| 基于SARS RNA序列可视化方法的进一步分析与研究 |
| |
| 引用本文： | 刘国平,杨杰,徐志节,王猛,黄振德. 基于SARS RNA序列可视化方法的进一步分析与研究[J]. 生物医学工程学杂志, 2007, 24(1): 26-31 |
| |
| 作者姓名： | 刘国平 杨杰 徐志节 王猛 黄振德 |
| |
| 作者单位： | 1. 上海交通大学,图像处理与模式识别研究所,上海,200240
2. 上海交通大学,生命科学院,上海,200030 |
| |
| 基金项目： | 致谢：非常感谢姚莉秀和姚劲松博士热心提供的帮助,也非常感谢雷春霞女士的意见! |
| |
| 摘 要： | 我们提出了一种新的基因可视化分析方法。该可视化方法基于元胞自动机(CA)原理,将RNA序列的一维信息转化为二维可视图谱;在将此方法应用到SARS RNA序列的分析中,可以发现SARS-CoV病毒不同于其他非SARS的冠状病毒的RNA序列可视特征;在此基础上,对得到的RNA特征序列进行片断提取,用片断可视化取代全序列可视化,并用主成分分析(PCA),支持向量机(SVM)等算法对RNA片断进行分析。结果证明,SARS-CoV的该类特征具有很好的模式可分性,与模式分析方法的结合则可以作为可视化的佐证,可以更充分地利用特征片断作为判别SARS-CoV的一种非常规的手段。
|
| 关 键 词： | 元胞自动机 可视化 主成分分析 支持向量机 |
| 修稿时间： | 2004-09-302005-01-17 |
Further Analysis and Study Based on a Visualized Method for SARS RNA Sequences |
| |
| Liu Guoping,Yang Jie,Xu Zhijie,Wang Meng,Huang Zhende. Further Analysis and Study Based on a Visualized Method for SARS RNA Sequences[J]. Journal of biomedical engineering, 2007, 24(1): 26-31 |
| |
| Authors: | Liu Guoping Yang Jie Xu Zhijie Wang Meng Huang Zhende |
| |
| Affiliation: | Institute of Image Processing & Pattern Recognition, Shanghai Jiaotong University, Shanghai 200240, China. ahphone@sjtu.edu.cn |
| |
| Abstract: | This paper proposed a new kind of visualized method of genome.Using cellular automation theory,the visual method transfers one-dimensional RNA sequence into two-demension visual image.Applying this method to SARS RNA sequence analysis,the characteristic of SARS-CoV differing from Non-SARS is discovered.This paper extracts characteristic genome fragment,visualize them,and study them with some pattern recognition method such as PCA and SVM.The result shows that the characteristic of SARS-CoV is classifiable.Some combined methods can use the characteristic more sufficient as an un-routine method. |
| |
| Keywords: | SARS |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
|
