| 16S rRNA标签测序法在尘肺病患者肺部菌群多样性分析中的优化应用 |
| |
| 引用本文： | 邓冠华,唐侍豪,陈育全,侯婷,王致. 16S rRNA标签测序法在尘肺病患者肺部菌群多样性分析中的优化应用[J]. 职业卫生与应急救援, 2022, 40(1): 74-78. DOI: 10.16369/j.oher.issn.1007-1326.2022.01.015 |
| |
| 作者姓名： | 邓冠华 唐侍豪 陈育全 侯婷 王致 |
| |
| 作者单位： | 1.广州市第十二人民医院职业环境与健康重点实验室, 广东 广州 510620 |
| |
| 基金项目： | 广东省医学科学技术研究基金项目A2021318;广州市卫生健康科技项目20201A010036;广州市卫生健康科技重大项目2021A031003;广州市医学重点学科建设项目2021—2023年;广州市高水平临床重点专科建设项目穗卫函〔2019〕1555号 |
| |
| 摘 要： | 目的 优化高通量16S r RNA标签测序法，有针对性地获取尘肺病患者肺部菌群结构信息。方法 采集3例尘肺病患者的9份肺部肺泡灌洗液，采用十六烷基三甲基溴化铵法（CTAB）法提取肺泡灌洗液基因组DNA，扩增16S rRNA V4区域并进行NovaSeq 6000测序以及测序数据生物学分析。结果 CTAB法得到16S rRNA扩增产物符合质检，标签测序法得到的去嵌合体序列（effective tags）占比均在74.56%以上，测序深度达6 000条时渐进合理，可获取各样本物种合理的丰富度和均匀度，并注释物种，分析各层级占主导地位的优势菌属，可有效进行肺泡灌洗液菌群Alpha和Beta多样性分析。结论 优化版16S r RNA标签测序法可准确分析尘肺病患者肺部菌群结构信息，也可能适用于微生物组分析、快速鉴定及耐药性分析。
|
| 关 键 词： | 尘肺病 微生物组 16S rRNA 肺泡灌洗液 肺部菌群 丰富度 均匀度 |
| 收稿时间： | 2021-10-26 |
Optimization of 16S rRNA tag sequencing in analysis of pulmonary bacterial community diversity in patients with pneumoconiosis |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 维普 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《职业卫生与应急救援》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《职业卫生与应急救援》下载免费的PDF全文 |
