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调控食管胃结合部腺癌增殖、侵袭能力的关键环状RNA分子的筛选与初步鉴定
引用本文:徐钧,赵宇翔,莱智勇,张毓. 调控食管胃结合部腺癌增殖、侵袭能力的关键环状RNA分子的筛选与初步鉴定[J]. 重庆医科大学学报, 2019, 44(11): 1400-1407
作者姓名:徐钧  赵宇翔  莱智勇  张毓
作者单位:山西大医院普通外科,太原 030032;太原市中心医院中心实验室,太原 030009;北京大学基础医学院免疫教研室,北京 100871
基金项目:国家自然科学基金;山西省自然科学基金;国家国际科技合作专项基金;山西省136兴医工程-领军临床专科建设资助项目
摘    要:目的:利用RNA高通量测序和生物信息学分析筛选出调控食管胃结合部腺癌(adenocarcinoma of esophagogastric junc-tion,AEG)增殖、侵袭能力的关键环状RNA分子,并对其作用方式进行初步探究。方法:提取22对食管胃结合部腺癌组织及癌旁正常黏膜组织的RNA。采用RNA高通量测序(测序深度200×),利用生物信息分析云平台进行差异基因筛选,同时对差异表达的基因构建共表达网络和circRNAs-miRNAs-mRNAs间的内源性RNA竞争机制(ceRNA)网络;利用RNA图谱共表达网络构建和内源性竞争RNA负相关分析,筛选出在AEG发生过程中可能发挥关键作用的circRNAs。并预测可与该circRNA存在ceRNA关系的miRNAs和mRNAs;通过qRT-PCR等方法对该circRNA在胃癌组织、癌旁组织中的表达进行验证。结果:通过RNA高通量测序,共预测得到46 553个circRNAs,对测序数据进行严格质控,得到26个差异表达的circRNAs(fold change≥2或fold change≤0.5,false discovery rate<0.05),其中10个circRNAs表达上调,16个circRNAs 表达下调。对组织样本进行mRNA和miRNA测序分析,构建circRNAs-miRNAs-mRNAs间的ceRNA网络、RNA图谱共表达网络和内源性竞争RNA负相关分析。结果表明,has_circ_0007766在AEG肿瘤组织中特异性高表达,可能在AEG发生发展过程中起关键作用;同时发现,miR4492与circRNA0007766和MET mRNA均有结合位点。结论:has_circ_0007766可能通过miR4492-circRNA0007766-MET mRNA的ceRNA网调控食管胃结合部腺癌增殖、侵袭,是AEG发生发展的关键circRNA。

关 键 词:食管胃结合部腺癌  circRNA0007766  ceRNA  肿瘤发生

Screening and preliminary identification of key circRNAs that regulate the proliferation and invasion of adenocarcinoma of the esophagogastric junction
Xu Jun,Zhao Yuxiang,Lai Zhiyong,Zhang Yu. Screening and preliminary identification of key circRNAs that regulate the proliferation and invasion of adenocarcinoma of the esophagogastric junction[J]. Journal of Chongqing Medical University, 2019, 44(11): 1400-1407
Authors:Xu Jun  Zhao Yuxiang  Lai Zhiyong  Zhang Yu
Abstract:
Keywords:
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