| 基于TCGA数据库的食管鳞状细胞癌差异表达焦亡相关基因的筛选及GSDMC基因的验证 |
| |
| 引用本文： | 苗婷婷,胡浇浇,郑士耀,孙畅,杨铭,曹玉文,王良海,胡建明,沈西华,杨兰.基于TCGA数据库的食管鳞状细胞癌差异表达焦亡相关基因的筛选及GSDMC基因的验证[J].临床与实验病理学杂志,2023(2):132-138. |
| |
| 作者姓名： | 苗婷婷 胡浇浇 郑士耀 孙畅 杨铭 曹玉文 王良海 胡建明 沈西华 杨兰 |
| |
| 作者单位： | 1. 石河子大学医学院病理学系;2. 石河子大学医学院第一附属医院病理科 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(81860518)； |
| |
| 摘 要： | 目的 通过对TCGA数据库中食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma, ESCC)组织基因表达谱RNA测序数据进行生物信息学分析，探讨与ESCC预后有关的焦亡基因，并通过体外实验对筛选出的基因进行验证和功能研究。方法 下载TCGA和GTEx数据库中ESCC和正常食管样本中mRNA数据及临床数据。从文献中获得细胞焦亡相关基因(pyroptosis-related genes, PRG),使用R语言及DESeq2软件获取差异表达的PRG。采用Cox单因素、多因素回归分析，筛选出与预后相关的基因。应用qRT-PCR验证差异表达的PRG在ESCC和正常食管上皮细胞的表达水平；运用siRNA干扰ESCC细胞中已筛基因的表达，qRT-PCR检测siRNA的干扰效率。干扰成功后分别采用CCK-8、平板克隆和qRT-PCR实验，检测干扰已筛基因后ESCC细胞的活力、克隆形成能力和凋亡。运用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库，分析gasdermin家族蛋白C(GSMDC)的mRNA表达与食管癌免疫细胞浸润水平的相关性。结果 33个PRG中与ESCC相关的差异...
|
| 关 键 词： | 食管肿瘤 鳞状细胞癌 细胞焦亡 生物信息学 预后 免疫细胞 |
|
|
