| 利用基因组数据对长爪沙鼠微卫星位点的筛选与优化 |
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| 引用本文： | 冯丹丹,陈沫,杜小燕,陈振文.利用基因组数据对长爪沙鼠微卫星位点的筛选与优化[J].中国比较医学杂志,2019(7):1-7,16. |
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| 作者姓名： | 冯丹丹 陈沫 杜小燕 陈振文 |
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| 作者单位： | 首都医科大学基础医学院;中国医学科学院药物研究所 |
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| 基金项目： | 国家自然基金面上项目(31772545) |
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| 摘 要： | 目的利用基因组数据筛选更多有效的长爪沙鼠微卫星位点用于近交系和封闭群遗传质量分析,丰富长爪沙鼠遗传数据。方法通过对长爪沙鼠全基因组测序结果分析,选出符合微卫星标准的重复序列357个,根据每个位点的侧翼序列设计并合成相应引物。提取长爪沙鼠基因组DNA进行PCR扩增,经引物序列和PCR条件优化以及凝胶电泳实验分析,对成功扩增的位点通过不同近交系和封闭群长爪沙鼠进行验证和优化,筛选出适于遗传质量分析的位点。结果在357个微卫星位点引物中,135个位点引物成功扩增PCR产物。分析结果显示,其中10个位点可以将长爪沙鼠脑缺血和糖尿病模型近交系区分开。在12只封闭群长爪沙鼠中,23个位点呈现出多态性。结论成功筛选出了135个长爪沙鼠微卫星位点,部分位点可用于近交系和封闭群长爪沙鼠遗传质量分析。
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| 关 键 词： | 长爪沙鼠 微卫星DNA 遗传质量分析 |
Screening and optimization of microsatellite loci in Mongolian gerbils using genomic data |
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| FENG Dandan,CHEN Mo,DU Xiaoyan,CHEN Zhenwen.Screening and optimization of microsatellite loci in Mongolian gerbils using genomic data[J].Chinese Journal of Comparative Medicine,2019(7):1-7,16. |
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| Authors: | FENG Dandan CHEN Mo DU Xiaoyan CHEN Zhenwen |
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| Institution: | (School of Basic Medical Sciences,Capital Medical University,Beijing 100069,China;Institute of Materia Medica,Chinese Academy of Medical Sciences,Beijing 100050) |
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| Abstract: | FENG Dandan;CHEN Mo;DU Xiaoyan;CHEN Zhenwen(School of Basic Medical Sciences,Capital Medical University,Beijing 100069,China;Institute of Materia Medica,Chinese Academy of Medical Sciences,Beijing 100050) |
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| Keywords: | Mongolian gerbils microsatellite DNA genetic quality analysis |
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