| 基于混合测序策略的两品种当归中类黄酮调控基因差异分析 |
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| 引用本文： | 徐丽,朱田田,晋玲,康舒淇,张明惠,王圆圆. 基于混合测序策略的两品种当归中类黄酮调控基因差异分析[J]. 中国实验方剂学杂志, 2023, 29(1): 141-147 |
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| 作者姓名： | 徐丽 朱田田 晋玲 康舒淇 张明惠 王圆圆 |
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| 作者单位： | 1.甘肃中医药大学，兰州 730000;2.西北中藏药省部共建协同创新中心，兰州 730000;3.甘肃省珍稀中药资源评价与保护利用工程研究中心，兰州 730000 |
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| 基金项目： | 甘肃省科技计划项目（20JR5RA182）；道地药材生态种植及质量保障项目（国中医药科技〔2020〕153号）；甘肃省教育科技创新项目（GSSYLXM-05）；甘肃中医药大学科学研究与创新基金项目（2021KCZD-4）；西北中藏药省部共建协同创新中心开放基金（Xbzzy202207） |
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| 摘 要： | 目的 比较2个不同茎叶色当归品种岷归1号与岷归2号转录水平差异。方法 以2种颜色当归的新鲜叶片（带叶柄）和上端茎为材料，采用混合测序策略，应用全长转录组技术构建当归无参全长转录本文库，利用RNA-seq技术对两品种进行差异基因表达分析，再利用公共数据库对差异基因的生物学功能进行注释和精细分类，筛选调控当归茎叶色差异的主要候选基因。结果 当归转录本的测序结果良好，测序数据质量较高，当归全长转录本的34 528条序列在非冗余蛋白（NR）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）、SwissProt及KOG数据库中分别注释到33 947、33 241、29 150和22 601条。对两品种当归差异表达基因（DEGs）进行精细分类，具有生物学功能和分子功能的705个DGEs可分为11类，主要富集在初级代谢（17.87%）、逆境响应（14.47%）、次级代谢（11.49%）等功能上，与颜色有关的差异表达基因主要集中在类黄酮生物合成途径上。结论 两品种当归茎叶颜色差异的主要原因可能与调控类黄酮的生物合成基因的表达差异有关，可为后续进行功能验证，进一步明确与当归主要药效成分之间的联系奠定基础。
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| 关 键 词： | 当归 全长转录组 RNA测序技术 类黄酮生物合成 差异表达基因 |
| 收稿时间： | 2022-05-03 |
Differential Analysis of Flavonoid-regulated Genes in Two Cultivars of Angelica sinensis Based on Hybrid Sequencing Strategy |
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| XU Li,ZHU Tiantian,JIN Ling,KANG Shuqi,ZHANG Minghui,WANG Yuanyuan. Differential Analysis of Flavonoid-regulated Genes in Two Cultivars of Angelica sinensis Based on Hybrid Sequencing Strategy[J]. China Journal of Experimental Traditional Medical Formulae, 2023, 29(1): 141-147 |
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| Authors: | XU Li ZHU Tiantian JIN Ling KANG Shuqi ZHANG Minghui WANG Yuanyuan |
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