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| VP1蛋白结构特征预测及功能分析 | |
| 引用本文： | 朱才众,熊鸿燕,崔步云,李振军,任谦,马翔宇.VP1蛋白结构特征预测及功能分析[J].山西医科大学学报,2009,40(6):485-490,571. |
| 作者姓名： | 朱才众 熊鸿燕 崔步云 李振军 任谦 马翔宇 |
| 作者单位： | 1. 第三军医大学预防医学院流行病学教研室,重庆,400038;中国疾病预防控制中心传染病预防控制国家重点实验室 2. 第三军医大学预防医学院流行病学教研室,重庆,400038 3. 中国疾病预防控制中心传染病预防控制国家重点实验室 |
| 基金项目： | 军队医学科技基金，国家自然科学基金 |
| 摘 要： | 目的 本文基于生物信息学方法 对EV71 VP1(enterovirus type 71 viral protein 1)蛋白进行系统结构与功能预测分析.方法 应用GOR4(Garnier-Osguthorpe-Robson方法 )、HNN(Hierarchical人工神经网络预测法)、PHD(多重比对人工神经网络比对预测结构法)、Predator(单序列分析人工神经网络预测结构法)、SOPMA(改进型自我优化预测结构法)等方法 预测EV71 VP1外壳蛋白的二级结构,SWISS MODEL服务器的同源建模方法 构建EV71 VP1的三级结构模型,并分析亲水性、柔韧性、抗原指数、表面可能性.结果 预测结果 表明EV71 VP1的二级结构以无规卷曲为主,其次为β-片层和α-螺旋,无β-转角.同源建模获得与VP1具有42%的序列一致性的已知结构的编号为1bev的蛋白质,进行VP1的同源建模并得到良好的建模评估效果;预测了可能的EV71 VP1抗原性区域.结论 综合多种策略预测EV71 VP1的二级结构和三级结构,为进一步研究开发相关药品以防治EV71感染提供理论基础. |
| 关 键 词： | 同源建模 生物信息学 |
Structure prediction and function insight of viral protein 1 |
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| ZHU Cai-zhong,XIONG Hong-yan,CUI Bu-yun,LI Zhen-jun,REN Qian,MA Xiang-yu.Structure prediction and function insight of viral protein 1[J].Journal of Shanxi Medical University,2009,40(6):485-490,571. | |
| Authors: | ZHU Cai-zhong XIONG Hong-yan CUI Bu-yun LI Zhen-jun REN Qian MA Xiang-yu |
| Abstract: | |
| Keywords: | EV71VP1 |
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