| 人埃可病毒20型KM/EV20/2010分离株的全基因组序列分析 |
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| 引用本文： | 潘玥,邵聪文,王晓辉,朱艳菊,陈俊英,陈伟,马绍辉,刘建生.人埃可病毒20型KM/EV20/2010分离株的全基因组序列分析[J].中华流行病学杂志,2015,36(5):501-505. |
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| 作者姓名： | 潘玥 邵聪文 王晓辉 朱艳菊 陈俊英 陈伟 马绍辉 刘建生 |
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| 作者单位： | 650118 昆明, 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明, 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明, 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明, 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明, 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明, 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明, 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明, 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(30471595) |
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| 摘 要： | 目的 对人埃可病毒20型(ECHO20)KM/EV20/2010分离株全基因组进行序列测定, 并分析其分子变异和进化特点。方法 设计针对KM/EV20/2010引物, 提取病毒RNA, RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用Mega 4.1、RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列。结果 KM/EV20/2010病毒株基因组全长7 395 bp个核苷酸(nt), 5''端和3''端分别为744 nt和96 nt的非编码区, 5''和3''非编码区间为一个6 549 nt长的开放阅读框, 编码一个含2 183个氨基酸的多聚蛋白, 编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank中现有唯一1株ECHO20 JV-1原型株全基因组序列相比对, 核苷酸同源性为80.1%, 氨基酸同源性为96.7%;构建基于全长VP1基因序列的进化树图并进行基因分型分析, ECHO20可分为6个基因型, 中国分离株分属Ⅲ和Ⅳ基因型, 其中KM/EV20/2010属于基因型Ⅳ, 且6个基因型之间核苷酸的差异为9.4%～21.7%。基于全基因组序列的种系进化分析提示KM/EV20/2010分离株与ECHO20原型株JV-1遗传距离很远, 未与原型株JV-1聚簇分布, 而与ECHO30病毒株遗传距离较近。分析发现KM/EV20/2010序列在非结构区可能存在重组。结论 中国ECHO20可分为6个基因型, KM/EV20/2010分离株属于Ⅳ基因型。
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| 关 键 词： | 埃可病毒 全基因组 序列分析 |
| 收稿时间： | 2014/12/17 0:00:00 |
Genomic characteristics of an echovirus 20 strain (KM/EV20/2010) isolated in Kunming, Yunnan, China |
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| Pan Yue,Shao Congwen,Wang Xiaohui,Zhu Yanju,Chen Junying,Chen Wei,Ma Shaohui and Liu Jiansheng.Genomic characteristics of an echovirus 20 strain (KM/EV20/2010) isolated in Kunming, Yunnan, China[J].Chinese Journal of Epidemiology,2015,36(5):501-505. |
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| Authors: | Pan Yue Shao Congwen Wang Xiaohui Zhu Yanju Chen Junying Chen Wei Ma Shaohui and Liu Jiansheng |
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| Institution: | Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Yunnan Key Laboratory of Vaccine Research & Development on Severe Infectious Disease, Kunming 650118, China;Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Yunnan Key Laboratory of Vaccine Research & Development on Severe Infectious Disease, Kunming 650118, China;Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Yunnan Key Laboratory of Vaccine Research & Development on Severe Infectious Disease, Kunming 650118, China;Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Yunnan Key Laboratory of Vaccine Research & Development on Severe Infectious Disease, Kunming 650118, China;Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Yunnan Key Laboratory of Vaccine Research & Development on Severe Infectious Disease, Kunming 650118, China;Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Yunnan Key Laboratory of Vaccine Research & Development on Severe Infectious Disease, Kunming 650118, China;Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Yunnan Key Laboratory of Vaccine Research & Development on Severe Infectious Disease, Kunming 650118, China;Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Yunnan Key Laboratory of Vaccine Research & Development on Severe Infectious Disease, Kunming 650118, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Echovirus Complete genome Sequence analysis |
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