青海省海南藏族自治州鼠疫疫源地鼠疫菌规律成簇的间隔短回文重复基因分型研究

目的 研究青海省海南藏族自治州（简称“海南州”）鼠疫疫源地鼠疫菌的规律成簇的间隔短回文重复（clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR）基因型及其地区分布，为该疫源地的鼠疫防控工作提供科学依据。方法 1954—2009年海南州鼠疫疫源地内不同宿主动物和媒介昆虫体内分离的36株代表性鼠疫菌株为实验对象，采用传统的十二烷基磺酸钠裂解和苯酚-氯仿法提取鼠疫菌DNA。应用3对CRISPR引物（YPa、YPb、YPc）分别对被试菌株DNA进行PCR扩增、测序和分析，确定海南州鼠疫疫源地鼠疫菌的CRISPR基因型。结果 36株鼠疫菌中共发现17种非重复间区序列（spacer），其中YPa 9种、YPb 5种、YPc 3种。所有鼠疫菌株被分为5个CRISPR基因簇（Cb2、Cb4’、Ca7、Ca7’、Ca35’）,6个基因型（G1、G9、G22、G22-a1’、G26-a1’、G26-a1’a4-），其中G26-a1’型为主要基因型，分布于共和县、贵德县、兴海县；其次是G22型，分布于共和县、贵德县。结论 海南州...