| 含有L-对硝基苯丙氨酸的BAFF改构体的分子动力学模拟与分析 |
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| 引用本文： | 蔡棣,田浤,姚文兵. 含有L-对硝基苯丙氨酸的BAFF改构体的分子动力学模拟与分析[J]. 中国药科大学学报, 2017, 48(2): 227-232 |
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| 作者姓名： | 蔡棣 田浤 姚文兵 |
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| 作者单位： | 中国药科大学生命科学与技术学院,中国药科大学生命科学与技术学院,中国药科大学生命科学与技术学院 |
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| 基金项目： | 国家教育部博士点基金资助项目(No.20120096110007)；国家自然科学基金资助项目(No.81273426) |
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| 摘 要： | 建立含有L-对硝基苯丙氨酸(p-nitro-L-phenylalanine，pNO2Phe)蛋白的分子动力学模拟方法，分析了含有pNO2Phe的蛋白具有免疫原性的构效关系，为其他含有非天然氨基酸蛋白的动力学模拟研究提供参考。使用CGenFF-paramchem计算天然氨基酸中不存在的L-对硝基苯丙氨酸的新的成键、键角、二面角信息与能量，将新成键的键长、键角、二面角参数与相应的能量信息写入CHARMM(chemistry at Harvard macromolecular mechanics)力场参数文件中。重新定义L-对硝基苯丙氨酸的CHARMM力场参数后，利用纳米分子动力学(NAMD)成功对含有L-对硝基苯丙氨酸的B淋巴细胞刺激因子(BAFF)进行动力学模拟。统计动力学模拟过程中的每一帧体系的温度，作出的温度分布图符合正态分布，证明了新定义力场参数的稳定性。模拟结果中，蛋白的均方根偏差(RMSD)在趋近于2.5，pNO2Phe残基的均方根涨落(RMSF)为3.7，显著高于分子的其他部位，表明pNO2Phe残基运动剧烈，蛋白在该残基附近结构的可变性较大，可能会产生新的构象表位，为含有pNO2Phe蛋白成为自体疫苗的设计提供了理论上的可行性。
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| 关 键 词： | 纳米分子动力学(NAMD)；可视化分子动力学(VMD)；分子动力学模似；CHARMM；L-对硝基苯丙氨酸；B淋巴细胞刺激因子 |
Molecular dynamics simulation and analysis of BAFF which is incorporated with p-nitro-L-phenylalanine |
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| CAI Di,TIAN Hong and YAO Wenbing. Molecular dynamics simulation and analysis of BAFF which is incorporated with p-nitro-L-phenylalanine[J]. Journal of China Pharmaceutical University, 2017, 48(2): 227-232 |
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| Authors: | CAI Di TIAN Hong YAO Wenbing |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | nanoscale molecular dynamics(NAMD) visual molecular dynamics(VMD) molecular dynamics simulation chemistry at Harvard macromolecular mechanics(CHARMM) p-nitro-L-phenylalanine B lymphocyte stimulator |
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