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金钗石斛转录组SSR位点信息分析
引用本文:李清,李标,郭顺星.金钗石斛转录组SSR位点信息分析[J].中国中药杂志,2017,42(1):63-69.
作者姓名:李清  李标  郭顺星
作者单位:中国医学科学院 北京协和医学院 药用植物研究所, 北京 100193,中国医学科学院 北京协和医学院 药用植物研究所, 北京 100193,中国医学科学院 北京协和医学院 药用植物研究所, 北京 100193
基金项目:国家自然科学基金项目(81173493);国家人才培养基金项目(J1310034-6)
摘    要:SSR是应用于金钗石斛鉴定和遗传多样性研究的重要分子标记之一。为开发新的SSR标记,寻求快速鉴别金钗石斛的方法,该文通过生物信息学手段对金钗石斛转录组序列进行SSR位点搜索、分析,并设计出SSR特异性引物。结果显示,从金钗石斛转录组中搜索到32 709个SSR,分布与26 742条unigenes中,SSR位点发生频率为12.90%,平均每3 748 bp含1个SSR位点。其中,单核苷酸是最主要重复类型,占SSR总数的72.18%,其次是二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR总数的15.97%,11.19%。而在所有重复基元中,A/T出现频率最高,AG/CT次之。通过设计、筛选,该研究共获得62 157对SSR位点特异性引物。从中随机挑选20对引物进行PCR扩增,17对扩增出清晰、可重复的条带,扩增率为85.0%。选择3种石斛检测引物多态性,共获得多态性引物13条。以上结果表明,金钗石斛转录组测序产生的unigenes信息可作为开发SSR标记的有效来源,其中的SSR位点出现密度大、类型丰富、多态性潜能高,在金钗石斛及其近缘种的分子鉴定、遗传多样性与分子育种等方面具有较好的应用前景。

关 键 词:金钗石斛  转录组  SSR  位点信息
收稿时间:2016/8/15 0:00:00
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