基于单核细胞相关基因筛选颈动脉粥样硬化的诊断生物标记

目的 筛选单核细胞相关基因(MRGs)作为颈动脉粥样硬化(CAS)中的诊断生物标记。方法 从GEO数据库中获取“有和无CAS”患者的单核细胞的转录组数据，进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),用limma包获得差异表达基因(DEGs);采用最小绝对收缩选择算子(LASSO)和支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)算法推导CAS的诊断分子，对诊断分子构建列线图判断CAS患病的风险率，并绘制校正曲线对列线图进行验证，利用DrugBank数据库预测针对诊断分子的潜在药物；采集对照组(无CAS)和CAS组患者的外周血单核细胞样本，通过采用定量(qRT-PCR)检测其表达谱。结果 共筛选到14 369个枢纽(hub)基因和61个DEGs; 6个基因被鉴定为差异表达单核细胞相关hub基因(DE-MRHGs),与免疫细胞、免疫反应、单核细胞和脂质代谢相关；LASSO回归和SVM-RFE算法显示，趋化因子(C-C-基元)配体3样蛋白1(CCL3L1)、趋化因子(C-C基元)配体4(CCL4)、高迁移率族蛋白B1(HMGB1)、趋化因子(C-C基元)配体3(CCL3)及双特异性磷酸酶1(DUSP1...