240位aa(对应H3型流感病毒第226~228位编码aa)为QSG或QRG,受体特征为禽源。神经氨酸酶(neuraminidase,NA)蛋白第290位耐药基因位点aa未出现R290K突变现象,对NA抑制剂(达菲/磷酸奥司他韦)敏感;病毒PB2蛋白发生E627K和D701N(I)突变,表明病毒致病力强。结论长沙市人群感染H5N6亚型AIV为偶发,LPMs环境H5N6亚型AIV污染较重,需要进一步加强LPMs环境AIV监测。     

H9N2禽流感病毒一步法双重荧光RT-PCR检测方法的建立

目的 建立一种可同时检测禽流感病毒H9N2的HA和NA基因一步法双重荧光RT-PCR方法.方法 针对H9N2禽流感病毒的HA和NA基因保守区,设计相应的特异性引物以及探针,优化检测体系及反应条件,建立一步法双重荧光定量RT-PCR方法.对该方法的灵敏度、特异性、稳定性进行验证与评估,并对家禽粪便标本进行应用检测,以单重实时荧光RT-PCR方法作为参照,检测结果不一致的样本采用测序进行验证.结果 该方法特异性强,与H1、H3、H5、H7亚型禽流感病毒、鸡新城疫及鸡传染性支炎病毒均无交叉反应,对HA和NA基因的最低检出限分别可达50拷贝/μL和25拷贝/μL,组间与组内的变异系数在0.20 ～0.79％之间.对82份粪便标本进行检测,H9N2禽流感病毒的阳性率为8.14％ (7/82),与单重实时荧光RT-PCR法检测结果一致.结论 该方法特异性强、灵敏度高、稳定性好,可应用于临床禽流感样本的检测.     

Avian influenza A virus H7N9 in China,a role reversal from reassortment receptor to the donator

Reassortment can introduce one or more gene segments of influenza A viruses (IAVs) into another, resulting in novel subtypes. Since 2013, a new outbreak of human highly pathogenic avian influenza has emerged in the Yangtze River Delta (YRD) and South-Central regions of China. In this study, using Anhui province as an example, we discuss the possible impact of H7N9 IAVs on future influenza epidemics through a series of gene reassortment events. Sixty-one human H7N9 isolates were obtained from five outbreaks in Anhui province from 2013 to 2019. Bioinformatics analyses revealed that all of them were characterized by low pathogenicity and high human or mammalian tropism and had introduced novel avian influenza A virus (AIV) subtypes such as H7N2, H7N6, H9N9, H5N6, H6N6, and H10N6 through gene reassortment. In reassortment events, Anhui isolates may donate one or more segments of HA, NA, and the six internal protein-coding genes for the novel subtype AIVs. Our study revealed that H7N9, H9N2, and H5N1 can serve as stable and persistent gene pools for AIVs in the YRD and South-Central regions of China. Novel AIV subtypes might be generated continuously by reassortment. These AIVs may have obtained human-type receptor-binding abilities from their donors and prefer binding to them, which can cause human epidemics through accidental spillover infections. Facing the continual threat of emerging avian influenza, constant monitoring of AIVs should be conducted closely for agricultural and public health.     

高致病性禽流感病毒血凝素基因定点突变及其原核表达

目的改构高致病性禽流感病毒血凝素基因,建立有效的原核表达体系。方法利用位点特异PCR突变技术同义突变HA1基因中的稀有密码子,将改构的HA1基因克隆到pGEX-4T-1载体中建立4T-1-HA1-m 重组表达质粒,然后转入E·coliBL21DE3中并用IPTG诱导表达HA1-GST融合蛋白,SDS-PAGE电泳检测目的蛋白,Western印迹分析表达产物的免疫活性。结果改构的HA1基因能够在大肠埃希菌中有效表达,表达产物能与H5N1亚型高致病性禽流感病毒免疫鼠血清特异性结合。结论提示高致病性禽流感病毒血凝素基因经位点特异PCR突变技术改构后,可以在大肠埃希菌中表达出有免疫活性的血凝素蛋白。