大鼠GLUT3基因第一外显子5′侧翼区碱基序列的生物信息学分析 |
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引用本文: | 郑传宜,杨堃,李军亮,白恩琪,李方成.大鼠GLUT3基因第一外显子5′侧翼区碱基序列的生物信息学分析[J].海南医学院学报,2012,18(4):433-437. |
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作者姓名: | 郑传宜 杨堃 李军亮 白恩琪 李方成 |
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作者单位: | 1. 海南医学院附属医院神经外科,海南海口570102;中山大学附属孙逸仙纪念医院神经外科,广东广州510120 2. 海南医学院附属医院神经外科,海南海口,570102 3. 中山大学附属孙逸仙纪念医院神经外科,广东广州,510120 4. 海南医学院附属医院检验科,海南海口,570102 |
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基金项目: | 海南省卫生厅科研基金,广东省自然科学基金,国家自然科学基金 |
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摘 要: | 目的:对大鼠GLUT3基因第一外显子5′侧翼转录调控区的碱基序列进行生物信息学分析,为后续的GLUT3基因的转录调控研究奠定基础。方法:通过搜索网络数据库,得到GLUT3基因现有的转录本序列以及翻译起始点上游6kb的序列。运用CpG island searcher,methprimer等软件对上述序列进行分析,预测出该段序列潜在的CpG岛,运用FirstEF、NNPP等软件分析可能的启动子区域以及运用Matlspector、TFSEARCH和TFBIND等软件分析潜在的转录因子结合位点。结果:GLUT3基因的启动子可能位于翻译起始点上游-795~-226bp(以翻译起始点ATG为+1),第一外显子位于-285~+15bp,在这段序列上存在包括SP1、CREBP、P300、AML1、NF1等约110多种转录因子的潜在结合位点。结论:对大鼠GLUT3基因第一外显子5′侧翼转录调控区序列进行了初步的生物信息学分析,为后续试验提供了研究基础。
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关 键 词: | 大鼠 GLUT3基因 转录调控 生物信息学 |
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