miR-4472的靶基因预测及生物信息学分析 |
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引用本文: | 刘珏,陈星光,朱雯,侯秋英,张旭,沈方方,滕懿群.miR-4472的靶基因预测及生物信息学分析[J].浙江医学,2020,42(13):1377-1380. |
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作者姓名: | 刘珏 陈星光 朱雯 侯秋英 张旭 沈方方 滕懿群 |
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作者单位: | 嘉兴市第二医院儿科、嘉兴市儿童医学中心 |
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基金项目: | 浙江省自然科学基金一般项目(LY18H040014);浙江省科技计划项目(2013C33218) |
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摘 要: | 目的应用生物信息学分析方法预测miR-4472的靶基因及信号通路。方法利用miRBase数据库分析miR-4472的物种保守性;利用Targetscan、miRDB数据库进行靶基因预测,再用DAVID数据库将miR-4472的预测靶基因集合进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)生物通路富集分析。结果miR-4472预测的交集靶基因共378个。GO分析结果显示,miR-4472的靶基因主要参与转录的正负调节、细胞凋亡、蛋白质磷酸化等生物过程(均P<0.01)。KEGG信号通路分析结果显示,miR-4472的靶基因显著富集于PI3K-Akt信号通路、胰高血糖素相关信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号传导通路、醛固酮的合成和分泌相关信号通路(均P<0.05)。结论miR-4472靶基因富集的信号通路均与新生儿缺氧缺血性脑病密切相关,尤其是P13K/AKt信号通路。
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