摘 要: | 目的探索胶质母细胞瘤(GBM)发生发展过程中发生差异表达的基因并初步探讨其功能及作用, 以明确影响GBM生物学行为的靶基因。方法应用GEO2R在线分析从基因表达综合数据库(GEO)中获取的GSE70231数据集的原始基因表达谱, 从而得到差异表达基因;应用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;应用STRING数据库构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络, 然后应用Cytoscape中的插件cytoHubba和MCODE分析PPI网络, 从而获取靶基因;应用基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库中样本数据的GEPIA在线分析靶基因在GBM组织中的表达情况及其对患者总生存期的影响, 最后应用人体组织的RNA-seq数据集GSE50021验证筛选出来的靶基因。结果共筛选出520个GBM组织与正常脑组织间的差异表达基因, 包含305个上调基因和215个下调基因。GO功能富集分析显示, 差异表达基因的生物学过程主要富集在信号转导、细胞粘附、细胞增殖的正调控等方面, 细胞学组分主要为细胞外外泌体、细胞质、细胞质膜等,...
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