基于GEO和TARGET数据库分析骨肉瘤转移和预后的关键基因

目的 通过生物信息学方法筛选骨肉瘤转移相关的关键基因，并探讨其对骨肉瘤患者预后的影响。方法 检索基因表达综合数据库（GEO）并获取GSE21257芯片数据集，通过GEO2R分析筛选差异表达基因（DEGs），并对DEGs进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组数据库（KEGG）富集分析，使用STRING数据库、Cytoscape软件绘制DEGs蛋白质-蛋白质相互作用网络，通过cytoHubba插件筛选出排名前5的关键基因。利用TARGET数据库探索关键基因在骨肉瘤样本的相关性并进行预后分析。结果 共筛选出55个DEGs，其中22个基因显著下调，33个基因显著上调。GO分析结果显示，DEGs主要参与抗原加工和外源肽抗原的呈递。KEGG结果表明DEGs主要参与金葡菌感染等信号通路。Cytohubba筛选的Top5基因分别为TYROBP、ITGB2、C1QB、C1QC、CD74。通过对TARGET数据库中骨肉瘤样本的生存分析发现TYROBP、C1QB、CD74高表达与骨肉瘤患者较高的总生存期有关（P <0.05），而且CD74高表达提示骨肉瘤患者无病生存期较高（P <0.05...