| 星型胶质细胞瘤预后生物标志物的筛选 |
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| 引用本文： | 王圆圆,义勇军. 星型胶质细胞瘤预后生物标志物的筛选[J]. 广州医药, 2020, 51(4): 5-12. DOI: 10.3969/j.issn.1000-8535.2020.04.002 |
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| 作者姓名： | 王圆圆 义勇军 |
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| 作者单位： | 广州市第一人民医院南沙医院 广州 511457 |
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| 基金项目： | 广州市卫生健康科技项目西医类一般引导项目 |
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| 摘 要： | 目的应用生物信息学的方法筛选参与星型胶质细胞瘤的预后生物标志物。方法首先,下载GEO(gene expression omnibus,GEO)数据库中星型胶质细胞瘤的基因芯片数据,通过R语言将来自4个数据集的基因芯片数据进行合并,将合并后的194人来源的脑组织样本分为:星型胶质细胞瘤组和正常组。然后对原始基因芯片数据进行批次效应去除和标准化处理,并使用密度图和主成分分析监测处理前后的效果。利用R语言中的limma包对处理后的基因芯片数据进行差异表达分析,从而筛选得到星型胶质细胞瘤组和正常组中之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。接着对差异表达基因进行GO(gene ontology,GO)分析和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析,并对所有基因的表达矩阵进行GSEA(gene set enrichment analysis,GSEA)分析。通过STRING数据库构建差异表达基因的蛋白—蛋白相互作用网络(protein-protein interaction,PPI...
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| 关 键 词： | 星型胶质细胞瘤 生物信息学 差异表达基因 基因芯片 |
Screening of prognostic biomarkers for astrocytoma |
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| WANG Yuanyuan,YI Yongjun. Screening of prognostic biomarkers for astrocytoma[J]. Guangzhou Medical Journal, 2020, 51(4): 5-12. DOI: 10.3969/j.issn.1000-8535.2020.04.002 |
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| Authors: | WANG Yuanyuan YI Yongjun |
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