蛋白质组学方法筛选维甲酸耐药相关蛋白

目的比较维甲酸耐药细胞与敏感细胞的差异蛋白表达谱,分析、筛选维甲酸耐药相关蛋白。方法双向凝胶电泳分离维甲酸耐药细胞株MR2及维甲酸敏感细胞株NB4的全蛋白,经PDQuestv 7．1分析软件筛选出差异表达的蛋白质点,质谱分析获得差异蛋白质的肽质量指纹图谱,以此通过Mascot软件查询SWISS-PROT蛋白数据库,进行差异蛋白质的鉴定,获得候选维甲酸耐药相关蛋白。采用蛋白质印迹试验及半定量RT-PCR在蛋白水平和mRNA水平对差异蛋白质进行验证。结果获得了分辨率高、重复性好的APL细胞的双向电泳图谱,维甲酸耐药细胞株MR2及维甲酸敏感细胞株NB4的pH4-7双向凝胶电泳图谱显示平均蛋白点分别为890±45和912±56。在二者间分析到57个差异蛋白点,23个蛋白点在RA耐药细胞株MR2中上调,34个蛋白点下调。25个差异蛋白点经质谱鉴定,17个获得成功鉴定,对应于13个不同分子,其中一个是未知功能的新蛋白FLJ00279,其余分属于癌蛋白（DJ-1）,转录相关蛋白（MYC启动子结合蛋白1）,分子伴侣热应激蛋白（HSP）HSPT0、HSP60及蛋白质二硫键异构酶],代谢类蛋白（抑制素、磷酸丙糖异构酶1及钙网蛋白）和信号转导（Rho GDP dissociation inhibitor beta）以及细胞骨架蛋白（ACTG1蛋白、β-5-微管蛋白抑制素及角蛋白10）。癌蛋白DJ-1、calreticulin、HSP60及ACTG1在RA耐药细胞株MR2中为高表达,其余为低表达。蛋白印迹试验结果与双向电泳结果一致且展现了DJ-1和calreticulin在多个异构体上有差异表达。但半定量RT-PCR显示HSP70和HSP60的蛋白质表达差异与其mRNA水平变化无相关一致性。两种实验结果提示翻译后蛋白的修饰或剪切介导了蛋白的表达差异。结论应用双向凝胶电泳连接质谱的蛋白质组学方法筛选到新蛋白FLJ00279以及功能已知的DJ-1、calreticulin、HSP70、HSP60、抑制素及MYC启动子结合蛋白1等维甲酸耐药相关蛋白,虽然它们与维甲酸耐药的直接关系还需进一步证实,但为从多因素角度上认识维甲酸耐药机制提供了新的线索。

Screening proteins related to retinoic acid resistance by proteomic analysis