| 一种HIV-1耐药基因型检测方法的一致性分析 |
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| 引用本文： | 周茜,廖玲洁,陈彬,苏俊琪,刘宏伟,王哲,苏斌,董永慧,陈曦,杨绍敏,邵一鸣,邢辉.一种HIV-1耐药基因型检测方法的一致性分析[J].中国病毒病杂志,2011(2):110-115. |
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| 作者姓名： | 周茜 廖玲洁 陈彬 苏俊琪 刘宏伟 王哲 苏斌 董永慧 陈曦 杨绍敏 邵一鸣 邢辉 |
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| 作者单位： | [1]华中科技大学同济医学院基础医学院病原生物学系,武汉430030 [2]中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心传染病国家重点实验室 ,武汉430030 [3]河南省疾病预防控制中心 ,武汉430030 [4]安徽省疾病预防控制中心 ,武汉430030 [5]新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心 ,武汉430030 [6]湖南省疾病预防控制中心 ,武汉430030 [7]云南省传染病专科医院艾滋病关爱中心,武汉430030 |
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| 基金项目： | 国家“十一五”“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”科技重大专项项目（2008ZX10001-004）; 中国科技部国家重点基础研究发展计划项目（2005CB523103和2005CB522903）; 中国全球基金艾滋病项目 |
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| 摘 要： | 目的评价一种实验室自建（in-house）HIV-1耐药基因型检测方法的可重复性。方法从2008-2010年已进行HIV-1耐药基因型检测（in-house法）的样品中抽取204份再次进行基因型检测,包括核酸的提取、扩增、测序和序列分析,对两次的耐药结果进行比较。结果 204份样品中,对群体耐药发生的判断上一致性很高,可达98.5%（201/204）,在每种抗病毒药物是否发生耐药的判断上92.2%（188/204）]具有一致性,对每种抗病毒药物的耐药程度判断一致性为81.9%（167/204）,84份样品中共有159个位点在两次检测中出现耐药突变位点上不一致的情况,其中不完全一致的位点有149个,蛋白酶区第71位（13/204,6.4%）和逆转录酶区第103位分别出现最多（12/204,5.9%）,完全不一致的位点有10个,出现在蛋白酶区第71位,核苷类逆转录酶抑制剂（NRTI）耐药相关突变位点第67、69、70、215、219位,以及与非核苷类逆转录酶抑制剂（NNR-TI）耐药相关突变位点第90、181、221位。结论 in-house方法双重检测对耐药发生及耐药程度的判断上总体具有良好的一致性。但在方法学尤其是混合碱基的判读上需进一步标化以达到更好的可重复性。由于混合碱基的判读会影响耐药突变位点的确定,加强对检测人员的培训,使他们更加严格地执行混合碱基的判断标准和控制序列的质量是非常重要的。
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| 关 键 词： | 人类免疫缺陷病毒1型 In-house 基因型耐药检测 耐药 |
Reproducibility evaluation of an in-house HIV-1 drug resistance genotyping test |
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| ZHOU Qian,LIAO Ling-jie,CHEN Bin,SU Jun-qi,LIU Hong-wei,WANG Zhe,SU Bin,DONG Yong-hui,CHEN Xi,YANG Shao-min,SHAO Yi-ming,XING Hui.Reproducibility evaluation of an in-house HIV-1 drug resistance genotyping test[J].Chinese Journal of Viral Diseases,2011(2):110-115. |
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| Authors: | ZHOU Qian LIAO Ling-jie CHEN Bin SU Jun-qi LIU Hong-wei WANG Zhe SU Bin DONG Yong-hui CHEN Xi YANG Shao-min SHAO Yi-ming XING Hui |
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| Institution: | Department of Pathogenic Biology,School of Basic Medical Sciences,Tongji Medical College,Huazhong University of Science and Technology,Wuhan,Hubei 430030,China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | HIV-1 In-house Genotyping resistance test Drug resistance |
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