基于mRNA-seq数据筛选Mn2+调控小鼠巨噬细胞的差异表达基因

目的 对Mn²⁺调控的小鼠巨噬细胞mRNA进行测序和生物信息学分析，筛选出差异表达的基因并分析其生物学功能，探究Mn²⁺对小鼠巨噬细胞的调控作用。方法 采用MnCl2和NaCl分别处理小鼠腹腔巨噬细胞24 h，利用m RNA-seq方法筛选出Mn²⁺调控巨噬细胞的差异表达基因，对差异表达基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，并采用qPCR对关键的差异表达基因进行验证。结果 通过整合数据库信息和分析获得1 637个差异表达基因，包括表达上调的基因912个、表达下调的基因725个，GO富集分析表明这些差异表达基因具有免疫吞噬、细胞增殖和分化、转录因子调控等生物活性，KEGG通路主要富集在PI3K-Akt、NF-κB等信号通路。其中与免疫相关且差异最显著的10个基因为免疫球蛋白G Fc段受体Ⅰ(Fcgr1)、含不育α基序结构域蛋白11(Samd11)、活性调节的细胞骨架相关蛋白(Arc)、G蛋白偶联受体35(Gpr35)、富含脯氨酸的小蛋白2H(Sprr2h)、Wnt家族成员4(Wnt4)...