hsa-miR-335靶基因预测及生物信息学分析 |
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引用本文: | 朱璐,史春梅,崔焱,徐广峰,季晨博,倪毓辉,郭锡熔.hsa-miR-335靶基因预测及生物信息学分析[J].西部医学,2012,24(10):1851-1855. |
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作者姓名: | 朱璐 史春梅 崔焱 徐广峰 季晨博 倪毓辉 郭锡熔 |
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作者单位: | 南京医科大学,江苏南京,210029 |
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基金项目: | 国家自然科学基金,江苏省自然科学基金,江苏省医学创新团队项目 |
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摘 要: | 目的对hsa-miR-335进行系统的生物信息学分析,预测hsa-miR-335可能参与的生物学过程,为本研究小组深入研究其在脂肪细胞分化中的功能和机制奠定基础。方法通过miRbase获取并分析hsa-miR-335序列特征;应用TargetScan,PicTar及miRanda预测hsa-miR-335的靶基因,并结合已证实的靶标基因,进行功能注释(Gene Ontol-ogy)和Pathway富集分析(Pathway Enrichment)。应用NCBI Mapviewer、UCSC Genome Browser等工具对hsa-miR-335进行启动子相关预测。结果 miR-335在各物种之间具有高度保守性,其靶基因功能富集于胰腺外分泌、脂质激酶活性调控、wnt受体信号的调控、细胞周期等生物学过程(P〉0.01),其靶基因信号通路富集于促性腺激素释放激素信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、细胞周期等信号转导通路(P〈0.05)。启动子预测提示hsa-miR-335为基因内miRNA,在基因组上下游10kb以内存在CpG岛,转录起始位置(TSS)、Poly A信号、转录因子结合位置(TFBS)。结论 hsa-miR-335预测的靶基因集合富集于多个生物学过程,与肥胖密切相关,并可能存在其独立的转录调控机制。为后续miR-335在肥胖人脂肪细胞中生物学功能研究奠定基础。
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关 键 词: | miR-335 miRNA 生物信息学 人脂肪细胞 肥胖 |
Prediction of hsa-miR-335 target genes and its bioinformatics analysis |
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Institution: | ZHU Lu,SHI Chun-mei,CUI Yan,et al(Nanjing Medical University,Nanjing 210029,Jiangsu,China) |
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Abstract: | |
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Keywords: | Hsa-miR-335 miRNA Bioinformatics Analysis Human preadipocytes Obesity |
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