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| 依硫磷酸调控人类基因表达谱的预测及生物信息学分析 | |
| 引用本文： | Yang B,Cai LL,Chi XH,Lu XC,Zhang F,Tuo S,Zhu HL,Liu LH,Yan JW,Tuo CW. 依硫磷酸调控人类基因表达谱的预测及生物信息学分析[J]. 中国实验血液学杂志, 2011, 19(3): 711-716 |
| 作者姓名： | Yang B Cai LL Chi XH Lu XC Zhang F Tuo S Zhu HL Liu LH Yan JW Tuo CW |
| 作者单位： | 1. 解放军总医院南楼血液科,北京,100853 2. 解放军第二炮兵总医院药剂科,北京,100800 3. 中国科学院北京基因组研究所,北京,100029 4. 解放军第202医院电镜室,辽宁沈阳,110003 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(编号3077259730873086); 科技部重大新药创制课题资助项目(编号2008JXJ09001-019); 军队“十一五”计划课题(编号2006B) |
| 摘 要： | 本研究对依硫磷酸调控人类基因表达谱进行生物信息学分析,预测其可能具有的新生物学作用,为深入研究依硫磷酸的药理学作用及方法提供指导。以依硫磷酸(amifostine)为关键词,在互联网开放性数据库包括GEO、Affymetrix基因芯片表达数据库、人类基因组数据库(GenBank)、基因表达数据库SAGE、GeneCard、InterPro、ProtoNet、UniProt和BLOCKS中搜索,并进一步对筛选出的基因表达数据库进行有效性检验、基因表达差异和聚类分析。结果表明,仅在GEO数据库中筛选出1个与依硫磷酸相关的基因表达谱数据库(accession:GSE3212)。有效性检验及基因表达差异分析显示,依硫磷酸处理K562细胞后,分类全基因组仅2.14%(460/192000)的基因在转录水平的表达具有显著差异(p<0.01)。基因注释分析表明,460条差异基因中有139条为已知基因,其中77条表达上调,62条表达下调;13条为依硫磷酸处理后新表达的基因,5条为依硫磷酸处理后表达完全受抑的基因。聚类分析显示,139条基因分属11大类,主要生物学功能与造血及免疫调控、凋亡和细胞周期相关。结论 :生物信息学方法可用于依硫磷酸基因表达谱分析。依硫磷酸对人类基因表达谱具有调控作用,可能对造血及免疫、凋亡和细胞周期等生物学过程具有重要影响,需进一步在实验水平加以验证。 |
| 关 键 词： | 依硫磷酸 人类基因表达谱 生物信息学 |
Prediction and bioinformatics analysis of human gene expression profiling regulated by amifostine |
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| Yang Bo,Cai Li-Li,Chi Xiao-Hua,Lu Xue-Chun,Zhang Feng,Tuo Shuai,Zhu Hong-Li,Liu Li-Hong,Yan Jiang-Wei,Tuo Chao-Wei. Prediction and bioinformatics analysis of human gene expression profiling regulated by amifostine[J]. Journal of experimental hematology, 2011, 19(3): 711-716 | |
| Authors: | Yang Bo Cai Li-Li Chi Xiao-Hua Lu Xue-Chun Zhang Feng Tuo Shuai Zhu Hong-Li Liu Li-Hong Yan Jiang-Wei Tuo Chao-Wei |
| Affiliation: | YANG Bo,CAI Li-Li,CHI Xiao-Hua1,LU Xue-Chun,ZHANG Feng2,TUO Shuai3,ZHU Hong-Li,LIU Li-Hong1,YAN Jiang-Wei2,TUO Chao-Wei3 Department of Geriatric Hematology,Chinese PLA General Hospital,Beijing 100853,China,1Department of Pharmacy,The Second Artillery General Hospital,Beijing 100800,2Beijing Institute of Genomics,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100029,3Department of Ultrapathology,Hospital 202,Chinese PLA,Shenyang 110003,Liaoning Province,Chin |
| Abstract: | Objective of this study was to perform bioinformatics analysis of the characteristics of gene expression profiling regulated by amifostine and predict its novel potential biological function to provide a direction for further exploring pharmacological actions of amifostine and study methods.Amifostine was used as a key word to search internet-based free gene expression database including GEO,affymetrix gene chip database,GenBank,SAGE,GeneCard,InterPro,ProtoNet,UniProt and BLOCKS and the sifted amifostine-re... |
| Keywords: | amifostine human gene expression profiling bioinformatics |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 PubMed 等数据库收录！ | |