| 2009年云南省柯萨奇病毒B3型分离株A103/KM/09全基因序列分析 |
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| 引用本文： | 杨卉娟,刘建生,张云昆,马忠飞,赵卫中,潘明,陈俊英,邵聪文,马绍辉.2009年云南省柯萨奇病毒B3型分离株A103/KM/09全基因序列分析[J].中华流行病学杂志,2013,34(12):1208-1212. |
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| 作者姓名： | 杨卉娟 刘建生 张云昆 马忠飞 赵卫中 潘明 陈俊英 邵聪文 马绍辉 |
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| 作者单位： | 650118 昆明,中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明,中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明,中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明,中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明,中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明,中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明,中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明,中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;650118 昆明,中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室 |
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| 基金项目： | 云南省应用基础研究项目(2013FZl36) |
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| 摘 要： | 目的 分析2009年云南省脑炎患儿粪便标本分离的柯萨奇病毒B3型分离株A103/KM/09全基因序列,了解其遗传特性。方法 设计针对柯萨奇病毒B3型引物,提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得全基因组序列,利用Geneious和Mega 5.05软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及其系统进化分析,应用RDP 3和SimPlot 3.5.1重组软件对序列进行重组分析。结果 该分离株全基因组核苷酸序列长度为7389 bP。其核苷酸和氨基酸序列与其原型株Nancy的同源性分别为81.O%和95.7%；与其他柯萨奇病毒B3型毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为81.0%~88.0%和95.7%~98.0%；进化分析发现CVB3可分为5个分支(I~V),核苷酸之间的差异为16.2%~24.3%；中国分离株属V分支,又可分为A～D亚分支,核苷酸之间的差异为4.3%~11.4%。并发现A103/KM/09株基因序列在非结构区可能存在重组事件。结论柯萨奇病毒B3型分为5个基因型,云南分离株A103/KM/09属于V-D亚型,而中国分离株已经发生一定进化。
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| 关 键 词： | 柯萨奇病毒B3型 全基因序列 序列分析 |
| 收稿时间： | 2013/8/1 0:00:00 |
Complete nueleotide sequence of a human coxsaekievirus B3 strain A103/KM/09 isolated inYunnan province,2009 |
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| Yang Huijuan,Liu Jiansheng,Zhang Yunkun,Ma Zhongfei,Zhao Weizhong,Pan Ming,Chen Junying,Shao Congwen and Ma Shaohui.Complete nueleotide sequence of a human coxsaekievirus B3 strain A103/KM/09 isolated inYunnan province,2009[J].Chinese Journal of Epidemiology,2013,34(12):1208-1212. |
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| Authors: | Yang Huijuan Liu Jiansheng Zhang Yunkun Ma Zhongfei Zhao Weizhong Pan Ming Chen Junying Shao Congwen and Ma Shaohui |
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| Institution: | Yunnaa Key Laboratory of Vaccine Research and Development on Severe Infectious Disease, Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College,Kunmirzg 650118, China;Yunnaa Key Laboratory of Vaccine Research and Development on Severe Infectious Disease, Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College,Kunmirzg 650118, China;Yunnaa Key Laboratory of Vaccine Research and Development on Severe Infectious Disease, Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College,Kunmirzg 650118, China;Yunnaa Key Laboratory of Vaccine Research and Development on Severe Infectious Disease, Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College,Kunmirzg 650118, China;Yunnaa Key Laboratory of Vaccine Research and Development on Severe Infectious Disease, Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College,Kunmirzg 650118, China;Yunnaa Key Laboratory of Vaccine Research and Development on Severe Infectious Disease, Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College,Kunmirzg 650118, China;Yunnaa Key Laboratory of Vaccine Research and Development on Severe Infectious Disease, Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College,Kunmirzg 650118, China;Yunnaa Key Laboratory of Vaccine Research and Development on Severe Infectious Disease, Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College,Kunmirzg 650118, China;Yunnaa Key Laboratory of Vaccine Research and Development on Severe Infectious Disease, Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College,Kunmirzg 650118, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Coxsackievirus B3 Complete genome Sequence analysis |
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