空肠弯曲菌cdtA、cdtB、cdtC基因的克隆、序列分析及B细胞表位预测

目的预测和分析空肠弯曲菌(CJ)细胞扩张毒素(CDT)cdtA、cdtB、cdtC蛋白的二级结构和B细胞抗原表位,为CJ疫苗研制提供基础资料。方法 PCR扩增cdtA、cdtB、cdtC基因,克隆入pGEM-T载体并测序,对重组质粒测序后进行生物信息学分析。以cdtA、cdtB、cdtC基因推导的氨基酸序列为基础,采用Chou-Fasman法、Ganmier-Robson法和Karplus-Schulz法预测该蛋白二级结构;按Kyte-Doolittle方案、Emini方案和JamesonWolf方案预测其B细胞抗原表位。结果克隆的cdtA、cdtB、cdtC基因全长分别为874bp、913bp、711bp。发现cdtA的840-32bp序列完全与标准株NCTC11168的1-807bp序列一致,cdtB的841-42bp序列完全与标准株NCTC11168的1-798bp序列一致,cdtC的667-96bp序列完全与标准株NCTC11168的1-570bp序列一致。cdtA第11～44和54～90区段,cdtB第5～70、78～112、137～187区段,cdtC第119～140和145～193区段及其附近可能是CJ-cdtA、cdtB、cdtC蛋白的B细胞表位优势区。结论成功扩增空肠弯曲菌O∶19菌株cdtA、cdtB、cdtC基因,测序表明与标准株序列高度同源,已有文献证明cdtA、cdtB、cdtC基因在不同CJ菌株中高度保守,符合疫苗候选抗原的基本特征;预测出cdtA、cdtB、cdtC蛋白的B细胞抗原表位优势区,这将为CJ新型疫苗的设计和单克隆抗体的筛选等方面的研究提供重要信息。

Clone,sequence analysis and prediction of secondary structure and B cell epitope of cdtA,cdtB,cdtC gene of campylobacter jejuni

Objective Predicting the secondary structure and B cell antigenic epitopes of cytolethal distending toxin(CDT)protein of campylobacter jejuni to provide grounding data means of preparing CJ vaccine.Methods The cdtA,cdtB,cdtC fragment was amplified from CJ O:19 chromo somal DNA by PCR.It was cloned into pGEM-T,sequenced and compared with international standard strains NCTC11168 in the GenBank.The cdtA,cdtB,cdtC gene of CJ were collected to predict the secondary structure by using methods of Chou-Fasman,Garni...